ChemOffice在分子结构绘制与多媒体制作中的应用研究与实践

1、前 言ChemOffice在分子结构绘制与多媒体制作中的应用研究与实践1 前言美国剑桥公司的ChemOffice软件是一款优秀的化学软件，它集强大的应用功能于一身，目前正被无数的科学工作者使用。ChemOffice软件是针对专业化学绘图所设计，可以绘制各种各样的化学键、环、轨道等，并可以与软件中的数据库链接；对于不明的结构组织，可以通过输入适当的搜寻条件，查出可用的结构式；可以将化合物名称直接转换为结构图，省去绘图的繁琐；也可以对已知结构的化合物命名，给出正确的化合物名称。ChemOffice完整的应用系统涉及各个研究领域，从合成路线、化合物库设计、药物合成、细胞试验到结果和报告分析。另外，也

2、可以利用此软件所提供的样板功能，大幅缩短制作文件所需花费的时间。ChemOffice作为一款优秀的化学软件，将使化学研究人员的研究工作达到一个新的高度。对于各领域的化学化工工作者来讲，ChemOffice的实用性和多功能性是毋庸置疑的。ChemOffice化学办公系统将成为化学工作者成功的起点。化学工作者可以使用ChemOffice完成自己的想法，与同事用自然的语言交流化学结构、模型和相关信息。在实验室，可以用E-Notebook整理化学信息、文件和数据，并从中取得所需的结果。ChemNMR可预示分子化学结构的13C和1H-NMR化学位移。ChemFinder/Word通过用户的计算机或互联网

3、，可以在Word、Excel、PowerPoint、ChemDraw和ISIS/Draw等文件中搜索化学结构，以便浏览或修改，并输出到自己的目标文件中。ChenmOffice支持每一位化学工作者的日常工作和企业方案制定；建立在ChenmOffice服务器的数据库，有助于各个研究部门的合作和信息的共享，将促进科学研究的迅猛发展。此外，ChenOffice适用学科广泛，覆盖了化学、化工、材料、生物、医药、环境等领域。第 43 页 共 44 页过程论述2 选题背景2.1 课题的来源、目的和意义本课题来源于毕业论文。利用ChemDraw 可以方便的读取和构造各种格式的化学结构式，使文章编辑图文一体，同

4、时利用内置的分子性质预测模板计算所绘制的化合物的核磁共振图谱，各种物理化学性质 如：BP、MP、logP、反应生成热、临界温度、临界压力、Gibbs、自由能、折射指数等。Chem3D将二维平面图形转化为三维的空间结构，在分子和原子水平上利用分子力学、分子动力学和量子化学计算手段模拟和分析分子的立体构象，从而使化学家从本质的分子作用机制出发，理解和搞清化学反应的机理和难易程度以及分子间的立体结构和电性、疏水性的相似性，探讨分子发生反应的可能性和体现生物活性的大小和其结构之间的必然本质的联系。得到的实验数据和分析结果都可以从容的输入到 ChemFinder 这个化学信息数据库中，以供以后的随时检索

5、和管理。ChemFinder 数据管理系统具有很强的模糊识别和纠错能力，可将多种标准加入查询提问式，全面检索化合物结构、亚结构、立体化学特性、分子式、物化性质、生物活性等特征文本，反应物、生成物、转移的功能基团均可作为提问式检索化学反应信息数据库，并以原子映射的方式搜寻出相关反应数据。下拉式菜单容许同时浏览多个检出记录。高性能的数据搜索算法可迅速准确的从成千上万的编码条目中检索出有关资料，并可对检索出来的条目根据一定规则进行排序、分类和存储。2.2 应解决的主要问题及应达到的技术要求解决的主要问题：用ChemDraw模块绘制核酸碱基对或其他物质的结构图和立体构象；用ChemDraw模块绘制合成

6、某有机物（包括分离）的实验装置图；用ChemDraw模块预测若干化合物的1H-NMR和13C-NMR图谱；用ChemDraw模块绘制复杂体系的反应历程；用Chem3D绘制ATP的3D图并作MM2计算后预测其NMR谱；用ChemOffice绘制某些具有螺旋，折叠的化合物，要测定其键长，键角和二面角等参数。2.3 国内外现状、发展趋势及存在的主要问题从1985年美国剑桥公司发布第一个ChemDraw1.0以来，该公司几乎每年都会推出包括Windows和Macintosh的新版本。但是除了ChemDraw外，ChemOffice的其他组件只适合在Windows操作平台下使用。Macintosh用户可

