科研公开课文献精读（一）

科研公开课：文献精读（第一节）讲者：魏晓为南京医科大学附属南京医院（南京市第一医院）课程的目的分享文献阅读经验培养文献阅读理解能力锻炼科研思路-文献阅读-科研思路的学习模式文献综述的学习与撰写文献阅读的意义文献专业知识科研知识科学思维学术视野告诉我们大家都在研究什么告诉我们还能做什么告诉我们怎么做文献阅读的常见问题阅读文献的三大问题：坐不住，记不住，想不开（摘自唐凌峰博客）坐不住：过量阅读、疲劳阅读。。。记不住：盲目阅读、无中心阅读想不开：缺乏科学思维文献阅读的层次络

摘阅读层次泛读阅读文献的标题、摘要、前言、结论，判断文献是否与研究课题相关精读与研究课题相关的文献要精读，精读时需要思考一下几点：论文解决了什么问题、研究现状是什么、现实意义有哪些、解决问题时采用了什么方法、本研究有什么不足等阅读总结自己学到了什么 自网科研思路的培养-泛读到精读泛读-精读贯穿科研的整个过程，一定是发现问题、论证问题、提出新问题的循环过程泛读问题精读论证问题文献精读的意义文献精读是指针对在文献泛读的基础上提炼出来领域针对性强、内容可信度高、参考价值高的一系列文献，深入阅读理解此类文献的研究思路、方法及结果，以获得有效的信息训练、拓展自身的科研思维，指导课题的设计及文章的书写。广义的精读精准、高效的检索精确的阅读精髓的领悟文献精读的基础具有一定的英文基础具有一定的文献检索能力过程即是锻炼具有一定的科研思维能力具有一定的文献阅读方法文献精读-首先学会检索英文文献的检索获取文献的效率文献质量的鉴别文献检索SCI(科学引文索引

)：(Science

Citation

Index,

SCI)是由美国科学信息研究所(ISI)1961年创办出版的引文数据库，其覆盖生命科学、临床医学、物理化学、农业、生物、兽医学、工程技术等方面的综合性检索刊物。EI(工程索引

)：(Engineering

Index，EI),

由美国工程信息公司出版，报道工程技术各学科的期刊、会议论文、科技报告等文献。ISTP(科技会议录索引

)：(Index

to

Scientific

&Technical

Proceedings，ISTP)，由ISI出版，报导世界上每年召开的科技会议的会议论文。常用SCI检索网站优点：中文界面、涵盖中文文献数据库、操作简便、功能便利小功能丰富、但文章页面信息有限，无法直接获取作者及摘要信息常用SCI检索网站PubMed(http://www./pubmed)是由美国国立医学图书馆（National

Library

of

Medicine，NLM)

的国家生物技术信息中心（NationalCenterfor

BiotechnologyInformation，

NCBI)开发的一个以网络为基础的医学文献检索系统PUBMED-科研人员的检索首选资料全面：收录从1948年至今80多个国家和地区37种文字的5400多种生物医学期刊上的文献；实时跟新：每日更新（周二到周六），每天增加约3000条完整记录；文献信息完善：PUBMED引文90%为英文文献，79%有英文摘要生物信息查询：提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务PUBMED文献数据库MedlineIn

Process

CitationsPublisher-Supplied

CitationsOldMedlineMEDLINEMEDLINE是PubMed的主体，文献记录均使用美国国立医学图书馆的《医学主题词表》（MeSH）进行主题标引；MEDLINE内容涉及临床医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健和基础医学，其内容已覆盖了美国及其它70多个国家和地区的4,500余种期刊。MEDLINE所提供的在线检索内容只起始于1976年，

