医学信息检索

医学信息检索主讲老师：杨晓雯该课的内涵

——什么是医学信息检索开设此课的意义信息是当今社会最重要的资源之一，信息素质已成为评价人才综合素质的一项重要指标，是信息化社会人们生存与开展的根本素质之一。1992年由美国学者杜尔对信息素质的阐述，较好地概括了信息素质的内涵：一个具有信息素质的人，能够认识到精确的和完整的信息是作出合理决策的根底。能够确定对信息的需求，形成基于信息需求的问题，确定潜在的信息源，采用成功的检索方式，从包括计算机和其他信息源获取信息、评价信息、组织信息并应用于实际。将新信息与原有的知识体系进行配合以及在批判性思维和问题解决的过程中使用信息。信息素质的诠释可以看出：信息素质包括信息获取的意识，评价、判断信息的能力，查找、收集、组织信息的能力，信息决策及处理能力。学校的信息素质教育，开设的主要课程包括计算机根底和文献检索课。前者主要培养学生的信息技能，后者作为信息素质教育的主要课程，应全方位地从信息知识、信息意识、信息能力和信息道德四方面系统开展。第一章信息检索根底〔一〕、信息、知识、情报、文献1.信息(information):在自然界、人类社会以及人类思维活动中普遍存在，是物质的一种根本属性，是物质存在方式及其运动的规律、特点的外在表现。2.知识(knowledge):人们通过信息对自然界、人类社会以及思维活动规律的认识与掌握，是人的大脑通过思维重新组合的系统化信息的集合。3.文献(literature):以文字、图形、符号、声频、视频等手段记录和传播知识的载体就是文献。4.情报(information):传递着的有特定效用的知识。信息>知识>情报信息、知识、情报的联系与区别情报知识信息

信息源是个人为满足其信息需要而获得信息的来源。

1.3.1信息源的类型信息源的类型可依不同的标准划分如下：

〔二〕信息源1.3.1.5按信息的产生次序和加工整理的程度不同，可将信息源划分为四个层次结构：(1)零次信息指未经正式发表或不宜公开和大范围内交流的比较原始的素材、底稿、手稿、书信、工作文稿、工程图纸、考察记录、实验记录、调查稿、原始统计数字，以及各种口头交流的知识、经验或意见论点等。这类文献在较小的范围内交流、使用、参考，其传播渠道少，或常保密，或限制使用以及因珍稀的原因，不为人们知晓。其形式多是抄件、打字件、油印件以及内部录音、录像等等。其特点是信息来源直接、真实，内容新颖。因特网的普及，为广阔网民提供了跨越空间的口头交流便利，如各种聊天工具。(3)二次信息指根据实际需要，按照一定的科学方法，将特定范围内的分散的一次信息进行加工整理使之简化和有序化而形成的文献信息。它能较为全面地系统地反映某学科某专业文献的线索，是检索一次信息的工具。这类文献有：书目、题录、索引和文摘等。(4)三次信息指通过二次信息提供的线索，选用一次信息的内容，进行分析、综合、研究后而编成的信息。一般包括专题述评、动态综述、系统评价、进展报告、学科年度总结、年鉴、指南和百科全书等。

