3500遗传测序仪介绍

1、1Life Technologies Proprietary |3500/xl遗传测序仪介绍遗传测序仪介绍肖怀东 Field Application ScientistTel: 400 820 8982 / 800 820 8982E-mail: CNAPM2Life Technologies Proprietary |AB遗传遗传分析分析仪发展历史仪发展历史370 373 3773100(A) , 3130（xl）3103730(xl)平板胶电泳平板胶电泳毛细管电泳毛细管电泳3500 , 3500（xl）3Life Technologies Proprietary |1986年 370型全世

2、界第一台基因分析仪1991年 373型基因分析仪1995年 377 型基因分析仪，光栅+CCD1996年 310型毛细管基因分析仪,全世界第一台毛细管分析仪1997年 377-96基因分析仪1998年 3700型96道毛细管基因分析仪 2000年 3100 16道毛细管基因分析仪2002年 3100 Avant 4道毛细管基因分析仪2002年 3730 48道毛细管基因分析仪 3730 xl 96道毛细管基因分析仪2004年 3130 4道毛细管基因分析仪 3130 xl 16道毛细管基因分析仪2007年10月 新一代超高通量序列分析仪SOLID2009年 3500系列毛细管基因分析仪2010

3、年 第三代测序仪Ion Torrent4Life Technologies Proprietary |主要内容测序仪工作原理仪器的结构及DC软件应用5Life Technologies Proprietary |测序仪工作原理测序仪工作原理6Life Technologies Proprietary |电进样DNA在碱性环境下带负电荷带负电荷的DNA在强电场作用下进入毛细管15 kv仪器工作原理仪器工作原理电进样电进样TRIVIA:电进样意味着什么电进样意味着什么?只有带电分子能够进入毛细管.7Life Technologies Proprietary |+仪器工作原理-通过毛细管电泳分离DN

4、A片段H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+负极负极正极正极TRIVIA: 什么样的片段泳动的更快? -仪器能够区分带电的DNA和其他带电分子吗?小片段小片段不不8Life Technologies Proprietary |仪器工作原理仪器工作原理 -荧光标记的荧光标记的DNA片段在检测窗口被检测片段在检测窗口被检测双向激发9Life Technologies Proprietary |仪器工作原理仪器工作原理 -激发出的荧光由于波长不同而被分离，并被CCD相机收集TRIVIA: 什么是什么是CCD?Charged Coupled Device电荷耦合器件 CCD 相机收集波长范围520n

5、m到650nm（发射波长） 虚拟的光栅设置 氩离子激光，激发波长488nm，514nm. 10Life Technologies Proprietary |仪器工作原理仪器工作原理荧光标记的DNA在电场中由负极向正极移动,依次通过激光检测区,小片段在前,大片段在后激光束在检测窗口同时激发16/4根毛细管,荧光分子被激发,产生荧光信号发射的荧光信号被CCD相机收集软件将光学信号转化为电信号Laser Energy :CCDElectrophoresis+-dye11Life Technologies Proprietary |毛细管空间定位毛细管空间定位(Spatial Calibration)

6、u什么是空间定位？什么是空间定位？ 空间定位将标记出每道毛细管空间定位将标记出每道毛细管在在CCD上的对应位置，使信号上的对应位置，使信号收集软件收集软件(Data Collection)能够能够找到它们找到它们。12Life Technologies Proprietary |什么时候要做空间定位什么时候要做空间定位? 毛细管安装完成后,包括重新安装用过的旧毛细管 移动或调节了毛细管检测窗口的位置 仪器移动后 作为仪器日常维护的一部分怎么做怎么做? ?当仪器正常启动，毛细管已经安装在仪器上，仪器上的相应位置已经放置了胶、缓冲液和水；进入Data Collection软件，点击窗口左边的Spa

7、tial Run Scheduler进入空间定位页面；在左下角Protocol中选择一种运行模式，有不灌胶和灌胶两种模式 毛细管空间定位毛细管空间定位(Spatial Calibration)13Life Technologies Proprietary |指标: 峰高大致相同 峰型尖锐、左右对称 橙色十字在峰顶端 间距:13 - 16空间定位空间定位结果评估结果评估14Life Technologies Proprietary |Click to save the calibration data to the database空间定位空间定位结果评估结果评估15Life Technolog

