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文档简介
1、样本类型样本类型穿刺的新鲜组织蜡块高盐浸泡的组织甲醛浸泡或固定的组织外周血(有核细胞)胸腹水骨髓穿刺血浆实体瘤实体瘤血液病血液病ctDNActDNA循环肿瘤循环肿瘤DNADNADNADNACTCCTC循环肿瘤细胞循环肿瘤细胞融合基因融合基因&VEGFR2&VEGFR2RNARNA送检样本优先级别:现有技术流程下1)、首选病理组织和穿刺组织(适合所有生物标志物biomarker)2)、其次为胸腹水(鉴定含肿瘤细胞后检测为宜,不能检测MSI) 3)、最差用外周血(有核细胞能检测SNP;血浆/血清能检测ctDNA、融合基因、VEGFR2 mRNA) 外周血送检样本1)、抽提有核细胞检
2、测SNP;2)、抽提血浆检测突变类(检测ctDNA 、融合基因、VEGFR2 mRNA ) 样本类型样本类型穿刺的新鲜组织蜡块高盐浸泡的组织甲醛浸泡或固定的组织外周血(有核细胞)胸腹水骨髓穿刺血浆(分离好的)切片样本量样本量24根穿刺3um20片黄豆大小黄豆大小5ml(EDTA抗凝管-紫色)100ml以上24根穿刺600ul11cm10片抽提用量抽提用量DNADNA12根穿刺10片芝麻大小芝麻大小5ml(EDTA抗凝管-紫色)6ml12根穿刺300ul35片抽提用量抽提用量RNARNA12根穿刺10片芝麻大小芝麻大小5ml(EDTA抗凝管-紫色)6ml12根穿刺300ul35片新鲜组织(包括手
3、术和活检组织)价值:新鲜组织含有最全面的肿瘤分子生物学特征;同一人不同部位组织可能具有差异;肿瘤新鲜冷冻材料可提取出最高品质的DNA、RNA。鉴定:切割后取其中一半,并利用另一半切面制作组织标本,然后在显微镜下确认肿瘤细胞含量。保存:理想的保存方法是迅速置于液氮中,然后保存于液氮罐或-80冰箱,这一过程应在手术样本离体后30分钟内完成。或者保存在组织保存液中;也可保存在核酸提取液中。石蜡包埋组织(formalin-fixed paraffin-embedded,FFPE)10%中性福尔马林固定手术切除样本,按病理学操作规范进行取材。 DNA容易受固定的影响,长时间(1周以上)浸泡在福尔马林中的
4、样本的DNA会被片段化,不能检出突变。价值:石蜡包埋组织易长期保存。鉴定:制作石蜡切片后,切取5片连续切片,其中1片进行HE染色,确认肿瘤细胞的含量。保存:15摄氏度28摄氏度。胸腹水等细胞学样本价值:取样方便。鉴定:制作石蜡切片后,切取5片连续切片,其中1片进行HE染色,确认肿瘤细胞的含量。保存:离心收集后冷冻保存;也可在含有细胞成分的离心沉淀中加入含有蛋白质变性剂的缓冲液(AL缓冲液,Qiagen公司)等室温保存。外周血样本价值:取样方便。用途:ct DNA、CTC检测保存:血清或血浆离心收集后冷冻保存;有核细胞检测CTC的冷藏保存,检测SNP的冷冻保存。 实体瘤即有形瘤,可通过临床检查如
5、x线摄片、CT扫描,B超、或触诊扪及到的有形肿块称实体瘤。非实体瘤即X线、CT扫描、B超及触诊无法看到或扪及到(摸到、按到)的肿瘤,如血液病中的白血病就属于非实体瘤。血液病是原发于造血系统的疾病,或影响造血系统伴发血液异常改变,以贫血、出血、发热为特征的疾病。造血系统包括血液、骨髓单核一巨噬细胞系统和淋巴组织,凡涉及造血系统病理、生理,并以其为主要表现的疾病,都属于血液病范畴。循环游离DNA(circulating free DNA,cfDNA)是存在于血浆中的游离DNA,它们有的来自于正常细胞,有的来自于异常细胞(如肿瘤细胞),肿瘤来源的DNA占血浆游离DNA的比例在不同肿瘤及病例中相差悬殊(0.0193%),从而限制了外周血在肿瘤分子检测时的应用。目前已有多篇文献证实可利用从血浆游离DNA检出突变,但需要使用ARMS法等灵敏度非常高的检测方法。循环肿瘤细胞(circulating tumor cell,CTC),是存在于外周血中的各类肿瘤细胞的统称。循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA, ctDNA ),是指肿瘤细胞体细胞DNA经脱落或者当细胞凋亡后释放进入循环系统的DNA片段,是一种特征性的肿瘤生物标记,通过ctDNA检测,能够检出血液中的肿瘤踪迹。ctDNA 检测很少出现假阳性,因
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