病毒学第三章 病毒的分类与命名

第三章 病毒的分类与命名,第一节 病毒分类与命名的沿革第二节 病毒的命名第三节 病毒的分类原则第四节 病毒分类系统,本章重点,1.病毒分类机构2.病毒分类原则3.病毒的分类系统,1961年以前，这个时期是各自研究领域的科学家提出或建立一些分类系统，进展缓慢，缺乏国际间的协作。1962-1966年，建立了国际病毒学命名委员会（International Committee on Nomenclature of Viruses, ICNV）1966-1970年，Wildy任国际病毒学命名委员会主席期间，组织国际间协作，发表了ICNV的第一次报告。1971-现在，病毒分类与命名的工作得到了巩固和发展，国际病毒学命名委员会更名为国际病毒学分类委员会（ International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV）,第一节 病毒分类与命名的沿革,一、1961年以前,各研究领域独立进行病毒分类与命名（一）植物病毒分类 Johnson和Hoggan（1935）： 1、病毒的传播方式及昆虫介体 2、自然的寄主范围及鉴别寄主 3、在活体外的存活期 4、致死温度 5、症状特点,（二）动物病毒分类法,二、1962-1966年,1966年在莫斯科举行的第九届国际微生物学代表会议上，成立国际病毒命名委员会（International Committee on Nomenclature of Viruses;ICNV）。下设4个小组委员会：动物病毒小组委员会植物病毒小组委员会无脊椎动物病毒小组委员会噬菌体小组委员会,1963年 国际微生物命名委员会病毒分会根据安德鲁斯(Andrewes)提出的分类建议提出了新的8项分类原则： 核酸的类型、结构和分子量； 病毒粒子的形状和大小； 病毒粒子的结构； 病毒粒子对乙醚、氯仿等脂溶剂的敏感性； 血清学性质和抗原关系； 病毒在细胞培养上的繁殖特性； 对除脂溶剂以外的理化因子的敏感性； 流行病学的特征。,三、1966-1970年,1970年8月，在第十届国际微生物学代表大会上，报告了国际病毒命名委员会的第一次报告。将当时了解得比较清楚的500多种病毒分为RNA和DNA病毒两大类，描述并划定了43个属及其成员。其中动物病毒22个属，还确定了两个科，乳多空病毒科和细小病毒科；植物病毒15个组群；细菌病毒分成6个组群。,四、1971-现在,1973年5月，在伦敦召开的ICNV执行委员会上，国际病毒命名委员会改为国际病毒分类委员会（International Committee on Taxonomy of Viruses,ICTV）。1995年国际病毒分类委员会第六次报告中，植物病毒不再采用组、亚组，而统一采用科、属、种的分类系统。同时将病毒分为3大类：DNA病毒、DNA及RNA反转录病毒、RNA病毒。,2005年，国际病毒分类委员会发布了第八次病毒分类报告。 在这个长达1259页的报告中，将目前ICTV所承认的5450多个病毒归属为3个目、73个科、11个亚科、289个属、1950多个种。在亚病毒感染因子下设类病毒、卫星体和朊毒，其中类病毒有2个科、7个属；卫星病毒有2个亚组，卫星核酸有3个亚组；朊毒分为哺乳动物朊毒和真菌朊毒。,第八次报告的特点:1、进一步明确了“种”作为病毒分类系统中的最小分类阶元，在每一个确定种下面列出了至少一个、至多几十个不同的分离物以及它们在GenBank上的登录号。2、增加了许多反映病毒基因序列同源性关系的系统树图。3、将原子分辨率的粒子三维结构插入到相应的科或属中，使读者对病毒粒子空间结构有更详细的了解。,有关病毒分类的论文及信息在ICTV的官方期刊“Archivesa:kaivz of Virology”发表，1990年前“Intervirology”是其官方期刊。,第二节 病毒的命名,（一）一般规则 （1）病毒分类和命名应该是国际性的，并且普遍适用于所有的病毒。（2）国际病毒分类系统采用目（order）、科(family)、亚科(subfamily)、属(genus)、种(species)、分类阶元。（3）ICTV不负责病毒种以下的分类和命名，病毒种以下的血清型、基因型、毒力株、变异株和分离株的名称由公认的国际专家小组确定。,（4）人工产生的病毒和实验室构建的杂种病毒在病毒分类上不予考虑，其分类由公认的国际专家小组负责。（5）只有在病毒代表种的特性得到了充分了解和在公开出版物上进行过描述，才能确定建立一个分类阶元，以便与其他类似的分类阶元相区别。（6）当病毒有明确的科、而分属未确定时，这一病毒种在分类学上称为该科的未确定种（unassigned species）。（7）与规则2各分类阶元相关联，并得到ICTV批准的名称是唯一可以接受的。,（二）关于分类单元的命名规定,在分类单元和病毒的命名中不遵循优先律。在提出新的分类单元时不使用人名。在提出新名称时，不使用下标、上标、连字符、斜线和希腊字母。新名称不应与已通过的名称重复。病毒名称由ICTV认定，其命名与细菌不同，不再采用拉丁文双名法，而是采用英文或英语化的拉丁文，只用单名。