南师大数科院重点实验室集群使用手册应用

1、南师大数科院省重点实验室集群使用手册V1.0)1. 集群的各项配置信息1.1硬件配置集群共有108个计算节点，4台登陆管理节点，2台I/O节点，1台胖节点，1 台 GPU 节点组成。根据具体情况，会开启部分或全部节点供计算使用。108个计算节点配置如下：a) CPU:2* Intel Xeon 6C X5650 2.66GHzb) Memory: 12* 4GB DDR3 LP RDIMMc) Hard Disk: 1* 2.5in SFF Slim-HS 10K 6Gbps 300GB SAS 10K胖节点配置如下：a)CPU: b )Memory: c)Hard Disk:4* Intel

2、 Xeon 8C E7-4820 2.0GHz64*8GB DDR3 LP RDIMM4* 2.5in SFF Slim-HS 10K 6Gbps 300GB SAS 10K 1.2 软件配置集群域名： 集群登录 IP：33操作系统： Red Hat Enterprise Linux 5.7编译器 ： Intel C+ Linux 2011.7.256， Intel Fortran Linux2011.7.256数学库： Intel Math Kernel Library 11.0MPI 实现： MVAPI2集群管理软件：君富 EasyCluster 高性能计算集群管理

3、软件 V1.6已安装的科学软件： vasp 4.6 2. 使用指南2.1 如何登录集群？两种方法可以访问集群：(1) 使用 ssh client ，如 ssh secure shell client ，启动后连接集群即可，第 1 页 共 13 页如下图所示:Ole Edt yjsw 匹indciw yelpIB aa圖単p錢jQ %够擀彳 Wl Quick 匚onnect Profiles翱H SecHES heil 3*29 (Build 263)Copyrigtit (c) 2000-2003 33H Comiaunications Security Corp - tittp: /uini

4、r. ash. com/Thia ccipy of SSH Secure Shell is a non-conuaercial version. Thi3 versionConnect tP ReMoteHostHolt Hut；Uitr Nw；202. lie. 111. IDOEort应uthenticatifln|uisr02|Elrofile SetUlt5CflMlMtjlCmctl IHot conntcted - prtii Entar or Sptct to (2)使用 EasyCluster打开IE 浏览器，输入URL :htt P： /33/easy

5、cluster,出现如下界面:共13页厂邑S艷畝iti?弁H宣理Ufl Tlx S FindDVff IntcEne ExploEe-r二 P二冏-n * F卫味面吧 5 x* QD ?迎来劃玄&科MH目响正旺运钉由旺村 T -t- fc至目丽JeR夹罰了朗4个任务 *期4目方S長長皐奎t rtiLifwJ Siii （ rtichen）有甘見店目灯郭|欧鼠第 12 页 共 13 页M 吕琲,直士衣吒无菲申 iStlkTS1v-riiidcve6iLi仃V花.玛口I纟小J1览甜餌用戸苗壬比址下S，丈55- Ag6_6C:?pvr :：i m仃! ?QQ? hJ.Jiii HJ :i TlFGr

6、r：jL- Corp. Al RiqtiL：; PjL-:;rhd注:(1)首次使用EasyCluster，请按照上述界面提示，下载插件并安装,否则将无法正常浏览EasyCluster。单机界面中黄颜色的“此处”超级链接，即可下载插件（使用IE的 windows 用户和使用firefox的Linux用户，请根据界面提示下载对应的插件包），下载完成后双击即可开始安装。EasyCluster的帐户系统和服务器（指安装 EasyCluster 服务器端程序的服务器）操作系统的帐户是一致的。换句话说，用户只需要使用一套用户名和口令就可以登录EasyCluster 和服务器的Linux/UNIX 操作系

7、统。插件安装完成后，输入帐号和密码，进入EasyCluster系统主界面，如下图所示:I ais.iC 岀 i ffB i宙刃W范如悝!1=计H玉薛i its主功能导航厂子功能 导航段百正S执厅的辭？超!童1于毛,址滙曰期设右枉何ima?冋?呼IT删T Biff写一幷FatcATjaam康吗页a提交as任世帀as谨Si）爭 Q讪師a技料顶更虫持必5宜3本恒E那tfcS =ibU善iin户耳买姓屯：未SS门：E亜任4am单任务a栓B!：铀 niatri.q可卑臥列：maOb.q Ma嚅 q輙右XL腔方*搖（时己Effi直E:IMO.OnOD己悽用点ffi:4J503呵用直E :9K.2igT2.

