常用的生物信息学软件的介绍和文献依据.docx

资料收集于网络 如有侵权请联系网站 删除 谢谢 gather vt. & vi. & n. 搜集；集合；聚集名称简介参考文献备注ALINE一个产生出版质量比对的“所见即所得”蛋白质-序列比对编辑器19390156AMDA用于自动微阵列数据分析的一个R包16824223AmiGO访问本体论和注释数据19033274AnnotationSketch基因组注释绘图库，基因组特征可视化19106120Arcadia代谢通路的一个可视化工具，翻译文本的生物学网络描述为图示20453003ArchTEx下一代测序数据片段的最佳延长及准确提取和可视化22302569ArrayExpress将ArrayExpress数据集导入到R/Bioconductor中19505942ArrayExpressHTS用于RNA-seq数据处理和质量评估的一个流程21233166arrayMagic双色cDNA微阵列质控和预处理15454413arrayQCplot用图形分析和统计分析检查微阵列数据质量的软件16864592BALL生物化学算法库20973958BALLView用于分子建模研究和教育的一个工具16332707BamTools分析和管理BAM文件的一个C+应用程序接口和工具包21493652Batch BlastExtractor批量Blast提取器：一个自动的blastx剖析器应用程序18831775BayesPeak分析ChIP-seq数据的一个R包，峰识别21245054BEDTools比较基因组特征的一套灵活的实用程序，支持BED，BAM，GFF格式文件20110278BEST结合位点评估工具套件，整合了4种普遍使用的motif发现程序15814553BIGpre一个下一代测序数据质量评估程序包22289480BiNGO一个评估基因本体论类别在生物网络中过代表的Cytoscape插件15972284Bio+用于序列分析、系统发生学、分子进化和群体遗传学的一套C+库16594991BioCoder一种标准化及自动化生物学实验方案的编程语言21059251BioJavaJava语言编写的一个生物信息学开源框架18689808biomaRt生物学数据库（Ensembl）和微阵列数据分析（bioconductor）间的强力连接16082012Biopython适用于计算分子生物学和生物信息学的可免费获得的python工具19304878BioRuby适用于Ruby编程语言的生物信息学软件20739307BioWarehouse一个生物信息学数据仓库整合工具包16556315birgHPC为生物信息学和分子动力学创建即时计算集群，自启动linux发行版21398666Biskitpython编写的一个结构生物信息学软件平台（库）17237072BisoGenet一个新的基因网络构建、可视化和分析工具，cytoscape插件20163717BlastR非编码RNAs的快速且准确地数据库搜索21624887Bowtie比对短DNA序列片段到大型基因组上的一个超快、内存高效的程序19261174Bpipe一个运行和管理生物信息学流程的工具22500002BRAT重亚硫酸盐处理的片段分析工具20031974BRAT-BW重亚硫酸盐处理的片段的高效且准确地比对22563065Brian一个Python编写的脉冲神经网络模拟器19115011BSMAP全基因组重亚硫酸盐测序比对程序19635165BugView用于比较基因组的一个浏览器，Java编写14693822Caryoscope在基因组环境中查看比较基因组杂交微阵列数据的一个开源Java应用程序15488149CEAS顺式调控元件注释系统，对ChIP-chip，ChIP-seq的峰进行注释19689956CentiLib网络中心性的综合分析和探索22390940Cerebral一个使用亚细胞定位注释进行生物网络布局和交互的Cytoscape插件17309895ChemmineR一个化合物挖掘（结构相似性搜索和小分子聚类）R框架18596077ChIPDiff从ChIP-seq数据中进行差异组蛋白修饰位点的全基因组识别的一种HMM方法18667444ChIPMunkChIP-Seq数据中结合motif的深度和广度挖掘20736340ChIPpeakAnno一个注释ChIP-seq和ChIP-chip数据（峰）的Bioconductor包20459804ChIPseqR核小体定位和组蛋白修饰ChIP-seq实验分析21281468Chipster用于微阵列和其他高通量数据的用户友好的分析软件21999641CisGenome一个分析ChIP-chip和ChIP-Seq的整合软件系统18978777ClutrFree聚类树可视化与解释15145813COBrA一个生物本体论编辑器15513995Cobweb一个网络浏览和可视化Java小程序21486937ComBat使用经验贝叶斯方法调整微阵列表达数据中的批次影响16632515coMOTIF一个识别ChIP-seq数据中转录因子和共调控motif的混合框架21775309ContEst评估下一代测序数据中人类样品的交叉污染21803805ConscriptRasMol到PyMOL的脚本转换器21567873CoXpress基因表达数据中的差异共表达分析（R包）17116249Cytoscape