常用的生物信息学软件的介绍和文献依据

名称简介参考文献备注ALINE

一个产生出版质量比对的“所见即所得”蛋白质-序列比对编辑器\o"19390156"19390156

AMDA用于自动微阵列数据分析的一个R包\o"16824223"16824223

AmiGO访问本体论和注释数据\o"19033274"19033274

AnnotationSketch基因组注释绘图库，基因组特征可视化\o"19106120"19106120

Arcadia代谢通路的一个可视化工具，翻译文本的生物学网络描述为图示\o"20453003"20453003

ArchTEx下一代测序数据片段的最佳延长及准确提取和可视化\o"22302569"22302569

ArrayExpress将ArrayExpress数据集导入到R/Bioconductor中\o"19505942"19505942

ArrayExpressHTS用于RNA-seq数据处理和质量评估的一个流程\o"21233166"21233166

arrayMagic双色cDNA微阵列质控和预处理\o"15454413"15454413

arrayQCplot用图形分析和统计分析检查微阵列数据质量的软件\o"16864592"16864592

BALL生物化学算法库\o"20973958"20973958

BALLView用于分子建模研究和教育的一个工具\o"16332707"16332707

BamTools分析和管理BAM文件的一个C++应用程序接口和工具包\o"21493652"21493652

BatchBlast

Extractor批量Blast提取器：一个自动的blastx剖析器应用程序\o"18831775"18831775

BayesPeak分析ChIP-seq数据的一个R包，峰识别\o"21245054"21245054

BEDTools比较基因组特征的一套灵活的实用程序，支持BED，BAM，

GFF格式文件\o"20110278"20110278

BEST结合位点评估工具套件，整合了4种普遍使用的motif发现程序\o"15814553"15814553

BIGpre一个下一代测序数据质量评估程序包\o"22289480"22289480

BiNGO一个评估基因本体论类别在生物网络中过代表的Cytoscape插件\o"15972284"15972284

Bio++用于序列分析、系统发生学、分子进化和群体遗传学的一套C++库\o"16594991"16594991

BioCoder一种标准化及自动化生物学实验方案的编程语言\o"21059251"21059251

BioJavaJava语言编写的一个生物信息学开源框架\o"18689808"18689808

biomaRt生物学数据库（Ensembl）和微阵列数据分析

（bioconductor）间的强力连接\o"16082012"16082012

Biopython适用于计算分子生物学和生物信息学的可免费获得的python工具\o"19304878"19304878

BioRuby适用于Ruby编程语言的生物信息学软件\o"20739307"20739307

BioWarehouse一个生物信息学数据仓库整合工具包\o"16556315"16556315

birgHPC为生物信息学和分子动力学创建即时计算集群，自启动linux发行版\o"21398666"21398666

Biskitpython编写的一个结构生物信息学软件平台（库）\o"17237072"17237072

BisoGenet一个新的基因网络构建、可视化和分析工具，cytoscape插件\o"20163717"20163717

BlastR非编码RNAs的快速且准确地数据库搜索\o"21624887"21624887

Bowtie比对短DNA序列片段到大型基因组上的一个超快、

内存高效的程序\o"19261174"19261174

Bpipe一个运行和管理生物信息学流程的工具\o"22500002"22500002

BRAT重亚硫酸盐处理的片段分析工具\o"20031974"20031974

BRAT-BW重亚硫酸盐处理的片段的高效且准确地比对\o"22563065"22563065

Brian一个Python编写的脉冲神经网络模拟器\o"19115011"19115011

BSMAP全基因组重亚硫酸盐测序比对程序\o"19635165"19635165

BugView用于比较基因组的一个浏览器，Java编写\o"14693822"14693822

Caryoscope在基因组环境中查看比较基因组杂交微阵列数据的一个

开源Java应用程序\o"15488149"15488149

CEAS顺式调控元件注释系统，对ChIP-chip，ChIP-seq的峰进行注释\o"19689956"19689956

CentiLib网络中心性的综合分析和探索\o"22390940"22390940

Cerebral一个使用亚细胞定位注释进行生物网络布局和交互的Cytoscape插件\o"17309895"17309895

ChemmineR\o"18596077"18596077

ChIPDiff\o"18667444"18667444

ChIPMunk\o"20736340"20736340

ChIPpeakAnno\o"20459804"20459804

ChIPseqR\o"21281468"21281468

Chipster\o"21999641"21999641