8、2如何退出登录? 使用方法然后关闭ssh clie nt 软件即可。将清除用户的登录信1、退出系统链接。通过单击该超链接，EasyCluster息，回到登录界面，从而安全的退出EasyCluster系统。在此，我们强烈推荐用户每次退出系统都通过这种方式进行，而不是直接将浏览器关闭。2、主功能导航。此处是EasyCluster全部功能的清单，从图上可以看出,EasyCluster的功能模块主要有提交任务、任务管理、消息管理、待办事宜、记帐信息、控制面板。1，即ssh client登录集群的用户，请输入命令“exit ”退出登录。使用方法2，即EasyCluster的用户，请单击主界面中的“退出”

9、超链接退出登录，然后关闭浏览器即可。2.3如何上传/下载文件?使用ssh client登录上集群之后，使用sftp功能即可上传下载文件。sftp是基于SSH的FTP实现，传输安全稳定。以上述 ssh secure shell client软件为例，登录进入集群之后，单击下图 1中所示的工具栏按钮，即可打开 SFTP的界面（如下图2）：9 2U2. I Jl. 111. lUU - default - SSU Srcuie JhEll国 |f7Ete Ed（t览0料翌的如 bJat）B刍a 釧电冃戸料ZjQ專应k?/1 Qutt Comect PnofilKLarc ioffin： Itiu U

10、 X0;0: 09 2009 uneuDEEhfiC |J aaa eJ9”山十单击这个按钮即可打开SFTP2:192JtSr&.25J - Eric/pricvm - Sire FiteTranpfer鉀举髯旳vn 凹iMh 戦鼻臥 ElQ电！炉叵1七E住S jff衢摩x57U快理S式2m7-IM-30 2Z3L：2OMySqL 5$Hn Irxf htonftiH2,X快强”式zmz-Dti-zi 血（n：s孕 5ahA 砂 hKMcfi.-+3快JIH式2IM7-IM-O6 lc33：iaIVflrtfia-b-efLJ+3快J1S式2IM7-CH- 1ML：Z2QyajltinstBf

11、crBUI快J1S式2IM7-IH-M 1C53：3E+ML,45flISfflfl 式2IM7-C+L3 HkLJfU|AwtTranpfci- j jC I SXJH FitSOLTCtCWKtlKVDestnabOTiDwectDTVSue S加応SpeedTme在SFTP的界面中，左侧是本地硬盘的文件浏览界面，右侧是远程服务器上 的文件浏览界面，使用“拖拽”的方法即可完成文件的上传和下载。即将文件或 文件夹从左侧拖拽到右侧，即可完成文件的上传；将文件从右侧拖拽到左侧, 可完成文件的下载。2.4如何提交一个普通计算任务？使用EasyCluster提交计算任务。EasyCluster带有一

12、个任务调度系统, 在EasyCluster中提交的任务，将根据任务的要求和相应的配置情况，被放入 任务排队队列。同时，EasyCluster会根据集群目前的负载情况，自动挑选出 满足任务条件的计算节点，将任务放到这些节点中运行。(1)提交一个普通的计算任务，在 EasyCluster左方的主功能导航中，单击【提交任务】，出现如下界面：雨亟丸学SI空幅计UK群I II肉爲I亜凹田将单01 f SUP 0塞1151对式1曲再商； I一 as任务时列一*|诵an-R因 一 V康蜿页口 虹1任Ea帀倉它理11破钢：待办$11皐 iStHnfl 11整类31：控时面颈1ahsttj?：1工菲目裂；H1岭

13、出目录：出 va*11?；IEH2K再、GajisianOl 1Wjiflftf PE JFFluent1jS&R：高缰耳项将这种任务提交表单填写完成,即可提交一个任务,该表单中各字段的含义和填写方法如下:填写项必须填写描述及操作任务名称VI用来标识任务的文字，建议不要超过8个字符。任务名称的第一个字符不能是数字，且任务名称中不能包含空格。任务类型VI选择是串行任务还是单机并行任务还是多机并行任务。串行：任务只有一个进程和线程做计算，只会只用一个CPU核；单机并行：在一个节点上采用多线程做并行计算，进程数项目的“最小”、“最大”栏目填写的数字均不得超过一个计算节点上的CPU核总数，否则任务会一

