医学文献检索PPT电子教案-第八章 网络信息资源.ppt

医学文献检索,第八章 网络信息资源,内容提要,1. 搜索引擎 （1）搜索引擎 （2）医学搜索引擎 （3）biome系列搜索引擎概况 （4）瑞士网上健康基金会及其搜索引擎,2. 主要基础医学网络资源 3. 主要临床医学网络资源 4. 循证医学信息资源 5. 生物信息数据库 6. 网上免费信息资源,内容提要,教学基本要求,掌握主要网络搜索引擎及各类网络信息资源的使用方法。 熟悉主要的基础医学和临床医学网络信息资源的检索方法和结果处理，熟悉生物信息数据库的使用方法。 了解搜索引擎的分类和原理以及发展趋势，了解循证医学网络资源及使用方法。,第一节 搜索引擎,一、搜索引擎 1. 搜索引擎定义 搜索引擎又称检索引擎、查询引擎，其英文译名为search engine，广义上是指一种基于internet上的信息查询系统，包括信息存取、信息组织和信息检索；狭义上是指一种为搜索internet上的网页而设计的检索软件（系统）。搜索引擎实际上为专用的web服务器，它利用网络自动快速索引技术、动态缓存技术、分布计算技术、内容评价技术等多种技术手段，能够不断地适应快速增长的用户需求，对互联网各种资源进行有效地组织、标引，并为检索者提供检索。,2.搜索引分类（按工作方式）,搜索引擎,全文搜索引擎 （full text search engine）,目录索引类搜索引擎 （search index/directory）,元搜索引擎 （meta search engine）,第一节 搜索引擎,3. 搜索引擎工作原理,用户搜索数据,从互联网上抓取网页,web 服务器,查找数据和关键字,反馈用户结果,第一节 搜索引擎,4. 搜索引擎发展趋势 着力提高信息查询结果的精度，提高检索的有效性 基于智能代理的信息过滤和个性化服务 采用分布式体系结构提高系统规模和性能 重视交叉语言搜索的研究和开发 学术研究,第一节 搜索引擎,5. 通用搜索引擎的使用方法 在搜索引擎中keyword（关键词）至关重要，无论每一个搜索引擎的制作过程还是搜索过程都离不开keyword，所以在进行搜索之前，选对、选准keyword至关重要。 使用搜索引擎的分类索引，只要找准类别后，一层一层打开即可。,第一节 搜索引擎,（1）全文搜索引擎（以google为例）,关键词输入框： 多个词中间加空格表示“and”，“+”表示”or”，“-”表示“not”。,,第一节 搜索引擎,（2）分类目录式搜索引擎（以dmoz为例） 根据检索需求，按照分类目录导航，层层点击，直到找到所需信息。 也可以在目录查询输入框中键入关键词条，进行查询。,第一节 搜索引擎,,第一节 搜索引擎,（3）元搜索引擎（以bbmao为例） 元搜索引擎在接受用户查询请求时，同时在其他多个引擎上进行搜索，并将结果返回给用户。 在搜索结果排列方面，有的直接按来源引擎排列搜索结果，有的则按自定的规则将结果重新排列组合。,第一节 搜索引擎,,第一节 搜索引擎,二、医学搜索引擎 1. medical matrix medical matrix全称是“medical martrix-ranked，peer-reciewed，annotated，updated clinical medical resources”（经过分级和专家评价、由美国医学信息学会主办，其收集的内容专业、全面，是较重要的医学专业搜索引擎，提供了关键词搜索和分类目录，非常适合临床医师使用。,第一节 搜索引擎,medical matrix,主页,,第一节 搜索引擎,（1）检索方法 简单检索 在输入框中输入关键词，然后选择关键词匹配方式和限定检索范围，点击“search”开始检索，即可获得相应的信息。匹配方式有exact phrase（精确词组或完整句子）、all words（全部单词）和any words（含有任何一个或多个单词）。 通过检索范围下拉菜单可以选择下面资源的全部（entire site）或某一部分。,第一节 搜索引擎,第一节 搜索引擎, 高级检索 点击首页的adanced searching options可进入高级检索界面，高级检索提供了比简单检索更完善详尽的检索功能，在高级检索中除简单检索的匹配方式外还增加了“also search for synonyms of search term”（同时检索检索词的同义词，即支持模糊查询）。 