ChemDraw教程.ppt

1 ChemDraw起始界面 2 点位 移动鼠标直到鼠标的光标放到所要进行操作的位置 如果选择的位置在图形结构中的键 原子 线等的上面 一般出现黑方块 称之为光标块 选择块或操作块 光标块 常用术语 3 单击 快速按下鼠标键 左或右键 然后快速抬起 双击 快速操作两次单击 拖动 由三部分动作组成 按下鼠标左键选择对象 移动鼠标 将被选的对象移动到指定位置后抬起鼠标 选择 用鼠标的光标选中某种选择 使对象产生光标 选择对象并不意味着动作 只是标记要操作的对象和点位 4 键 单击 按下特殊的键和单击鼠标键同时进行 如 Shift 单击 意思是按下 Shift 键和单击鼠标键 键 拖动 按下特殊的键和鼠标键 移动鼠标 如 Shift 拖动 意思是按下 Shift 键和拖动鼠标光标 5 图形工具板 状态 信息栏 编辑区 滚动栏 菜单栏 工具栏 6 套索实键双键虚键切割键切割楔键黑体键黑体楔键空心楔键波浪键表格长链环丙烷环环戊烷环环庚烷环环己烷椅式环戊二烯环 蓬罩橡皮文本笔箭头轨道绘图元素基元化学符号弧形原子反应模板环丁烷环环己烷环环辛烷环环己烷椅式苯环 7 键工具 模板工具 箭头工具 轨道工具 画图工具 基元工具 符号工具 弧形工具 原子反应工具 8 模板工具 氨基酸模板工具 17类 9 模板工具 芳香化合物模板工具 10 模板工具 双环模板工具 11 模板工具 生物模板工具 12 模板工具 玻璃仪器模板工具 I 13 模板工具 玻璃仪器模板工具 II 14 模板工具 构象异构体模板工具 15 模板工具 环戊二烯模板工具 16 模板工具 脂环模板工具 17 模板工具 DNA模板工具 18 模板工具 官能团模板工具 19 模板工具 己糖模板工具 20 模板工具 苯环模板工具 21 模板工具 多面体模板工具 22 模板工具 RNA模板工具 23 模板工具 特殊符号模板工具 立体中心模板工具 24 快捷键 命令 灰色表示命令未激活 小三角表示子菜单 省略号表示新对话框 25 文档设置 页面规划 26 页眉页脚 27 绘图 28 标题 29 原子标记 30 颜色 设置背景颜色 31 优选项 32 优选项 显示设置 错误警告 33 优选项 打开 存盘 默认路径 默认打开文件格式 默认存盘文件格式 34 国外化学刊物默认文档格式 35 打开文件 不同文件格式 36 文件格式介绍 1CDTemplate ctp ctr 用于保存模板文档 2ChemDraw cdx ChemDraw原本格式 是一个公共标记的文件格式 易被其它程序建立和解释 3ChemDrawSteylSheet cds 用于存储文件设置和其它物体 4ConnectionTable ct 一种实例格式 存储关于原子与元素 系列编号 X和Y轴 键序 键类型等的连接和联系的列表 是用于多类应用程序间互换信息的通用格式 37 5DARC F1 fld QuestelDARC系统中存储结构的原本文件格式 7ISISReaction rxn MDL开发的格式 用于存储元素反应信息 8ISISSketch skc 在Windows或Macintosh环境下 存储并传输到另外的ISIS应用程序中 6DARC F1Query flq QuestelDARC系统中存储查询的原本文件格式 38 9MDLMolFile mol MDL 分子设计有限公司 MolFile文件格式用于其它一些在Windows Macintosh和Unix环境下的化学数据库和绘画应用软件 11JcampSpectra jdx dx 图谱文件格式 可读入紫外 质谱 红外 核磁等数据文件 12MSIChemNote msm 一种ASCII文本文件 可以用于像ChemNote一类的应用程序 10GalacticSpectra spc 银河图谱文件格式 39 13SMD4 2 smd ASCII文本文件 一般用于检索化学文摘数据库 14WindowsMetafile wmf 图片文件格式 