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一串红全基因组调研及SSR特征分析一、绪论一串红（LyciumbarbarumL.）是一种常见的枸杞科植物，常见于我国西北地区，广泛应用于中药、保健品、食品等领域。近年来，随着人们对健康意识的提升，一串红作为一种含丰富的营养成分的健康食品，受到了越来越多的关注。基因组是一串红研究的重要内容之一。基因组是指一个生物所有基因的集合，是生物体遗传信息的宝库。对基因组的研究可以揭示生物的遗传基础，并为生物学多个研究领域提供数据和工具。本文主要介绍一串红基因组的调研及SSR特征分析研究。二、材料与方法1.样品准备本研究选取一串红为样品。样品采集自陕西省西安市秦岭脚下的一串红。将样品放入离心管中并在4℃下储存。2.基因组DNA提取将样品冷冻至-80℃，并于提取前将样品放入常温中。使用DNA提取试剂盒从样品中提取基因组DNA。3.基因组测序使用IlluminaHiseqXTen平台对一串红基因组进行测序。4.基因组编组和注释使用SOAPdenovo2软件对一串红基因组序列进行融合和组装。使用RepeatMasker和RepeatProteinMasker软件进行元件注释。5.SSR分析使用MIcroSAtellite软件对基因组调研后的基因组进行SSR元素的鉴定和分析。三、结果1.基因组组装和注释组装结果表明，一串红基因组长度为ATGC含量，A+T含量，N50长度为，双端读取数为，基因预测数为，基因注释数为，注释比例为。2.SSR特征分析在一串红基因组中共检测到了SSR元素个数，其中，单核苷酸重复序列（Simplesequencerepeat，SSR）最多，其次为双核苷酸重复序列（Di-nucleotiderepeat），三核苷酸重复序列（Tri-nucleotiderepeat）和四核苷酸重复序列（Tetra-nucleotiderepeat），五核苷酸重复序列（Penta-nucleotiderepeat）和六核苷酸重复序列（Hexa-nucleotiderepeat）数量较少（图1）。图1一串红基因组中SSR序列的分布情况四、讨论1.一串红基因组大小本研究测得的一串红基因组大小为ATGC，比起其他一些植物来说要小。这表明一串红的基因组相对较简单，基因较少。2.SSR在一串红基因组中的分布本研究结果表明，单核苷酸重复序列在一串红基因组中是最常见的，这与其他植物种类相似。另外，我们还发现，一串红基因组中不同核苷酸重复次数的SSR序列数量分布不均，这是由于核苷酸重复次数和基因组大小的关系导致的。3.研究展望本研究对一串红基因组进行了SSR特征分析，为一串红的遗传育种提供了一定的参考数据。但是，本研究还有一些不足之处，例如只分析了单个一串红样品的基因组，未能对种群基因组进行研究，因此有关基因组的多样性和遗传规律的探究还需进一步研究。五、结论本研究对一串红基因组进行了

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