获得lammps data文件的几种方法.doc

方法一最近看到有关lammps中data文件的写法的提问，由于lammps自己产生初始坐标文件的能力和每一个人要模拟的方向不同，因而许多初始坐标要求自己写成data文件，lammps对于读入的data文件有自己的格式要求，所以当格式不符合要求时候会报错，我把自己的一点关于data文件的写法心得总结一下，供大家参考1.首先可以先仔细阅读手册中关于data文件的章节，真正明白data文件的格式及其用法2.可以先模拟例子中和自己领域相关的例子，用restart命令达到可以继续计算的*.rastart文件，在lammps的工具文件夹中有restart2data工具，可以看看手册，怎么使用这个工具，然后吧*.restart文件转化成data文件，这个文件是可以看到格式的，严格按照这个格式修改自己写的data文件，这样就OK了 方法二我仔细看了README以及各位前辈有关msi2lmp工具的使用心得，按照步骤一步一步来的。按照以下顺序来的：1.直接把msi2lmp.exe拷贝到指定文件夹下2.在ms中建立好结构模型后，在ds模块或者forcite模块中指定力场类型，如对xxx结构指定为cvff力场，export结构保存为.car格式，同时自动有.mdf格式的文件生成3.将xxx.car和xxx.mdf文件拷贝到msi2lmp.exe所在的文件夹，并将tools/msi2lmp/biosym_frc_files文件中对应的力场文件拷贝到这个文件夹中（如上面的cvff.frc）4.在这个文件目录下，通过终端命令行./msi2lmp.exe xxx -class I -frc cvff data.xxx 运行程序，运行成功生成data.xxx文件和xxx.lammps05文件，data.xxx是空的可以直接删除，数据在xxx.lammps05文件中但是我执行这个终端命令行，服务器却说是msi2lmp.exe permission denied，只有data.xxx生成，没有xxx.lammps05文件。不知道是什么原因？我在指定力场的时候是直接将所有原子的property中的forcefieldtype 指定为cvff，没有用模块，这样是不是不行啊？如果需要用模块指定力场，是不是要简单运行一下啊？回复：你没有执行msi2lmp.exe 的权限 更改文件的使用权限即可回复：除了xy_zuo说的可能你指定力场的时候也有问题不知道你说的“直接将所有原子的property中的forcefieldtype 指定为cvff”是1，直接把forcefieldtype的值改为“cvff”？2，还是改为cvff力场中对应原子的力场类型？如果是1，那基本上等于没有指定力场，这时你应该在forcite中设置在calculate中先把力场选好，然后在对应力场的more选性中auto指定就可以了property窗口用来修改原子信息，力场类型比较方便，但是指定力场的话 ，你又不知道每一种力场中所有的原子力场类型 怎么可能知道那种原子对应那个符号呢？除非你是对着力场文件，来一一设定的这样是可以，不过也忒麻烦了呵呵 这就是上面的2，不用再解释了吧？ 楼主：呵呵，试了一下。就是msi2lmp.exe 的权限的问题。谢谢各位大侠。新手上路，比较笨拙！ 方法三使用Materials Studio创建并导出模型不得不承认，lammps以及很多其他开源的模拟软件在易用性上做得远不如商业模拟软件。其中最为重要的部分就是model builder和visualizer。即使可以联用一些辅助软件，例如VMD，由于软件间的接口设计或者模拟软件输出格式等问题，也是极为不方便（相比用过VMD显示lammps输出的朋友都有体会吧）。这只是牢骚话，下面转入主题。MS的builder没得说，lammps也有附加工具“msi2lmp”支持把MS支持的文件格式转换为lammps可以使用的格式。其实名字叫msi2lmp，事实上你不能使用*.msi文件最为输入，而应该使用car/mdf组合。*.car文件记录了原子坐标，mdf文件记录了键接方式。使用MS为lammps建模的工作流程是：1. MS中建模2. Typing，也就是为每个原子分配原子类型。这是最重要的一步。因为msi2lmp工具只支持cvff和cff91，所以在MS中一定要为原子预先分配好这两个力场所支持的原子类型！具体做法是，在discover模块中打开setup对话框，energy选项卡中选中cvff或者cff91，然后去typing选项卡，type即可。如果你不希望力场自动分配电荷，可以取消之。对于某些力场不支持的原子类型（有的时候支持的也会分析错，哈哈），typying过程中会报错，你可以在选中那些原子，手工分配原子类型。3. 输出。只要选择car格式export就好了。4. 转换。把msi2lmp.exe和cvff.frc或cff91.frc复制到你存放car/mdf文件的目录中，执行msi2lmp 就可以得到lammps可以使用的数据文件了（就是你的.car文件没有后缀的名称）。msi2lmp默认使用cvff，要使用cff91可以看msi2lmp的帮助信息。最后说明一下，msi2lmp对有些模型会报告不能为某些键角或者两面角找到相关的力场参数，这不一定表示有什么错误。例如sp2杂化的中心原子和其他3个原子所形成的平面结构中，不是所有的键角和improper都需要显示表达的。如果遇到这些警告，你会发现生成的lammps数据文件中有些力场参数是0.000。你要注意检查并确认这些项的确是无关紧要的。最后你运行你的模拟时，你还有可能遇到“Incorrect sign arg for dihedral coefficients”错误，这也和msi2lmp为上述零参数相互作用项生成的数据有关。你只要在lammps数据文件中把那些零参数项的符号参数改为1即可，反正能量参数都是0