可以将ChemDraw图片传输到其它应用程序中 如Word WMF文件格式含有中ChemDraw的结构信息 可被ChemDraw早期版本编辑 40 一 反应方程式 41 选择 点位 拖动 定位 单击 单击 定位 单击生成双键 拖动生成双键 一 反应方程式 42 双击生成文本框 输入字母 按Ctrl键 拖动复制 一 反应方程式 43 一 反应方程式 定位 单击生成一单键 再定位 连续单击生成三单键 定位 双击后输入OH 44 一 反应方程式 用套索或蓬罩进行部分选择 45 一 反应方程式 按Ctrl键 拖动复制 生成独立的两个分子 46 一 反应方程式 选择反应箭头 在两个分子中单击生成一反应箭头 47 一 反应方程式 箭头上方建立文本框 输入反应条件 48 一 反应方程式 选择电荷 定位 添加负电荷 49 一 反应方程式 选择居中 分子下方建立文本框 50 一 反应方程式 依次输入文本信息 51 一 反应方程式 选择阴影框 将反应方程式全部罩上 52 二 绘制中间体结构 53 二 绘制中间体结构 选择环己烷以建立六员环模型 选择橡皮 擦去六员环一部 54 二 绘制中间体结构 选择单键定位 连续单击生成新的单键 单击单键中央 生成双键 55 二 绘制中间体结构 在原子上定位建立标记 56 二 绘制中间体结构 选择笔工具 在曲线菜单中选择箭头位于末端 57 二 绘制中间体结构 定位拖动鼠标左键 定位单击生成曲线箭 按Esc键退出绘制模式 58 单击箭头 二 绘制中间体结构 用小手形光标移动造另一虚线 59 小手形光标选中虚线柄 二 绘制中间体结构 拖动改变虚线箭形状 按Esc键 60 三 复杂环结构 61 三 复杂环结构 选择环己烷 并添加第一个环 添加第二个环 62 三 复杂环结构 橡皮擦去多余部分 63 三 复杂环结构 选择键工具 单击生成新的单双键 64 三 复杂环结构 在原子上定位建立标记 65 四 Fischer葡萄糖结构图 66 四 Fischer葡萄糖结构图 选择键工具 连续单击生成五连键 67 四 Fischer葡萄糖结构图 建立与五连键垂直的水平键 68 四 Fischer葡萄糖结构图 在原子上定位建立标记 69 五 透视图形 70 五 透视图形 选择环己烷 旋转环己烷 在原子上定位建立标记 旋转指示箭头 71 五 透视图形 添加垂直键 按Alt键 任意键长 72 五 透视图形 选择套索工具 阴影右下脚按Shift键 向上按动 垂直压缩50 73 五 透视图形 在原子上定位建立标记 74 五 透视图形 选择黑体楔键 单击下部两侧键的中央 75 五 透视图形 选择黑体键 单击底键的中央 76 六 Newman结构 77 六 Newman结构 选择键工具 连续单击生成三键对称结构 按Ctrl键 拖动复制 78 六 Newman结构 选择键工具 按住Alt键 连接两个结构 79 六 Newman结构 选择轨道工具 定位中心原子 按住Alt键 按下鼠标键 向外按动建立轨道 80 六 Newman结构 部分选择上面分结构 右上脚双击旋转柄 对话框中输入180 单击旋转 81 六 Newman结构 从Object菜单选择BringtoFront命令 82 六 Newman结构 后面结构移至前面 按Esc键 添加阴影框 83 七 立体化学 84 七 立体化学 85 七 立体化学 86 七 立体化学 87 七 立体化学 88 七 立体化学 89 七 立体化学 90 七 立体化学 91 虚键 实键 楔键 虚楔键 3 1键工具 92 实键 SolidBond 双键 DoubleBond 虚键 DashedBond 切割键 HashedBond 切割楔键 HashedWedgedBond 黑体键 BoldBond 黑体楔键 BoldWedgedBond 空心楔键 HollowWedgedBond 波浪键 WavyBond 93 双键 DoubleBond 异构键 TautometicBond 双抉键 DoubleEitherBond 