7、以购买ChemDraw软件，其中包含最新、最有特点的ChemDraw版本。从1994年开始，ChemOffice的功能更加完善，所包含的组件基本涵盖了桌面化学软件的各个方面。迄今为止，ChemOffice已经发布了11个版本。目前，ChemOffice的最新版本为ChemOffice2008，主要包括ChemDraw（化学结构绘图）、Chem3D（分子模型及仿真）和ChemFinder（化学信息搜索整合系统）。此外还加入了E-Notebook、BioAssay Pro、量化软件MOPAC、Gaussian和GAMESS的界面、ChemSAR、Server Excel、ClogP、CombiCh

8、em/Excel等。ChemOffice Pro还包括全套ChemInfo数据库，包括ChemACX、ChemACX-SC、Merck搜索和ChemMSDX等一系列完整软件。3 过程论述3.1 应用ChemDraw绘制化合物的结构图以及命名ChemDraw中存贮了大量的分子结构图形，有些化合物可以直接输入化合物的俗名即可获得其相应的结构。而有些化合物, 系统没有收录相应的俗名, 则必须绘制出相应的结构或是给出系统命名后方能显示出相应的化学结构。对于已经绘制出的化合物, 只要选定化合物的结构，在Structure 菜单中选择Convert Structure to Name(根据结构创建命名)，

9、即得该化合物的系统命名。下面绘制-麦芽糖酶。图3-13.1.1 -麦芽糖酶的绘制及命名1 选择图形工具栏中的（环己烷）工具，在绘图区绘制出一个环己烷，旋转至适当角度，改变其形状。2 利用工具栏中的键工具补充各种键结构，然后利用（文本）工具标记原子。图3-23 利用套取工具选择绘制好的-D-Glucopyranose，复制结构，并拖动至适当的位置，修改结构。图3-34 命名绘制好的-麦芽糖酶，选定化合物的结构, 在Structure 菜单中选择Convert Structure to Name(根据结构创建命名)，即得该化合物的系统命名。图3-45 利用ChemOffice测定物质的物理化学属性

10、性质，选定化合物，在View中选择Show Chemical Properties Window，即得到-麦芽糖酶的理化性质。图3-56 利用ChemOffice测定物质的精确分子量、相对分子量、m/e值等，选定物质，右击，在弹出的快捷菜单中选择“Analysis（分析）”“All（所有）”，即得到相关数据。图3-67 我们还可以利用ChemDraw得到3D图，选定化合物，在Edit中选择Get 3D Model。图3-73.1.2 应用ChemDraw提供的模板绘制-麦芽糖酶1 我们也可以利用模板工具来进行绘制，由于模板工具中并没有提供-D-Glucopyranose（-D-葡萄糖）的模板，

11、但我们可以在其他类似模板的基础上进行适当的修改得到其结构，如图3-8。图3-82 复制模板，连接需要连接的结构，并标记原子。图3-93.2 用ChemDraw模块绘制实验装置图在研究论文的撰写过程中，常常需要绘制实验研究所采用的实验手段，ChemDraw提供了相应的绘制模板。绘制时，首先选择模板工具, 然后单击 Clipware part1或是Clipware part2，在弹出的工具面板中选择相应的器皿, 在绘图区单击, 再根据实验流程要求组装即得所需的图形。下面绘制合成苯乙醚（包括分离）的实验装置图相关物质的物理性质如下：试剂分子量性状比重熔点/沸点/溶解度苯酚94.11无色晶体，有腐蚀性

