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文档简介
1、Computer School, NUDT. Spring, 20131 Computer School, NUDT. Spring, 201322.1大规模并行集群l计算机集群(computer cluster)由相互联系的个体计算机聚集组成,这些计算机之间相互联系并且共同工作l对于用户来说,计算机集群如同一个独立完整的计算资源池。l集群化实现作业级的大规模并行,并通过独立操作实现高可用性。l计算机集群和大规模并行处理器(MPP)的优点包括可扩展性能、高可用性、容错、模块化增长和使用商用组件。 Computer School, NUDT. Spring, 20134计算机集群的设计宗旨:l可
2、扩展性:计算机集群化是基于模块化增长的概念. 将几百个单处理器节点的集群扩展为10 000个多核节点的超级集群。这一些因素限制: 如多核心芯片技术、集群拓扑结构、封装方式、电力消耗和冷控制技术应用。 l封装:集群节点可以被封装成紧凑或者松散的形式。封装直接影响通信线路的长度,需要选择合适的互连技术。紧凑集群通常利用专有的高带宽、低延迟的通信网络,而松散集群节点一般由标准的局域网或广域网连接。 Computer School, NUDT. Spring, 20135l控制:集群能够以集中或分散的形式被控制或管理。紧凑集群通常集中控制,而松散集群可以采取另一种方式。在集中式集群中,中心管理者拥有、
3、控制、管理和操作所有节点。在分散式集群中,节点有各自的拥有者。它同样需要进程调度、负载迁移、检查点、记账和其他类似任务的特殊技术。 l同构性:同构集群采用来自相同平台的节点,即节点具有相同处理器体系结构和相同操作系统。异构集群使用来自不同平台的节点。互操作性是异构集群的一个非常重要的问题。在同构集群中,二进制进程镜像可以迁移到另一个节点并能够继续执行。这在异构集群中是不允许的,因为当进程迁移到不同平台的节点上时,二进制代码不继续执行。 Computer School, NUDT. Spring, 20136l安全性:集群内通信可以是开放的或封闭的。开放集群外界机器可采用标准协议(如TCP/IP
4、)访问通信路径,从而访问单独节点。有几个缺点:集群内通信变得不安全; 外界通信可能以不可预测的形式干扰集群内通信; 准通信协议往往具有巨大的开销。在封闭集群中,集群内通信与外界相隔离,目前还没有高效、封闭的集群内通信标准。 l专用集群和企业集群:专用集群由相同类型的计算机节点同构配置,被用于代替传统的大型机或超级计算机,极大地提高了吞吐量,并且减少了响应时间。企业集群主要利用节点的闲置资源,每个节点通常是一个完整的SMP、工作站或PC及其所有必要的外部设备。通常是由异构计算机节点配置的。Computer School, NUDT. Spring, 20137基础集群设计问题:l可扩展性能:资源
5、扩展(集群节点、内存容量、I/O带宽等)使性能成比例增长 l单系统镜像(SSI):集群是一个单一独立的系统。 l可用性支持:集群能够利用处理器、内存、磁盘、I/O设备、网络和操作系统镜像的大量冗余提供低成本、高可用性的性能。 l集群作业管理:实现高系统利用率,作业管理软件需要提供批量、负载均衡和并行处理等功能。 Computer School, NUDT. Spring, 20138l节点间通信:集群由于具有更高的节点复杂度,故不能被封装得如MPP节点一样的简洁。集群内节点之间的物理网线长度比MPP长。 l容错和恢复:机器集群能够消除所有的单点失效。集群能在一定程度上容忍出错的情况。故障节点上
6、运行的关键作业可以被转移到正常运行的节点上。回滚恢复机制通过周期性记录检查点来恢复计算结果。Computer School, NUDT. Spring, 20139集群分类:l计算集群:主要用于单一大规模作业的集体计算。当单一计算作业需要集群中节点间的频繁通信,该集群必须共享一个专用网络,因而这些节点大多是同构和紧耦合的。这种类型的集群也被称为贝奥武夫集群。当集群需要在少量重负载节点间通信时,其从本质上就是众所周知的计算网格。紧耦合计算集群用于超级计算应用。 l高可用性集群:用于容错和实现服务的高可用性。高可用性集群中有很多冗余节点以容忍故障或失效。 l负载均衡集群:通过使集群中所有节点的负载
7、均衡而达到更高的资源利用。可以在不同机器间平衡负载,从而达到更高的资源利用或性能。 Computer School, NUDT. Spring, 201310Figure 2.1 Architectural share of the Top-500 systems (Courtesy of 25)Computer School, NUDT. Spring, 201311图2-2 Top500超级计算机的性能变化曲线(19932010) Computer School, NUDT. Spring, 201312Computer School, NUDT.
