Gauss计算步骤.doc

1) Chemdraw画出相应结构式，注意芳香性分子的结构应用“”表示，分子结构完成之后与正常情况下画出分子相比较，看看有没有缺少C或者H原子。2) 确认结构无误后，将芳香性分子粘贴到Chem3D Ultra 8.0中(ChemBio3D Ultra 12.0中无MOPAC且粘贴后分子容易出错)3）点击MOPACminimize energy4) 点击run之后，得到半经验计算构象5) 点击Gaussiancreate input file此处计算的是自由基负离子所以只能选择open shell，unrestricted openshell表示分别计算和电子，自由基阴离子net=-1，spin为2，自旋多重度=2S+1，即单电子数目加16)点击create之后弹出保存按钮对话框，保存成.gjf文件7)启动GaussView5.0，fileopen打开刚才保存的.gjf文件8)calculateGaussian calculation setup此处选择optimization，收敛标准选择use tight convergence criteriaMethod选择基态；charge=-1，spin=2；选择极化函数+弥散函数Job title用于给文件命名此处memory limit用于指定计算所占内存大小，高斯使用默认的内存48M，1MW=8 MB；shared processors用于指定多核处理器，本实验室计算工作站可以选择4，高斯默认为1.一般进行结构优化以及频率计算的时候不保存chkpoint file文件，等单点能以及激发态计算的时候才保存chkpoint file文件。一般ignore symmetry，即忽略分子对称性，因为有时计算结果分子对称性会发生变化；Use Maxdisk用于指定计算所用硬盘大小，默认2G，一般都设置的比较大一点，要不然计算可能出错，我一般用10G或者20G. 再后面的Guess（初始猜测）、NBO（成键轨道分析）和Solvation（溶剂化）不用管。9) 参数设置完成，在检查一遍无错误后，点击editsave即保存Gaussian optimization的input文件，文件类型Gaussian input file。10)点击save会弹出一个写字板文件信息，上面分别记载了计算的一些设置以及原子坐标信息11)关闭写字板文件，会弹出一个提交Gaussian计算的对话框，点击cancel。12)启动Gaussian 09，fileopen打开刚才保存的Gaussian input file文件，再次确认计算指令信息无误后点击软件右上角的run按钮，即可进入计算程序进行构象优化。13) 计算结束，得到高斯计算结果Gaussian Output File，构象优化是计算最耗时部分，一般大于10个小时。14) 打开Gaussview，fileopen打开构象优化得到的Gaussian Output File文件，calculateGaussian calculation setup进行下一步频率计算的参数设置。Job type选择frequency，其他选择默认不进行改动，注意频率计算必须和构象优化使用同一基组，要不然频率计算将失去意义。15) 同构象优化一样，参数设置完毕，点击edit，保存文件为Gaussian input file，按照构象优化相同程序进入频率计算。16）频率计算结束后，输出文件是Gaussian Output File，打开Gaussview，fileopen打开频率计算得到的Gaussian Output File文件，点击Resultsvibration，弹出如下对话框，检查有无虚频：无虚频则说明得到的是最有构象