ESP使用逻辑操作符和通配符在多属性领域搜索复杂生物网络的Cytoscape插件18445605Cytoscape Web一个交互式基于网络的网络浏览器20656902DAnTE一个定量分析组学数据（蛋白质组、微阵列）的统计工具18453552DBChIP用ChIP-seq检测转录因子的差异结合22057161Dendroscope一个交互式大型系统发生树查看器18034891DIME基于一套混合模型的差异ChIP-seq结合位点识别R包21471015DendroPy一个系统发生计算Python库20421198DrugViz一个在生物网络中可视化和分析小分子药物的Cytoscape插件18658180dsrcFASTQ格式中DNA序列片段的压缩21252073EagleView一个适用于下一代测序技术的基因组装配查看器18550804EASE在基因列表中识别生物学主题，用于基因列表的快速生物学解释14519205Easyfig基因组比较可视化，创建多个基因组位点的线性比较图形21278367EMBOSS欧洲分子生物学序列分析开放软件套件12002227EnzymeTracker一个开源的样品跟踪实验室信息管理系统22280360Eoulsan一个促进高通量测序分析的基于云计算的框架22492314ESBTL用于生物大分子结构和几何分析的高效PDB剖析器和数据结构20185407Expander一个整合的基因表达数据分析软件平台，支持微阵列数据分析的所有阶段20134430ExpressionPlot一个分析RNA-Seq和微阵列基因表达数据的基于网络的框架21797991EZ-Viz用标签和按钮简化PyMOL中分子查看21638731FIMO扫描一个给定motif的出现21330290Flapjack图示的基因型可视化20956241flowViz一个可视化流式细胞仪数据的Bioconductor包18245128FPV使用Java 3D进行快速蛋白质可视化12761052FunNet一个探索转录相互作用的整合工具18799481FX一个云端RNA-Seq分析工具22257667GaggleBridge协作的数据分析21775306Gap5编辑数十亿的片段序列装配20513662GBParsy一个高速的GenBank平面文件解析器库18652706Generic HTMLForm Processor一个保存网络收集的数据到一个MySQL数据库中的多功能PHP脚本16629305GeneNotes第一个允许用户收集和管理有关基因/ESTs的多媒体生物信息的应用程序15686593GeneTrack一个基因组数据处理和可视化框架18388141GeneTUKit一个文档水平基因标准化软件21303863GeneXplorer微阵列数据的可视化和分析15458579GenomeView使用动态导航和语义缩放动态地浏览高容量的比对短片段数据22102585GenomeViz可视化微生物基因组15601465Genomorama基因组可视化和分析17570856GenoViewer一个高度用户友好、易于操作的SAM/BAM查看器和比对器工具22359445GenPlay一个多用途基因组分析器和浏览器，识别各种微阵列和测序数据格式21596789GEOquery基因表达综合数据库（GEO）和BioConductor间的一个桥梁17496320GIMP一个跨平台的处理数字图像的免费、开源软件19457798GLITR基于对照数据的随机采样计算一个倍数变化以从ChIP-Seq数据中提取转录因子靶点19553195GO:TermFinder访问基因本体论信息并找到与一列基因相关的显著富集的基因本体论术语15297299GoBean一个GO术语富集可视化探索Java