检索范围比简单检索更加完善，并可以对资源的类型或性质进行全部选择和部分选择（可多选）。,第一节 搜索引擎,第一节 搜索引擎,（2）分类检索 分类目录是其主要特色，按各种医学领域分为specialties（专业）、diseases（疾病种类）、clinical practice（临床应用）、literature（文献）、education（教育）、healthcare and professionals（健康和职业）、medical computing，internet and technology（医学和计算机）、marketplace（市场）等8大类。每一大类下再根据内容的性质分为若干亚类，并按英文字顺列。,第一节 搜索引擎,第一节 搜索引擎,（3）检索结果 首先是网站在检索结果中的序号，序号后面的黑体字为资源名称，可以通过点击它进网站，下面的红星代表该网站的质量级别，级别后面是网站介绍和点评，“（）”中分别是该网站中与查询最相关资源的链接点和该网站在medical matrix资源数据库中的详细著录信息。,第一节 搜索引擎,第一节 搜索引擎,2. medscape medscape是最早的优秀的医学专业门户之一（2007年amedeo community测评的最好医学网站排名第4），目前是webmd的一部分。主要为临床医生和其它医学工作者提供高质量的及时的专业医学信息。,第一节 搜索引擎,主页,第一节 搜索引擎,3. scirus（） scirus是目前互联网上最全面、综合性最强的科技文献门户网站之一，由elsevier科学出版社开发。scirus除收录大量（超过3亿）科技相关网页（其中包括4300万个edu站点、580万个org站点、570万个ac.uk站点、450万个com站点和200万个gov站点以及1700万个其它信息源）外，还包括medline、pubmed、pubmed central biomed central、sciencedirect、md consult等几十家数据库服务商、出版商及大学拥有的数字化信息。,第一节 搜索引擎,,主页,第一节 搜索引擎,高级检索,日期 类型 格式 内容 领域,第一节 搜索引擎,检索结果,第一节 搜索引擎,三、biome系列搜索引擎概况 biome是一个针对互联网上优秀医药卫生和生命科学资源的搜索引擎系列。服务对象是学生、研究人员、大学教师和执业医师。该网站由诺丁汉大学greenfieldbiome核心工作组创立并维护。该工作组得到了联合信息系统委员会的资助。后由英国七所大学资源进行整合，共同构成综合性网络资源搜索门户intute，包含科学技术、人文艺术、社会科 学、健康与生命科学（biome） 4个服务模块。ute.ac.uk/healthandlifesciences 或http:/biome.ac.uk,第一节 搜索引擎,biome系列搜索引擎由biome（即health and life sciences）本身和6个专业引擎和3个附属搜索引擎bioethicsweb、medhist和psci-com组成。,第一节 搜索引擎,biome（health and life sciences）系列搜索引擎,第一节 搜索引擎,omni（medicine）检索方法： omni提供给用户3种检索方法，即simple search（简单检索）、advanced search（高级检索）和browsing（分类浏览）。简单检索和高级检索都对大小写不敏感，为用户提供了方便。,第一节 搜索引擎,第一节 搜索引擎,高级检索,第一节 搜索引擎,四、瑞士网上健康基金会及其搜索引擎 网上健康基金会（the health on the net foundation，hon）是一个非营利性的国际组织。该组织于1995年创建于瑞士，是为了提高网上医学健康信息的质量，方便病人和医学专业人员能够快速地检索到最新的相关医学研究成果。hon制定了医药卫生网站开发者的道德规范。hon网站有英文版、法文版、德文版、西班牙文版，统一的网址是：http:/www.hon.ch。 