《WinGX使用方法》doc版.doc

芆莀羂膂莈蚅袈膂蒀蒈螄膁膀蚄蚀膀节蒆羈艿莅蚂袄芈蒇蒅螀芇膇蚀螆袄荿薃蚂袃蒁蝿羁袂膁薁袇袁芃螇螃袀莆薀虿罿蒈莂羇罿膈薈袃羈芀莁衿羇蒂蚆螅羆膂葿蚁羅芄蚅羀羄莆蒇袆羃葿蚃螂肃膈蒆蚈肂芁蚁薄肁蒃蒄羃肀膃蝿衿聿芅薂螅肈莇螈蚁肇蒀薀罿肇腿莃袅膆节蕿螁膅莄莂蚇膄肄薇蚃膃芆莀羂膂莈蚅袈膂蒀蒈螄膁膀蚄蚀膀节蒆羈艿莅蚂袄芈蒇蒅螀芇膇蚀螆袄荿薃蚂袃蒁蝿羁袂膁薁袇袁芃螇螃袀莆薀虿罿蒈莂羇罿膈薈袃羈芀莁衿羇蒂蚆螅羆膂葿蚁羅芄蚅羀羄莆蒇袆羃葿蚃螂肃膈蒆蚈肂芁蚁薄肁蒃蒄羃肀膃蝿衿聿芅薂螅肈莇螈蚁肇蒀薀罿肇腿莃袅膆节蕿螁膅莄莂蚇膄肄薇蚃膃芆莀羂膂莈蚅袈膂蒀蒈螄膁膀蚄蚀膀节蒆羈艿莅蚂袄芈蒇蒅螀芇膇蚀螆袄荿薃蚂袃蒁蝿羁袂膁薁袇袁芃螇螃袀莆薀虿罿蒈莂羇罿膈薈袃羈芀莁衿羇蒂蚆螅羆膂葿蚁羅芄蚅羀羄莆蒇袆羃葿蚃螂肃膈蒆蚈肂芁蚁薄肁蒃蒄羃肀膃蝿衿聿芅薂螅肈莇螈蚁肇蒀薀罿肇腿莃袅膆节蕿螁膅莄莂蚇膄肄薇蚃膃芆莀羂膂莈蚅袈膂蒀蒈螄膁膀蚄蚀膀节蒆羈艿莅蚂袄芈蒇蒅螀芇膇蚀螆袄荿薃蚂 文書内部。外部動作保障Win Gx ver.1.70.01使用方法060804近藤。単結晶X線構造解析一般的流以下A) - F)示手順。理解読。分。A) 測定指数付反射強度得B) 直接法初期構造出。C) 原子正Assign（H以外）、等方性温度因子用最小二乗法最適化D) 重原子順異方性温度因子、最適化（溶媒分子、除）E) H計算位置帰属（重原子入計算。）F) D)除分子異方性問題変更、最適化WINGX 使方。 必要作成(下記方法a)（反射強度）,b)（等）1作成)a-1)hkl - Crystal Structure hkl - export hkl file shelx format作成（absopbtion correction）a-2) hkl -Import reflection -RigakuF2plus-HKLins同名前変更b-1)ins -自作（補足参照）b-2)ins - Crystal Structureevaluate-solve構造出- save as - shelx選保存 指定 - solvea) hkl、ins同一入。（日本語不可）b) Win GX 起動 File - job path - select work folder - ins file 指定c) Model -prelim - assign spacegroup 空間群決定d) comfirm画面出入ins反映。（必須）e) solve-好方法選択解f) 型SXGRAPH開構造確認 save ins fileins file上書Unit cell変更方法(軸変換)a) Model- transform - 適当transformation matrix選択b) 新NEW.ins, NEW.hkl作成指定。c) 必要空間群変更（下記参照）Space Group変更方法a) Data - HKL tool - 上Statics, RMerge, Space group全部b) - space group - check / modify absence condition表示結果消滅則一致確認。増、減 - 可能Space group表示。-check box入空間群決定。c) 解 原子Assigna) Model - Assemble residues原子b) 原子Assign - 変原子選（8個以下）右 - Change group properties - Properties - Sequential Name - New name区切番号（Fe1 Fe2 .etc.）c) Parameters - Scattering factor types - 原子種類選択（原子others選択周期表選）d) Occupation - occupancy変更可能。e) 必要原子消去消原子選択 - delete - selected atomsf)原子移動移動原子選択-transform coords選択-transformation, transition matrix入力（Crystal Structure違、空間群対称操作許容位置移動可能注意。） Refinea) save ins fileins file保存b) winGXrefine(SXGRAPH方良) - Shelxl-97選択c) refine結果更新save ins file保存d) aniso選択右変更（anisoWin GX - refine - open ins fileins file開、ANIS入力）e) refine条件変ins fileL.S. ,PLAN変更f) peak height、温度因子等確認res file確認。refine注意事項 Crystal structure違、以前recover、挑戦的、ins file別名保存行方良 Ins filesave更新。（input fileins file、output fileres file。）efine結果反映必save LS後構造更新一度SXGRAPH閉 一度大量原子情報変更反映。（8個以下？） 一気aniso(重原子順) atom label 100超、Co桁以上ins file上下一桁消去、手入力直 H計算a) 分子場合、H位置計算Fe原子使必要。ins fileCONN Fe1 Fe2 .0(Fe原子距離0結合認識意) - save -refine。b) SXGRAPH - Model - Add Hydrogen - 適当H種類選択 - save （ins file HFIX 43 C1 C2. 等入力良） cif file出方a) ins fileACTA入力-(名).cif作業作成。b) publish - Create CIF - ACTA-C実行詳CIF作成。