CisGenome\o"18978777"18978777

ClutrFree\o"15145813"15145813

COBrA\o"15513995"15513995

Cobweb\o"21486937"21486937

ComBat\o"16632515"16632515

coMOTIF\o"21775309"21775309

ContEst\o"21803805"21803805

Conscript\o"21567873"21567873

CoXpress\o"17116249"17116249

CytoscapeESP\o"18445605"18445605

CytoscapeWeb\o"20656902"20656902

DAnTE\o"18453552"18453552

DBChIP\o"22057161"22057161

Dendroscope\o"18034891"18034891

DIME\o"21471015"21471015

DendroPy\o"20421198"20421198

DrugViz\o"18658180"18658180

dsrc\o"21252073"21252073

EagleView\o"18550804"18550804

EASE\o"14519205"14519205

Easyfig\o"21278367"21278367

EMBOSS\o"12002227"12002227

EnzymeTracker\o"22280360"22280360

Eoulsan\o"22492314"22492314

ESBTL\o"20185407"20185407

Expander\o"20134430"20134430

ExpressionPlot\o"21797991"21797991

EZ-Viz\o"21638731"21638731

FIMO\o"21330290"21330290

Flapjack\o"20956241"20956241

flowViz\o"18245128"18245128

FPV\o"12761052"12761052

FunNet\o"18799481"18799481

FX\o"22257667"22257667

GaggleBridge\o"21775306"21775306

Gap5\o"20513662"20513662

GBParsy\o"18652706"18652706

GenericHTML

FormProcessor\o"16629305"16629305

GeneNotes\o"15686593"15686593

GeneTrack\o"18388141"18388141

GeneTUKit\o"21303863"21303863

GeneXplorer\o"15458579"15458579

GenomeView\o"22102585"22102585

GenomeViz\o"15601465"15601465

Genomorama\o"17570856"17570856

GenoViewer\o"22359445"22359445

GenPlay\o"21596789"21596789

GEOquery\o"17496320"17496320

GIMP\o"19457798"19457798

GLITR\o"19553195"19553195

GO::TermFinder\o"15297299"15297299

GoBean\o"22360891"22360891

GOGrapher\o"19583843"19583843

GOlorize\o"17127678"17127678

gputools\o"19850754"19850754

graph2tab\o"22556367"22556367

GReEn\o"22139935"22139935

GRiP\o"22426343"22426343

GSEA\o"16199517"16199517

HilbertVis\o"19297348"19297348

i-cite\o"19767300"19767300

IGB\o"19654113"19654113

Interpol\o"21682849"21682849

interPopula\o"21210977"21210977

IntervalStatsChIP-seq数据集相似性的一个有效统计评估\o"22262674"22262674

IVEE用基因型谱方法分析基因片段的组合模式，检测甲型流感

病毒的传播和重组事件\o"21824442"21824442

J-Express使用Java来探索基因表达数据\o"11301307"11301307

JalviewJava多重序列比对编辑器\o"14960472"14960472

JavaTreeview微阵列数据可视化，树状图查看\o"15180930"15180930

JBrowse下一代基因组浏览器，通过平滑地动态移动，缩放，导航基因组注释\o"19570905"19570905

jClust一个聚类和可视化工具箱\o"19454618"19454618

JColorGrid生物学测量值可视化，绘制热图，颜色网格等\o"16640789"16640789

Jetset挑选最佳的微阵列探针集来代表一个基因\o"22172014"22172014

JSBML一个处理SBML的灵活Java库\o"21697129"21697129