hon网站提供了相当丰富的资源和服务，其中最重要的是网上资源搜索引擎（medhunt和honselect）、医学图像资源（honmedia）和专题档案（hon dossier）。此外还有新闻、医学会议消息等内容。,第一节 搜索引擎,第一节 搜索引擎,1. medhunt （http:/www.hon.ch/medhunt） medhunt是致力于医药卫生领域、全文匹配的搜索引擎，它使用网际“机器人”技术自动从网上搜索医药卫生资源并进行处理。该搜索引擎有英文、法文、德文和中文版本（这里的讲解和示例使用英文版，中文版是检索界面）。,第一节 搜索引擎,检索方法: medhunt检索方法简单，检索方法遵从以下规则：检索式对字母大小写不敏感；一些虚词（冠词、介词、代词、连词以及网页中的导航词back、top、up等）由于没有实际意义而被忽略，医学术语中的虚词除外。,第一节 搜索引擎,第一节 搜索引擎,“机器人”自动获得的站点和网页数量,遵守“医药卫生网站开发者道德规范（honcode）”的网站数量,hon访问并描述过的网站数量,检索结果,第一节 搜索引擎,2. honselect（http:/www.hon.ch/honselect） honselect是一个多语种、智能型、功能强大的针对医药卫生领域中不同种类网络资源的搜索引擎，它具有英文、法文、德文、西班牙文、葡萄牙文、意大利文和荷兰文等7个版本。 honselect检索的核心是nlm的33000多个医学主题词（mesh）。honselect不仅允许读者查访医学主题词的等级结构和释义，而且通过mesh系统将四个分散异构的数据库整合到一起。,第一节 搜索引擎,检索方法 honselect提供了分类月录式检索和关键词检索方法。分类目录式检索有4个入口：diseases（疾病）、viruses & drug（病毒和药物）、anatomy（解剖）、psychiatry and psychology（精神病学和心理学）。关键词检索可以在表单中输入单词和词组，其中的虚词一般会被忽略，另外通过下拉菜单进一步限定。,第一节 搜索引擎,第一节 搜索引擎,检索结果 如果mesh中有不止一个主题词含有读者的检索词，则全部列出；与检索词密切相关（但不含有检索词）的主题词也全部列出。读者可根据需要选择其中的一个主题词进入。各种检索方法显示结果的页面结构基本相同。,第一节 搜索引擎,honselect关键词检索结果显示,第一节 搜索引擎,第二节 主要基础医学网络资源,一、gross anatomy guides at tufts （tufts大学人体解剖学指导） /medgross/images.htm 由位于美国波士顿的tufts大学医学院解剖学与细胞生物学系主办。该网站提供有关解剖学的站点链接，其中包含丰富的参考资料。主要内容有： tufts大学解剖学系头颈部解剖学课程内容、断面解剖学、 tufts大学解剖学系人体解剖过程指导、3d解剖学图片、解剖学相关网址。,/medgross/images.htm,第二节 主要基础医学网络资源,二、the american association anatomists （美国解剖学家协会，aaa） 美国解剖学家协会是美国最大的解剖协会，l888年始建于美国华盛顿，初始目的在于促进解剖科学的发展。其成员来自世界各国的相关专业，包括医学基础教育、医学图像工作、细胞生物学、遗传学、分子发育学、内分泌学、组织学、神经科 学、法医学、显微镜、自然人类学等。今天它已成为那些致力于解剖学形态、功能的研究及教育人员的家园。,第二节 主要基础医学网络资源,,第二节 主要基础医学网络资源,三、the american physiological society（美国生理学会，aps） /,美国生理学会成立于1887年，是faseb的成员之一，其宗旨是通过最新的有价值的生理学信息促进生理学信息交流及科研与教育的快速发 展。aps提供出版物包括aps出版发行16种涉及生理学各个方面的学术性期刊，其中包括美国生理学期刊（ajp）的8个分册。普通用户可以阅读出版后一年之前的全文资源，部分新资源可以在线全文阅读。,第二节 主要基础医学网络资源,第二节 主要基础医学网络资源,四、college of american pathologists （美国病理医师学会，cap） ,美国病理医师学会是世界上最大的由病理医师组成的联合会，包括世界各国l5000多个会员及实验室团体。