Gauss计算步骤

1、1）Chemdraw画出相应结构式，注意芳香性分子的结构应用“表示，分子结构完成之后与正常情况下画出分子相比较，看看有没有Chemical Forniula: C17HeNO4缺少C或者H原子。Chemical Formula: 5沖訓02）确认结构无误后，将芳香性分子粘贴到Chem3D Ultra 8.0中（ChemBio3D Ultra 12.0中无MOPAC且粘贴后分子容易出错）3）点击 MOPAC minimize energyJot Ttpe I Tktcry | Fr些廿佻|Winimi re EnergjrDispl*y Every Iteratio 厂* ReeorA. Eve

2、ry It*riti.on 莎 C opy M easuremenle t o MeToL Type | Theory电Fti 电M CenerfiL |Frcperti?of FormitioziGrtdi ent Nortr.J 匚口岂nw 5olvt i on in V ate ELe ctjo srtat 1 c P p tifiikt j.el Nalacular SurfacesSp1n DensityHyp er£1 nc Coupling Cons.Charges NiiLliken 二|4）点击run之后，得到半经验计算构象5）点击 Gaussian create

3、in put fileJ&b TypeJobTtiaoryPit op er Li esiMlLnimiLe EnergyR Di sjlay Every IterationRecord Ivery Iteration層 Copy MeEnreipexits to Messages仔 Do IJot Calculate Force Constan 厂 Calculate Iidti 门 Forc Const a广 Calculate Force Const ants It Each I! Use Ti ght CQcivrergeiic CriJob Type Thcry Pit op

4、 er ti es I Gezi 皀 iralL此处计算的是自由基负离子所以只能选择open shel, unrestricted openshell表示分别计算a和B电子，自由基阴离子net=-1, spin为2,自旋多重度=2S+1,即单电子数目加16）点击create之后弹出保存按钮对话框，保存成.gjf文件7）启动GaussView5.0,打开刚才保存的.gjf文件8) calculat» Gaussia n calculati on setupTitle.AQTm i lie-r adLi c al aai oilJet TypeMtthedJillcGitssNBCSlv

5、utionMa Inp-1 ?Ch ajrg：a/ll!ul tCalculite F<>r:e ConEt：3ntE lever/ Vst! IigLt coiiveurgetL匚e criler aIT" Qit 41 i此处选择 optimization，收敛标准选择 use tight convergenee criteriaTi tl« ；AQlaider ad.i cal uti «nKcjrw?r-is：# df t.<I-uib31 j-p/B誘I*曙佃#mm：skF 1OC1B»<<bim«Ctf

6、i-yChurailt. :-1 2Joti TypeNeth®dLink dGfimaralGuqhe:PRCSdv-fii.t i ：onkdll. Inp. DFT ”，|T UiresirjGUjEJLYT|Bms S&t:< +< d |V . ? 討)CKsre* H Sjin' Dublst | »Method选择基态；charge=-1, spin=2;选择极化函数+弥散函数Title；CIlhj g.«/Mill-Jot TypeGMrsalHEOFBCAdd- In >TitlaAQUbI deT*di cal

7、 uii ail*>) lincyitm itftTfli 1DGR .Pii iri t y-1 2Joi Title：AQ7 m; d*r udi r *1 tn i “Job title用于给文件命名CR-ar-ga/Nul t. "1 2*Job TyptM«<hvd7z a«Wemery Limit：tik®OLnt File："Jud1% Wrk*ri_Full FatliGummevaliuikAll lupAQ'Int i le i uti l ti ul tt-ini on# opt=<i sJii-

8、 ul>3Zyp/63P J go三 jmcue J.1 sltFlOCrR £；E'i>Hi=c*iui.e>di,inL <yLi J 0Qan'tTSeeify.-4Dim' t zaveSLai e 1 Pi oc.«s3ur .Dei;； I Se此处memory limit用于指定计算所占内存大小，高斯使用默认的内存48M , 1MW=8 MB ; shared processors用于指定多核处理器，本实验室计算工作站可以选择4,高斯默认为1.一般进行结构优化以及频率计算的时候不保存chkpoint file文件

9、，等单点能以及激发态计算的时候才保存chkpoint file文件Ti tl*：AQImi d#"r adi cal mi onKeywords :# opt=ti ight ub31ypj/£宕（ p） nosymn najcdLi s.k= 1 0GBChiirce/Niilt- : T 2JoL TypeMethodTitleLink 0GeaeraL（jusseHBOPl 'JSolvati onAddL Xnp.| ? Use Qudt i c ally CaiirVrgent SCF1 iu-ui i-dh-ii miiiiaai>» !

10、« u-iiiiii-u &L Use Modi £i ed RedLuxidaikt Coordinate|V Ignore Symmetry| Use CmM斥口| | Write Gaussian Fragment Data|V Use HaxDi sk= 110GB匚IL_AdrditiPrintWrite CoimectivityCompute polar iz&biliWrite FDB D血般ignore symmetry,即忽略分子对称性，因为有时计算结果分子对称性会发生变化；Use Maxdisk用于指定计算所用硬盘大小，默认2G，一般都设

11、置的比较大一点，要不然计算可能出错，我一般用10G或者20G.再后面的Guess（初始猜测）、NBO （成键轨道分析）和Solvation（溶剂化）不用管。9）参数设置完成，在检查一遍无错误后，点击edit f save即保存Gaussia n optimizati on 的 in put 文件，文件类型 Gaussia n in put file。10）点击save会弹出一个写字板文件信息，上面分别记载了计算的一 些设置以及原子坐标信息11）关闭写字板文件，会弹出一个提交Gaussian计算的对话框，点击 can cel。12）启动Gaussia n 09打开刚才保存的 Gaussia n

12、in put file文件，再次 确认计算指令信息无误后点击软件右上角的 run按钮，即可进入计算 程序进行构象优化。13）计算结束，得到高斯计算结果 Gaussian Output File,构象优化是计算最耗时部分，一般大于10个小时。14）打开Gaussview,打开构象优化得到的 Gaussian Output File文件， calculate Gaussia n calculation setup进行下一步频率计算的参数设置。Ti tie；AQInical :on-frieuency< freq iib31y>/631<-cnosywR KiLxdislFlOGB

13、Charge/Mult :-1 2Job Typ«j| Titl. | Link Q | GHural | Guass | BBQSolvation hdd. Inp.Covputa R«n&n Di fault 卜Cowpute VCDConjiute ROANoRed Iricident Li曲t Freas Defaolt 3 i'11 ag. d£ f*ull matrixSelect NormalModes；JLtofhE .Sp«ci £y AxihanioiiLic Dtodss;ComputE proj ecte

14、d frequenci esJob type选择frequency,其他选择默认不进行改动，注意频率计算必 须和构象优化使用同一基组，要不然频率计算将失去意义。15）同构象优化一样，参数设置完毕，点击edit,保存文件为Gaussian in put file，按照构象优化相同程序进入频率计算。16）频率计算结束后，输出文件是Gaussian Output File打开Gaussview,打开频率计算得到的Gaussian Output File文件，点击Results叵 S3vibration，弹出如下对话框，检查有无虚频:M«de #PmInfr =cr & dL36.12.迂5&.41O.O&ZT3SO. 490.09844ST,ITQ.7K35127.490.1T30IL131.3Z0.0001T148.0117.943661T3H00,00359203-330.03110214.6T(LOME宦|- Display VibrationsSc tl«：Sc LLaAniniate Vibration：arL AnL(nitionLnimati on ?reqmeiicy7