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文档简介
1、-作者xxxx-日期xxxx用ClustalX做多序列比对分析【精品文档】用ClustalX做多序列比对分析图示1、打开程序如下图所示:2、Load Sequnce, 载入序列如下图所示:fasta格式的文件关键不在于文件名的后缀是什么,而是在于序列的格式。fasta的格式是:1、第一行以>开头,紧接着序列的注释和描述。2、第二行是纯序列atgcg.其他序列再起一行,如此下去就可以了。如:>seq1 |this is a exampleatgattggaacttgacgt.>seq2 |this is another examplettgagttgaccgtgacgtgag.
2、3、选择序列文件,FASTA格式的如下图所示:4、用文本编辑器察看FASTA序列文件内容,这里用的是记事本,推荐用EditPlus或者Ultraedit如下图所示:5、序列Load进去之后如下图所示:6、Do Complete Alignment, 通常情况下直接选这个即可,无须修改比对参数如下图所示:7、点Do Complete Alignment之后弹出的文件对话框,.dnd的是输出的指导树文件,.aln的是序列比对结果,它们都是纯文本文件如下图所示:点“ALIGN”之后开始等待,如果序列不多,很快就可以算完,如果数据很多,可能要等一段时间,这时候可以用眼睛盯着ClustalX的状态栏,那里会有程序运行状态和现在正在比对那两条序列的提示信息,看看可以消磨时间。8、比对结束之后,我们可以看到这个结果如下图所示:9、这时候我们可以发现ClustalX已经生成了.dnd和.aln两个文件,仍然用文本编辑器打开来看,这时.aln文件,这个文件可以用Mega2做进一步的bootstrap进化树分析如下图所示:10、这是.dnd文件(指导树)如下图所示:1
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