12、1.07142-43182常温微溶溴乙烷108.97无色油状液体，有挥发性1.471-7338.2苯乙醚108.97无色液体，有特殊臭气0.97-30172不溶通过Williamson合成法由溴乙烷和苯酚钠作用制备苯乙醚。其基本反应式为：该合成反应的装置分为反应装置与分离装置3.2.1 绘制反应装置选择（模板）工具，然后单击“Clipware，part1”菜单，在弹出的工具版中选择铁架台，然后在绘图区单击，得到铁架台，用同样的方法绘出加热台，后置铁架台。选择（模板）工具，然后单击“Clipware，part1”或者“Clipware，part2”菜单，选择需要的模板，绘制反应发生装置，如下图：

13、图3-103.2.2 绘制蒸馏装置选择（模板）工具，然后单击“Clipware，part1”或者“Clipware，part2”菜单，在弹出的工具版中选择需要的模板，依次连接。仔细调节各个装置的位置，最后完成装置的搭建，如下图：图3-113.3 预测若干化合物的1H-NMR和13C-NMR图谱对于一个新的化合物，ChemDraw可以直接利用内部集成的ChemNMR组件预测该化合物的1H-NMR和13C-NMR核磁共振谱图。ChemNMR预测原理是先定义一个化学结构的基本结构，然后以此基本结构为基础，利用加和性原则来计算氢原子和碳原子的化学位移。例如，以甲苯的1H-NMR为例，甲苯的基本结构是苯

14、环，在计算甲苯环上氢原子的化学位移时，先以苯环上氢原子的化学位移作为基本位移，再在此基础上加上相邻碳原子上的氢原子对化学位移的影响值，则得到该氢原子的化学位移值。于ChemNMR在预测1H和13C的化学位移时，并没有考虑溶剂极性、溶液浓度、杂质、空间位阻效应和氢键等对化学位移的影响，因此其预测结果并不精确，特别是预测结构比较复杂的分子（含有多种功能团的分子）的核磁谱图，但通常情况下，预测的位移变化趋势与实际值变化趋势一致，因此，ChemDraw可在一定程度上帮助我们解析核磁图谱。3.3.1 预测3-甲基噻吩的1H-NMR图谱选取3-甲基噻吩的整个结构式，然后单击菜单栏中的“Structure(

15、结构)”，“Predict1H-NMR Shifts（预测1H-NMR位移）”命令，此时，在一个新的窗口中显示ChemNMR预测的该化合物的核磁共振谱图，并在图下方列出预测不同位置的1H的化学位移，如图3-12所示。图3-12从图中可以看出，该窗口最上部显示的是结构式，同时在结构式上标明了每个1H的化学位移，并用不同的颜色来表示估算结果的好坏。其中，蓝色表示估算结果最佳，粉红色数字表示估算结果一般，红色数字表示估算结果的可信度较低。随后，ChemNMR绘出了3-甲基噻吩的核磁共振谱图。在谱图下面，列出了该结构上1H原子的化学位移及其估算过程。从中可以看出，1号1H原子（注意，由于结构式没有画出

16、氢原子，所以ChemNMR在编号时以与氢原子相连的原子顺序号来代替氢原子的编号。如果将所有氢原子都画出来，则氢原子的编号为7，8，9，10，11，12号）的化学位移为6.75，其中，基础位移为7.20（3-甲基噻吩的基本结构为噻吩），由于3位甲基的存在，使得一号1H原子的化学位移的估算值与其相似。在估算窗口的最下方，显示了估算自旋偶合常数与其估算过程。从中可以看出，一号1H原子和4号1H原子的偶合常数为2.8Hz，其作用矢量为H-C*S*C-H；与三号1H原子的偶合常数为1.5Hz，其中作用矢量为H-C*C*C-H。其他1H原子的自旋偶合常数和估算过程依此类推。3.3.2 预测3-甲基噻吩的1

17、3C-NMR图谱预测3-甲基噻吩的13C-NMR谱图，选取3-甲基噻吩的整个结构式，然后单击菜单栏中的“Structure(结构)”，“Predict13C-NMR Shifts（预测13C-NMR位移）”命令，此时，在一个新的窗口中显示ChenNMR预测的该化合物的核磁共振谱图，并在图下方列出预测不同位置的13C化学位移，如下图所示图3-13从图中可以看出，ChemNMR预测3-甲基噻吩的13C-NMR核磁共振谱图的窗口与预测1H-NMR核磁共振谱图的窗口布局接近，不同的是预测13C-NMR核磁共振的结果中没有自旋偶合常数及其估算过程。在谱图下方列出了该结构上C原子的化学位移及其估算过程。从

