高斯软件的应用方法

计算法讲义,内容提要,绘制构型高斯计算数据查找Cp计算建模,绘制构型,采用chemoffice2004中的chemdraw程序绘制化合物分子的平面构型，见图1。保存上述文件格式为*.cdx（系列化合物按异构体取代位置命名，以1，2，9-PCPT为例）,如129.cdx.,一、平面坐标,绘制构型,采用chemoffice2004中的chem3D程序打开129.cdx文件，得到化合物分子的立体构型，见图2。保存上述文件格式为*.gjc,如129.gjc.,二.空间坐标,绘制构型,用记事本方式打开文件129.gjc,得到化合物的空间坐标，见图3。,三.空间坐标的获取,绘制构型,用图3中的相应坐标替换图4中的相应坐标,保存为*.txt,如129.txt,即为高斯计算输入文件。,四.高斯输入文件的制作,高斯计算,采用Gaussian98程序打开高斯计算输入文件129.txt,可得到高斯计算输出文件129.out.,数据查找,以1，2-PCPT为例，用GaussView程序打开高斯输出文件12.out,查看有无异常，如图5。,一.查错,数据查找,A.用记事本打开12.out,查找，关键词exact,看图6所示数据是否大于零，否则需重新优化计算。,二.查找数据,数据查找,B.查找关键词freq三次后,查找关键词scf,得到E值，如图7，复制数据填入表格相应位置，见图8。,二.查找数据,数据查找,往下拖动页面，应次得到：Ehomo:位于Alphaocc行最后一个数据，见图9。Elumo：位于Alphavirt行第一个数据，见图10.在Totalatomiccharges下面，找取最负电荷，即q-,和氢电荷中最正的，即qH+,见图11u:Dipolemoment行，选tot值，如图12:Exactpolarizability行选第1、第3和第6个数据，取平均值,如图13,二.查找数据,数据查找,C.查找关键词zero,如图14所示，即为ZPE值。如图15，SumofelectronicandthermalEnthalpies后为H值，SumofelectronicandthermalFreeEnergies后为G值。如图16所示，tot行对应着Eth、Cv、S值。,二.查找数据,数据查找,D.查找关键词Mol,区分大小写，如图17所示，取cm*3/mol为单位的数值，类似查找10，取平均值，即为V.,二.查找数据,Cp计算,将高斯计算得到的输出文件(如12.out)optfreq至freq之间的内容删除后保存即可。,一.输入文件制作,Cp计算,把CP计算程序Thermo3.exe放在与刚才保存的文件同一目录下，而后打开所有程序附件命令提示符，输入DOS指令CD来更改目录至CP计算程序Thermo3.exe所在目录下，输入：thermo312.out,确认后出现“scalefactorforfrequency=?”,输入0.95，确认后得到CP计算输出文件THERMO.OUT，更改文件名为12THERMO.OUT即可。,二.CP计算,建模,用SPSS12.0forwindows打开前面数据查找所得的Excel表格，得到如图18所示界面。在工具栏中选择Analyze