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®ceRNA实战1——数据获取与分析解螺旋|知识金牌解

螺

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伴

医

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科

研

成

长知识金牌本期课程知识金牌存储芯片及测序的DB解螺旋|陪伴医生科研成长NCBI GEO、SRAEBI

ENACAS

BIGD知识金牌GEO简介解螺旋|陪伴医生科研成长GEO全名是Gene

Expression

Omnibus，它是NCBI下面的一个专门存储中、高通量数据库的公共仓库研究者可以自由地把实验室里产生的芯片、NGS乃至定量PCR数据上传到这里供全球科研工作者共享现在我们可以注意到的一点是很多杂志在接收文章时越来越多地要求作者把数据先放到公共数据库里去了，文内提供数据库索引号知识金牌一个利器：GEO2R解螺旋|陪伴医生科研成长简单点说GEO2R是在线分析GEO内数据的系统。这个工具统采用R语言来运行，准确讲是GEOquery和limma这两个R包GEOquery负责数据的读取Limma负责数据的分析知识金牌GEO2R的优势解螺旋|陪伴医生科研成长GEO2R最大的优点就是它是一个在线的工具不需要我们懂太多的R语言和芯片、NGS分析知识可以依靠键鼠进行“傻瓜式”简单的操作适合临床医生等研究者在线进行简单的探索知识金牌GEO2R的不足解螺旋|陪伴医生科研成长无法进行详尽的、个性化的数据分析只适合进行简单的数据探索，很少会一步满足我们的需求知识金牌进入GEO2R进入GEO2R的方法有两种：直接从网址进入，地址是/geo/geo2r/从GEO的数据记录页面（也就是GSE结果页面）进入 以GSE71343为例，先进入这个GSE实验记录页面

/geo/query/acc.cgi?acc=GSE71343在页面下部就可以看到按钮解螺旋|陪伴医生科研成长解

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