GUI应用程序22360891GOGrapher一个GO图形展示和分析Python库19583843GOlorize一个带有基于本体论的布局和着色的Cytoscape网络可视化插件17127678gputools使得能够在R中进行GPU计算的一个包19850754graph2tab一个转换实验流程图为表格格式的程序库22556367GReEn一个基因组重测序数据高效压缩工具22139935GRiP一个模拟原核生物中转录因子结合的计算工具22426343GSEA基因集合富集分析：一种解释全基因表达谱的基于知识的方法16199517HilbertVis用希尔伯特曲线来可视化基因组数据19297348i-cite一个浏览器扩展，增强了生命科学文献的导航，及链接术语到相应的非文本数据19767300IGB整合基因组浏览器：用于基因组规模数据集的发布、探索、可视化19654113Interpol一个蛋白质序列预处理R程序包21682849interPopula一个访问HapMap计划数据集的Python API21210977IntervalStatsChIP-seq数据集相似性的一个有效统计评估22262674IVEE用基因型谱方法分析基因片段的组合模式，检测甲型流感病毒的传播和重组事件21824442J-Express使用Java来探索基因表达数据11301307JalviewJava多重序列比对编辑器14960472Java Treeview微阵列数据可视化，树状图查看15180930JBrowse下一代基因组浏览器，通过平滑地动态移动，缩放，导航基因组注释19570905jClust一个聚类和可视化工具箱19454618JColorGrid生物学测量值可视化，绘制热图，颜色网格等16640789Jetset挑选最佳的微阵列探针集来代表一个基因22172014JSBML一个处理SBML的灵活Java库21697129jSquid一个图形化在线网络浏览Java小程序18445606JViz.Rna一个RNA二级结构可视化Java工具16220684KEGGgraph一种用R和bioconductor绘制KEGG PATHWAY的图形方法19307239KEGGtranslator可视化并转变KEGG PATHWAY数据库为各种格式21700675KGML-EDKEGG通路图的动态浏览和编辑17142815LeARN检测、聚类和注释非编码RNAs的一个平台18194551limmaGUI一个微阵列数据（双色）线性建模图形用户界面15297296LogoBar带有空位的蛋白质logos柱状图可视化16269415MACS基于模型的ChIP-Seq峰识别软件18798982MAGIC Tool整合的微阵列数据分析工具，开源，多平台15647303MAnorm一个鲁棒的ChIP-Seq数据集定量比较模型22424423MapView台式机上的短序列比对可视化软件（大规模并行测序）19369497Mayday一个微阵列数据分析工作台16500939medpie一个医学留言板帖子信息提取程序包22262673MeQA一个MeDIP-seq数据质量评估和分析流程22199384MethLAB一个基于阵列的DNA甲基化数据分析的图形用户界面程序包22430798Methyl-Analyzer一个分析全基因组DNA甲基化数据的Python包21685051Mfuzz一个微阵列数据软聚类软件包18084642MicroRazerS小RNA片段的快速比对19880369miRExpress分析高通量测序数据以绘制microRNA表达谱19821977miRDeep-P一种分析植物中microRNA转录组的计算工具21775303miRDeepFinder一个植物小RNAs深度测序分析工具22290409miRNAkey一个microRNA深度测序分析软件20801911MochiView用于基因组浏览和DNA motif分析的多功能软件20409324MOF微阵列异常值过滤R函数以辅助不成功阵列的识别19329069Mosaic获得有生物学意义的复杂网络22576176MutationFinder一个从文本中提取点突变提及的高性能系统17495998NGS QC Toolkit一个下一代测序数据质量控制工具包22312429NGSView一个开源、可扩展的下一代测序数据编辑器19855106NLProt从论文中提取蛋白质名字和序列15215466NMPP用户可定制的NimbleGen微阵列数据处理流程17038341NPS用人类中的表观标记，从ChIP-Seq中识别定位的核小体19014516NTAPNimbleGen嵌合阵列ChIP-chip数据分析19468055OBO