学会致力于临床实验室步骤的标准化和改进，被公认为是实验室质量保证的领导者。cap的电子出版物-病理与实验室医学杂志“archives of pathology and laboratory medicine”刊载病理学及医学实验相关的文章，该电子版杂志不仅可浏览论文摘要，还可免费浏览全文。,第二节 主要基础医学网络资源,第二节 主要基础医学网络资源,五、美国药理学与实验治疗学学会 aspet ,aspet成立于1908年，目前是由4800成员组成，其中包括药学研究领域、医药工业和政府代表组成，以对抗疾病致力开发新药与治剂为宗旨。 该网站内容主要包括：会议与产品、出版物、药理学教育资源、药学资源链接、培训计划、政府与公共事务等，其中出版物包括该学会的5种期刊。,第二节 主要基础医学网络资源,第二节 主要基础医学网络资源,六、american society for biochemistry and molecular biology （美国生物化学与分子生物学会，asbmb） ,美国生物化学与分子生物学会成立于1906年，是一个非盈利性的科学与教育组织，拥有来自学 院、大学、政府研究室及等研究机构的会员10000多人。学会的目标是通过出版物、学术会议和人才培养促进生物化学与分子生物学的发展。,第二节 主要基础医学网络资源,第二节 主要基础医学网络资源,第三节 主要临床医学网络资源,一、internal mdlinx（内科医学网）/internalmdlinx,mdlinx由近40个专业网站组合而成，intemal mdlinx只是其中的一个关于内科学的网站。该网站由内科临床医师自发组织创建，其目的是为内科医师提供最集中的专业信息资源：各种内科疾病的诊断、治疗等临床信息。其主要读者对象为临床医师、护士。该网页定期更新，用户可在网页左侧的目录中选择所需内容来查看最新的消息、文摘或全文（部分全文是免费的），同时还可输入关键词进行检索。,第三节 主要临床医学网络资源,二、american college of physicians-american society of internal medicine（美国医师学会-美国内科学会，acp-asim）,成立于1915年，是美国最大的医学专业协会。它的宗旨是培养高超的行业水平和职业的医学道德来促进国民的健康水平。该网站的主要读者对象为内科医生和内科各专业的医务人员，包括心血管学、胃肠病学、肾病学、肺病学、内分泌学、血液学、风湿病学、神经学、肿瘤学、传染病学、变态反应和免疫病、老年病学等学科。该网站提供的服务很多，内容涉及临床、科研和教育各方面。,第三节 主要临床医学网络资源,第三节 主要临床医学网络资源,三、the merck manual of diagnosis and therapy（merck诊疗手册） /mmpe/index.html /manual/index.html,默克诊疗手册（主网站2007年amedeo community测评的最好医学网站排名第23）作为美国默沙东公司（在美国称为默克公司）对医疗界提供的非营利性服务，自1899年出版第一版默克诊疗手册以来至今已再版了17版。并翻译成16种语言，发行量超过了一千万本，它也是英语中连续出版的最古老的医学参考书。读者可免费阅读全文，可输入关键词对该书进行检索。,第三节 主要临床医学网络资源,第三节 主要临床医学网络资源,第三节 主要临床医学网络资源,四、american heart association（美国心脏协会，aha） ,美国心脏协会美国心脏协会是美国全国性的非政府卫生机构，是国际学术影响较大、历史悠久的心血管学术团体，目的是降低心血管疾病的致残率和死亡率。该协会网站提供了丰富的科研、医疗、教学资源和信息。,第三节 主要临床医学网络资源,第三节 主要临床医学网络资源,五、american college of cardiology（美国心脏病学会，acc） ,美国心脏病学会网站的主要功能是为心血管专业人员提供高质量的继续教育机会，并为心血管疾病的治疗提供权威的临床实践指南、治疗标准和最新信息，以促进心血管疾病的基础和临床研究。该网站提供的主要服务包括三个方面，即临床实践、继续教育和信息服务。