而早于60年代中期（1966）的引文条目，则可在NLM所提供的OLDMEDLINE服务在线检索。IN

PROCESS

CITATIONS为加快报道速度，

1996年8月开始，

PubMed将尚未标引MeSH主题词、文献类型的最新文献记录先

存入临时库中，该库中的记录只具有简单的书目信息和文摘、记录标记为[PubMed-inprocess]，In

Process

Citations中的数据经标引部门标引主题词、文献类型、GenBank获取号等标引数据后加入到Medline数据库之中。PUBLISHER－SUPPLIED

CITATIONS由出版商直接提供的电子版文献，数据记录末尾标注为[PubMed-as

supplied

by

publisher]。有些出版商允许

在网络上提供正式出版前的文献，刊登此文献的杂志标注为[Epub

ahead

of

print]。这样标记的数据，大部分进入“in-process”，经过MeSH标引后再转入“indexedfor

MEDLINE”。此外，还有少部分出版商提供的文献不进行标引，保持[PubMed-as

supplied

by

publisher]标识或[PubMed]标识。OLDMEDLINE

OldMedline:收录部分1966年以前出版且未被Medline收录的文献记录，标识为[PubMed-OldMedline]。PUBMED主要可检索字段AD(Affiliation

):ALL(All

Fields):AU(Author):DP(Publication

Date):EDAT(Entrez

Date):1AU(First

Author

Name):FAU(Full

Author

Name):LASTAU(Last

Author)IP(Issue):IS(ISSN):LA(Language):第一作者所属单位和地址全部字段作者姓名出版时间录入时间第一作者姓名作者姓名全称(02年以后）

最后一个作者（通讯作者）

期号、部分号、增刊号国际标准刊号原文语种Journal

[TA]：MeSH

Major

Topic

[MAJR]：MeSH

Subheadings

[SH]：MeSH

Terms

[MH]：Title/Abstract

[TIAB]：TA(Journal

Title

Abbreviation):TW(Text

Words):VI(Volume):UID（PMID）：期刊名称（含全称、缩写、ISSN号）MeSH主要主题词，用*表示MeSH副主题词MeSH主题词

题目/摘要刊名缩写文本词卷号PubMed文献唯一识别主题词搜索在检索式提问框中输入一个或更多的词，PubMed就会利用`

自动词语匹配'功能将重要的词或词组用`AND'组合在一起进行检索。在多个检索词间可使用布尔逻辑运算符“AND”、“OR”、“NOT”

，需注意的是，逻辑运算符须用大写字母，逻辑运算符的优先顺序为从左向右的顺序，可通过加括号提高运算的优先级。对于输入检索框中未加标识的检索词，PubMed依次在下列词表中查找匹配的内容：MeSH

translation

tableJournals

translation

table

3.Full

Author

translation

table

4.Author

index5.Full

Investigator

(Collaborator)

translation

table

6.Investigator

(Collaborator)

indexMESH

TRANSLATION

TABLEMeSH为Medical

Subject

Headings的缩写，是美国国立医学图书馆编写的医学主题词表)，MeSH注释表包括MeSH词、副主题词、MeSH词相关参照(也称款目词)、物质名称、物质名称

同义词等。如果输入的检索词在注释表中发现有匹配的词，

则该词将被作为MeSH词和自由词(即text

word)同时进行检索。例如，如果我们输入Cancer，PubMed会按：(“Neoplasms［MeSH］OR

cancer［tw］)，Neoplasms是cancer的MeSH词。如何了解MESH词组/JOURNALS

TRANSLATION

TABLE包括期刊名全称、期刊名MEDLINE缩写、ISSN号。例

如，如果你输入“NewEnglandJournalofMedicine”，

PubMed将按“N

Engl

J

Med［ta］”查询。如果期刊名称正好是医学主题词表(MeSH)中的词，

PubMed会将其当作MeSH词进行检索。因此，在此种情况下应使用期刊名称检索字段标识［ta］。推荐使用期刊名称全称或MEDLINE缩写形式检索期刊。FULL

AUTHOR

TRANSLATIONTABLE/AUTHOR

INDEX输入作者姓名时应采用姓+名(名的首字母缩写，不用标点符号)的格式，PubMed将自动地截取作者姓名中名的首字母以适应不同的名缩写。尽可能输入作者全名通过Advanced

Search页面中的“Search

Builder

”下拉列表选择“Author”字段，在字段后的检索框中输入作者姓名，姓名的输入具有自动完成属性。作者检索截词检索利用通配符<*>进行检索，在词的末尾加*号，PubMed