三键 TripleBond 双黑体键 DoubleBoldBond 芳香族键 AromaticBond 配键 DativeBond 94 Polytoxin 海葵毒素 95 更改页面设置 96 改为 横向 97 更改文档设置 98 点击 Drawing 99 选择固定长度 100 改为 0 6 101 3 2环工具 环丁烷 CyclobutaneRing 环己烷 CyclohexaneRing 环辛烷 CyclooctaneRing 环己烷椅式1 CyclohexaneChairRing 苯环 BenzeneRing 102 环丙烷 CyclopropaneRing 环戊烷 CyclopentaneRing 环庚烷 CycloheptaneRing 环己烷椅式2 CyclohexaneChairRing 环戊二烯 CyclopentadieneRing 103 选择六员环 六员环光标 按住Ctrl键 不定域共轭环光标 104 3 3无环链工具 无环链工具 无环链光标 按住拖动 105 定位 按住拖动 106 定位 单击 输入键的个数 107 108 先画一半结构 按Ctrl键复制 109 点击水平翻转 110 点击垂直翻转 111 橡皮擦去多余部分 靠近原结构 112 全部选择 113 结合 114 前后顺序错误 前后顺序正确 115 双击 选择后键 116 置后 选择单键 117 Echonomycin 海胆霉菌素 D Ser L MeVal L Ala L Ala L MeVal D Ser 118 文本 原子标记 4 1文本 119 使用快捷键输入文本和原子标记 更改快捷键设置 120 字号柄 文本框 按动字号柄 文本框宽度发生变化 121 改变说明文本的字体 字号和字形 说明文本菜单 122 文本字体 123 文本字形 下标 下标 公式 124 文本字号 125 文本行间距 126 127 4 2原子符号的标记 使用文本工具建立原子标记框 使用键工具建立原子标记框 定位 单击 定位 双击 128 使用快捷键输入文本和原子标记 更改快捷键设置 129 标记同位素 选择上标 130 标记电荷 选择上标 131 重复原子标记 选中自动原子标记 132 重复原子标记 快捷方式 标记原子 新键定位 三击 133 原子标记的调整 原子标记调整菜单 134 原子标记的调整 Alt Enter 左对齐 右对齐 135 原子标记自动调整 136 左对齐 右对齐 137 138 5 1轨道工具 s 轨道 单瓣型轨道 d 轨道 dz2 轨道 139 s 轨道 杂化轨道 p 轨道 140 s 轨道的绘制 定位原子 选择轨道 点击或向外按动 141 单瓣型轨道的绘制 定位原子 点击或向外按动 选择轨道 142 p 轨道及杂化轨道的绘制 定位原子 点击或向外按动 选择轨道 143 5 2化学符号 环正 负电荷 一般正 负电荷 阴 阳离子 自由基 H 划 孤对电子 H 点 144 H 划 表示沿Z轴向平面里进入的氢 H 点 表示沿Z轴向平面外伸出的氢 定位 单击 145 孤对电子 定位 单击 146 电荷符号 定位 单击 147 化学符号的旋转 选择 旋转 旋转角度 148 6 1箭头 箭头工具 149 普通箭头 粗体箭头 虚箭头 上半箭头 下半箭头 双头箭头 150 空心箭头 全头曲箭头 半头曲箭头 平衡箭头 后开口空心箭头 151 箭头的绘制 定位 按动 152 箭头的选择 两个编辑块 153 箭头的选择 旋转按钮 154 用箭头指示电荷的转移 155 用箭头指示键角及键长 156 甲苯的溴化 157 6 2绘图元素及基元 圆基元工具 椭圆基元工具 基本方框图形工具 基本线形图形工具 158 括号工具 短键工具 159 灰圆工具 上 和空心圆工具 下 建立的分子结构 160 线工具绘制的交叉线是相交的 实键工具绘制的交叉线是不相交的 161 6 3弧形工具 90 120 180 270 弧 162 90 弧 163 旋转指示 