14、直处于等待状态。多机并行：多进程方式做并行计算， 特指基于MPI的分布式 多进程并行方式。如果选择并行任务，则后续的并行环境将成为必填项。执行程序71单击该项的【浏览】按钮将打开对话框供用户选定本次任 务的可执行程序。工作目录JI单击该项的【浏览】按钮将打开对话框供用户选定本次任 务的应用程序数据文件所在的子目录。输出目录71规定任务的输出信息文件存放的路径。单击该项中【浏览】按钮可弹出对话框供用户选择输出目录。EasyCluster会将任务的“写屏”信息重定向一个输出文件中，该项配置即指定 EasyCluster将该输出文件放置到哪个目录下。任务队列VI选择本次任务所使用的任务队列。任务队列

15、是指用户的任务在哪个队列里排队、运行。队列是用户授权和计算资源的集 合体，队列里定义了属于队列的节点机、用户组、并行环境、附属队列以及其它的属性。并行环境(PE)屮併)本项只对并行任务有效。并行环境中定义了MPICH并行软件的操作命令行、包含的节点列表等信息。此项配置将在 EasyCluster安装过程中配置完毕，用户无需关心。集群默认 的并行环境是mva pi2。进程数/ 併)本项只对并行任务有效。指本次并行任务需要多少进程进行 计算，必须填写数字。EasyCluster将自动查找满足任务条件的节点并启动程序，如果没有满足任务条件的节点存在，任 务将被挂起并排队。“最小” 一栏必须填，“最大

16、”一栏不填 写的话将默认使用预设的该用户的单任务最大进程数。合并输出EasyCluster任务调度模块在任务运行过程中或结束后会生成该任务的输出文件。输出文件共有四个，格式如下:.ovjobn ame.evjobn ame .po .p e其中.o和.e两个文件中存放的是任务本身的标准输出信息和标准出错信息；.po和.pe两个文件中存放的是EasyCluster任务调度模块本身的一些调试信息。如果将本项设置选中，表示将.o和.e文件合并，将.po和.pe文件合并，也就是说，输出变成两个文件， 不再是四个文件,这样方便阅读。邮件提醒选中“ Email地址”左方的复选框表示该任务需要打开邮件提醒功

17、能。在此情况下，Email地址将成为必填项。您还可以选择需要在什么情况下发出提醒，这可以通过勾选下方的“任务启动”、“任务完成”、“任务挂起”和“任务恢复”四个复选框来完成。未选中“ Email地址”左方的复选框表示该项任务不需要邮件提醒功能，此时，Email地址、任务启动、任务完成、任务挂起、任务恢复这几项界面元素的填写内容将被忽略。启动时间单击该项中的【浏览 】按钮可弹出日期时间选择对话框。此处供用户选择本次任务的预约启动时间。当预约启动时间达到时，EasyCluster将任务排入任务队列，如此时集群有满足任务条件的计算节点存在时，任务将启动，否则将继续排队。该项不填表示立即将任务排入任务

18、队列。命令行选本项目前只对并行任务有效。运行并行程序通常都需要一些第三方的软件的支持，如 MPICH、LAM等。本项内容指的是传递给启动并行程序脚本的参数，如传递给mpirun命令的参数。注意不要和“程序参数”一项混淆。程序参数指的是传递给执行程序的参数（用户选定的执行程序）。程序参数传递给执行程序的参数，如执行程序的输入数据文件。2.5如何查看正在执行的任务?单击EasyCluster功能菜单【任务管理】-【查询未完成任务】即可查询到正在执行的任务。在输出信息中，任务状态一栏若为“qw”表示任务正在排队；若为“ t”或“ r”状态表示任务已经开始运行。同时在这些信息中，可以查看到EasyCl

