第十一章微生物的分类

1、第十一章第十一章 微生物的分类和鉴定微生物的分类和鉴定第一节第一节 微生物的分类单元微生物的分类单元n目前正式分类单元目前正式分类单元n非正式分类单元非正式分类单元超纲超纲亚纲亚纲亚目亚目亚科亚科族族亚族亚族域（域（DomainDomain）界（界（KingdomKingdom）门（门（PhylumPhylum或或DivisionDivision）纲（纲（ClassClass）目（目（OrderOrder）科（科（FamilyFamily）属（属（GenusGenus）种（种（SpeciesSpecies）亚种（亚种（SubspeciesSubspecies）群群 、组、组、系系种种型、居群、

2、型、居群、菌株、培养物菌株、培养物亚种亚种菌株菌株一些菌株一些菌株第二节第二节 微生物的命名微生物的命名一、双名法一、双名法二、三名法二、三名法对亚种的命名对亚种的命名第三节第三节 微生物的分类依据和方法微生物的分类依据和方法一、常规分类法一、常规分类法二、遗传特征分类法二、遗传特征分类法DNADNA（G+CG+C）mol% mol% 值值%100)()()()(%)(molCGTAmolCGmolCG其测定方法：其测定方法：Tm法 说明：说明： （G+C）mol%值相差超过5%属不同种（且菌株之间相差2.54%，小于2%则无意义）（G+C）mol%值相差超过10%不同属（G+C）mol%值相

3、差越远亲缘关系越远注意：注意： 亲缘关系很近的M，其（G+C）mol%值一定很近；反之成立吗？ （DNA-DNA杂交一般用于测定有密切关系（种或种内）微生物间的相似性；DNA-rRNA分子杂交用于检查关系较远的微生物间的相似性。）说明：一般说明：一般7070以上以上种种2020以上以上属属 2.2.基本原理基本原理n用一种用一种RNARNA酶水解酶水解rRNArRNA后，可产生一系列后，可产生一系列寡核苷酸片断，如果两种或两株微生物寡核苷酸片断，如果两种或两株微生物的亲缘关系越近，则其所产生的寡核苷的亲缘关系越近，则其所产生的寡核苷酸片断的序列也越接近，反之亦然。酸片断的序列也越接近，反之亦然

4、。 3.3.实验方法（以实验方法（以16SrRNA16SrRNA为例）：为例）：用用T1T1核糖核酸酶水解（核糖核酸酶水解（3232P P标记的）标记的）16SrRNA 16SrRNA 得得 一系列一系列长度不一的寡核苷酸片段。长度不一的寡核苷酸片段。水解产物双向电泳。水解产物双向电泳。利用放射自显影技术获得利用放射自显影技术获得16SrRNA16SrRNA寡核苷酸的指纹。寡核苷酸的指纹。对对6 6个核苷酸以上的寡核苷酸进行序列分析，并按长度将个核苷酸以上的寡核苷酸进行序列分析，并按长度将分析结果编成分类目录。分析结果编成分类目录。最后按照目录比较对偶（两个被测最后按照目录比较对偶（两个被测M

5、 M）间的相似性，即可）间的相似性，即可知道比较对偶间的亲缘关系。知道比较对偶间的亲缘关系。 以相似系数以相似系数S SABAB表示表示其中：其中： NABA、B对偶所共有的寡聚物中的核苷酸数。对偶所共有的寡聚物中的核苷酸数。NA和和NB是寡聚物中的核苷酸总数。是寡聚物中的核苷酸总数。BAABABNNNS2三、化学特征分类法三、化学特征分类法 全细胞水解液的糖型全细胞水解液的糖型 CW CW化学成分化学成分 脂肪酸组成脂肪酸组成 分支菌酸分支菌酸 磷脂磷脂 醌醌 多胺分析多胺分析 可溶蛋白质谱可溶蛋白质谱四、数值分类法四、数值分类法定义：是根据数值分析，借助计算机将拟分类的定义：是根据数值分析

6、，借助计算机将拟分类的M M按其性状的按其性状的相似度归类的方法相似度归类的方法 根据尽可能多的性状分类，以揭示分类单位间的真实关根据尽可能多的性状分类，以揭示分类单位间的真实关系；系；分类时视每个性状为同等重要，以避免分类者的主观偏分类时视每个性状为同等重要，以避免分类者的主观偏见，使结果比较客观，明确而且可以重复。见，使结果比较客观，明确而且可以重复。按性状的相似度，归为等同分类单元或分类群（按性状的相似度，归为等同分类单元或分类群（taxontaxon）的表观群或表元（的表观群或表元（phenonphenon）NDNSNSS% 分类单元及性状的选择：通常操作分类单位（分类单元及性状的选择：通常操作分类单位（OTUOTU）为菌株。）为菌株。 性状编码：通常用性状编码：通常用“+”“+”“”表示，表示， 相似度系数的计算：相似度系数的计算： 系统聚类（或等级聚类）系统聚类（或等级聚类） 聚类结果的表示聚类结果的表示数值分类得到的数值分类得到的是表观群或表元，是表观群或表元，实践证明：表观实践证明：表观群群= =分类单元分类单元 例：约80%相似度的表观群等于种。第四节第四节 微生物在生物界的地位微生物在生物界的地位（自习）（自习）一、生物的界级分类学说一、生物的界级分类学说两界系统两界系统三界系统三界系统四界系统四界系统五界系统五界系统六界系统六界系