旋转角度 164 缩放指示 缩放比例 165 6 4笔工具 笔工具按钮 166 1定位 单击并按动 2二次定位 单击并按动 3三次定位 单击并按动 167 4鼠标右键 选择是否箭头位于末端 5选择箭头位于末端 6取消箭头位于末端 168 笔工具处于编辑状态 笔工具选中编辑部位 169 按动控制柄末端 改变曲线角度 按动控制柄中央 改变曲线长短 170 用笔工具绘制的反应曲线 171 7 1使用快捷键标记原子 7 1 1标记最后被绘制的原子 方法1 绘制键 按快捷键C 172 7 1 2定位快捷标记原子 方法2 173 7 1 3选择工具快捷变换原子 方法3 174 7 1 4标记被选结构中的原子 方法4 175 7 1 5运用默认快捷键 方法5 1 Enter键 打开原子标记文本框 2 Space键 删除原子标记 3 键 当指向定位原子时 显示原子属性对话框 4 键 显示列举俗名对话框 5 键 增加一个连接点 176 7 1 6快捷键效果 方法6 177 俗名式 7 2俗名的使用 普通式 178 俗名列表对话框 179 定义俗名 1 建立一个结构 其中含有将定义为俗名的官能团 2 选择该官能团 其中必须有一个原子 它的一些键被选择 而其余的键没被选择 用于表示官能团的连接键 可定义俗名 不可定义俗名 连接键 无连接键 180 3 从Structure菜单中 选择DefineNickname 出现DefineNickname对话框 4 给俗名输入一个简短的名称 5 单击OK按钮 俗名被定义 即可用此俗名标记原子 181 定义俗名 输入俗名 182 注意 1 如果定义的俗名符号与元素符号相同 将被警告元素符号被俗名符号取代 2 要恢复元素的定义 从File菜单中选择List俗名 可删除俗名定义 183 查看俗名 1 从File菜单中 选择ListNicknames 出现俗名列表对话框 184 2 使用快捷键 前提是编辑区必须有一个未被选择的键 光标移至单键末端 选择俗名 确定 185 7 3多中心结构 多中心键 多中心键 中心原子 多中心节点 多中心节点 二茂铁 186 187 警示标志的去除与添加 警示标志 显示 去除 警示 188 分别添加多中心节点 189 选择实键工具 在上下两个中心节点画出上下两根单键 在其中一根单键上标记Fe 190 另一根键与Fe没有连接 选择键的末端 拉动与Fe连接 调整对齐 191 键的前后次序错误 键的前后次序正确 192 结构展开 7 4结构展开与调整 193 展开标记 结构调整 194 结构的符号形式 结构展开 结构调整 195 结构调整 196 7 5检查化学结构信息 结构分析 197 分析结果窗口 分子式 精确质量 分子量 质谱分析 元素分析 结果粘贴 两位小数 质谱图 198 结果粘贴 199 化合物命名 将结构转化成名称 200 将名称转化成结构 201 1HNMR预测 1HNMR位移 202 1HNMR预测结果 203 预测结果 204 13CNMR预测 13CNMR位移 205 13CNMR预测结果 206 部分预测结果 207 绘制完结构后 在ChemF网站查找相关信息 208 该化合物的相关数据 209 该化合物的其它相关数据 210 该化合物的供应商查询 211 两个查询结果 212 化合物名称 化合物其它名称 213 索取详细资料 214 详细资料展示 215 216 由结构查询ACX数据库编号 217 编号显示 218 浏览ChemS 219 220 浏览CambridgeS 221 222 浏览ChemOfficeSDK数据库 223 224 ChemOfficeSDK主页菜单 225 ChemDraw控件窗口 226 227 有机合成电子刊物 http www orgsyn org 228 开始检索 229 接受协议 230 检索界面 231 检索条件 1画出检索条件 2反应结果列表 3检索 232 检索结果 检索到76个结果 显示1 5 反应摘要 