1.3.1.4按信息的出版类型划分，可分为以下十种类型

〔1〕图书大多是对已发表的成果和经验，或某一知识领域的系统论述或总结。它往往以期刊论文、会议论文、研究报告等一次文献为根本素材，经作者的分析、归纳、重新组织而成。图书提供的知识一般比较系统、全面、可靠，起着综合、积累和传递知识的重要作用。从时间上看，图书报道的知识比期刊和特种文献晚，且出版周期较长。〔2〕期刊论文指采用统一名称，定期或不定期出版的连续出版物。其特点是出版周期短，报道速度快，数量大、内容多，发行面广。期刊的内容一般是一次文献，即原始文献，许多新的研究成果大多首先在期刊上发表，因此，期刊论文是获取新信息的主要来源，是极其重要的信息源。〔4〕专利文献专利是国家对创造创造的法律保护。广义的专利文献应该是一切与专利有关的文献，包括专利说明书、专利公告、专利分类表、专利文摘等。狭义的专利文献一般指专利说明书，它是专利文献的主体。专利文献是极其重要的信息源，蕴藏着丰富的科技信息。〔7〕学位论文是为了取得某一级学位而提交的论文，包括学士论文、硕士论文和博士论文。它们的特点是：论文的水平和质量差异较大，论题比较专一，阐述系统、具体，有一定的独创性观点，且经过一定的审查，故有一定的参考价值。〔三〕信息交流和信息素养信息交流：个体之间借助于共同的符号系统所进行的信息传播、交换和分享。信息需要：就是指人们在从事各项实践活动的过程中，为解决所遇到的各种问题而产生的对信息的需求。信息动机：指鼓励和推进个体发动并维持其信息行为导向某一目标的心理过程。信息行为：人们满足自己信息需要的社会活动的过程。用户的信息行为主要有信息检索行为、信息的选择行为和信息利用行为。信息需要是信息行为发生的根本根底，而信息动机那么是信息行为发生的根本动力。信息需要信息需要的层次①未知的信息需要有些现实问题过于复杂和隐蔽，或个人的认知能力有限或缺乏信息意识，因此没有、或没有意识到自己处于信息需要的状态，属客观信息需要。②潜在信息需要有些人可能认识到了自己的信息需要，但却没有表达出来，致使信息需求无法用信息符号表达出来而处于“意会〞的状态。人们认识到而未表达出来的信息需要称为潜在信息需要。③现实的信息需要当人们意识到信息需要，而且明确表达出来的，称之为现实信息需要。用户在表达出来后，向信息效劳机构提出具体的信息要求的称之为信息提问，用户自己动手寻找信息的称之为信息自问。信息素养：包括信息获取的意识，评价、判断信息的能力，查找、收集、组织信息的能力，信息决策及处理能力。标准：2000年1月18日，美国大学与研究图书馆协会(ACRL)通过了?美国高等教育信息素养能力标准?标准一能够确认信息需求的特性与范围。标准二能有效而又高效地获取所需要的信息。标准三能评判性地评价信息及其来源，并能把所 筛选出的信息融入自己的知识根底。标准四能有效地利用信息去完成一个具体任务。标准五了解利用信息过程中所涉及的经济、法律 和社会问题，合理、合法地检索、搜集和 利用信息。〔四〕信息检索信息检索：是从任何信息集合中识别和获取所需信息的过程及其所采取的一系列方法和策略。广义的信息检索包括信息的存储和信息的检索，所以又称为“信息存储与检索〞。信息检索按存储和检索的内容划分：

文献信息检索数据信息检索事实信息检索

〔1〕文献信息检索文献信息检索是以文献为检索对象，将存储于数据库中的关于某一主题文献查找出来的检索。它通常以原始文献的出处为检索目的，通过对目录、索引、文摘等二次文献的检索，向用户提供有关原一次文献的信息。〔2〕数据信息检索是将经过选择、整理、鉴定的数值数据存入数据库中，根据需要查出可答复某一问题的数据的检索。这些数值型数据各种各样，包括物理性能常数、统计数据、人口数据、国民生产总值、气象数据等。〔3〕事实信息检索事实信息检索是将存储于事实数据库中的关于某一事件发生的时间、地点、过程等情况查找出来的检索。一般先从系统中检索出所需信息后，加以逻辑推理得出结论。例如，HIS数据库包括大量医院管理中有关人员、工资、病床周转率、药房销售统计等信息，这类信息主要是用于管理决策。事实信息检索比数据信息复杂。〔五〕信息检索系统信息检索系统是为了信息检索而建立的，可以根据某种(或某些)文献特征信息从其中查检出含有特定信息(知识和情报)的文献的文献特征信息逻辑系统，是对巨大的不断增长的文献流进行控制的手段。所谓文献特征信息，是指文献所固有的，可找出某一或某些文献并将其从其他文献中识别出来的特征信息。如文献的题名、著者、出版者和出版年份、发表文献的刊物名称和期号、文献原始编号(如专利号)、文献主题内容等等。将某一文献的各种特征信息加以记载，成为一条文献记录，再将属于一定范围的全部文献记录按一定规那么组织起来，就成为一个信息检索系统。〔六〕信息检索语言〔1〕自然语言：指文献作者或文摘提要的作者原来使用的语言，即 出现在文献题名、摘要或正文中的语词。自然语言检索缺乏：(1)不能简单明了而又专指地表达文献及检索课题的主题概念；(2)不能够语词与概念一一对应，不能够排除多词一义、一词多义和词义模糊现象；例如：艾滋病、爱滋病、aids获得性免疫缺陷综合症(3)不能显示出概念之间的关系；(4)不能将概念进行系统排列；(5)不能够在检索时便于将标引用语和检索用语进行相符 性比较。自然语言检索应注意的问题为了弥补自然语言的缺乏，人们对自然语言的进行人为控制，依据一定的规那么对其进行事先标准，于是诞生了人工语言——情报检索语言。〔2〕人工语言——情报检索语言：情报检索语言是根据情报检索的需要而创制的人工语言，专门用于各种手工的和计算机化的情报检索系统，表达文献主题概念和检索课题概念。其实质是一系列概括文献情报内容的概念及其相互关系的概念标示系统。情报检索语言可分为分类检索语言、主题检索语言和代码检索语言三大语系。举例:如何运用人工语言在存储文献时，文献标引人员首先要对各种文献进行主题分析，即把它所包含的情报内容分析出来，使之形成假设干能代表文献主题的概念，并用情报检索语言的语词(标识)把这些概念标示出来，然后纳入检索系统。

