临床试验数据的SAS模块化分析ppt课件

1、Department of Epidemiology & Biostatistics, School of Public Health Nanjing Medical University临床实验资料的SAS模块化分析Yang Zhao, Department of Epidemiolgy & BiostatisticsYang Zhao, Department of Epidemiolgy & Biostatistics我所了解的临床实验数据编程原那么尽能够利用SAS固有的过程，尽量少编写SAS没有的算法；充分利用DATA步来实现数据的输出格式控制，以减少填表过程中出现的错误；编写适用于报告

2、中的各种表格的宏程序库。Yang Zhao, Department of Epidemiolgy & BiostatisticsYang Zhao, Department of Epidemiolgy & Biostatistics尽能够利用SAS固有的过程 要用SAS，就必需采用SAS的固有输出结果，他所要做的仅仅是把他要的结果放在该放的地方。这样才干保证SAS固有的算法上的可靠性，才干保证统计分析结果的可靠性、可再现性和实验间的可比性。 夏结来 Yang Zhao, Department of Epidemiolgy & BiostatisticsYang Zhao, Department

3、 of Epidemiolgy & Biostatistics输出格式控制控制输出格式的方法将各过程的输出结果导出为数据表各Procedure下的Output，如ANOVA, Freq有些Procedure下只能用ODS，如ttest, Genmod活用DATA步的Merge、Set命令和有关的格式控制命令；尽能够将一切的结果都以字符的方式存入一个输出数据表；尽能够将同一张表一次性输出；Yang Zhao, Department of Epidemiolgy & BiostatisticsYang Zhao, Department of Epidemiolgy & Biostatistics技

4、巧：频数表的输出结果控制直接用Freq命令的缺陷：用Freq过程直接输出难以控制输出格式多余的-+等等存在着某些类别没有频数的情形，导致Freq输出信息不完好。Yang Zhao, Department of Epidemiolgy & BiostatisticsYang Zhao, Department of Epidemiolgy & Biostatisticsdata test;input f a b;cards;20 1 1 15 1 2 0 2 2 0 2 2;proc freq data=test;title 带有频数为0的四格表;tables a*b/nocol nopercen

5、t;weight f;run; 带有频数为0的四格表 FREQ 过程 a * b 表 a b 频数 | 行百分比| 1| 2| 合计 -+-+-+ A | 20 | 15 | 35 | 57.14 | 42.86 | -+-+-+ 合计 20 15 35Yang Zhao, Department of Epidemiolgy & BiostatisticsYang Zhao, Department of Epidemiolgy & Biostatistics处理方法：生成一个包含了全部能够取值的数据表；再将Freq的输出数据表和该数据表合并；利用Do循环分别从合并后的数据表中取出每一行的频数及

6、频率，最后组合在一同。Yang Zhao, Department of Epidemiolgy & BiostatisticsYang Zhao, Department of Epidemiolgy & BiostatisticsDATA APPEND; DO a=1 TO 2; DO b=1 TO 2; OUTPUT; END; END;RUN; 带有频数为0的四格表 a b 1 1 1 2 2 1 2 2Yang Zhao, Department of Epidemiolgy & BiostatisticsYang Zhao, Department of Epidemiolgy & Bio

7、statisticsODS OUTPUT CrossTabFreqs=temp2; proc freq data=test;tables a*b/NOCOL NOROW NOPERCENT NOCUM;weight f;run;ODS OUTPUT CLOSE;RUN;PROC SORT DATA=temp2;BY a b;RUN;PROC SORT DATA=APPEND;BY a b;RUN;DATA temp3;MERGE temp2(keep=a b frequency) APPEND;BY a b;IF FREQUENCY=. THEN FREQUENCY=0;if a=. and

8、b=.;RUN;带有频数为0的四格表 a b Frequency 1 1 20 1 2 15 2 1 0 2 2 0Yang Zhao, Department of Epidemiolgy & BiostatisticsYang Zhao, Department of Epidemiolgy & Biostatistics%MACRO DIST();DATA ALLROW;SET _NULL_;RUN;%DO I=1 %TO 2;DATA ROW&I;SET _NULL_;RUN;DATA ROW&I;SET TEMP3;IF A=&I;KEEP FREQUENCY;RUN;PROC TRAN

9、SPOSE DATA=ROW&I OUT=ROW&I;RUN;DATA ROW&I;SET ROW&I;DROP _NAME_ _LABEL_;A=&I;OUTPUT;RUN;DATA ALLROW;SET ALLROW ROW&I;RUN;%END;DATA ALLROW;SET ALLROW;COL3=COL1+COL2;COL4=PUT(100*COL1/COL3,8.2);COL5=PUT(100*COL2/COL3,8.2);IF COL4= THEN COL4=-;IF COL5= THEN COL5=-;LABEL COL1=阳性阳性 COL2=阴性阴性 COL3=合计合计 CO

