haploview安装使用说明课件VIP

1、haploview安装使用说明1haploview 安装使用说明 131017haploview安装使用说明2 haploview是一个进行单倍型分析的一个软件，该软件具有如下功能： 1.连锁不平衡与单倍型分析 2.单倍型人群频率估算 3.snp与单倍型关系分析 4.相互关系的排列测验 5.可以从hapmap上直接下载基因型信息 haploview安装使用说明3part 1 安装 1、软件： 1） haploview必须在java环境下才能运行，因此在安装该软件之前，必须先安装一个“java”haploview安装使用说明4 2）java安装完之后需要改变环境变量haploview安装使用说明

2、5java_home变量：c:program files (x86)javajre6haploview安装使用说明6classpath变量：c:program files (x86)javajre6libdt.jar;c:program files (x86)javajre6libtools.jar;c:program files (x86)javajre6binhaploview安装使用说明7path变量：c:program files (x86)javajre6binhaploview安装使用说明8 3）检验java环境是否安装完成 开始-运行-键入“cmd” 键入命令java _vers

3、ion,java,javac几个命令，出现画面，说明环境变量配置成功haploview安装使用说明9haploview安装使用说明10haploview安装使用说明11 4）安装haploview软件haploview安装使用说明12haploview安装使用说明132、haploview使用1）寻找tag snp进入hapmap：haploview安装使用说明14haploview安装使用说明15haploview安装使用说明16haploview安装使用说明17haploview安装使用说明18haploview安装使用说明19haploview安装使用说明20ld plot 表示该基因所

4、以snp 的的连锁情况，各个方块的颜色由浅至深（白红），表示连锁程度由低到高，深红色表示完全连锁。haploview安装使用说明21haploview安装使用说明22haploview安装使用说明23haploview安装使用说明242)连锁不平衡和单倍体分析haploview安装使用说明25 data file需要输入的数据格式要求6列 1列：家系的id，如果你分析的是无关个体，建议用自然序号1,2,3.来替代。 2列：个体的id，做无关个体的研究则每个个体的编号不能重复 3列，4列：分别表示父亲的id 、母亲的id，做无关个体的研究，则第三列，第四列都赋值为0。 5列：个体的性别信息。1代

5、表男性，2代表女性。 6列：个体的患病状态。0表示疾病状态未知；1表示个体未患病，2代表个体患病。 haploview安装使用说明26 7列之后，每两列代表一个snp位点 ，由于不能识别a/c/g/t，只能用数字表示： 1代表碱基代表碱基a；2代表碱基代表碱基c；3代表碱基代表碱基g；4代表碱基代表碱基t。 缺失数据用缺失数据用0表示。表示。 haploview安装使用说明27在excel表格中整理的有关myd88的snp数据，将其copy至txt文档中，将txt文档命名为myd88.txt之后更改扩展名为myd88.pedhaploview安装使用说明28整理myd88有关snp位点，以及snp位点的position将其copy至txt文档，命名为haploview安装使用说明29haploview安装使用说明30haploview安装使用说明31haploview安装使用说明32haploview安装使用说明33haploview安装使