233 文献全文 本文所在期刊的卷号及页码 操作过程 注意事项 234 本文被其它论文引用 参考文献 本文所用化合物及其CA登记号 235 9 1利用键工具建立模型 9 2利用ReplacementText建立模型 9 3检查结构能量 9 4ChemDraw和Chem3D信息转换 9 5分子轨道 HOMO及LUMO 236 9 1利用键工具建立模型 Chem3D起始界面 237 9 1利用键工具建立模型 Chem3D起始界面 238 选择 轨迹球 单键 双键 三键 虚键 文本 橡皮 239 显示设置 240 显示设置属性 线状模型 棒状模型 球棍模型 圆柱键模型 比例模型 带状模型 241 选择 单键 工具 在模型窗口向右按动 圆柱键模型 242 线状模型 243 棒状模型 244 球棍模型 245 比例模型 246 带状模型常用于生物分子 247 选择 轨迹球 工具 使分子模型在模型窗口沿X Y轴旋转 X Y轴旋转指示 248 选择 轨迹球 工具并按 Alt 键 使分子模型在模型窗口沿Z轴旋转 Z轴旋转指示 249 模型结构信息 光标位于原子上 自动显示原子信息 250 光标位于键上 自动显示键信息 模型结构信息 251 模型的进一步信息 252 模型的键长数据 253 模型的键长和键角数据 254 乙烯模型中的双键信息 255 键级改动 256 显示氢及孤对电子 257 不显示氢及孤对电子的环己烷 原子名称及序数 258 选择工具 双击原子 按顺序改变原子序号 259 利用 键 工具建立的结构 键角及键长可能不正常 应 整理结构 260 环己烷的椅式构象 261 9 2利用ReplacementText建立模型 使用 文本 工具输入结构式 262 按 Enter 自动转化为模型 263 括号表示支链 264 265 整理结构 266 简单优化 267 4 甲基 2 戊醇模型 268 建立1 2 双甲基环戊烷模型 269 270 整理结构 271 建立Ibuprofen 布洛芬 模型 272 273 建立十肽菌素模型 274 275 建立十二丙氨酸醇分子模型 276 277 改变显示方式 278 设为线状模型 279 280 设为带状模型 281 a 螺旋模型 282 使用子结构建立模型 283 子结构模型库 284 选择所需的子结构 然后复制 285 粘贴复制结果 286 在子结构上进行编辑 287 9 3检查结构能量 288 模型旋转 对位交叉 289 总能量计算 290 空间位阻能 0 977kcal mol 计算结果 291 模型的二面角数据 292 数据与模型对应 293 显示原子符号及序号 294 按动旋转 数据相应改变 295 对位重叠 296 空间位阻能 3 906kcal mol 计算结果 297 9 4ChemDraw和Chem3D信息转换 ChemDraw中画出的分子结构 复制粘贴到Chem3D中 298 Chem3D中画出的分子模型 复制粘贴到ChemDraw中 299 9 5分子轨道 HOMO及LUMO 300 显示轨道时必须选择 301 选择分子轨道 302 选择HOMO轨道 HOMO轨道显示 303 乙烯分子的HOMO轨道 304 选择LUMO轨道 LUMO轨道显示 305 乙烯分子的LUMO轨道 306 10 1数据库检索 10 2反应查询 10 3表单的制作 10 4数据库连接 10 5建立自己的数据库 10 6制作子表单 307 10 1数据库检索 打开数据库文件 308 双击编辑 309 FromChemFinder 310 选择 子结构 311 选择 类似 312 选择 查找 313 查找结果 数据库中285条记录 含有苯环子结构及类似物结构的记录132条 此为第一条 314 转为列表形式 315 或在 View 菜单中使用 DataTable 命令的子命令 InSeparateWindow 316 数据库进行排序 317 使用文本进行检索 318 输入检索条件 分子式C6N