10、L4=阳性率阳性率 A=分组分组;RUN;%MEND; 带有频数为0的四格表 分组 阳性 阴性 合计 阳性率 1 20 15 35 57.14 2 0 0 0 .Yang Zhao, Department of Epidemiolgy & BiostatisticsYang Zhao, Department of Epidemiolgy & Biostatistics编写适用于报告中的各种表格的宏程序库从临床实验规范化的角度看，程序员所编写的程序该当由专人复核，这就要求程序员所撰写的程序必需尽能够明晰易懂；最好是统计分析报告中的每一个输出表格都对应一个宏。在宏程序中添加选项的设置，强化某一个宏

11、程序的功能，减少宏的个数。这样程序审核者只需检查宏调用的参数能否正确便可。Yang Zhao, Department of Epidemiolgy & BiostatisticsYang Zhao, Department of Epidemiolgy & Biostatistics%BASETEST(TABNUM,TABTITLE,DATANAME,V,VLABEL,%BASETEST(TABNUM,TABTITLE,DATANAME,V,VLABEL,K,TYPE,CODE,COND);K,TYPE,CODE,COND);用于对基线的人口资料进展比较，用于对基线的人口资料进展比较，%OUTD

12、EF();%OUTDEF();%BASETEST(4.1,%BASETEST(4.1,基线情况比较基线情况比较,FAS,AGE,FAS,AGE,年年龄龄,1,QT,);,1,QT,);%BASETEST(4.1,%BASETEST(4.1,基线情况比较基线情况比较,FAS,BC,FAS,BC,病病程程,1,QR,);,1,QR,);%BASETEST(4.1,%BASETEST(4.1,基线情况比较基线情况比较,FAS,SEX BZ ZLS ,FAS,SEX BZ ZLS HBYY,HBYY,性别性别 病种病种 治疗史治疗史 合并用药合并用药,4,CC,12 12349 ,4,CC,12 12

13、349 01 01,);01 01,);%PRINTOUT();%PRINTOUT();目的 取值 A B 组间比较年龄 . 39.8115.10(19.00-64.00) 40.8714.25(19.00-65.00) t=0.43，P=0.6645病程 . 3.004.00(1.00-180.00) 3.005.00(1.00-360.00) z=-0.65，P=0.5158性别 1 31(43.06%) 40(56.34%) 确切概率P=0.1333 2 41(56.94%) 31(43.66%)病种 1 24(33.33%) 23(32.39%) 确切概率P=0.2824 2 27(3

14、7.50%) 27(38.03%) 3 20(27.78%) 17(23.94%) 4 0(0.00%) 4(5.63%) 9 1(1.39%) 0(0.00%)治疗史 0 69(95.83%) 68(95.77%) 确切概率P=1.0000 1 3(4.17%) 3(4.23%)合并用药 0 70(97.22%) 70(98.59%) 确切概率P=1.0000 1 2(2.78%) 1(1.41%)Yang Zhao, Department of Epidemiolgy & BiostatisticsYang Zhao, Department of Epidemiolgy & Biostat

15、istics%LABAUTO(TABNUM,TABTITLE,DATANAME,V1,V2,PJ1,PJ2,VLABEL,HOP,L,U,COND);用于输出实验室目的疗前、疗后正异常改动情况。 %labauto(6.2.1,实验室目的改动情况,SA,HB0,HB1,YHB0,YHB1,血红蛋白,3,110 110 115,160 160 160,NONE);表 6.2.1: 实验室目的改动情况( SA)目的 分组 正/正 正/异 异/正 异/异 合计血红蛋白 A 65 1 4 1 71血红蛋白 B 60 0 8 2 70红细胞 A 69 1 1 0 71红细胞 B 66 0 3 1 70白细

16、胞 A 61 1 8 1 71白细胞 B 59 2 9 0 70血小板 A 63 6 1 0 70血小板 B 65 3 2 0 70ALT A 61 4 4 2 71ALT B 64 0 5 1 70AST A 65 3 2 1 71AST B 66 0 1 1 68BUN A 67 3 1 0 71BUN B 65 2 2 1 70Cr A 37 8 13 13 71Cr B 40 7 8 14 69Yang Zhao, Department of Epidemiolgy & BiostatisticsYang Zhao, Department of Epidemiolgy & Biosta

