杂质蛋白鉴定与定量的完美结合Hi分析方法

1、杂质蛋白鉴定与定量的完美结合hi3分析方法液质数据中，不但含有蛋白药序列表达是否正确的肽图信息，其它杂质蛋白同样可以被 挖掘出來。然而，单纯的杂质蛋白鉴定却乂是不够远远的，英确切的含量信息同样至关重要。 沃特世plgs软件可以在肽图液质数据屮，进一步鉴定其小的杂质蛋口，并其相对含量信息 进行分析。一、“顺便”完成的杂质蛋白鉴定与相对定量使用相应的开放数据库，pegs软件首先根据液质数据中的离了碎片信息对多肽进行鉴 定，进而组装出样品中的所冇蛋白，完成蛋白鉴定步骤。在蛋白相对含虽测定中，plgs软 件充分利用了 ms全信息串联质谱方法的数据优点。较dda方法，ms'：数据的离子色谱峰近乎

2、 “完美”，更加符合实际多肽色谱峰型。通过全而研究发现，ms'：数据中的多肽色谱峰强度 信息，与蛋口浓度相关性非常好。使川每个蛋口鉴定多肽屮，强度前三的多肽峰强度加和值, 即表征英蛋白浓度。因此，使用plgs分析同一个肽图液质数据，便可“顺便”完成杂质蛋 白的鉴定少相对定量工作。二、蛋白绝对含量测定如果想得到样品中准确的蛋白绝对浓度信息，也非常简单。只需在样品中加入一个已知 的蛋口内标便可。这吋hi3分析方法会根据内标蛋口的浓度，按照以下公式，对样站中的绝 对浓度进行定量1,2。z peptide intensitx a目标蛋白浓度=nrxfinol/pljiz peptide inl

3、cnsilv b i«ia：目标定u蛋白b：内标蛋白 x：内标蛋白浓度三、使用hi3方法分析残留宿主细胞蛋白（hcp）融合抗体anti-phosphotyrosine igg 1 （ptg1 mab）使用中国仓鼠卵巢细胞系dg-44 ch0 在两种培养条件下农达，表达后的ptg1 mab再分别使用a、b两种方法纯化。经过2d-uplc mse方法采集液质数据后，使用plgs软件分析3。在分析结果中，对以明确地给出鉴定到 样品中含有的朵质蛋白，以及给出这些杂质蛋白的相对含量结果（图1）。为了验证hi3定 量方法的川靠性，使用mrm方法对以上实验结果中clusterin、elongati

4、on factor l-alpha、glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase 三个蛋ill进行了定量验证。通过 hi3 与 mrm 两种定量方法结果对比，可以发现两者定量浓度非常接近（图2）。在使用plgs进行样殆 中的杂质蛋白鉴定与定量分析中，检索方法设置与肽图分析几乎一致，只增加将参考蛋白的 名称与浓度列入分析参数一步。之后，所有的分析过程都将iiiplgs自行完成，并直接给出 蛋白鉴定身份与浓度的结果列表。实际上plgs不仅使用在生物药杂质蛋白分析中，在样品 极为复杂的蛋口质组学研究屮，iii3方法已经被长期使用，并有众多高水平论文发4, 5, 6

5、。proteinconcentration (ppm)a)28）82kucubn mv%ocfit01ut ajrjlui cold tn h«nru<f191ibis3034ikkz rgr讥g心2 lx*ocnsrru曲us145924门fmcioi mk/orrra ms rr«j、riz八30474517051354proc4.uqc<i c «ndop«*<sc ezixa 1 hus rrjsculus1655iz6t>aflm qbpuvmchewrehji 砂血,qo?nhasten90795661387?clus

6、lo«ln ws msculs101a1obb658s55r»vnlr«>9fninhrxiqt t rma blrtng prpfteln s乃400464lipfoirn upait heiixrk.4<u$ 尢祓虫卜心usia11684bi6g94g478 bqi «hco$< »c«julved pioim mesockdus 必nwshmhb201341168463gloe血3 jivcnpmlhgoldin mrrai»f448771573442zcml加 es0c5z 8ft0lg subjf

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13、 g, eriis l, lamberth k, chang ch, harndahl m, weimershaus m, gerstoft j, akkad n, kienerman p, fugger l, jones ey, memichael aj, buus s, schi1d h, van endert p, tversen ak. antigen processing influences hiv-specific cytotoxic t lymphocyte immunodominance. nat immun()1. 2009, 10,636-646(5) stapels m, piper c, yang t, li m, stowell c, xiong zg, saugstad j, sim on rp, geromanos s, langridge j, lan jq, zhou a. polycomb group proteins as epigenetic mediators of neuroprotoction in ischemic tolerance. sci signal. 2010, 3, 111, ral5(6) wang x, kota