8、ies Proprietary |Click for any failed calibration空间定位空间定位结果评估结果评估16Life Technologies Proprietary |如果空间定位失败怎么办如果空间定位失败怎么办?重复做一次空间定位若无效，观察系统中有无气泡，去除气泡后再定位若无效，重新安装毛细管的检测窗口，进行空间定位若无效，取下毛细管，用枪吸取无水甲醇冲洗毛细管检测窗口上的凹槽，待甲醇晾干后将毛细管装回，进行空间定位空间定位空间定位结果评估结果评估17Life Technologies Proprietary |问题问题可能的原因可能的原因改进措施改进措施杂信号

9、杂信号检测窗口脏检测窗口脏毛细管位置不恰当毛细管位置不恰当清洁检测窗口清洁检测窗口重装毛细管重装毛细管间距不好间距不好检测窗口脏检测窗口脏清洁检测窗口清洁检测窗口没有峰图没有峰图毛细管里没有胶毛细管里没有胶灌胶灌胶肩膀峰肩膀峰检测窗口脏检测窗口脏清洁检测窗口清洁检测窗口空间定位空间定位故障排除故障排除18Life Technologies Proprietary | 让机器认识纯荧光。 每个染料都有自己的最大发射波长，但是不同染料之间有相互重叠的部分，重叠的部分通过光谱校正来识别。光谱校准光谱校准目的目的19Life Technologies Proprietary |光谱重叠结果:光谱校正后

10、光谱校准光谱校准目的目的20Life Technologies Proprietary |多重颜色检测光谱校准光谱校准目的目的21Life Technologies Proprietary |什么时候做?使用新的染料组合 调整过仪器的光路系统不同颜色的荧光间出现干扰(有拔起或下压峰) 参数改变(如毛细管长度改变)作为每年一次的日常维护怎么做?按照试剂盒说明书配制Matrix,对于8道或者24道的仪器,分别加第一个run的孔,每个孔加10l配置好的混合物.在Data Collection窗口中操作光谱校准光谱校准22Life Technologies Proprietary |概要概要仪器结构仪

11、器耗材仪器开机样品检测流程及DC软件介绍仪器关机23Life Technologies Proprietary |电源开关自动进样器按纽内部照明灯开关状态灯仪器结构仪器结构外观外观网络插口断路开关电源插头24Life Technologies Proprietary |宽度：61cm深度：61cm高度：72cm重量：82kg 3500/3500 xl基因分析基因分析仪仪3130/3130 xl基因分析基因分析仪仪 宽度：74cm 深度：54.8cm 高度：81cm 重量：130kg 总总体体积积3500是是3130系列的系列的82% （减少了（减少了18%） ） 总总重量重量3500是是313

12、0系列的系列的63% （减少了（减少了37%） ）仪器结构仪器结构25Life Technologies Proprietary |通量增加通量增加特征特征/ /功能功能 低通量低通量 高通量高通量 中通量中通量 最大最大样样品品处处理数理数/ /天天方便性方便性应应 用用可靠性可靠性性性 能能 3730 3100310高高低低3130 xl31304896384191426763100Avant192762115235003500 xL26Life Technologies Proprietary |胶块区胶块区 (Gel block region） ）检测区检测区 (Detection r

13、egion） ）自自动进样动进样区区(Autosampler region） ）27Life Technologies Proprietary |胶块区胶块区 (Gel block region） ）胶袋胶袋 28Life Technologies Proprietary |胶袋胶袋 毛细管阵列毛细管阵列炉子炉子Oven检测窗口检测窗口电极电极electrodeselectrodes自动进样器自动进样器Autosampler阳极阳极bufferABCbufferABC阴极阴极buffer CBCbuffer CBC样品托盘样品托盘Sample tray风扇风扇Fan29Life Technol