就会检索出以该词为词根的所有词，但不包括*号后有一个空格的词组，譬如，infection*包括infections，但不包括infection

control。此外，截词检索将关闭自动词语匹配功能，也不能进行扩展检索。如：gastric

cancer*不会匹配MeSH词，也不会扩展检索相应文献。特定内容的检索特定文献检索：单一文献匹配检索器（Single Citation Matcher）：

通过特定的条件（如期刊名、文献的卷号、发表日期、文献首页页码等）快速地找到所需文献批量文献匹配检索器（Batch

Citation

Matcher）：可对同一批文献进行检索，如检索Science期刊2002年第一期杂志。检索忽略/禁用词表PUBMED

ADVANCED

SEARCH

BUILDER通过高级检索页面的“

PubMed

Advanced

SearchBuilder

”可以进行特定字段的限定检索。通过选择要检索的字段，然后在检索框中输入检索词，再选择“AND”、“OR”、“NOT”三种逻辑关系之一，即可将输入的检索词在所选字段中检索的策略以相应的逻辑关系加入到检索框中。ADVANCED

SEARCHPUBMED的Advanced

Search页面整合了多种对检索有用的辅助功能，可实现如下操作：Searching

by

a

specific

fieldBrowsing

theindexoftermsCombining

searches

using

historyPreviewingthe

number

ofsearch

resultsDisplaying

the

search

detailsSearching

by

aspecific

fieldSgBROWSING

THE

INDEX

OF

TERMS通过“Builder”检索框后面的“Show

index

list”选项可查询在所有字段或某一特定字段中的索引，可以从索引中选择一个或几个词来完善检索策略。Index-通过“Builder”检索框后面的“Show

index

list”选项可查询在所有字段或某一特定字段中的索引，可以从索引中选择一个或几个词来完善检索策略。COMBINING

SEARCHES

USING

HISTORY点击检索式序号将弹出一选项菜单，提供的选项包括布尔逻辑操作符AND,OR,NOT,点击相应的操作符菜单，将把该条检索策略加入到检索框中，并与检索框中现有的检索式进行选中的逻辑组配。除逻辑操作符外，弹出的选项菜单还提供如下选项：Delete

from

history:从检索史中删除该条检索式Show

search

results:查看该条检索策略的检索结果Show

search

details:显示该条检索策略的具体执行情况Savein

My

NCBI：在My

NCBI中保存该条检索策略。DISPLAYING

THE

SEARCH

DETAILSDetails用于查看PubMed的检索策略。即，在提问框中键入的检索词被PubMed自动地转换成了那些词，并使用了什么样的检索规则和检索语法。此外，使用Details键可以对检索策略进行编辑，然后再一次检索。在PubMed

Query框内显示的是PubMed实际使用的检索策略和语法。该框下有四个区域：Result区显示检索结果的记录总数，点击这个数字，可回到检索结果显示屏；Translation区显示检索词转换的详细情况；Data

base区显示检索的数据库；User

Query

区显示用户键入的检索词或检索式。根据文献类型检索点击customize，可以自由选择所需检索的文章类型临床文献检索：CLINICAL

QUERIES

PubMed在其临床查询页面为临床医生提供如下特殊的PubMed检索服务:•

Search

by

Clinical

Study

Category•

Finding

Systematic

Reviews•

Medical

Genetics

SearchesPUBMED-生物学信息库PubMed还提供引文与其它数据库的接入服务，与提供期刊全文的出版商网址的链接，来自第三方的生物学数据，序列中心的数据，提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务，这个数据库归NCBI所有，其内容包括：DNA与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象，

人类孟德尔遗传在线等。RESOURCES合理运用BEST

MATCH优点：可直接显示与主题词搜索契合度、权重最高的文献缺点：检索面相对不足人性化页面可获得详细作者信息、单位信息可直接阅读摘要可直接查阅数据图表文献的辨识快速获取文献信息文献质量筛选目标化阅读综述性文献是指就某一时间内，作者针对某一专题，对大量原始研究论文中的数据、资料和主要观点进行归纳整理、分析提炼而写成的论文。专题性强，涉及范围较小具有一定的深度和时间性能反映出相关专题的历史背景、研究现状和发展趋势精读综述可以在短时间内获取大量情报综述性文献综述性文献是科研初始第一步需要阅读的资料。充分了解我们研究对象的现状

—

避免重复劳动、走回头路指导科研方向综述阅读要素：1、时间（三年以内）、2、杂