SWISS-MODEL蛋白质结构预测教程

1、SWISS-MODEL 蛋白质结构预测SWISS-MODEL是一项预测蛋白质三级结构的服务，它利用同源建模的方法实现对一段未知序列的三级结构的预测。该服务创建于1993年，开创了自动建模的先河，并且它是讫今为止应用最广泛的免费服务之一。同源建模法预测蛋白质三级结构一般由四步完成：1. 从待测蛋白质序列出发，搜索蛋白质结构数据库（如 PDB,SWISS-PROT 等），得到许多相似序列（同源序列），选定其中一个（或几个）作为待测蛋白质序列的模板；2. 待测蛋白质序列与选定的模板进行再次比对，插入各种可能的空位使两者的保守位置尽量对齐；3. 建模：调整待测蛋白序列中主链各个原子的位置，产生与模板相

2、同或相似的空间结构一一待测蛋白质空间结构模型；4. 利用能量最小化原理，使待测蛋白质侧链基团处于能量最小的位置。最后提供给用户的是经过如上四步（或重复其中某几步）后得到的蛋白质三级结构。SWISS-MODEL工作模式SWISS-MODEL服务器是以用户输入信息的最小化为目的设计的，即在最简单的情况下，用户仅提供一条目标蛋白的氨基酸序列。由于比较建模程序可以具有不同的复杂性，用户输入一些额外信息对建模程序的运行有时是有必要的，比如，选择不同的模板或者调整目标模板序列比对。该服务主要有以下三种方式：* First Approach mode（简捷模式）：这种模式提供一个简捷的用户介面：用户只需要输

3、入一条氨基酸序列，服务器就会自动选择合适的模板。或者，用户也可以自己指定模板 （最多5条），这些模板可以来自 ExPDB模板数据库（也可以是用户选择的含坐标参数的模板文件）。如果一条模板与提交的目标序列相似度大于25%，建模程序就会自动开始运行。但是，模板的可靠性会随着模板与目标序列之间的相似度的降低而降低，如果相似度不到 50%往往就需要用手工来调整序列比对。这种模式只能进行大于25个残基的单链蛋白三维结构预测。 Alig nme nt In terface（比对界面）：这种模式要求用户提供两条已经比对好的序列，并指定哪一条是目标序列，哪一条是模板序列（模板序列应该对应于 ExPDB模板数据

4、库中一条已经知道其空间结构的蛋白序列）。服务器会依据用户提供的信息进行建模预测。 Project mode（工程模式）：手工操作建模过程：该模式需要用户首先构建一个DeepView工程文件，这个工程文件包括模板的结构信息和目标序列与模板序列间的比对信息。这种模式让用户可以控制许多参数，例如：模板的选择，比对中的缺口位置等。此外，这个模式也可以用于“first approach mode简捷模式"输出结果的进一步加工完善。此外，SWISS-MODEL 还具有其他两种内容上的模式：* Oligomer modeling（寡聚蛋白建模）:对于具有四级结构的目标蛋白,SWISS-MODEL提

5、供多聚模板的模式，用于多单体的蛋白质建模。这一模式弥补了简捷模式中只能提交单个目标序列，不能同时预测两条及以上目标序列的蛋白三维结构的不足。 GPCR mode（G 蛋白偶联受体模式）：是专门对7次跨膜G蛋白偶联受体的结构预测。First Approach mode（简捷模式）的使用在SWISS-MODEL 主页中进行如下操作MENUModeling requests:SwIssModol First Approach ModePG35B *i|i tticse r elds： GPUR nwcleYour Ermsiil address；Yaur Name :intractr/e took.

6、kequ 5t crtle :corract!)Will be added ta the r&sult hsdtr.4 Sal far VlCrtifl g ：i；d marnpuhtinfl prot?m itructuri and modek r L.gkup1 th4 ExPDB template cedes occcssible to SWISS P10O£Lh Search (fie template sequences acoeitble to SWISSMODEL. Esmplef uing MQDfL snd the Sn&f- PdbVitwer.输

7、入电子邮件地址(必须正确)PtDvide m sequence or a SWiSS-PROI AC code：HELP V.5U-2li5.ng jD mo de Is.Rehabilfcy of mod血Ho忡乞MHSW-MODEL irtmrkGt How froModll workSi此处输入待测序列(单字母氨基酸序列)w IMOTES: A smSS-PROT AC code looks fikettiis： PO44D6Sequencer cgn be provided in either F<AWj $WIS5-PRO7t FASJA or GCG form At选择所需域

8、值Options:* Define the iower BLAST P(N) limit for template selection:0. 00001ower BLAST limit?)选择比对灵敏度» Define the ten request:0.00000000010.OOOOOOD10.000001o.uooo山 0001Nish tn use for thisIn some cases you mav wh to define a set of template structures to be used for a modellinc attempt. As an e

9、xanplej modelling a serpin (Senns eterae inhibitor similar to the plasminoqeti activator inhibit on antithrombin III, etc) v/ill generally fail, since these proteins have two distinct structure5 in the database;1. the activated Form of mil trua ssrpins2. the precursor form found in the corpin-onoiog

10、uc Ovolburriiri.It 冷 thunto chose the UQirect t亡mplBt自(自)you w诂h to 匕日京亡 丫口口广这里小数点后零的位数越多，在蛋白库中搜索时得到的结果与提交序列的同源性就越高。示：SWISS-MODEL 服务器的所有结果都将通过邮件的形式反馈用户，反馈结果的形式由用户自己选择，如图所SWISS-MODEL 服务器可以反馈给用户以下结果选项,spdbv模式、普通模式和简短模式。这里，建议使用SWISS-MODEL 默认的spdbv模式，这种模式可以用 Swiss-PDBViewer 程序打开，可以根据需要对结果进行多种 操作。 Result

11、s options: (The SWISS-MODEL server will return q results via Email)点 Swiss- PdbViewer modewill return the Rnal model and the tempSate(s) as a Swiss- PdbVIewer project file and a log file trad ng all act So ns taken by the server广 Mormal modeincludes the final model coordinates file In PDB format and a log file tracing all actions taken by the server广 Short modewill return only the final model co-ordinates file厂 Send the results as plain ASCII mail instead oF email attachment. O厂 Include a Wh自tChmck总do" o