在检索文献时，检索人员首先要对检索课题进行主题分析，即把它所涉及的检索范围明确起来，使之形成假设干能代表情报需要的概念，并把这些概念转换成情报检索语言的语词，然后从检索系统中查找用该语词标引的文献，从而找到含有所需情报的文献。人工语言的具体表现形式——医学主题词表什么是医学主题词表主题词又称叙词，在标引和检索中用以表达文献主题的标准化的词或词组。主题词是标准化的检索语言，它对文献中出现的同义词、近义词、多义词以及同一概念的不同书写形式等进行严格的控制和标准，使每个主题词都含义明确，以便准确检索，防止误检、漏检。如：白介素2、白细胞介素2、IL2、IL-2等表达同一概念的不同书写形式标准为“白细胞介素2〞。主题词表是对主题词进行标准化处理的依据，也是文献处理者和检索者共同参照的依据。医学主题词表?美国医学主题词表?〔mesh〕荷兰医学文摘的主题词表〔EMTree〕?中国中医药学主题词表?〔pubmed〕主题词表考察检索效率的常用指标

检全率与漏检率检全率与漏检率是可以说是同一问题的两个相对的概念。检全率高那么漏检率就低，而漏检率高那么检全率就低：如果检全率为65％，那么漏检率就是35％。检全率是情报检索质量的主要标志，因为漏检率高说明重要情报被遗漏的危险性大，所以在情报检索中，总是力求提高检全率，或者说力求降低漏检率。检准率与误检率检准率也是文献检索质量的重要标志，因为误检率高说明用于甄别所检出文献是否真正有用的劳动的增加利时间的延误，虽不如遗漏重要文献那样严重，但对检索效率也有重大影响，所以在文献检索中，总是力求提高检准率．或者说力求降低误检率。(七)文献数据库

文献数据库是指记录各种文献信息的数据库，它是计算机可读的、有组织的相关文献信息的集合。在文献数据库中，文献信息以数字化方式，按一定的数据结构，有组织地存储在计算机中，使计算机能够识别和处理。文献数据库的结构文献数据库一般由记录、字段、文档组成。文档在数据库中有顺排文档和倒排文档之分。顺排文档是数据库的主体，又称主文档，它按每条记录的顺序号排列。数据库中得到的检索结果都来自于顺排文档。倒排文档是供检索顺排文档的工具，在一个数据库中可能有假设干个倒排文档，如主题词索引、著者索引、刊名索引等，它按索引的字顺排列。检索时，计算机按输入检索词的字顺先从指定的倒排文档〔索引〕中找到匹配的索引词，然后根据索引词后的记录顺序号到主文档中调出记录。记录是构成文献数据库的一个完整的信息单元，每条记录描述了一原始信息的外部特征和内部特征。例如，书目数据库中的一条记录通常代表一篇文献，其他类型数据库中的记录可能是一种治疗方案、一组理化指数。字段是组成记录的数据工程。例如，在MEDLINE中一条记录代表一篇书目文献，在这条记录中有题名、著者、来源、文摘、主题词等字段。每个字段都有自己的字段标识符〔Fieldtag〕，如TI〔篇名〕、AU〔著者〕、SO〔文献出处〕、AB〔文摘〕、AD〔著者所在结构〕、AN〔记录顺序号〕等。将记录细划成字段作用是：帮助识别记录内容，方便检索结果输出时格式的选择，便于进行字段检索。