Explorer一个网络本体论语言中开放生物医学本体论编辑器18056066OMERO灵活的、模型驱动的实验生物学数据（图像）管理22373911OMPC一个开源的MATLAB到Python编译器19225577OpenStructure一个C+编写的灵活的计算结构生物学软件框架，带有Python接口20733063Osprey一个复杂相互作用网络可视化和操作软件平台12620107p3d用于结构生物信息学的Python模块19698094PathBuilder注释和开发通路资源的开源软件19628504PathCase在不同水平上存储、查询、可视化和分析代谢通路的系统18728044PatMaN快速比对短序列到大型数据库上18467344PaVESy生物通路编辑和可视化数据管理系统15105280PDB Editor一个用户友好的、带有图形用户界面的基于Java的PDB文件编辑器19307724PeakRanger一个可在云计算上运行的ChIP-seq峰识别器21554709Phybase一个使用物种树（species trees）进行系统发生分析的R包20156990PileLineGUI一个处理下一代测序研究中基因组位置文件的桌面环境21646339PIQAIllumina G1基因组分析器数据质量评估流程19602525PRIDEViewer一个可视化PRIDE XML文件的新的用户友好的界面21204261ProbKnot包含假结的RNA二级结构的快速预测20699301PsychoPy一个Python编写的心理物理学软件17254636PURE一个基于内容过滤的PubMed文章推荐系统18546494Pybedtools一个操作基因组数据集和注释的灵活Python库21949271PYCHEM多变量分析Python包16882648pymzML质谱数据高通量生物信息学Python模块22302572pySolo一款完整的果蝇睡眠分析套件19369499QuESTChIP-Seq转录因子结合位点的全基因组分析19160518R453Plus1Toolbox一个分析罗氏454测序数据的R/Bioconductor包21349869RefPlus扩展RMA算法，消除因数据集变化而探针集信号变化的影响17623700RGG一个适用于R脚本的通用GUI框架19254356rHVDM一个预测转录因子活性和靶点的R包19074958RightField将本体论注释嵌入到电子表格中21622664Ringo一个分析ChIP-chip数据的R/Bioconductor包17594472RINS高通量测序数据集中非人类序列的快速识别22377895rMAT一个分析ChIP-chip试验的R/Bioconductor包20089513RNA-SeQCRNA-seq质量控制和过程优化度量22539670RNAmuteRNA二级结构突变分析工具16638137RNAplex一个RNA-RNA相互作用快速搜索工具18434344Robin一个基于R的表达微阵列定量评估和分析的直观安装向导应用程序20388663rpy2使用Python方便地调用Bioconductor处理注释数据，微阵列数据和下一代测序数据21210978RseqFlowRNA-Seq数据分析流程21795323Ruffus一个轻量级的计算流程绘制Python库20847218S-MART一个辅助RNA-seq数据分析软件工具箱21998740SAMStat下一代测序比对SAM文件结果统计，监测下一代测序数据中的偏差21088025SAMtools处理序列比对结果SAM格式的软件19505943SBML2LaTeX将SBML文件转换为人类可读的报告19307240segemehl重亚硫酸盐处理的测序数据的快速且敏感的比对22581174Sequence to Structure从序列到结构显示、操作和互相连接RNA数据15905274Sfixem用Java进行图形化序列特征展示15087316ShortRead一个对高通量测序数据进行输入，质量评估和浏览的Bioconductor包19654119SICER一种识别来自组蛋白修饰ChIP-Seq数据富集区域的聚类方法19505939sigterms链接基因表达谱结果和microRNA靶点预测公共数据库18812437Simrank快速且敏感的通用k-mer搜索工具21524302SOAP短寡核苷酸比对程序18227114SOAP2一个改进的超快的短片段比对工具（SOAP改进版），更快，更少内存使用19497933SOAP3超快的基于GPU的短片段并行比对工具22285832SpotXplore在基因调控网络中进行热点（差异表达子网络）表达的可视化探索20861033StampyIllumina测序片段的敏感且快速比对20980556STE浏览系统发生树和进化枝的交互式可视化软件18263642STEM一个短时间序列基因表达数据分析工具16597342STELLAR快速且准确的局部比对22151882SVA序列变异分析器：注释和可视化测序的人类基因组21624899T-PIC基于形状的ChIP-Seq峰识别21226895tacg一个适用