8、 Spring, 201313Computer School, NUDT. Spring, 201314图2-3 前5名超级计算机的能耗和性能(2010年11月)Computer School, NUDT. Spring, 2013152.2 计算机集群和MPP体系结构基本集群体系结构图2-4 由商用硬件、软件、中间件和网络组件构成的计算机体系结构,支持HA和SSIComputer School, NUDT. Spring, 201316Resource Sharing in Cluster of Computers图2-5 连接集群节点的三种方式(P/C:处理器和缓存;M:内存;D:磁盘;N
9、IC:网卡;MIO:内存-I/O桥)Computer School, NUDT. Spring, 201317节点结构和节点结构和MPPMPP封装封装:IBM BlueGeneIBM BlueGene/L Supercomputer:/L Supercomputer: The World Fastest Message-Passing MPP built in 2005The World Fastest Message-Passing MPP built in 2005 Computer School, NUDT. Spring, 201318集群系统互连 Computer School, N
10、UDT. Spring, 201319谷歌搜索引擎集群体系结构 Computer School, NUDT. Spring, 201320图2-8 Top500系统高带宽互连的分布情况 Computer School, NUDT. Spring, 201321图2-9 InfiniBand系统构造在典型高性能计算机集群中的应用Computer School, NUDT. Spring, 201322硬件、软件和中间件支持 Computer School, NUDT. Spring, 201323大规模并行GPU集群 图2-11 实现Echelon系统的20Tflops和1.6TB/s内存带宽的
11、GPU芯片设计Computer School, NUDT. Spring, 201324图2-12 由GPU层次网络构成的NVIDIA Echelon系统的体系结构,其中每个机柜可以提供2.6Pflops的性能,至少需要N=400个机柜才能实现所需的Eflops性能Computer School, NUDT. Spring, 201325CUDA并行编程nCUDA(Compute Unified Device Architecture,计算统一设备体系结构)由NVIDIA开发,提供并行计算体系结构。CUDA是NVIDIA GPU中的计算引擎,允许开发者通过标准程序语言访问。程序员可以使用NVI
12、DIA扩展和受限的CUDA C。CUDA C通过PathScale Open64 C编译器编译,可以在大量GPU核上并行执行。例2.4体现了在并行处理中使用CUDA C的好处。Computer School, NUDT. Spring, 2013262.3 计算机集群的设计原则单系统镜像特征:l单一系统 用户将整个集群作为一个多处理器系统。l单一控制 逻辑上,一个终端用户或系统用户在一个地方只能通过单一的接口使用服务。l对称性 用户可以从任意节点使用集群服务。除了受到访问权限保护的部分,所有集群服务和功能对于所有节点和所有用户是对称的。l位置透明性 用户并不了解什么位置的物流设备最后提供了服务
13、。Computer School, NUDT. Spring, 201327单系统镜像(SSI)包括单一入口、单文件层次、单一I/O空间、单一网络机制、单一控制点、单一作业管理系统、单一内存空间和单一进程空间。 图2-13 采用负载均衡的域名服务器(DNS)实现单一入口Computer School, NUDT. Spring, 201328图2-14单文件层次中存储的三种类型。实线表示进程P可以访问,虚线表示P可能被允许访问Computer School, NUDT. Spring, 201329图2-15具有单一网络连接、单一I/O空间、单一内存和单点控制的集群Computer Schoo
14、l, NUDT. Spring, 201330SSI的最终目标是使得集群如同台式计算机一样易于使用,SSI额外特征:l单一作业管理系统 所有集群作业能够由任意节点提交到单一作业管理系统。l单一用户接口 用户通过单一图形界面使用集群。l单一进程空间 各节点的所有用户进程形成单一进程空间,并且共享统一进程认证机制。lSSI集群化的中间件 在集群应用的三个层次上,中间件支持各种SSI特征。Computer School, NUDT. Spring, 201331l管理级 该级处理用户应用程序,并且提供作业管理系统。l编程级 该级提供单一文件层次(NFS、xFS、AFS、Proxy)和分布式共享内存l