17、tistics%FFTAB(TABNUM,TABTITLE,DATANAME,VARX,VLABEL,CODE,POS,COND,TYPE);输出四格表及检验结果输出四格表及检验结果%FFTAB(4.2,疗前厌氧菌检查的比疗前厌氧菌检查的比较较,FAS,XJ,细菌名细菌名,12,2,1);%FFTAB(4.2,疗前厌氧菌检查的比疗前厌氧菌检查的比较较,FAS,XJ,细菌名细菌名,12,2,2);表4.2:疗前厌氧菌检查的比较(FAS) 阴性/ 阳性/ ID 正常 异常 合计 发生率 发生率比较细菌名 43 29 72 40.28 0.3858细菌名 48 23 71 32.39表4.2:疗前厌

18、氧菌检查的比较(FAS) ID 阴性/正常 阳性/异常 合计 发生率比较细菌名 43(59.72%) 29(40.28%) 72 0.3858细菌名 48(67.61%) 23(32.39%) 71Yang Zhao, Department of Epidemiolgy & BiostatisticsYang Zhao, Department of Epidemiolgy & Biostatistics%QUANTEST(TABNUM,TABTITLE,DATANAME,V,VLABEL,K,METHOD,COND);用于定量资料的组间比较用于定量资料的组间比较(包括包括t检验和秩和检验和秩和

19、检验检验)%OUTDEF();%QUANTEST(5.5.1,疗后总分比较疗后总分比较,FAS,ZF0 ZF1 ZF2,疗前总分疗前总分 用药后用药后3天天 终了后终了后12天天,3,T,);%PRINTOUT;表5.5.1:疗后总分比较ID group N MeanSD MQ 最小值 最大值 组间比较疗前总分 A 72 9.902.95 10.004.00 4.00 17.00 t=0.51，P=0.6103疗前总分 B 71 9.662.68 10.004.00 3.00 14.00用药后3天 A 72 3.532.36 3.003.00 0.00 11.00 t=-0.62，P=0.53

20、46用药后3天 B 71 3.762.11 4.003.00 0.00 9.00终了后12天 A 72 1.011.97 0.001.00 0.00 8.00 t=1.12，P=0.2635终了后12天 B 71 0.721.03 0.001.00 0.00 4.00Yang Zhao, Department of Epidemiolgy & BiostatisticsYang Zhao, Department of Epidemiolgy & Biostatistics%RDTEST(TABNUM,TABTITLE,DATANAME,V,VLABEL,ITEM,K,MIN,MAX,COND)

21、;进展疗前疗后等级改动量的组内比较和组间比较进展疗前疗后等级改动量的组内比较和组间比较%OUTDEF();%RDTEST(5.2.2-5.2.3,停药后停药后12天病症、体征下降值天病症、体征下降值,FAS,A1 C1,A1 C1,发热发热,2,-1,3,A1=0);%RDTEST(5.2.2-5.2.3,停药后停药后12天病症、体征下降值天病症、体征下降值,FAS,A2 C2,A2 C2,牙痛牙痛,2,-1,3,A2=0);%RDTEST(5.2.2-5.2.3,停药后停药后12天病症、体征下降值天病症、体征下降值,FAS,A3 C3,A3 C3,叩痛叩痛,2,-1,3,A3=0);%RDT

22、EST(5.2.2-5.2.3,停药后停药后12天病症、体征下降值天病症、体征下降值,FAS,A4 C4,A4 C4,开口度开口度,2,-1,3,A4=0);%RDTEST(5.2.2-5.2.3,停药后停药后12天病症、体征下降值天病症、体征下降值,FAS,A5 C5,A5 C5,肿胀肿胀,2,-1,3,A5=0);%RDTEST(5.2.2-5.2.3,停药后停药后12天病症、体征下降值天病症、体征下降值,FAS,A6 C6,A6 C6,溢脓溢脓,2,-1,3,A6=0);%PRINTOUT();表5.2.2-5.2.3:停药后12天病症、体征下降值(FAS) ITEM ID TREAT

23、-1 0 1 2 3 合计 MSD 组内S 组内P 组间Z 组间P发热 A1-C1 A 0 9 27 2 0 38 0.820.51 217.50 0.0001 0.49 0.6218发热 A1-C1 B 0 6 24 2 0 32 0.880.49 175.50 0.0001牙痛 A2-C2 A 0 2 18 27 21 68 1.990.84 1105.50 0.0001 0.39 0.7000牙痛 A2-C2 B 0 0 16 34 20 70 2.060.72 1242.50 0.0001叩痛 A3-C3 A 0 3 18 33 10 64 1.780.77 945.50 0.0001

24、 0.09 0.9321叩痛 A3-C3 B 0 1 23 32 11 67 1.790.73 1105.50 0.0001开口度 A4-C4 A 0 1 28 14 8 51 1.570.78 637.50 0.0001 1.14 0.2554开口度 A4-C4 B 0 0 33 15 2 50 1.380.57 637.50 0.0001肿胀 A5-C5 A 0 0 14 39 18 71 2.060.67 1278.00 0.0001 0.54 0.5891肿胀 A5-C5 B 0 1 14 41 15 71 1.990.69 1242.50 0.0001溢脓 A6-C6 A 0 2 1