jSquid一个图形化在线网络浏览Java小程序\o"18445606"18445606

JViz.Rna一个RNA二级结构可视化Java工具\o"16220684"16220684

KEGGgraph一种用R和bioconductor绘制KEGGPATHWAY的图形方法\o"19307239"19307239

KEGGtranslator可视化并转变KEGGPATHWAY数据库为各种格式\o"21700675"21700675

KGML-EDKEGG通路图的动态浏览和编辑\o"17142815"17142815

LeARN检测、聚类和注释非编码RNAs的一个平台\o"18194551"18194551

limmaGUI一个微阵列数据（双色）线性建模图形用户界面\o"15297296"15297296

LogoBar带有空位的蛋白质logos柱状图可视化\o"16269415"16269415

MACS基于模型的ChIP-Seq峰识别软件\o"18798982"18798982

MAGICTool整合的微阵列数据分析工具，开源，多平台\o"15647303"15647303

MAnorm一个鲁棒的ChIP-Seq数据集定量比较模型\o"22424423"22424423

MapView台式机上的短序列比对可视化软件（大规模并行测序）\o"19369497"19369497

Mayday一个微阵列数据分析工作台\o"16500939"16500939

medpie一个医学留言板帖子信息提取程序包\o"22262673"22262673

MeQA一个MeDIP-seq数据质量评估和分析流程\o"22199384"22199384

MethLAB一个基于阵列的DNA甲基化数据分析的图形用户界面程序包\o"22430798"22430798

Methyl-Analyzer一个分析全基因组DNA甲基化数据的Python包\o"21685051"21685051

Mfuzz一个微阵列数据软聚类软件包\o"18084642"18084642

MicroRazerS小RNA片段的快速比对\o"19880369"19880369

miRExpress分析高通量测序数据以绘制microRNA表达谱\o"19821977"19821977

miRDeep-P一种分析植物中microRNA转录组的计算工具\o"21775303"21775303

miRDeepFinder一个植物小RNAs深度测序分析工具\o"22290409"22290409

miRNAkey一个microRNA深度测序分析软件\o"20801911"20801911

MochiView用于基因组浏览和DNAmotif分析的多功能软件\o"20409324"20409324

MOF微阵列异常值过滤R函数以辅助不成功阵列的识别\o"19329069"19329069

Mosaic获得有生物学意义的复杂网络\o"22576176"22576176

MutationFinder一个从文本中提取点突变提及的高性能系统\o"17495998"17495998

NGSQCToolkit一个下一代测序数据质量控制工具包\o"22312429"22312429

NGSView一个开源、可扩展的下一代测序数据编辑器\o"19855106"19855106

NLProt从论文中提取蛋白质名字和序列\o"15215466"15215466

NMPP用户可定制的NimbleGen微阵列数据处理流程\o"17038341"17038341

NPS用人类中的表观标记，从ChIP-Seq中识别定位的核小体\o"19014516"19014516

NTAPNimbleGen嵌合阵列ChIP-chip数据分析\o"19468055"19468055

OBOExplorer一个网络本体论语言中开放生物医学本体论编辑器\o"18056066"18056066

OMERO灵活的、模型驱动的实验生物学数据（图像）管理\o"22373911"22373911

OMPC一个开源的MATLAB到Python编译器\o"19225577"19225577

OpenStructure一个C++编写的灵活的计算结构生物学软件框架，带有Python接口\o"20733063"20733063

Osprey一个复杂相互作用网络可视化和操作软件平台\o"12620107"12620107

p3d用于结构生物信息学的Python模块\o"19698094"19698094

PathBuilder注释和开发通路资源的开源软件\o"19628504"19628504

PathCase在不同水平上存储、查询、可视化和分析代谢通路的系统\o"18728044"18728044

PatMaN快速比对短序列到大型数据库上\o"18467344"18467344

PaVESy生物通路编辑和可视化数据管理系统\o"15105280"15105280

PDBEditor一个用户友好的、带有图形用户界面的基于Java的PDB文件编辑器\o"19307724"19307724

PeakRanger一个可在云计算上运行的ChIP-seq峰识别器\o"21554709"21554709

Phybase一个使用物种树（speciestrees）进行系统发生分析的R包\o"20156990"20156990

PileLineGUI一个处理下一代测序研究中基因组位置文件的桌面环境\o"21646339"21646339

PIQAIlluminaG1基因组分析器数据质量评估流程\o"19602525"19602525