,第三节 主要临床医学网络资源,第三节 主要临床医学网络资源,六、national heart，lung and blood institute（美国国立卫生研究院心肺血液研究所，nhlbi） ,美国国立卫生研究院心肺血液研究所是美国国立卫生研究院的下属机构之一，是世界最大的心肺血液研究机构。为患者和专业医学人员提供关于心脏、血管、肺脏、血液、血液研究和睡眠障碍的内容。另外还有链接到关于nhlbi基础研究、临床试验和教育计划等内容。nhlbi提供的信息资源包括会议消息、临床诊疗指南、临床试验、最新信息、nhlbi下属各实验室的科研情况等。,第三节 主要临床医学网络资源,三、the merck manual of diagnosis and therapy（merck诊疗手册） /mmpe/index.html /manual/index.html,默克诊疗手册（主网站2007年amedeo community测评的最好医学网站排名第23）作为美国默沙东公司（在美国称为默克公司）对医疗界提供的非赢利性服务，自1899年出版第一版默克诊疗手册以来至今已再版了17版。并翻译成16种语言，发行量超过了一千万本，它也是英语中连续出版的最古老的医学参考书。读者可免费阅读全文，可输入关键词对该书进行检索。,第三节 主要临床医学网络资源,七、the cardiothoracic surgery network（心胸外科网，ctsnet） ,心胸外科网由心胸外科专业的三个主要学会，即：胸外科医师学会（the society of thoracic surgeons）、美国胸外科协会（american association for thoracic surgery）、欧洲心胸外科协会（the european association for cardio-thoracic surgery）主办，其他30多个心胸外科组织协办。该网站的主要用户为临床心胸外科医师及其相关专业人员，同时也向患者及家属介绍心、肺、食管等疾病的诊治信息。,第三节 主要临床医学网络资源,第三节 主要临床医学网络资源,八、the society of thoracic surgeons（胸外科医师学会，sts） ,胸外科医师学会是一个非营利性组织，成立于1964年，目前由全世界5400多名会 员，包括外科医生、研究员及专家等，该学会目的是通过教育、科研及倡导以提供医学的能力，该网站在促进学科发展上起着举足轻重的作用。,第三节 主要临床医学网络资源,第三节 主要临床医学网络资源,九、american association for thoracic surgery（美国胸外科协会，aats） ,美国胸外科协会成立于1917年,该协会由来自于解剖、生理、病理、内科、外科、放射、麻醉等专业成员组成，aats重视其教育职能，举办的年会、学会等在专业领域内有享有较高声誉。在网站首页上提供了此方面的大量信息，如：在华盛顿举行的第82届、81届年会网络出版物、2001年度报告等。在第81届年会出版物中设7个专题列出相关文献，即成人心脏外科、先心病、胸外科总论、科技全会、住院医师论坛、急症抢救与技术论坛和争鸣等。,第三节 主要临床医学网络资源,第三节 主要临床医学网络资源,一、循证医学概念,循证医学（evidence-based medicine， ebm）又称为“证据医学”、“实证医学”、“求证医学”，即遵循遵循科学依据的医学，是在个人经验基础上，借助科学依据做出医疗决策、处置患者的过程。 “慎重、准确和明智地应用当前所能获得的最好的研究依据，同时结合医生的个人专业技能和临床经验，考虑病人的价值和愿望，将三者完美地结合制定出病人的治疗措施” -david sackett 怎样实践和讲授循证医学,第四节 循证医学信息资源,第四节 循证医学信息资源,二、循证医学产生的背景,信息与网络的迅猛发展 人类疾病谱发生变化 临床科研方法学兴起 meta分析引入临床研究 临床经济学的发展对临床医疗实践及卫生管理提出新的要求 制药业的蓬勃发展给临床决策带来困惑 临床证据的出现,三、实施循证医学实践步骤,（1）确定临床实践中的问题 （2）检索有关医学文献 （3）严格评价文献 （4）应用最佳证据，指导临床决策 （5）通过实践，提高临床学术水平和医疗质量,第四节 循证医学信息资源,四、循证医学网络资源,（一）循证医学图书馆 cochrane图书馆（cochrane library, cl）是国际cochrane协作网的主要产品，cl是协作网以光盘（cd-rom）或网络形式发表的电子刊物，目前cochrane图书馆包含以下几个数据库其中只有cochrane database of systematic reviews（又称为cochrane reviews）及cochrane database of methodology reviews（又称为methods reviews）这两个数据库提供提供全文，其他子资料库只提供摘要。,第四节 循证医学信息资源,第四节 循证医学信息资源,1. cochrane reviews （cochrane database of systematic reviews, cdsr） 该库收集了各cochrane系统评价组在统一工作手册指导下对各种健康干预措施所作的系统评价，包括全文（completed reviews）和研究方案（protocols）。 检索方式有分类浏览和关键词检索两种（其它几种数据库检索方式与本数据库类似）：,第四节 循证医学信息资源,（1）分类浏览 by topic：按照crg的主题分组，分成50组主题，再分别依照组的疾病或部位作逐级分组。,第四节 循证医学信息资源, new reviews：本季新的文章，包括review、protocols、methodology、methodology（评价方法，并在题名后标注，格式有网页和pdf两种。,第四节 循证医学信息资源, updated reviews：上一季有更新的文章，与new reviews排列方式相似。,第四节 循证医学信息资源, a-z：所有系统评价文献，按英文字母排序。与new reviews排列方式相似，并且还可以按照protocol、review、protocols and reviews分组进行浏览。,第四节 循证医学信息资源, by review group：依照crg的51个分组，將reviews和protocols的文章按照字母排列。,第四节 循证医学信息资源,（2）关键词检索 关键词检索有简单检索、高级检索、主题词检索等。 简单检索：在输入框中输入关键词，点击go即可检索，检索历史可以存储。在此方式下，通过下拉菜单，可以进行限定检索，可以将检索词在标题、著者、摘要、出版类型等范围内限定。检索结果可以显示和存储。,检索结果界面,第四节 循证医学信息资源, 高级检索：可以进行布尔逻辑检索、限定数据库和时间范围等。检索结果与简单检索类似。,第四节 循证医学信息资源, mesh检索：方法与pubmed的检索方法类似，检索结果同简单检索相同。,第四节 循证医学信息资源,2. other reviews（database of abstracts of reviews of effects，dare） 该库是经过严格审核的系统评价摘要数据库；每个摘要包括总结概述，以及标准的说明，与cdsr不同的是它只收集了评论性摘要、题目及出处，而没有全文。浏览内容需要注册。,第四节 循证医学信息资源,第四节 循证医学信息资源,3. clinical trials（cochrane central register of controlled trials, central）,central资料来源于各系统小组和其它组织的专业临床试验资料库以及在medline、embase上被检索出的临床试验报告。还包括全世界cochrane协作网成员从有关医学杂志、会议论文集和其尚未出版的临床试验计划。内容包括文献标题、出版来源及文献摘要，不包含全文。,第四节 循证医学信息资源,基本检索,基本检索,基本检索,第四节 循证医学信息资源,4. methods studies（cochrane methodology register, cmr）,该库汇集已出版的且针对产生对照试验方法使用的书目信息，信息来源包括，图书、期刊、会议记录等，部分有摘要，不包含全文。需才能注册使用。