NFS+MPICH2 简单集群搭建.doc

NFS+MPICH2 简单集群搭建准备工作：Sudo apt-get install openssh-server( master node)Sudo apt-get install openssh-client(slave node)Sudo apt-get install nfs-kernel-server(master node)Sudo apt-get install nfs-client(slave node)Sudo apt-get install gcc (g+ gfortran 可选)加上所有用户名都是（h）NFS系统配置1. master node（1）用 命令sudo vi /etc/hostname 打开 hostname 文件， 将主机名改为自己想要的名字（如 node0）,保存退出vi编辑器，然后用命令sudo reboot重启， CTR+ALT+t 会在命令行窗口看到刚才改的名字；（2）用命令 sudo vi /etc/hosts 打开hosts 文件，配置hosts文件（如下面形式（3个节点）127.0.0.1 localhost192.168.1.10 node0192.168.1.11 node1192.168.1.12 node2 注意：此时的node0 必须与第一步改的一样 否则启动不了mpich2）（3）第一步，利用命令 cd / 回到根目录，然后 sudo mkdir cluster 创建 共享目录cluster。用ls l 或者ll 查看刚建立的 cluster目录，其属于root用户和root组。用命令 sudo chown h:h /cluster进行修改，再次参考会发现 目录/cluster 已经被改成我们所想要的用户和组；第二步，用命令sudo vi /etc/exports（或者 sudo gedit /etc/exports）打开 exports 文件，并在文件末尾添加如下形式的东西/cluster node0(rw,sync,fsid=0,crossmnt,no_subtree_check)/cluster node1(rw,sync,fsid=0,crossmnt,no_subtree_check)/cluster node2(rw,sync,fsid=0,crossmnt,no_subtree_check)这两句的意思是说 将master node0 的/cluster 目录共享给node1，node2，权限是读和写到此，master node 的NFS配置完毕。最后，运行 sudo exportfs -rv 使配置生效。2. slave nodes 配置（每个slave node）（1）用 命令sudo vi /etc/hostname 打开 hostname 文件， 将主机名改为自己想要的名字（如 node0）,保存退出vi编辑器，然后用命令sudo reboot重启， CTR+ALT+t 会在命令行窗口看到刚才改的名字；（2）用命令 sudo vi /etc/hosts 打开hosts 文件，配置hosts文件（如下面形式（3个节点）127.0.0.1 localhost192.168.1.10 node0192.168.1.11 node1192.168.1.12 node2 保存退出。（3）挂载 master node 的 cluster目：用命令sudo vi /etc/fstab（或者 sudo gedit /etc/fstab）打开 fstab 文件，并在文件末尾添加如下形式的东西node0：/cluster /cluster nfs rw, async,auto,exec,nouser,suid 0 0保存退出。节点之间的ssh 无密码登录所有节点之间都执行相同的操作，在此以master node为例进行操作注：ping node1( ping node2) 看是否都能ping通，否则检查硬件和自己的配置，直到所有节点都ping通之后再继续下面的操作cd ssh-keygen t rsa 一路回车之后cd .ssh (进入 .ssh 目录)ls (会看到 有 id_rsa, id_rsa.pub 两个文件，分别表示公钥和私钥)touch authorized_keys (创建空文件authorized_keys, 制作授权密钥)cp id_rsa.pub /.ssh/authorized_keys scp id_rsa.pub node1:/.ssh/0.pubscp id_rsa.pub node2:/.ssh/0.pub分别进入node1， node2 的.ssh目录执行cat 0.pub authorized_keys所有node 执行上面相同的操作之后，在每个节点分别执行ssh node* ( * 可以代表0, 1, 2中的一个)，如果都不需要输入密码就能进入别的node则说明配置成功，否则检查，直到能无密码登录为止。利用 exit退出登录。（可能出错，出错时将 known-hosts 删除，重新执行（类似cat 0.pub authorized_keys的语句，便可解决）MPICH 2 安装及配置安装：（master node）sudo apt-get install build-essentialsudo apt-get install autoconfsudo apt-get install automake在mpi官网下载最新的mpich2，然后 利用 cp /Downloads mpich2-xxxx.tar.gz /cluster/tar xzvf mpich2-xxxx.tar.gz (解压缩)sudo mkdir mpich2 (新建目 mpich2 用来安装mpich2)cd /cluster/mpich2-xxxx./configure prefix=/cluster/mpich2 -with-pm=mpd (参考mpic2 用户手册 根据自己的需要进行配置) 配置完之后，运行sudo make (需要几分钟时间)(反make： make clean) 完事之后，运行sudo make install (需要几分钟时间)（反install： sudo make uninstall）环境变量配置：（master node 和slave node节点相同部分）cd (回到 / 目录)vi .bashrc (打开 .bashrc 文件，然后 在文件末尾添加如下内容)export PATH=”/cluster/mpich2/bin: $PATH”export PATHexport LD_LIBRARY_PATH=”/cluster/mpich2/lib:$ LD_LIBRARY_PATH”export LD_LIBRARY_PATH保存，退出，然后运行source /.bashrc 加载修改的内容对master node 还多下面一步sudo vi /etc/environment 将PATH 的值修改为(使ssh能够找到)修改前 PATH=”/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games”修改后 PATH=”/cluster/mpich2/bin: /usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games”要使mpich2能够运行还需要一下一些配置master nodecd (回到 / 目录)touch mpd.hostsvi mpd.hosts 添加如下内容，然后保存退出node0node1node2也可以以这种方式node0:num0node1:num1node2:num2其中，numi 为每个节点的cpu数接着配置 .mpd.conf 文件（所有node）cd (回到 / 目录)touch .mpd.confvi /.mpd.conf 添加 MPD_SECRETWORD=mypasswd. 其中mypasswd最好喝用户的密码保持一致chmod 600 /.mpd.conf (修改权