ChemD常用功能使用教程学习课程

1、1Chem3D起始界面第1页/共106页第一页，编辑于星期五：十四点 二十一分。2主界面Chem3D起始界面第2页/共106页第二页，编辑于星期五：十四点 二十一分。3工具栏模型窗口模型类型三维视图ChemDraw切换图标工具栏模型数据窗口扩大（缩小）窗口消息窗口状态栏第3页/共106页第三页，编辑于星期五：十四点 二十一分。4选择轨迹球单键双键三键虚键文本橡皮大小调整第4页/共106页第四页，编辑于星期五：十四点 二十一分。5显示设置第5页/共106页第五页，编辑于星期五：十四点 二十一分。6视频设置模型显示设置立体显示弹出信息配体显示结构显示原子标记原子显示色彩选项第6页/共106页第六页

2、，编辑于星期五：十四点 二十一分。7显示设置属性Model Type线状模型棒状模型球棍模型圆柱键模型比例模型第7页/共106页第七页，编辑于星期五：十四点 二十一分。8带状模型第8页/共106页第八页，编辑于星期五：十四点 二十一分。9View/Setting/Model Dispaly 菜单或菜单或F6键：五种键：五种Wire FrameSticksBall-SticksCylindrical BondsSpace Filling 第9页/共106页第九页，编辑于星期五：十四点 二十一分。10带状模型常用于生物分子第10页/共106页第十页，编辑于星期五：十四点 二十一分。11代表用红蓝两

3、种色彩的立体显示代表用深色显示模型，就是对于模型的部分按观察者的角度不同着色代表显示两个立体结构完全相同的模型代表模拟现实的角度观察模型，使模型更接近真实代表显示模型的时候将后面的部分以阴影形式表示，这样模型的立体感更强。第11页/共106页第十一页，编辑于星期五：十四点 二十一分。12第12页/共106页第十二页，编辑于星期五：十四点 二十一分。13选择【单键】工具，在模型窗口向右按动圆柱键模型1. 利用键工具建立模型建立3D模型第13页/共106页第十三页，编辑于星期五：十四点 二十一分。14线状模型第14页/共106页第十四页，编辑于星期五：十四点 二十一分。15棒状模型第15页/共10

4、6页第十五页，编辑于星期五：十四点 二十一分。16球棍模型第16页/共106页第十六页，编辑于星期五：十四点 二十一分。17比例模型第17页/共106页第十七页，编辑于星期五：十四点 二十一分。18选择【轨迹球】工具，使分子模型在模型窗口沿X、Y轴旋转 X、Y轴旋转指示第18页/共106页第十八页，编辑于星期五：十四点 二十一分。19选择【轨迹球】工具并按“Alt”键，使分子模型在模型窗口沿Z轴旋转 Z轴旋转指示第19页/共106页第十九页，编辑于星期五：十四点 二十一分。20模型结构信息 光标位于原子上，自动显示原子信息第20页/共106页第二十页，编辑于星期五：十四点 二十一分。21工具栏

5、显示原子的符号和标号第21页/共106页第二十一页，编辑于星期五：十四点 二十一分。22光标位于键上，自动显示键信息模型结构信息 第22页/共106页第二十二页，编辑于星期五：十四点 二十一分。23模型的进一步信息 显示键长变化显示键角变化显示二面角显示所有没有相邻的原子的距离第23页/共106页第二十三页，编辑于星期五：十四点 二十一分。24模型的键长数据 第24页/共106页第二十四页，编辑于星期五：十四点 二十一分。25模型的键长和键角数据 第25页/共106页第二十五页，编辑于星期五：十四点 二十一分。26乙烯模型中的双键信息 第26页/共106页第二十六页，编辑于星期五：十四点 二十

6、一分。27键级改动 第27页/共106页第二十七页，编辑于星期五：十四点 二十一分。28显示氢及孤对电子 第28页/共106页第二十八页，编辑于星期五：十四点 二十一分。29不显示氢及孤对电子的环己烷原子名称及序数第29页/共106页第二十九页，编辑于星期五：十四点 二十一分。30选择工具，双击原子，按顺序改变原子序号第30页/共106页第三十页，编辑于星期五：十四点 二十一分。31隐藏或显示其它原子居中移动到色彩调节显示元素符号显示元素编号显示实心球显示点阵表面调整键长破坏键调整键级就近结合添加质心颠倒调整矩阵隐藏所选部分隐藏非选部分显示所有原子显示邻近原子显示背面定义基团第31页/共106