,第四节 循证医学信息资源,5. technology assessments（health technology assessment database）,该库收录全球健康技术管理评价（即医疗技术评价）的信息，其中包括进行中的计划和健康技术评价的出版信息和摘要，需注册才能使用。,第四节 循证医学信息资源,6. economic evaluations（nhs economic evaluation database, nhseed）,该库收录卫生经济评估相关的文献摘要，文献主要来自重要医学期刊及书目数据库，包含治疗方式的比较、成本和治疗效果等。需注册才能使用。,第四节 循证医学信息资源,（二）trip数据库,trip数据库收录70个以上的高质量医学信息资源，并与相关杂志和电子教科书进行链接。其中有cochrane系统评价摘要，也有循证医学方面的杂志和相关网站上的系统评价、相关问题问答、在线高质量医学专业杂志的原始研究和评价性文章、指南、电子教科书等，因此既可直接检索出二级研究杂志上的系统评价等，也可对一些在线的高质量的原始研究杂志进行检索。检索时可一次打开多个数据库，每种数据库及其检索结果用不同的颜色加以区别，十分方便选择性浏览相关内容。,第四节 循证医学信息资源,基本检索,分类浏览,第四节 循证医学信息资源,（三）sumsearch ,该网站是搜索循证医学资源的元搜索引擎，最大优点是能帮助临床医生快速获得所需的证据，对临床实践很有帮助。可同时检索cochrane系统评价（dare摘要，pubmed，ngc，）,可针对病因、诊断、治疗、预后等进行检索。该网站支持布尔逻辑运算符和模糊检索，并可以对年龄、人类、语种等进行限定。对输入的检索词可以进行通过链接nih的mesh主题词库进行检查，规范用词。检索结果按类别列出，如将系统评价、指南、原始研究论文等分类列出。,第四节 循证医学信息资源,第四节 循证医学信息资源,（四）clinical trials http:/www.clinicalt,clinical trials数据库美国国立卫生研究院提供的临床研究信息的数据库，记录了病人使用新药及新的治疗方案的信息。目前包含154个国家52832条试验记录。信息量大，更新迅速。 检索方法：包括分类浏览和关键词检索。,第四节 循证医学信息资源,第四节 循证医学信息资源,基本检索,第四节 循证医学信息资源,第五节 生物信息数据库,医学生物信息学是医学、生物学、计算机科学和信息科学等多学科交叉而形成的一门新兴科学。它对各种医学和生物学的信息、资 料、数据进行搜集、储存、整理计算和分析，形成可再生的资源，为医学科学的发展提供全方位的支持。数据是医学生物信息学的基础，建立以疾病为中心，贯穿病理、药理、基因、蛋白、调控等方面数据的数据库是医学生物信息的核心。数据库是生物信息学的主要内容，各种数据库几乎覆盖了生命科学的各个领域。,一、基因和基因组数据库 （一）genbank /genbank/index.html,genbank（2007年amedeo community测评的最好医学网站排名第43）库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心（ncbi）1982年建立和维护的。它的数据直接来源于测序工作者提交的序列，由测序中心提交的大量est序列和其他测序数据，以及与其他数据机构协作交换数据而来。genbank每天都会与欧洲分子生物学实验室（embl）的核酸序列数据库、日本国立遗传学研究所的dna数据库（ddbj）交换数据，使这3个数据库的数据同步。genbank的数据可以从ncbi的ftp服务器上免费下载，可以是完整库或积累的新数据。ncbi还提供广泛的数据查询、序列相似性搜索以及新序列提交，用户可以从ncbi的主页上找到这些服务。,第五节 生物信息数据库,第五节 生物信息数据库,（二）人类基因组数据库（the genome database , gdb） /,人类基因组数据库（gdb）（2007年amedeo community测评的最好医学网站排名第46）于1990年初建于美国约翰霍普金斯大学，以支持国际合作的人类基因组计划，是一个专门汇集存储人类基因组数据的数据库，其中包括了全球范围内致力于人类dna结构和100，000种人类基因序列研究的分析成果。对从事相关领域的研究人员具有重要的参考作用。