酶切位点识别序列

1、酶切位点(Restriction Enzyme cutting site ) : DNAh一段碱基的特定序列,限制性内切酶能够识别出这个序列并在此将DNAff列切成两段可能存在同尾酶，不同酶的识别序列不同，有的可能能识别多个酶切位点比如STY1识别序列有WWPCR引物设计时酶切位点的保护碱基表不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求（在本表中没有列出的酶，则通常需在识别位点两端至少加上6个保护碱基，以确保酶切反应的进行。）保护碱基：当酶切位点在双链 DNA的尾端时，限制性内切酶经常不能成功切断 （简单的想象为酶遇到识别位点之后从旁边掉下去了 =_=|）所以经常在引物设计 时，在末端的限制

2、性内切酶识别位点之后再加上 2、3个碱基以确保成功酶切。比如你的引物是 5 ' GCTAGCNNINNN3' 可以改成5 'CAGGCTAGCNNNNN3'呃CAG 是我随便加的，你可以考虑一下CG/AT含量酶寡核甘酸序列链 长切割率%2 hr20 hrGGTCGAC800Acc ICG9TCGAC31000CCGTCGACGG1200CACATGT800Afl IIICCACATGTG10>90>90CCACATGTGG12>90>90GGCGCGCC8>90>90Asc IAGGCGCGCC10>90>90口G

3、GCGCGCC12>90>90CCCCGGG850>90Ava ICCCCCGGG10>90>90TCCCCCGGGA12>90>90BamH ICGGATCC81025CG9GATCC310>90>90LJCGGGATCGCG12>90>90CAGATCCT800Bgl IIGAAGATCTC1075>90GGAGAICIICC1225>90GGCGCGC800BssH IIAG3CGCGXT1000TTG3CGCGAA1250>90BstE IIGGGT(A/T)ACC9010AACTGCAGAAAATGC

4、ATTGG2200BstX IAAAACTGCAGAATGCATTGG242550CTGCAGCCAATGCATTGGCAT2725 1>90CATCGAT800GATCGAT800Cla ICCATCGATG10>90>90CCATCGATGG125050AAATTC8>90>90EcoR ICGAATTCG10>90>9012>90>90CCGMATTCGGGG9GCCC8>90>90Hae IIIAGGGCGCT10>90>90TTGGGCGCAA12>90>90Hind II ICAAGCTG80

5、0CCMGCTGG1000121075CCCMGCTGGGGGGTACC800Kpn IGGTACCC10>90>90CGGGTACCCG12>90>90Mlu IGACGCGTC(ACGC(C1G8100/0。Nco ICCCATGGCATGCATGGXTG81405005CCATATG800CCATATGG1000Nde ICGCATATGCGGGGTTCATATAAACCC12180000GGAATTCATATGAATTCC2075>90GGGAATCATATGAATTCCC2275>90GGCTAGC800Nhe ICG3CTAGC3101025CT

6、A9CTAGKAG121050口GCGGCCGC1200All GCGGCCGICA161010Not IAAATAGCGGCCGTAAA201010ATAAGAATCGGCCGAACTAT242590AAGGAAAAAAGGCCGAAGGAAAA2825>90Nsi ITGCATGCATCACCATGCATGGTTCTGCAGTT122210>90TTAATTAA800Pac IGTTAATTAA10025CCTTAATTAAG120>90GUTAAAC800Pme IGGTTTAAAC10025G(GIIIAAACC12050AGCIIGIIIAAAC3CGCGCCGG2

7、475>90GCTGCAG800Pst ITGCATGCATGCA141010AACTGCAAACCAATGCATTGG22>90>90AAA/CTGCAGDAATGCATTGGAA24>90>90CTGCAGXCCAATGCATTGGATGCAT2600CCGATCG800Pvu IATCGATCGT101025TCGGATCC33A12010Sac ICGAGCTCG81010GCCGCGG800Sac II1250>90TCCCGCGGAGTCGAGTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC2800Sal IGGGTCGAGTCTTGGCCATAGCG

8、GCCGCGG301050ACGGTCGAGTCGGCCATAGCGGCCGCGGAA321075GAGTAOCT81025Sca IAAAAGTACTTT127575CCCGGG6010CCCCGGG8010Sma I101050CCCCGGIS12>90>90TCCCCGGISAGACTAGT810>90Spe IG(ACTAGCTC1010>90CGGCTAGCCG12050CTAACTAGCTAG14050GGCATGC800Sph ICATGCATGCTG12025ACAGCATGCrGT141050AAGGCCTT8>90>90Stu IGAAGGCdC10>90>90AAAAGGCCTTT12>90>90CPCTAGA800Xba I10>90>90G(TACTAGAC1275>90TGCTCTAGACACTAGaCTAGATAG1475>90CCTCGAG800Xho IC0TCGAGG101025ccgatcgaggg121075CCCCGGG800C(CCCG(GG102575Xma ICCCCCGGGG1250>90TCCCCCGGGGA14>90>90注释1.如果要加在序列的5'端