14、ogies Proprietary |CBC 阴极缓冲液槽阴极缓冲液槽ABC 阳极缓冲液槽阳极缓冲液槽POP胶袋胶袋毛细管阵列毛细管阵列仪器耗材仪器耗材30Life Technologies Proprietary |易于安装的毛细管结构易于安装的锁定装置易于存储过期日期 内壁无涂层 50 m 内径 160 runs仪器耗材仪器耗材毛细管毛细管31Life Technologies Proprietary |仪器耗材仪器耗材毛细管毛细管32Life Technologies Proprietary |仪器耗材仪器耗材胶胶Additional “free” volume to enable in

15、stallation, wizards and proper pouch functionality (and may be left over at the end)Standard volumeFor running 960 or 384 samplesProvides:- Ease of use- Quality- Predictable cost per sample33Life Technologies Proprietary | 保存在冰箱冷藏室的中央 使用前，放置在室温下 1 hour 在仪器上可放置1周 不同仪器之间的胶袋不要交换使用， 胶袋中的胶包括安装和安装后维护使用的部分

16、，如排气泡. 过量的维护操作会影响到跑样品使用的数量仪器耗材仪器耗材胶的保存胶的保存34Life Technologies Proprietary |Pull Lever DownPull Lever Up仪器耗材仪器耗材胶的安装胶的安装35Life Technologies Proprietary |仪器耗材仪器耗材缓冲液缓冲液36Life Technologies Proprietary |On instrument:Two unique SeptasBufferWashWaste 一体化缓冲杯 迷宫般设计分离洗涤池和废液池 确保缓冲液达到Fill line 两种独立的胶垫Septa (a

17、vailable in CBC septa kit)，注意胶垫安装 注意缓冲液放置的位置 在仪器上放置有效期7天 存储在冰箱冷藏，使用前恢复室温仪器耗材仪器耗材阴极缓冲液阴极缓冲液37Life Technologies Proprietary | 预装好的1 x running buffer 1个包装4个 易于安装 放置在仪器上的有效使用期限为7天 安装前确保溢杯中的缓冲液都流到主腔中 确保主腔中的缓冲液达到Fill line 存储在冰箱冷藏，使用前使之恢复室温Removable sealOverflow chamber仪器耗材仪器耗材阳极缓冲液阳极缓冲液38Life Technologies

18、 Proprietary | 用途填充胶泵换胶时冲洗胶泵使用仪器长期关机时使用 可供一次使用，足量仪器耗材仪器耗材Conditioning ReagentConditioning Reagent39Life Technologies Proprietary |耗材在仪器上的放置有效期耗材在仪器上的放置有效期On-instrumentRFID tracked limitsConsumableShelf life (new) Life Sample UsageHard stop (cannot exceed)Warning(optionto proceed)POP Polymers - 960 s

19、ample sizeExpiry dateon label7 daysLower of 960 samplesOr 50 injections (24 cap)Or 120 injections (8 cap)Shelf life expiry,（DC2.0解除）Samples, injections7 day limit- 384 sample sizeExpiry date on label7 daysLower of 384 samplesOr 20 injections(24 cap)Or 60 injections (8 cap)Shelf life expiry（DC2.0解除）,

20、 Samples, injections7 day limitArraysExpiry dateon labelNA160 injections warrantyNoneShelf life expiry,160 injectionslimitBuffers (CBC &ABC)Expiry dateon label7 days50 injections (24 cap) or120 injections (8 cap)Shelf life, （DC2.0解除） On-instrumentNoneConditioning ReagentExpiry dateon label24 hou

21、rsSingle useShelf life expiry（DC2.0解除）24 hr limit40Life Technologies Proprietary |仪器开机仪器开机打开电脑，至打开电脑，至Ctrl+Alt+DelCtrl+Alt+Del界面界面开启仪器，等待绿灯长亮开启仪器，等待绿灯长亮Ctrl+Alt+DelCtrl+Alt+Del，点击，点击AdministratorAdministrator，输入密码，输入密码AdministratorAdministrator电脑自动开启电脑自动开启DaemonDaemon（DC2.0DC2.0隐藏）和隐藏）和打打开电脑开电脑打开收集软

22、件（打开收集软件（ Data Collection ）41Life Technologies Proprietary |快捷操作键快捷操作键耗材仪表盘耗材仪表盘耗材量和有效期耗材量和有效期耗材详细信息耗材详细信息仪器运行状态及预热键仪器运行状态及预热键维护提示维护提示仪器开机仪器开机42Life Technologies Proprietary |样品检测流程样品检测流程 实验前准备：检查耗材和仪器 设置/导入板子命名板子编板，完成信息选填 配制上样试剂和样品 链接样品盘 运行过程中的质控Preview runMonitor runReview results43Life Technologi

23、es Proprietary |样品检测流程样品检测流程实验前准备实验前准备1. 准备仪器 耗材有没有过期 足够的buffer（在fill line上）2. 预热炉温 3. 查看仪器状态 胶泵及通路中有没有气泡 有无胶泄漏和析出的残胶44Life Technologies Proprietary |样品检测流程样品检测流程创建电泳板创建电泳板45Life Technologies Proprietary |Plate Properties界面中给板命名46Life Technologies Proprietary |Plate Contents界面中完成板内信息47Life Technolog

24、ies Proprietary |样品检测流程样品检测流程链接样品盘链接样品盘48Life Technologies Proprietary |样品检测流程样品检测流程核查和编辑进样顺序表核查和编辑进样顺序表49Life Technologies Proprietary |Injection DetailsSample DetailsRaw Data Display样品检测流程样品检测流程实时监测实时监测50Life Technologies Proprietary |结果可能有问题哦结果可能有问题哦样品检测流程样品检测流程实时监测实时监测51Life Technologies Proprie

25、tary |样品检测流程样品检测流程查看电泳结果查看电泳结果View View FragementFragement/HID Results/HID Results52Life Technologies Proprietary |仪器校准仪器校准在哪里找在哪里找53Life Technologies Proprietary |空间定位Perform QC Checks . 仪器校准仪器校准空间定位空间定位54Life Technologies Proprietary |仪器校准仪器校准空间定位结果空间定位结果55Life Technologies Proprietary |步骤：步骤： 配制光

26、谱校正标准品：置于加样板第一个配制光谱校正标准品：置于加样板第一个RunRun（非常重要！）（非常重要！） 上机检测标准品：填写几个电泳参数上机检测标准品：填写几个电泳参数 对结果接受对结果接受oror拒绝拒绝仪器校准仪器校准光谱校准光谱校准56Life Technologies Proprietary |仪器校准仪器校准光谱校准光谱校准57Life Technologies Proprietary |仪器校准仪器校准光谱校准结果光谱校准结果58Life Technologies Proprietary |仪器校准仪器校准光谱校准结果光谱校准结果59Life Technologies Prop

27、rietary |DatacollectionDatacollection Software Software参数设置参数设置60Life Technologies Proprietary |参数设置参数设置LibraryLibrary是什么？是什么？61Life Technologies Proprietary | 包括以下管理设置: Plates Assays File Naming ConventionResults Group 不同的标志: 出厂设置不能编辑/不能删除 模板 锁定 可以基于出厂设置、模板和锁定的文件，点击 DuplicateDuplicate, 编辑复制版then ed

28、it the copy参数设置参数设置LibraryLibrary是什么？是什么？62Life Technologies Proprietary | 预置了HID相关文件:Instrument ProtocolsDye SetsSize StandardsQC ProtocolsHID Analysis Protocols 用户可以自己创建对应的分析文件参数设置参数设置LibraryLibrary是什么？是什么？63Life Technologies Proprietary |Result group library Results Group Name Assay Name Injectio

29、n Number IP Name (instrument protocol) Logged-in User Name PA Protocol Name (primary analysis) Plate Name Prefix Start Instrument Run Date/time Stamp Suffix如何创建如何创建Result Group 64Life Technologies Proprietary |举例65Life Technologies Proprietary |Result Group Defaults Example 2 The factory-provided results group creates a fold