18、中可以看出，一号C原子的化学位移为121.3。其中，基础位移为125.6，由于3为甲基的存在，使得一号碳原子的化学位移增加值为4.3，常规校正为0，故最后得出1号C原子的化学位移为121.3。其他C原子化学位移的估算与其类似。3.4 用Chemdraw模式绘制复杂体系的反应历程有机化学中，反应历程是一个重要的、也是必须了解的过程。作为化学结构绘图中的一个重要绘图工具，ChemDraw同样也可以轻松地完成对化学反应历程的绘制。在这里，我们以消除反应的立体化学顺式和反式消除来介绍绘制化学反应历程的方法。图3-143.4.1 绘制消除反应的反应历程绘制立体化学式，首先绘制一个三键对称结构，然后复制并

19、旋转该结构，再选择（实键）工具，按住<Alt>键后连接两个三键对称结构的中心原子。图3-15绘制过度状态结构，实键转换成虚键。在消去反应中，常用虚键表示将消去的化学键和将要组成的化学键。在这里首先将前面绘制的结构式进行原子标记：选择（文本）工具，分别在立体结构式的上端和下端原子位置输入L和H。然后选择（虚键）工具，将光标定位到连接原子标记的实键中央，单击即可将实键转换成虚键。图3-16选择（双键）工具，连接两个对称三键结构的实键的中间位置单击，此时图形如果（a）。但是该结构式并非所需的正确形式，再次在该位置单击图形变为如图（b）。最后选择括号工具中的（方括号）工具，将中间体结构式括

20、入其中，最终得到过渡态结构。图3-17产物结构绘制。消去反应的产物和初始反应物的结构并不相同，因此还必须单独绘制产物的结构式。添加箭头及完成反应历程的绘制。将上面绘制的反应物、过渡态及产物用箭头连接起来，即完成整个化学反应历程的绘制。图3-183.4.2 绘制甲醇羰化反应合成醋酸的反应历程BASF高压法与Monsanto低压法甲醇羰化反应合成醋酸化学原理基本相同，反应过程大同小异，也都有一个催化剂循环和一个助催化剂循环。并且都采用第族元素为催化剂，碘为助催化剂，但因具体金属元素不同.活性、中间体组成相异，催化效果有差别，反应动力学、反应速率控制步骤也有所不同。3.4.2.1 高压法绘制甲醇羰化

21、反应合成醋酸的反应历程反应过程要求在较高的温度下才能保持合理反应速率，而为了在较高温度下稳定Co(CO)4配合物，必须提高一氧化碳分压，从而决定了高压法生产工艺的苛刻反应条件。反应副产物有甲烷，二氧化碳，乙醇，乙醛，丙酸，醋酸酯，-乙基丁醇等。甲醇转化物中甲烷约占3.55，液体副产品物约4.5，废气约2.0。一氧化碳约有10通过水蒸气变换反应转化为CO2。整个反应的方程式为反应历程如下图图3-193.4.2.2 低压法绘制甲醇羰化反应合成醋酸的反应历程从碳-卤素键键能数据可以看出C-I键最容易断裂，C-Cl键最难断裂，故CH3I作助催化剂是较好的。如在反应中HI浓度增高，催化剂活性会下降，据研

22、究可能是形成了Rh+3(CO)2I4负离子之故。由于铑基催化剂比钻基催化荆更易与CH3I反应，且由此生成的CH3-Rh(CO)2I3 负比CH3Co(CO)4更不稳定，即CO顺式插入CH3-Rh键更加容易，最后由于乙酰碘可直接从中消去而使铑基催化剂比钴基更加有利。整个反应的方程式为反应历程为图3-203.5 Chem3D的综合应用3.5.1 应用Chem3D绘制3D模型3.5.1.1 使用键工具绘制分子结构模型下面以绘制丝氨酸模型为例新建一个3D窗口，首先绘制一个丙烷分子模型，调整结构，并使之能更好的显示立体结构。选择（文本）工具，然后选择右侧的甲基碳原子，在出现的文本输入框中输入“O”，按&