PRIDEViewer一个可视化PRIDEXML文件的新的用户友好的界面\o"21204261"21204261

ProbKnot包含假结的RNA二级结构的快速预测\o"20699301"20699301

PsychoPy一个Python编写的心理物理学软件\o"17254636"17254636

PURE一个基于内容过滤的PubMed文章推荐系统\o"18546494"18546494

Pybedtools一个操作基因组数据集和注释的灵活Python库\o"21949271"21949271

PYCHEM多变量分析Python包\o"16882648"16882648

pymzML质谱数据高通量生物信息学Python模块\o"22302572"22302572

pySolo一款完整的果蝇睡眠分析套件\o"19369499"19369499

QuESTChIP-Seq转录因子结合位点的全基因组分析\o"19160518"19160518

R453Plus1Toolbox一个分析罗氏454测序数据的R/Bioconductor包\o"21349869"21349869

RefPlus扩展RMA算法，消除因数据集变化而探针集信号变化的影响\o"17623700"17623700

RGG一个适用于R脚本的通用GUI框架\o"19254356"19254356

rHVDM一个预测转录因子活性和靶点的R包\o"19074958"19074958

RightField将本体论注释嵌入到电子表格中\o"21622664"21622664

Ringo一个分析ChIP-chip数据的R/Bioconductor包\o"17594472"17594472

RINS高通量测序数据集中非人类序列的快速识别\o"22377895"22377895

rMAT一个分析ChIP-chip试验的R/Bioconductor包\o"20089513"20089513

RNA-SeQCRNA-seq质量控制和过程优化度量\o"22539670"22539670

RNAmuteRNA二级结构突变分析工具\o"16638137"16638137

RNAplex一个RNA-RNA相互作用快速搜索工具\o"18434344"18434344

Robin一个基于R的表达微阵列定量评估和分析的直观安装向导应用程序\o"20388663"20388663

rpy2使用Python方便地调用Bioconductor处理注释数据，

微阵列数据和下一代测序数据\o"21210978"21210978

RseqFlowRNA-Seq数据分析流程\o"21795323"21795323

Ruffus一个轻量级的计算流程绘制Python库\o"20847218"20847218

S-MART一个辅助RNA-seq数据分析软件工具箱\o"21998740"21998740

SAMStat下一代测序比对SAM文件结果统计，监测下一代测序数据中的偏差\o"21088025"21088025

SAMtools处理序列比对结果SAM格式的软件\o"19505943"19505943

SBML2LaTeX将SBML文件转换为人类可读的报告\o"19307240"19307240

segemehl重亚硫酸盐处理的测序数据的快速且敏感的比对\o"22581174"22581174

SequencetoStructure从序列到结构显示、操作和互相连接RNA数据\o"15905274"15905274

Sfixem用Java进行图形化序列特征展示\o"15087316"15087316

ShortRead一个对高通量测序数据进行输入，质量评估和浏览的Bioconductor包\o"19654119"19654119

SICER一种识别来自组蛋白修饰ChIP-Seq数据富集区域的聚类方法\o"19505939"19505939

sigterms链接基因表达谱结果和microRNA靶点预测公共数据库\o"18812437"18812437

Simrank快速且敏感的通用k-mer搜索工具\o"21524302"21524302

SOAP短寡核苷酸比对程序\o"18227114"18227114

SOAP2一个改进的超快的短片段比对工具（SOAP改进版），更快，

更少内存使用\o"19497933"19497933

SOAP3超快的基于GPU的短片段并行比对工具\o"22285832"22285832

SpotXplore在基因调控网络中进行热点（差异表达子网络）表达的可视化探索\o"20861033"20861033

StampyIllumina测序片段的敏感且快速比对\o"20980556"20980556

STE浏览系统发生树和进化枝的交互式可视化软件\o"18263642"18263642

STEM一个短时间序列基因表达数据分析工具\o"16597342"16597342

STELLAR快速且准确的局部比对\o"22151882"22151882

SVA序列变异分析器：注释和可视化测序的人类基因组\o"21624899"21624899

T-PIC基于形状的ChIP-Seq峰识别\o"21226895"21226895

tacg一个适用于DNA的模式匹配软件\o"11882250"11882250

Tabix从通用TAB分割的文件中快速检索序列特征\o"21208982"21208982

Tablet下一代序列装配可视化工具\o"19965881"19965881

TabSQL基于MySQL的应用工具，查看、过滤和查询多行数据文件，

并连接到公共数据库\