目、科、亚科、属分别用拉丁文后缀“-virales”、“-viridae”、“-virinae”和“-virus”，并采用斜体。,（三）关于种的规定,一个病毒种应是一类具有多种共同特征的病毒，并组成一个正在复制的世代谱系，且在生态位中占有特定的位置。1、病毒种应当是群体，是类别。2、病毒种所共有的特征不是一种而是多种。3、病毒种是演化谱系中某时期的一分子。4、病毒种应当占据某特定生态位。,一新种不能确定，或不能将这一新种确定到已设立的属中时，新种将作为暂定种。种名必须赋予种恰如其分的鉴别特征。,（四）关于属的规则,属是具有某些共同特征的种。属名应是一个以“-virus”结尾的单词。Lyssavirus（狂犬病毒属）T4 like viruses（T4样病毒属）通过一个新属名的同时，必须承认一个代表种。,鉴定一个种的归属时，有用的特征,基因组序列相关性天然寄主范围细胞和组织的趋向性致病性和细胞病理学传播方法病毒蛋白的抗原性,（五）关于亚科的规则,亚科是一群具有某些共同特征的属，这一分类单元只在需要解决复杂等级结构问题时才使用亚科。亚科名应是一个以“-virinae”结尾的单词。Parvovirinae（细小病毒亚科）,（六）关于科的规则,科是一群具有某些共同特征的属（不管这些属是否组成了亚科）科名应是一个以“-viridae”结尾的单词。Parvoviridae（细小病毒科）,区分属或科,毒粒形态基因组结构复制方法结构蛋白和非结构蛋白的数目和大小,（七）关于目的规则,目是一群具有某些共同特征的科。ICTV对病毒目的建立持谨慎态度，仅限于已有足够的证据说明其系统演化的相关性的病毒科。目名应是一个以“-virales”结尾的单词。有尾噬菌体目（Caudovirales）单分子负链RNA病毒目（Mononegavirales）成套病毒目（Nidovirales）,（八）关于亚病毒因子的规则,类病毒有关病毒的分类规则，适用于类病毒的分类。类病毒的分类单元的规范词尾是：种“viroid”、属“viroid” 、亚科“viroinae”、科“viroidae”。 其他亚病毒因子卫星体和朊病毒不按病毒分类，采用任意分类（arbitrary classification） ，这种任意分类对专门领域的研究工作者似乎是有用的。,（九）关于书写的规则,在规范的分类学惯例，病毒目、科、亚科、属的认可名称，均用斜体印刷，名称的第一个字母需大写。Adenoviridae(腺病毒科)种的名称用斜体印刷，第一个词的首字母需大写，除专有名词或专有名词的一部分之外，其他词首字母一律不大写。Human immunodeficiency virus 1(人免疫缺陷病毒1型),规范的惯例，各分类单元正式的描述是 Reovirideae(科), Phytoreovirus(属), Wound tumor virus（种） 呼肠孤病毒科， 植物呼肠孤病毒属， 伤瘤病毒 未通过或暂定的名称均印成标准体，并在西文中缀以-like字样。T1-like viruses(T1样噬菌体属),第三节 病毒的分类原理及依据,稳定性：是指病毒名称及其隶属关系一旦确定下来，就应该尽可能的保留。实用性：是指病毒分类体制应该对病毒学研究领域是有用的。认可性：是指病毒分类阶元和名称应该为病毒学研究者乐意接受和使用，所以，认可性也是实用性的必然结果。灵活性：是指病毒分类阶元可以依据某些新发现而进行重新修订和再确定。,依据： 主要以病毒粒子特性、抗原性质和病毒生物学特性等作为依据。病毒粒子特性： 病毒形态：如大小、形状、包膜和包膜突起的有无，衣壳结构及其对称性; 病毒生理生化和物理性质：如分子量，沉降系数，浮力密度，病毒粒子在不同pH、温度、Mg2+、Mn2+、变性剂、辐射中的稳定性； 病毒基因组，如基因组大小、核酸类型、单双链、线状或环状，正负链，G+C所占的比例、核苷酸序列等；, 病毒蛋白，如结构蛋白和非结构蛋白的数量、大小以及功能和活性，氨基酸序列等 病毒脂类含量和特性； 碳水化合物含量和特性； 病毒基因组组成和复制。,病毒抗原性质：包括病毒血清学性质与其抗原的关系。病毒生物学特性：包括病毒天然的宿主范围；病毒在自然状态下的传播与媒介体的关系；病毒的地理分布，致病机理，组织嗜亲性；病毒引起的病理和组织病理学特点。,第四节 病毒分类系统,国际病毒分类委员会第七次报告（1999）认可病毒4000种，设有3个病毒目。,将所有已知的病毒根据核酸类型分为： DNA病毒单股DNA病毒， DNA病毒双股DNA病毒， DNA与RNA反转录病毒， RNA病毒双股RNA病毒， RNA病毒正单链RNA病毒， RNA病毒负单链RNA病毒， 裸露RNA病毒（真菌病毒，+ssRNA与其编码的RNA依赖的RNA聚合酶结合在一起，存在于细胞质中） 类病毒（亚病毒因子）,第8次报告动物病毒新增4个科,线头病毒科（Nimaviridae）白斑病毒属（Whispovirus）白斑综合征病毒型（White spot syndrane virus ）双顺反子病毒科（Dicistroviridae）桃拉综合征病毒（ TSV ）杆状套病毒科（Romviridae）黄头病毒（YHV）芜菁黄花