23、lt;Enter>键，甲基变为羟基，得到乙醇分子模型，继续选择左侧的甲基氢原子，在出现的文本输入框中输入“COOH”， 按<Enter>键，甲基氢变为羧基，得到2-羟基丙酸的分子模型。选择文本工具，选择左侧的另一个甲基氢原子，在出现的文本输入框中输入“NH2”， 按<Enter>键，则甲基变为氨基，得到丝氨酸。图3-21结构调整。全选结构，单击菜单栏中的“Structure（结构）”“Clean Up（结构调整）”命令，调整分子模型，使之更接近标准化模型。结构优化。单击菜单栏中的“Caculations（计算）”“NM2”“Minimize Energy（能量最小

24、化）”命令，在弹出的对话框中选择运行，则对分子进行优化，并在下方的消息窗口中显示优化过程和相关数据。图3-223.5.1.2 使用文本工具进行绘制利用文本工具绘制分子结构式Chem3D的独特之处。对于简单的分子，可以直接输入分子结构简式，简化绘图步骤。选择文本工具，在模型显示区单击，在输入的文本输入框中输入结构简式，按<Enter>，即得到结构简式。图3-233.5.1.3 使用绘图模板绘制Chem3D提供了大量的绘图模板，使之表现出强大的绘图功能，同时也能使我们绘图时更加简介和轻松。如果要绘制较为复杂的结构模型，也可以从Chem3D自带的绘图模板出发，通过适当的修改进行绘制。下面

25、介绍从18-冠-6钾盐出发，绘制15-冠-5的过程从系统中选择18-冠-6钾盐绘制于3D绘图区，并调整以球棍模型显示，隐藏氢原子，显示原子序号。图3-24删除钾离子、14号氧原子和17、18号碳原子。调整结构，使之更加接近于标准模型。图3-35重新成环，连接15号碳原子和10号氧原子。然后进行结构优化，单击菜单栏中的“Caculations（计算）”“NM2”“Minimize Energy（能量最小化）”命令，在弹出的对话框中选择运行，则对分子进行优化。显示氢原子及取消标号，并将将键型设置为球积式，即得到冠醚15-冠-5。图3-263.5.2 利用Chem3D进行GAMESS计算GAMESS

26、计算是量子化学计算的一种，主要包括最低能量计算（Minimize Energy）、过渡态优化（Optimize to Transition State）、性质计算（Compute Properties）、频率计算（Run Frequency）、红外/拉曼光谱预测（Predict IR/Raman Spectra）和核磁谱预测（Predict NMR Spectra）。1 以丙氨酸为例，利用Chem3D中的ChemDraw模块绘制丙氨酸的结构图，同时Chem3D中显示3D图。图3-272 做Minimize Energy计算。单击菜单栏中的“Calculations(计算)”“GAMESS in

27、terface(高斯界面）”“Minimize (Energy / Geometry)(能量最小化)命令，弹出如下图所示的窗口。图3-28设置好相关参数，点击“Run”，进行计算，计算完成后，在Output窗口中显示计算结果。图3-29由结果显示，丙氨酸的能量为-200846.089873 Kcal/Mol (-320.068882 Hartrees)。3 做Compute Properties计算。单击菜单栏中的“Calculations(计算)” “GAMESS interface（高斯界面）”“Compute Properties（计算性质）”命令在弹出的高斯界面对话框中选择需要的参数，

28、单击运行，计算完成后，Output窗口中显示计算结果。由于数据太多，这里只展示部分计算结果。图3-30从计算结果中可知丙氨酸的Changes（Lowdin Charges）、Lowdin Populations、Charges（Mulliken Charges）、Dipole、Kinetic Energy、Polarizibility等一些列性质参数。4 做Run Frequency计算。单击菜单栏中“Calculations（计算）”“GAMESS interface（高斯界面）”“Run Frequency（运行频率）”命令，设置相关参数，运行单击，即得到相关数据。图3-31通过计算可以得

29、到丙氨酸的Cp、Cv、Enthalpy（焓变）、Entropy（熵变）、Frequencies（频率）、IR Spectrum Species（红外光谱）等一系列性质参数。5 预测IR/Raman光谱，单击菜单栏中“Calculations（计算）”“GAMESS interface（高斯界面）”“Predict IR/Raman Spectra（预测红外/拉曼光谱）”命令，得到“GAMESS interface（高斯界面）”对话框，设置参数后，单击“Run”，得到红外光谱图，Output窗口中显示红外数据。图3-323.5.2.6 预测NMR光谱，单击菜单栏中“Calculations（计算

30、）”“GAMESS interface（高斯界面）”“Predict NMR Spectra（预测红外/拉曼光谱）”命令，得到“GAMESS interface（高斯界面）”对话框，设置参数后，单击“Run”，得到NMR光谱，Output中显示计算结果。图3-333.6 用ChemOffice绘制ATP的3D图并作MM2计算3.6.1 绘制ATP结构选择图形工具栏中的（环己烷）工具，在绘图区绘制出一个环己烷，然后选择（环戊烷）工具，与环己烷连接，选中结构并旋转至适当角度。利用（双键）工具绘制双键，利用（文本）工具标记原子，导出（切割楔键），利用（环戊烷）工具绘制环戊烷，随后绘制黑体楔键，标记原

31、子。图3-34利用（单键）工具绘制出ATP的链结构，将部分单键改变为双键，标记原子，最后选中绘制好的ATP，利用“Clean Up Structure（结构调整）”使结构美化和清晰。完成绘制。图3-353.6.2 能量最低计算将在ChemDraw中绘制好的ATP结构导入Chem3D中，得到ATP的3D图，下图为经过隐藏氢原子的ATD3D结构。图3-36单击菜单栏中的“Calculations（计算）”“NM2”“Minimize Energy（能量最小化）”命令，弹出如图所示的“Minimize Energy（能量最小化）”对话框。“Dynamics（动力学）”选项卡中的选项设置如下：Step

32、 Interval（步频）：决定分子动力学步骤之间的时间间隔。步骤的时间间隔要少于正常情况下的最高频率时的振动周期，一般来说，控制在12fs。大的时间间隔会造成综合方法的中断。Frame Interval（指针）：其数值的大小决定采集数据时的时间间隔。一般控制在20fs左右可达到相当平滑的桢。Terminate After（终止时间）：控制动力学模拟的终止时间。Heating/CoolingRat（加热/冷却速率）：指加热降温速率指示对虚拟温度的调整，最小控制在1.0Kcal/atom/ps。Target Temperature（目标温度）：指选择基准虚拟温度。一般设置为300kelvin。图

33、3-37单击“Job Type（工作类型）”选项卡，在“Job（工作）”下拉列表选择“Minimize Energy（能量最小化）”，单击“Run（运行）”按钮开始计算，计算结果显示在Output窗口中。图3-383.6.3 分子动力学计算单击菜单栏中的“Calculations（计算）“”MM2“”Molecular（分子动力学“命令，弹出对话框。取消对“Heating/Cooling Rat（加热/冷却速率）”复选框的勾选，设置相关参数。单击“Run（运行）”按钮开始计算，可以得到一个包括时间（皮秒）、总能量、势能和温度的数据表。计算结果显示在Output中，由于数据 太多，这里只演示一段

34、。图3-39图3-40当然，我们也可以精确的测量，选择选取工具，选中其中一个原子，然后按住<Shift>键，选中另一个原子，再单击菜单栏中的“Structure（结构）”“Display Distance Measurement（显示间距）”命令，得出两原子之间的距离。图3-413.7 绘制某些具有螺旋，折叠的化合物用ChemOffice绘制某些具有螺旋，折叠的化合物，要测定其键长，键角和二面角等参数。这里以海葵毒素为例3.7.1 绘制海葵毒素1 首先利用ChemDraw绘制出海葵毒素的框架结构。2 补充各种结构以及标记原子，并利用菜单工具中的“Clean Up”使结构规范。图3-