gdb的目标是构建关于人类基因组的百科全书，除了构建基因组图谱之外，还开发了描述序列水平的基因组内容的方法，包括序列变异和其他对功能和表型的描述。,第五节 生物信息数据库,第五节 生物信息数据库,二、蛋白质数据库 （一）uniprot 蛋白质数据仓库 /,蛋白质数据仓库uniprot是美国国家卫生研究院 （nih）、欧洲生物信息学研究所等多家研究中心和研究院ebi将pir、swiss-prot和trembl统一起来而建立的。uniprot包含3个部分：（1）uniprot knowledgebase（uniprotkb），这是蛋白质序列、功能、分类、交叉引用等信息存取中心；（2）uniprot non-redundant reference（uniref）数据库，该数据库将密切相关的蛋白质序列组合到一条记录中，以便提高搜索速度；（3）uniprot archive（uniparc），是一个资源库，记录所有蛋白质序列的历史。用户可以通过文本查询数据库，可以利用blast程序搜索数据库，也可以直接通过ftp下载数据,另外提供相关分析工具及蛋白质数据提交工具。,第五节 生物信息数据库,第五节 生物信息数据库,二、蛋白质数据库 （二）pdb /pdb,pdb是国际上惟一的生物大分子结构数据档案库，由美国brookhaven国家实验室建立。pdb收集的数据来源于x光晶体衍射和核磁共振（nmr）的数据，经过整理和确认后存档而成。目前pdb数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织（rcsb）负 责。rcsb的主服务器和世界各地的镜像服务器提供数据库的检索和下载服务，以及关于pdb数据文件格式和其他文档的说明。使用rasmol等软件可以在计算机上按pdb文件显示生物大分子的三维结构。,第五节 生物信息数据库,第五节 生物信息数据库,三、功能数据库 （一）kegg (京都基因与基因组百科全书) http:/www.genome.ad.jp/kegg,kegg是基因组破译方面的数据库。pathway数据库整合当前在分子互动网络（比如通道，联合体）的知识； brite数据库提供蛋白质功能分类的知识；genes数据库提供关于在基因组计划中发现的基因和蛋白质的相关知识；kegg的compound、glycan、reaction数据库提供生化复合物及反应方面的知识；ligand数据库，包含关于化学物质、酶分子、酶反应等信息。kegg提供了java的图形工具来访问基因组图谱，比较基因组图谱和操作表达图谱，以及其他序列比较、图形比较和通路计算的工具，可以免费获取。,第五节 生物信息数据库,第五节 生物信息数据库,（二）dip (database of interacting proteins) ,dip是相互作用的蛋白质数据库，收集了由实验验证的蛋白质-蛋白质相互作用。数据库包括蛋白质的信息、相互作用的信息和检测相互作用的实验技术三个部分。用户可以根据蛋白质、生物物种、蛋白质超家族、关键词、实验技术或引用文献来查询dip数据库。,第五节 生物信息数据库,第五节 生物信息数据库,第六节 网上免费信息资源,一、highwire press ,highwire press（2007年amedeo community测评的最好医学网站排名第40）是斯坦福大学图书馆于1995年开始建立的科学与医学文献库，是目前世界上两个最大的免费科技期刊文献全文数据库之一，收录内容涉及物理、生物、医学和社会学等领域的期刊，目前收录论文460多万篇，可提供免费期刊论文180多万篇。整合免费期刊314种：其中43种完全免费，22种免费试用，249种某特时间后免费（时间从3个月至三年不等）。在免费期刊中包括很多核心期刊。,免费期刊列表链接,第六节 网上免费信息资源,第六节 网上免费信息资源,基本检索,免费期刊列表,二、free medical journals ,free medical journals（2007年amedeo community测评的最好医学网站排名第6）是由法国的bernd sebastiankamps建立的免费医学期刊信息网站，目的是促进网上免费医学期刊的利用。free medical journals目前收录1000余种免费全文医学期刊，分english、fre