25、6 40 13 71 1.900.72 1207.50 0.0001 0.73 0.4626溢脓 A6-C6 B 0 2 12 38 15 67 1.990.73 1072.50 0.0001Yang Zhao, Department of Epidemiolgy & BiostatisticsYang Zhao, Department of Epidemiolgy & BiostatisticsSYMDIS(TABNUM,TABTITLE, DATANAME,V1,ITEM,NEG,TIMEV,COND);用于病症消逝率的比较，指定时间变量后，也可进展Log-Rank检验。%SYMDIS(5

26、.3.1,第三天病症、体征消逝率比较,FAS,B1,发热,0,A1=0);%SYMDIS(5.8,痊愈天数比较,FAS,LX3,临床疗效,1,DAY,);表5.3.1:第三天病症、体征消逝率比较(FAS) ID 疗前阳性 消逝 消逝率 消逝率比较发热 38 22 57.89 0.6237. 32 21 65.63表5.8:痊愈天数比较(FAS) Log RankID 疗前阳性 消逝 消逝率 消逝率比较 MedQuar X2 P临床疗效 72 60 83.33 1.0000 5.000.00 2.48 0.1155. 70 58 82.86 5.000.00Yang Zhao, Departme

27、nt of Epidemiolgy & BiostatisticsYang Zhao, Department of Epidemiolgy & Biostatistics%QUAN_BET(TABNUM,TABTITLE,DATANAME,V,VLABEL,K,CI,CT,SEQ,COV,FACT,COND);用于定量资料组内及组间比较，可以控制协变量和用于定量资料组内及组间比较，可以控制协变量和混杂要素，可以进展中心间一致性检验，估计可信混杂要素，可以进展中心间一致性检验，估计可信区间等。区间等。%OUTDEF();%QUAN_BET(5.6.2,总分下降情况总分下降情况(PP),PP,ZF

28、0 ZF1 ZF2,疗前疗前 用药后用药后3天天 终了后终了后12天天,3,1,1,1,ZF0,SEX,);%PRINTOUT;表5.6.2:总分下降情况(PP) ID 分组 N 组内差值 组内比较 疗前-用药后3天 A 72 6.382.78(5.72，7.03) t=19.49，P0.0001疗前-用药后3天 B 70 5.942.53(5.34，6.55) t=19.65，P0.0001疗前-终了后12天 A 72 8.892.99(8.19，9.59) t=25.26，P0.0001疗前-终了后12天 B 70 9.032.62(8.40，9.65) t=28.82，P0.0001 组

29、间差值 组间比较疗前-用药后3天 A 0.320.29(-0.26，0.91) F=1.21，P=0.2723疗前-用药后3天 B 中心间一致性检验 F=1.23，P=0.2965疗前-终了后12天 A -0.280.24(-0.76，0.19) F=1.37，P=0.2431疗前-终了后12天 B 中心间一致性检验 F=0.86，P=0.4275Yang Zhao, Department of Epidemiolgy & BiostatisticsYang Zhao, Department of Epidemiolgy & Biostatistics%OC_BET(TABNUM,TABTIT

30、LE,DATANAME,V,VLABEL,K,CODE,COND);用于等级资料的列表及组间比较用于等级资料的列表及组间比较%OUTDEF();%OC_BET(5.2.1, 停药后停药后12天病症、体征天病症、体征评分评分,FAS,C1 C2 C3 C4 C5 C6,发热发热 牙痛牙痛 叩叩痛痛 开口度开口度 肿胀肿胀 溢脓溢脓,6,0123,);%PRINTOUT();表5.2.1:停药后12天病症、体征评分 目的 分组 0 1 2 3 合计 MSD 组间比较发热 A 60 12 0 0 72 0.170.38 z=-1.47,P=0.1410 . 83.33% 16.67% 0.00% 0

31、.00% . B 65 6 0 0 71 0.080.28 . 91.55% 8.45% 0.00% 0.00% .牙痛 A 60 10 2 0 72 0.190.46 z=-0.49,P=0.6261 . 83.33% 13.89% 2.78% 0.00% . B 61 10 0 0 71 0.140.35 . 85.92% 14.08% 0.00% 0.00% .叩痛 A 56 14 2 0 72 0.250.50 z=-1.09,P=0.2778 . 77.78% 19.44% 2.78% 0.00% . B 60 11 0 0 71 0.150.36 . 84.51% 15.49% 0.00% 0.00% .Yang Zhao, Department of Epidemiolgy & BiostatisticsYang Zhao, Dep