35、423.7.2 测量海葵毒素的参数将绘制好的海葵毒素结构复制至Chem3D，如图为隐藏氢原子后的3D图。图3-431 测量键长，单击菜单栏中的“Sructure（结构）”“Measurements（测量）”“Generate All Bond Lengths（显示键长）”，由于海葵毒素为大分子化合物，各种单双键太多，这里只演示一部分测量结果。图3-44显示任意两原子间的距离，在对模型的分析和优化中，有时为了对模型进行简单的分析，只需显示模型中任意两原子之间的距离。按住<Shift>键，选中要测量的两原子，然后单击菜单栏中“Sructure（结构）”“Measurements（测量）

36、”“Display Distance Measurement（显示距离）”命令，模型窗口会直接将这两个原子的距离标出并注出具体数据，而在“Measurement（测量）”窗口中，也会显示这两原子之间的距离，如下图中黄色原子所示。图3-452 显示键角，单击“Sructure（结构）”，“Measurements（测量）”，“Generate All Bond Angles（显示键角）”，演示一部分测量结果。图3-46显示任意选定的键角，按住<Shift>键，选中其中要测量的键角（3个原子），然后单击菜单栏中的“Sructure（结构）”，“Measurements（测量）”，“Di

37、splay Bond Angles Measurement（显示键角）”，模型会直接标出这个键角并注出具体数据。图3-473 “Sructure”“Measurements”“Generate All Dihedral Angles”。图3-48显示任意二面角，按住<Shift>键，选中其中要测量的二面角，然后单击菜单栏中的“Sructure”“Measurements”“Display Dihedral Measurement”命令，模型窗口会直接标出这个二面角并标注具体数据。图3-493.8 利用ChemFinder检索文件ChemFinder 数据管理系统具有很强的模糊识别和

38、纠错能力，可将多种标准加入查询提问式，全面检索化合物结构、亚结构、立体化学特性、分子式、物化性质、生物活性等特征文本，反应物、生成物、转移的功能基团均可作为提问式检索化学反应信息数据库，并以原子映射的方式搜寻出相关反应数据。下拉式菜单容许同时浏览多个检出记录。高性能的数据搜索算法可迅速准确的从成千上万的编码条目中检索出有关资料，并可对检索出来的条目根据一定规则进行排序、分类和存储。3.8.1 文本检索3.8.1.1 分子式检索在“CS-Demo”数据库中含6个碳原子，一个氮原子的化合物。单击菜单栏中的“Search（检索）”“Enter Query（输入检索）”命令，弹出检索窗体，在“Form

39、ula（分子式）”文本框中输入“C6N1”。图3-50单击“Query Mode（检索模式）”框中的“Search（检索）”。图3-51使用菜单栏中的“View（视图）”“Continuous Forms（连续窗体）”命令，可在表格形式的窗体中浏览多个记录，单击菜单栏中的“View（视图）”Switch Views（切换视图）可在不同浏览方式之间切换。图3-523.8.1.2 名称检索名称检索与分子式检索类似，在“MolName”文本框中输入“benz”单击“Search”即可得到。3.8.2 子结构检索单击菜单栏中的“Search（检索）”“Enter Query（输入检索）”命令，弹出检索

40、窗体，在结构框中双击，即出现ChemDraw工具栏，以苯环为例，在结构框中绘制出苯环，设置好检索的相关选项，单击“Search”。图3-53图3-543.8.3 反应检索打开数据库，具体操作如下，在“Samples（模板）”列表中选择“ISICCR”，则ISICCR数据库即在ChemFinder。设计总结图3-55单击菜单栏中的“Search（检索）”“Enter Query（输入检索）”命令，弹出检索窗体，输入相关条件即可完成检索。图3-56按反应物检索与反应检索类似，在这里不详细介绍。4 设计总结本次设计主要是针对ChemOffice在分子结构绘制与多媒体制作中的应用研究与实践。通过查相关资料并结合自己对于软件的摸索，对于软件的的基本应用有了一定程度的了解。通过本次设计，使我对于ChemOffice在化工中的应用有了深刻的了解，特别是在绘制分子结构以及预测分子性质方面。虽然初步完成了设计工作，但是在设计过程中依然存在着一些问题未能得到圆满的解决。由于本次设计的内容是在目前相对来说已经相当成熟，所以在设计过程中并没有遇到很大的问题。由于在对软件的娴熟程度上还有所欠缺，所以绘制分子结构的准确性存在一定的问题。总的来说，个人认