培训资料-肿瘤组织库的建立与管理

肿瘤组织库的建立与管理研究目的

探讨分子生物学研究中肿瘤库的建库条件，标本的采集、保存和质量控制，以及肿瘤库的信息化管理等有关问题，创建肿瘤组织标本库，保护和合理利用肿瘤的标本资源，为临床和科学研究人员，提供合适数量的肿瘤标本促进肿瘤的研究。目录建库理论基础材料与方法结果讨论致谢理论基础一、建立组织库的三种模式1.“银行”模式2.临床试验模式3.前瞻性收集模式理论基础“银行”模式的组织库：按照一定的标准化运转程序（standardoperatingprocesseds,SOPs）规范人体组织的收集、加工和储存。组织标本形式：通常为低温冷冻组织或蜡块。缺点：不能提供新鲜的、未被冰冻的人体组织，亦不能提供某些有特殊加工需求的组织样本。不能满足研究者对组织块的个性化需求。优点：可向研究者提供大量的组织样本，并且这些组织均有相关的临床信息和流行病学信息。理论基础理论基础前瞻性收集模式：研究者指定需要的组织类型，同时也制定出所需的组织采集、处理及储存方法。缺点：没有现成的大量的组织标本以及临床资料，因为组织需要前瞻性的去收集。优点：研究者能获得他们需要的组织样本，能够满足其研究的个性化需求。理论基础1.SpruesselA,SteinmannG,JungM,LeeSA,CarrT,FentzAJ,SpangenbergJ,ZornigC,JuhlHH,DavidKA.Tissueischemiatimeaffectsgeneandproteinexpressionpatternswithinminutesfollowingsurgicaltumorexcision.

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2001;99:222–227.理论基础4.季加孚．北京大学临床肿瘤学院肿瘤标本库的建设[J]．北京大学学报：医学版，2005，37(3)：329—330．5.张佳年，于颖彦，计骏.等.低温冻存时间对肿瘤组织生物大分子的影响[J].诊断学理论与实践2009，V01．8，No1材料与方法库房生物样本库资源信息管理系统主要设备BRADY条码打印机海尔-80℃冰箱患者入院后行生物安全性检查。检测HIV以及嗜肝病毒HBV及HCV感染情况。HIV感染患者不列为采集对象。HBV及HCV感染者需在标本上明确注明。尊重患者的知情权和隐私权，在向患者及家属介绍标本采集和使用目的，获得患者自愿签署知情同意书后，方可安排标本采集和数据录入。组织采集1、取血液标本，每例采集10ml（不少于5ml），约10ml全血平均分装于红帽管（不含抗凝剂，1管）和紫帽管（含2%EDTA抗凝剂，2管）中。2、红帽管用于分离血清，室温放置30分钟后离心；紫帽管用于分离血浆及淋巴细胞。3、1500r/min离心10分钟，此时悬液分层，上层淡黄色为血清（红帽管）或血浆（紫帽管），底层为红细胞，紫帽管中中层呈灰白色的为外周血淋巴细胞。4、轻轻吸取淡黄色上层血清（血浆）放入1.5ml离心管中，每管200µl，共12管（血清6管，血浆6管），做好标记。5、新鲜抗凝血（含2%EDTA抗凝）去血浆后，按照1:1比例加入PBS液混匀。6、15ml离心管内先加入3ml淋巴细胞分离液，后加入6ml稀释样品，注意加入样品要缓慢进行，不要冲破液面，影响离心效果。20±2℃下2000r/min离心20分钟。7、离心后血样分四层，将移液管插入液面，轻吸灰白色的淋巴细胞层，放入另一15ml离心管中，注意吸取过程中避免吸入分层液和血浆。8、按1:5的比例向淋巴细胞中加入PBS液，混匀洗涤，室温1000r/min离心10min。9、弃去上清液保留底部沉淀，适用1.5mlPBS液吹打洗涤，置入标记好的1.5ml细胞冻存管中，高速离心机500r/min离心5分钟。10、弃去上清液保留底部沉淀，血清、血浆及淋巴细胞分装完毕后贴好二维标签。质量控制样本DNA完整性检测方法一：提取样本基因组DNA，检测OD260/OD280值。进行0.7%琼脂糖凝胶电泳。通过DNA电泳判断组织标本的基因组是否完整。无基因组DNA或DNA出现明显降解为不可用样本。方法二：通过PCR选择扩增管家基因，如GAPD、HHPRT、β-actin，分析扩增产物的含量。产物含量相对较少或无产物，可判断为不可使用标本。质量控制样本RNA完整性检测方法一：参照Trizol试剂盒操作指南进行组织总RNA的提取。应用紫外分光光度计测260nm、280nmOD值定量分析RNA（OD260/OD280为）；1%琼脂糖凝胶电泳后观察5S、18S和28S条带情况。28S和18S条带亮度的比值约2:1，表明标本中的RNA完整性较好。出现降解者为不可用样本。方法二：RT-PCR扩增β-actin、HHPRT管家基因，分析扩增产物的含量，产物含量相对较少或无产物可判断为不可用样本。方法三：NorthernBlot检测β-actin、HHPRT管家基因，无印记者列为不可使用样本。蛋白质完整性检测蛋白质完整性通过WesternBlot进行检测，检查标本样本中β-actin的蛋白表达量变化，通过分析印记条带，判断蛋白量是否有变化，无条带或条带变弱者为发生组织降解样本。结果自2010年7月建库以来共收集保存了各类肿瘤（胃癌、结肠癌、直肠癌、甲状腺癌、胃肠道间质瘤等）患者的组织标本1333例，胃癌患者424例，直肠癌267例，结肠癌246例，甲状腺肿瘤254例，胃肠道间质瘤45例，其他类型肿瘤97例。标本总量11919份，其中包括肿瘤组织1170份，肿瘤旁组织900份，正常组织1113份，血清3923份，血浆3931份，淋巴细胞843份，粪便39份。已向外省提供60份患者血淋巴细胞样本，用于DNA相关研究，效果良好。随机抽