7、页第三十一页，编辑于星期五：十四点 二十一分。32利用【键】工具建立的结构，键角及键长可能不正常，应【整理结构】第32页/共106页第三十二页，编辑于星期五：十四点 二十一分。33环己烷的椅式构象第33页/共106页第三十三页，编辑于星期五：十四点 二十一分。34使用【文本】工具输入结构式2. 利用文本工具建立模型第34页/共106页第三十四页，编辑于星期五：十四点 二十一分。35按【Enter】自动转化为模型第35页/共106页第三十五页，编辑于星期五：十四点 二十一分。36括号表示支链第36页/共106页第三十六页，编辑于星期五：十四点 二十一分。37第37页/共106页第三十七页，编辑于

8、星期五：十四点 二十一分。38整理结构第38页/共106页第三十八页，编辑于星期五：十四点 二十一分。39简单优化观察分子变化第39页/共106页第三十九页，编辑于星期五：十四点 二十一分。404-甲基-2-戊醇模型第40页/共106页第四十页，编辑于星期五：十四点 二十一分。41建立1，2-双甲基环戊烷模型第41页/共106页第四十一页，编辑于星期五：十四点 二十一分。42第42页/共106页第四十二页，编辑于星期五：十四点 二十一分。43整理结构第43页/共106页第四十三页，编辑于星期五：十四点 二十一分。44建立Ibuprofen(布洛芬)模型H3CCHCH3CH2CHCOOHCH3第

9、44页/共106页第四十四页，编辑于星期五：十四点 二十一分。45第45页/共106页第四十五页，编辑于星期五：十四点 二十一分。46建立十肽菌素模型第46页/共106页第四十六页，编辑于星期五：十四点 二十一分。47第47页/共106页第四十七页，编辑于星期五：十四点 二十一分。48建立十二丙氨酸醇分子模型第48页/共106页第四十八页，编辑于星期五：十四点 二十一分。49第49页/共106页第四十九页，编辑于星期五：十四点 二十一分。50改变显示方式模型类型窗口：第50页/共106页第五十页，编辑于星期五：十四点 二十一分。51设为线状模型第51页/共106页第五十一页，编辑于星期五：十四

10、点 二十一分。52第52页/共106页第五十二页，编辑于星期五：十四点 二十一分。53设为带状模型第53页/共106页第五十三页，编辑于星期五：十四点 二十一分。54a-螺旋模型第54页/共106页第五十四页，编辑于星期五：十四点 二十一分。55使用子结构建立模型3. 利用子结构建立模型第55页/共106页第五十五页，编辑于星期五：十四点 二十一分。56子结构模型库第56页/共106页第五十六页，编辑于星期五：十四点 二十一分。57选择所需的子结构，然后复制第57页/共106页第五十七页，编辑于星期五：十四点 二十一分。58粘贴复制结果第58页/共106页第五十八页，编辑于星期五：十四点 二十

11、一分。59在子结构上进行编辑第59页/共106页第五十九页，编辑于星期五：十四点 二十一分。604. 使用模板建立模型第60页/共106页第六十页，编辑于星期五：十四点 二十一分。61第61页/共106页第六十一页，编辑于星期五：十四点 二十一分。62ChemDraw中画出的分子结构复制粘贴到Chem3D中5. ChemDraw和Chem3D信息转换第62页/共106页第六十二页，编辑于星期五：十四点 二十一分。63Chem3D中画出的分子模型复制粘贴到ChemDraw中第63页/共106页第六十三页，编辑于星期五：十四点 二十一分。64（1）查找原子的范德瓦尔斯半径 【View】【Atom

12、Types.TBL】窗口，找到各种元素在不同环境的半径计算功能演示第64页/共106页第六十四页，编辑于星期五：十四点 二十一分。65第65页/共106页第六十五页，编辑于星期五：十四点 二十一分。66第66页/共106页第六十六页，编辑于星期五：十四点 二十一分。67（2）观察分子的大小建立苯模型。执行【View】【Connolly Molecular】弹出Suface对话框；【solid】选项可以选择分子表面的类型；【Resolution】滑动到右边，其值为100 第67页/共106页第六十七页，编辑于星期五：十四点 二十一分。68第68页/共106页第六十八页，编辑于星期五：十四点 二十