19、uster将任务放置到了哪个/哪些节点上执行。2.6如何修改我的登录密码?单击EasyCluster主功能菜单【控制面板】的子模块【修改登陆密码】，出 现如下界面:输入两次新密码即可完成密码的修改。注：EasyCluster的帐户系统和使用ssh client登录系统的帐户是一套系统，也就是说，在EasyCluster中修改了密码之后，下次登录，无论使用sshI ffi車兮：4吊Iclient还是EasyCluster，都必须使用修改后的密码方可登录。南甌愛逅主爭础11计虹痢*1 III型出F律叨II岳码；m认SS；H Sis* 页 口 113任务诵a垢机峦玛EmwCkJ日日rfflifcpr

20、au巩J程帏尸=1丑至花.址兀里删湮匚成陆后也谊桂用！（斤S辺fi量Lins系壻.Si/CJuiferterVEiJ?馳用户倍息a 鰹jtassEa使用命令行修改密码的步骤为:$ Passwd第9页 共13页$ mypass后面的 mypass 是同步帐户的2.7 如何编译一个串行程序？使用集群上的 Intel 编译器可以编译一个程序。如编译一个 C 程序，使用命令行：icc -o 如编译一个 C+ 程序，使用命令行：icpc -o 使用命令行：ifort -o 2.8 如何编译一个并行程序？如编译一个C 并行程序，使用命令行：第 18 页 共 13 页mpicc -o 如编译一个C+ 并行程

21、序，使用命令行：Mpicxx -o 如编译一个Fortran 程序（ 77 或 90 均可），使用命令行：mpif90 -o 2.9 如何提交 Matlab 任务？数据准备启动 ssh/sftp 客户端软件并登录，将 *.m 文件上传至一个任务目录里。2 hpc.njnu - Xftp 4 (Free for Home/Schoci)JMew FolderHie Edit View Commands Tools Window HelpStmtusProgress SizePropertiesriiCreated a new. empty folder.29 objt(3)345.02MBH 1

22、 -二sh 1 1 1L 1Corr e r:pic話11 thpc.njnu xED LT些罔ED 丄 /h&rn/use4)01直苣1 -NameSize TypeNameSize TypeModiffed 二I_ 1 -1 - -&-匚 matlabjohjpg67KE JPEG 到it.config宜険3fll2/E/27, Li1. .ea&ycluter立夹2012/B/30, 2.gconf2G12/E/31, 91 .geon 阳卜 CL2/B/31, 91 .gnome-de&ktopArrange Imhj by卜 CL2/B/23, L.gnom已2.9nDme2_pri

23、；ate-Select 如 1t)L2/E/27, Ltol2/B/27, L,.TntaNShieHRefreshL2/E/23, L .(frkP菲怕Cfrl-yq FS 2富T煜nT曰玉I LogsReceire-C 屈 _* Run - 11pics X1 國 lEH-r；1 hpcnjnu 二匚! 1 /home/uierOOl/ca&es/matlabConnrrt1 c-b 也 1in丄.p花&NamesizeType 上NameSizeTypeM-odjfiedL., JI文11夬J - 昆 matlabjobjpg67KBJPEG 蚩jnC.m1KBM妬20I2/?/7. g

24、；w匚jiiTik 日iqpg1曲KBJPEG a，|,1 JunL.mIKeM文件2012/7. 9:19IfunO.mtKBM知* rfun.miKeIwl文件2QI12/5/7. 9:14L J-funl.mIKBM文It ； fun.miKeM文怦2012/7. g；19.(un2rmLKBM却,fuR4.mIKEM袁件2012/7, 9:L9fun3-mIKEM知4,:Jun5.mIKeM文件ZDIJ/?/?. 3:19jfun4_m1KB制文忡一.-fun.mIKBM卤t11Transtera Log?NameStatusP fogrestSheLocal Rath一1提交Matlab 任务有两种方式可以提交matlab 任务(1)通过Easycluster 界面提交任务首先登录进入Easycluster的普通用户界面,点击提交任务，在右边的提交任务框内填写必要的项目。任务名称：要求最多8个西文字母或数字，且首字符必须是字母。基本信息maobf捞类型:扭行程瘙:工作目录:辂岀目录:忌串行 厂单机（SMP笄行 參机（分布式）并行pm国fus r/l ocal/Tvl aitlab2l 10 a/bin/m atlab/horn e/us e rtJ01 /casesitiom e/Us e rO01 /case smatlab.q#行环愦（PE）:谨程数：最小:昂大: