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一簇海洋放线菌的MLSA分析及其DNA降解现象的研究的中期报告一簇海洋放线菌的MLSA分析及其DNA降解现象的研究的中期报告【摘要】:本研究采集了一簇海洋放线菌样品,进行了多基因序列分析(MLSA),并探究了其DNA降解现象。经过16SrRNA、atpD、gyrB、rpoB和trpB等基因序列比对和构建进化树,发现该放线菌属于Streptomyces属,与某些海洋来源的Streptomyces菌株形成姐妹群。同时,利用琼脂糖酶电泳、融解试验等方法研究该放线菌的DNA降解现象,结果表明其具有显著的DNA降解活性。本研究不仅丰富了海洋放线菌的多样性,还对海洋微生物资源的开发利用提供了一定的参考。【关键词】:海洋放线菌;多基因序列分析;DNA降解;琼脂糖酶电泳一、研究背景与目的海洋微生物是一类具有重要生态和生物学意义的微生物资源,其中放线菌是一类广泛存在于海洋环境中的重要微生物。然而,海洋放线菌的种类和多样性仍然存在很大的未知性。因此,本研究旨在通过采集一簇海洋放线菌,进行多基因序列分析(MLSA),探究其系统进化关系,并进一步研究其DNA降解现象,为海洋微生物资源的开发利用提供一定的参考。二、材料与方法(一)样品采集与分离从海洋水样品中分离出放线菌菌株,并进行鉴定和纯化。(二)文化条件将放线菌菌株分别在土壤培养基、Gause培养基等不同培养基中进行培养。(三)DNA提取与测序使用基因组DNA提取试剂盒提取菌株基因组DNA,并进行PCR扩增reB、atpD、gyrB等基因,测定扩增产物的大小及纯度,并送测序公司测序。(四)数据分析利用BioEdit软件处理测序数据,进行多基因序列分析(MLSA),并进行系统进化关系研究。(五)琼脂糖酶电泳与DNA降解实验运用琼脂糖酶电泳和融解试验等方法研究菌株对DNA的降解情况。三、结果与分析(一)系统进化关系通过对16SrRNA、atpD、gyrB、rpoB和trpB等基因进行MLSA分析,得到了该放线菌的系统进化关系,结果显示该放线菌属于Streptomyces属,与某些海洋来源的Streptomyces菌株形成姐妹群。(二)DNA降解实验采用琼脂糖酶电泳和融解试验等方法研究该放线菌对DNA的降解情况,结果表明其具有显著的DNA降解活性。进一步通过琼脂糖酶电泳实验,发现该菌株主要对小分子DNA具有较强的降解能力。四、结论与展望本研究对一簇海洋放线菌进行了多基因序列分析(MLSA),探究了其系统进化关系,并进一步研究了其DNA降解现象。结果表明该放线菌属于Streptomyces属,与某些海洋来源的Streptomyces菌株形成姐妹群;同时,该放线菌具有显著
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