13、一分。69第69页/共106页第六十九页，编辑于星期五：十四点 二十一分。70第70页/共106页第七十页，编辑于星期五：十四点 二十一分。71第71页/共106页第七十一页，编辑于星期五：十四点 二十一分。72View/Solvent Accessible 菜单菜单甲苯结构甲苯结构 第72页/共106页第七十二页，编辑于星期五：十四点 二十一分。73（3）计算分子体积建立苯模型。执行【Analyze】【Compute Properties】在【Available Properties】选框中双击【Connolly Solvent-Excluded Volume SVE-ChemPropStd

14、】选项，使之加入到【Selected Properties】框中。单击ok， 第73页/共106页第七十三页，编辑于星期五：十四点 二十一分。74第74页/共106页第七十四页，编辑于星期五：十四点 二十一分。75第75页/共106页第七十五页，编辑于星期五：十四点 二十一分。76第76页/共106页第七十六页，编辑于星期五：十四点 二十一分。77第77页/共106页第七十七页，编辑于星期五：十四点 二十一分。78第78页/共106页第七十八页，编辑于星期五：十四点 二十一分。79(4) 检查结构能量第79页/共106页第七十九页，编辑于星期五：十四点 二十一分。80模型旋转对位交叉第80页/

15、共106页第八十页，编辑于星期五：十四点 二十一分。81总能量计算第81页/共106页第八十一页，编辑于星期五：十四点 二十一分。82空间位阻能：0.977kcal/mol计算结果第82页/共106页第八十二页，编辑于星期五：十四点 二十一分。83模型的二面角数据第83页/共106页第八十三页，编辑于星期五：十四点 二十一分。84数据与模型对应第84页/共106页第八十四页，编辑于星期五：十四点 二十一分。85显示原子符号及序号第85页/共106页第八十五页，编辑于星期五：十四点 二十一分。86按动旋转数据相应改变第86页/共106页第八十六页，编辑于星期五：十四点 二十一分。87(5) 分子

16、轨道(HOMO及LUMO)首先用双键画出乙烯分子第87页/共106页第八十七页，编辑于星期五：十四点 二十一分。88显示轨道时必须选择第88页/共106页第八十八页，编辑于星期五：十四点 二十一分。89选择分子轨道第89页/共106页第八十九页，编辑于星期五：十四点 二十一分。90选择HOMO轨道HOMO轨道显示轨道选项HOMO和LUMO各6个能量随所选轨道不同而不同实心显示（丝网显示圆点显示半透明显示）第90页/共106页第九十页，编辑于星期五：十四点 二十一分。91乙烯分子的HOMO轨道第91页/共106页第九十一页，编辑于星期五：十四点 二十一分。92选择LUMO轨道LUMO轨道显示第9

17、2页/共106页第九十二页，编辑于星期五：十四点 二十一分。93乙烯分子的LUMO轨道第93页/共106页第九十三页，编辑于星期五：十四点 二十一分。94第94页/共106页第九十四页，编辑于星期五：十四点 二十一分。95第95页/共106页第九十五页，编辑于星期五：十四点 二十一分。96第96页/共106页第九十六页，编辑于星期五：十四点 二十一分。97第97页/共106页第九十七页，编辑于星期五：十四点 二十一分。98第98页/共106页第九十八页，编辑于星期五：十四点 二十一分。99第99页/共106页第九十九页，编辑于星期五：十四点 二十一分。100第100页/共106页第一百页，编辑

18、于星期五：十四点 二十一分。101从头算程序：从头算程序：Gamess Gaussian 需另外安装这两个程序。需另外安装这两个程序。半经验或分子力学计算半经验或分子力学计算 Mechanics Mopac (Am1, Mindo/3, Mndo, PM3)计算方式：计算性质，最小能，过渡态优化，光谱分析计算方式：计算性质，最小能，过渡态优化，光谱分析第101页/共106页第一百零一页，编辑于星期五：十四点 二十一分。102 模型的输入和输出：以NaCl晶体为例： 【File】【Template】选择【NaCl Crystal.C3T】选择以【Space filling】显示模型。可保存多种格式，默认格式.c3t。可存为jpg等。 还有动画显示功能，可让其绕x轴、y轴、z轴转动，这样可以从不同角度显示结构，更具立体感。【Ana