(cifdoc.cif)c) cifdoc.cif作成時secondary cif利用(名).cif入力項目補填。（Crystal structure作成CIF.cif参考手入力）Cif作成前、Analyze - PLATON - Addsym実行、高対称性空間群良。補足hkl filecrystal clearshelx format出力可能。ins file手書作成可能。書式以下。TITL _化合物名CELL X線波長 a / b / c / a / deg b / deg g / degZERR Z value q,b,c,a,b,gdeviationSFAC 構成元素UNIT unit cell 中各原子数書方例TITL _1_4-Fc2Aq_PhCH2Cl-hexCELL 0.71070 28.2068 9.5406 22.6404 90.000 97.353 90.000ZERR 8.00 0.0065 0.0021 0.00 0.000 0.001 0.000SIZE 0.5 0.2 0.1 #結晶 CrystalClear.cif読。SFAC C H O CL FEUNIT 360 248 16 8 16FMAP 2PLAN 20 #Fourier peak 数L.S. 5 #Least square回数TEMP -160.00 #測定温度ACTA # cif 作成BOND $H # cif中水素結合入CONN $Fe 0 #水素計算Fe入。詳shelx.pdfwinGX同参照。Appendix 1disorder grouprefine。詳下記参照http:/shelx.uni-ac.gwdg.de/peterm/tutorial/disord.htmhttp:/shelx.uni-ac.gwdg.de/SHELX/1. ins file対象原子団part、group分（必須）、且各group中対応原子順番一致並。(必須、間違減、後形状etc束縛便利為。)例 CH2Cl2disorder(但、H省略。赤書加部分)PART 1 (1番目)C1 1 0.209139 0.072108 0.480747 11.00000 0.06015 0.04103 (以下略)Cl1 (以下略)Cl2 (以下略)PART 2 (2番目)C2 (以下略)Cl3 (以下略)Cl4 (以下略)PART 3 (3番目)C3 (以下略)Cl5 (以下略)Cl6 (以下略)PART 0 (disorder group終了以外原子属。)2a) disorder group2場合。（3以上場合2b）進。）一目占有率2、2目-2（1-parameter2意）設定（default1）。例PART 1 C1 1 0.209139 0.072108 0.480747 21.00000 0.06015 0.04103 (以下略)Cl1 2 0.xxxxxx 0.xxxxxxx 0.xxxxxxx 21.00000 (以下略)Cl2 2 0.xxxxxx 0.xxxxxxx 0.xxxxxxx 21.00000 (以下略)PART 2 C2 1 0.xxxxxx 0.xxxxxxx 0.xxxxxxx -21.00000 (以下略)Cl3 2 0.xxxxxx 0.xxxxxxx 0.xxxxxxx -21.00000 (以下略)Cl4 2 0.xxxxxx 0.xxxxxxx 0.xxxxxxx -21.00000 (以下略)PART 03a) 占有率初期値設定。(参考値入力適当良。)FVAR 0.66135 0.5 scale factorparameter2（初期値書refine）4a) refine2b) disorder group3以上存在場合。1占有率2、23、34.設定。例PART 1 C1 1 0.209139 0.072108 0.480747 21.00000 0.06015 0.04103 (以下略)Cl1 2 0.xxxxxx 0.xxxxxxx 0.xxxxxxx 21.00000 (以下略)Cl2 2 0.xxxxxx 0.xxxxxxx 0.xxxxxxx 21.00000 (以下略)PART 2 C2 1 0.xxxxxx 0.xxxxxxx 0.xxxxxxx 31.00000 (以下略)Cl3 2 0.xxxxxx 0.xxxxxxx 0.xxxxxxx 31.00000 (以下略)Cl4 2 0.xxxxxx 0.xxxxxxx 0.xxxxxxx 31.00000 (以下略)PART 3C3 1 0.xxxxxx 0.xxxxxxx 0.xxxxxxx 41.00000 (以下略)Cl5 2 0.xxxxxx 0.xxxxxxx 0.xxxxxxx 41.00000 (以下略)Cl6 2 0.xxxxxx 0.xxxxxxx 0.xxxxxxx 41.00000 (以下略)PART 03b) 占有率初期値設定。(参考値入力適当良。)FVAR 0.66135 scale factor parameter2 parameter3 parameter44b) SUMP合計占有率指定SUMP 1.0 0.0005 1.0 2 1.0 3 1.0 4 合計占有率 deviation 占有率出方場合(1.0 x parameter2 + 1.0 x parameter3 + 1.0 x parameter4) = 1.0 0.0005 。5b) refine今後足。分子形状束縛温度因子束縛分苦情対応 芆袄膁莄芅薄羄芀芄蚆腿膅芃螈羂肁莂袁螅莀莁薀羁莆莀螂螃节莀袅聿膈荿薄袂肄莈蚇肇莃莇蝿袀艿蒆袁肅膅蒅薁袈肁蒄蚃肄羇蒄袆袇莅蒃薅膂芁蒂蚈羅膇蒁螀膀肃蒀袂羃莂蕿薂螆芈薈蚄羁膄薈螇螄肀薇薆羀肆薆蚈袃莄薅螁肈芀薄袃袁膆薃薃肆肂蚂蚅衿莁蚂螇肅芇蚁袀袇膃蚀虿肃腿芆螂羆肅芆袄膁莄芅薄羄芀芄蚆腿膅芃螈羂肁莂袁螅莀莁薀羁莆莀螂螃节莀袅