15、实现级 该级支持单一进程空间、检查点机制、进程迁移和单一I/O空间。Computer School, NUDT. Spring, 201332图2-16 在连接到集群中4个主机的12个分布式磁盘之上具有单一I/O空间的分布式RAID体系结构 Computer School, NUDT. Spring, 201333图2-17 在作业管理、编程和实现级上集群化中间件的关系Computer School, NUDT. Spring, 201334冗余高可用性l可靠性根据系统不发生故障的运行时间衡量。l可用性表示系统对用户可用的时间百分比,即系统正常运行的时间百分比。l可服务性与服务系统的容易程度相
16、关,包括硬件和软件维护、修复、升级等。Computer School, NUDT. Spring, 201335Computer School, NUDT. Spring, 201336图2-19 SMP和三个集群中的单点失效(SPF),由a到d,其中冗余越大,消除的单点失效也越多Computer School, NUDT. Spring, 201337容错集群配置l热备份服务器集群 只有主要节点积极完成所有有用的工作。备份节点启动(热)和运行一些监控程序来发送与接收心跳信号以检测主要节点的状态,但并不积极运行其余有价值的工作。l主动接管集群 多个服务器节点的体系结构是对称的。两个服务器都是主
17、要的,正常完成有价值的任务。两个服务器节点通常都支持故障切换和恢复。l故障切换集群 当一个组件失效时,该技术允许剩余系统接管之前由失效组件提供的服务。故障切换机制必须提供一些功能,如失效诊断、失效通知和失效恢复。 Computer School, NUDT. Spring, 201338检查点和恢复技术l检查点和恢复这两种技术必须共同发展,才能提高集群系统的可用性。l某个进程周期性地保存执行程序的状态至稳定存储器,系统在失效后能够根据这些信息得以恢复。l每一个被保存的程序状态称为检查点。包含被保存状态的磁盘文件称为检查点文件。虽然目前所有的检查点软件在磁盘中保存程序状态,但是使用节点内存替代稳
18、定存储器来提高性能还处在研究阶段。Computer School, NUDT. Spring, 2013392.4 集群作业和资源管理集群作业调度方法l集群作业可能在一个指定的时间(日历调度),或者在特定事件发生(事件调度)时被调度运行。l根据提交时间、资源节点、执行时间、内存、磁盘、作业类型及用户认证的优先级,作业被调度。l静态优先级指的是根据预定的方案,作业被分配的优先级。l为用户分配不同的优先级,而作业的动态优先级可能会随时间发生变化。Computer School, NUDT. Spring, 201340Computer School, NUDT. Spring, 201341图2-
19、22 用于集群节点上作业调度的瓷砖式覆盖技术减少了整体时间,因此增加了作业吞吐量Computer School, NUDT. Spring, 201342集群作业管理系统 作业管理也称为负载管理或负载共享。作业管理系统(Job Management System,JMS)具有三部分:l用户服务器:提交用户作业至一个或多个队列,为每个作业指定资源需求,将作业从队列中删除,以及询问作业或队列的状态。l作业调度器:根据作业类型、资源需求、资源可用性和调度策略,执行任务调度和排队。l资源管理器:分配和监控资源,执行调度策略,以及收集统计信息。Computer School, NUDT. Spring,
20、 201343集群计算的负载共享设备(LSF)lLSF是平台计算中的商用负载管理系统。l在并行作业和串行作业中,LSF强调作业管理和负载共享。l它还支持检查点、可用性、负载迁移和单系统镜像。lLSF具有高扩展性,并且能够支持上千个节点的集群。lLSF服务于各种UNIX和Windows/NT平台。目前,LSF不仅在集群中使用,也在网格和云中使用。 Computer School, NUDT. Spring, 201344MOSIX: Linux集群和云的操作系统 MOSIX由希伯来大学在1977年开发,是一个分布式操作系统。在1999年,该系统被重新设计,运行在x86平台的Linux集群上l用户可以从任何节点登录l没有必要修改应用程序或链接应用程序至特殊库。l没有必要复制文件至远程节点l用户能够平衡负载,从较慢节点迁移至快速节点l关于迁移进程直接通信的套接字也是可迁移的。l该系统以客户进程的安全运行时环境为特征。l该系统能够运行批量作业,并可以通过检查点恢复Computer School, NUDT. Spring, 201345Computer School, NUDT. Spring, 201346Figure 2.4 Country share of the Top-50
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