文献数据库的类型〔1〕按文献数据库的记录内容划分：书目数据库全文数据库混合数据库〔p31页〕。〔2〕按文献数据库的运行方式划分：光盘数据库联机数据库网络数据库几种主要的文献数据库〔1〕题录数据库：〔论文结构〕题录〞是指文献的根本信息，也称为目录。包括题名、作者、关键词、作者机构、文献来源、摘要等。题录数据库是用各种索引方法制作的二次文献数据库，又称题录数据库或篇名数据库，以简略的形式向用户提供文献的信息。如：中国生物医学文献效劳系统(Sinomed)、〔2〕文摘数据库〔3〕图书馆馆藏目录数据库〔联合目录p32〕〔4〕全文数据库〔5〕光盘数据库〔6〕多媒体数据库〔7〕网络数据库文献检索方式手工检索：人工查找文献信息的检索方式，检索过程 主要是利用各种印刷型检索工具。计算机检索：根据信息特定的需求，利用计算机从相 关数据库中识别并提取所需要的信息过程。网络信息检索：通过互联网上提供的网络信息查询工 具，从网上获取和享用电子信息效劳。〔1〕计算机检索的根本原理当有检索提问式输入计算机时，计算机将提问标识和数据库文档中的特征标识按照一定的运算规那么进行比较，如果根本相同，就将该记录存取号保存下来，即为命中信息；如果找不到相同的字符，那么检索结果为零。这种匹配是字面上的匹配过程，而不是概念匹配检索提问字符串数据库中特征标识字符串匹配〔2〕计算机检索特点：检索速度快，效益高检索功能强，数量大检索途径多，手段灵活检索范围广效劳方式多更新速度快文献套录方便用户使用方便〔3〕计算机检索方法1布尔逻辑检索2位置逻辑检索3截词检索4字段检索5范围运算6精确检索7加权检索1布尔逻辑检索布尔逻辑根本运算形式共有三种：逻辑“与〞逻辑“或〞逻辑“非〞〔1〕逻辑“与〞：逻辑“与〞一般用AND或“*〞号表示。设提问集A和B，如果文献C同时满足A和B中的每一个提问项，那么为命中文献，否那么为不命中。用数学模型来表示，那么C为A和B的交集。如检索“流行性感冒引起咳嗽〞，应写成:流行性感冒and咳嗽C〔2〕逻辑“或〞：逻辑“或〞一般用OR或“+〞号表示。设提问集A和B，如果文献C满足A或者满足B，即为命中文献，否那么为不命中。用数学模型来表示，那么C为A和B的并集。如检索“流行性感冒或者咳嗽〞，应写成:流行性感冒or咳嗽C〔3〕逻辑“非〞：逻辑“非〞一般用NOT或“-〞号表示。设提问集A和B，如果文献C满足A，且不包含B为命中，否那么为不命中。逻辑“非〞实际上反映了A集合对B集合的差运算。如检索“流行性感冒不带咳嗽〞，应写成:流行性感冒not咳嗽C布尔运算符的优先级为：-、*、+，使用括号可改变运算顺序。如果含两个或两个以上的逻辑算符，应先算NOT，然后算AND，最后算OR。也可以用〔〕来改变计算次序，因为〔〕里的局部可最先算。例如：〔〔T=大学生*T=信息素养〕+T=大学生〕*T=检索能力2位置逻辑检索位置逻辑检索，又称邻近检索、相邻度检索。它是基于文献中或文献记录中语词之间的相对次序或位置不同，它们所表达的意思可能不同；相应地，一个检索提问中语词之间的相对次序和位置不同，其表达的检索意图也不一样。因此，可以使用一些特定曲位置逻辑算符来限定检索词之间的位置关系，使检索提问式尽可能表达检索者真正的检索意图，从而既提高检准率，又提高见检全率。〔举例p43〕3截词检索截词检索是指在检索词中保存相同的局部，用截词符号代替可变化的局部。它是为了局部解决由于检索式中对同义词列举不全造成的漏检现象而提出的，相当于用逻辑“或〞扩展检索范围。截词符号一般用“?〞或“*〞等。？代表零或一个字母；*代表两个或两个以上字母举例：Child*可代表child,children,childly,childhoodColo?r可检索出color,colourDra???t可检索出drat,draft,draught截词检索主要用于年代、作者、同根词和单复数词的检索，减少输入负担，节省检索时间和费用，提高检全率。4字段检索字段检索是指将检索词的匹配限定在某个或某些特定的字段范围内进行。在检索词前用一个字段符加“=〞表示，有的是在检索词后加“