第八章pubmed 检索方法

第八章PUBMED检索系统

刘军凤

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第一节概述

一、医学文献分析与检索系统（MEDLARS）

医学文献分析与检索系统（MedicalLiteratureAnalysisandRetrievalSystem）简称MEDLARS，是美国国立医学图书馆（NationalLibraryofMedicine，简称NLM）研制开发的一个医学文献数据库检索系统。

MEDLARS拥有近40个数据库，各数据库收录的学科范围涉及医学的各个领域，包括基础医学、临床医学、生物学、药理学、毒理学、环境医学、职业病学、营养卫生、卫生保健、卫生管理、情报学、心理学、医学伦理学、牙科学、护理学、兽医学等。其中，最大的数据库就是Medline数据库。

二、Medline数据库

MEDLINE（MEDLARSonLine）：医学文献联机数据库，收录1966年以来70多个国家3900多种生物医学期刊中的约1000万条文献题录。收入美国《医学索引》（IM）、《国际护理索引》（INI）、《牙科索引》（IDL）的全部文献题录。覆盖了临床医学、预防医学、护理学、口腔医学、药理学、基础医学等学科领域。

Internet网络上有三十多个站点提供FreeMedline检索服务，如：PubMed,HealthGate，Medscape，MedicalMatrix，BioMedNet等。但只有PubMed是官方网站。

/pubmed

三、Pubmed检索系统

PubMed是美国立医学图书馆(NLM)下属的国立生物技术信息中心(NCBI)开发的基于WWW的查询系统，提供免费的MEDLINE、PREMEDLINE及其他相关数据库的链接与接入服务。

PubMed因和生物医学文献出版商联合，可连接这些出版商网点获取期刊全文数据。PubMed还提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务，包括Protein、Nucleotide、Structure、Genome、3DDomains、Gene、PopSet、OMIM、Taxonomy等数据库。第二节检索方法一、普通检索：在检索输入框中可直接输入主题词、自由词、著者姓名、期刊名等进行检索，也可输入逻辑表达式进行检索或进行字段限定检索。(1)主题检索：须遵循《医学主题词表》(MedicalSubjectHeadings简称MeSH)中所收集的词汇进行检索。如：lungneoplasms/radiography[mh]

(2)自由词检索：在检索框中输入一个或多个检索词，确定即可。如：输入brain[tw]和输入brain,结果是不一样的。

details:"brain"[MeSHTerms]OR"brain"[AllFields]

注意词汇自动转换功能：

PubMed按顺序使用如下4种表或索引，对检索词进行转换后再检索。

①MeSH转换表：包括MeSH词、参见词、副主题词等。如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词，就会自动将其转换为相应的MeSH词和自由词进行检索。例如：键入"Vitaminh"，系统将其转换成"Biotin[MeSHTems]ORBiotin[AllFields]ORVitaminh[AllFields]"后进行检索。

②刊名转换表：包括刊名全称、MEDLINE形式的缩写。该转换表能把键入的刊名全称转换为“MEDLINE缩写[JournalName]”后进行检索。例如：键入："newenglandjournalofmedicine",PubMed将其转换为"NEnglJMed"[Journal]OR"newenglandjournalofmedicine"[AllFields]后进行检索。

③短语表：如果PubMed系统在MeSH和刊名转换表中未发现与检索词相匹配的词，就会查找短语表。

④著者索引：如果键入的词语未在上述各表中找到相匹配的词，或者键入的词是一个后面跟有1~2个字母的短语，PubMed即查著者索引。

如果仍然找不到匹配词，PubMed就会把该词断开后再重复上述自动词汇转换过程。或把单个词用AND联一起在全部字段中检索。如：“singlecell”，系统就会自动将其分成两个词，按("singleperson"[MeSHTerms]OR("single"[AllFields]AND"person"[AllFields])OR"singleperson"[AllFields]OR"single"[AllFields])AND("cells"[MeSHTerms]OR"cells"[AllFields]OR"cell"[AllFields])进行检索。

(3)著者检索：遵循“姓前名后”原则，姓用全称，名用缩写。如：SmithJRSmithJ@Yang[AU]

(4)刊名检索：可用期刊名全称，也可用MesH期刊名缩写检索。如：Molecularbiologyofthecell[ta]Molbiolcell[ta]

(5)文献类型检索：文献类型标识符[PT]，如欲检索综述文献可使用检索式review[PT]即可。

(6)出版年代检索：如：1998[dp]or[edat]or[mhda](7)地址检索：如：Japan[AD](8)语种检索：如：Chinese[LA](9)截词检索：在词根或词尾上加上特定的符号（*），可扩大检索范围，防止漏检。如：Comput*computeer,computers,computed,computize,computized,computization等词的文献全部检出。(10)逻辑组配检索：如：检索“儿童哮喘治疗原语种为英语的综述文献”asthma/therapy[mh]ANDreview[pt]ANDchild[mh]ANDenglish[la](11)词组检索：当强迫PubMed检索一个词组时，将词组用引号括起，系统关闭自动词语匹配和自动扩展功能。

Pubmed检索规则：Pubmed进行字段限定检索时，字段标识符加在检索词之后；字段标识符必须用方括号括起来；大小写以及检索词与方括号之间有无空格无关紧要。Pubmed处理布尔逻辑表达式是按从左到右的顺序进行的。但可以通过括号来改变运算顺序。如果Pubmed发现检索式中有非限定的词组，它就自动检索该词组，再将该集合与检索式的其它项进行运算。字段标识符[AD]：机构、第一作者地址[ALL]：所有字段[AU]：作者姓名[TA]：期刊名[LA]：语种[MAJR]：主要概念的医学主题词[MH]：医学主题词[PT]：出版类型[TW]：文本词[TI]：题名[DP]:出版日期练习题：1、查肺肿瘤放射疗法，任选题录、文摘、全文各1篇，按Medline格式显示。（lungneoplasms/radiography[mh]）2、比较brain[tw]和brain的检索结果3、检索Vitaminh,查验检索词的转换情况4、比较SmithJR[AU]和SmithJR的检索结果5、查期刊molecularbiologyofthecell上的文章6、检索肺肿瘤2002年综述文献二、