生物信息学中的不确定性和分类问题市公开课获奖课件省名师优质课赛课一等奖课件

生物信息学中不确定性和分类问题邹权(博士、副教授)厦门大学数据挖掘试验室/~zq1/19提要生物信息学和机器学习关系一些生物信息学中分类问题microRNA识别蛋白质功效预测基因表示数据分析全基因组关联分析总结2/19生物信息学人类基因组计划数据存放---数据库数据分析---数据挖掘OlsonMV.Humangenetics:DrWatson'sbasepairs[J].Nature,,452(7189):819-820.HapMap计划/1000Genome计划大数据3/19生物信息学中我国计算机学者算法阶段(1990-)朱大铭、姜涛、卜东波标注阶段(-)王晓龙、朱小燕等系统分析阶段(-)李衍达、张学工等大规模数据处理阶段(-now)华大基因4/19一些生物信息学中分类问题microRNA识别蛋白质功效预测基因表示数据分析全基因组关联分析5/19microRNA识别诺贝尔奖---RNA干扰机制CCCCUCUAUUCACAAUUGUUUGGAACUCAGUUUUGUGAUUAUUCUAUCAUUGCCAGGGAGUUUGUGUGGUUGCAUCAGGGG6/197/198/19microRNA分类相关论文ChenghaiXue,FeiLi,TaoHe,Guo-PingLiu,YandaLi,XuegongZhang.ClassificationofrealandpseudomicroRNAprecursorsusinglocalstructure-sequencefeaturesandsupportvectormachine.BMCBioinformatics..6:310(谷歌scholar引用271次，截至.8.2)PengJiang,HaonanWu,WenkaiWang,WeiMa,XiaoSun,ZuhongLu.MiPred:classificationofrealandpseudomicroRNAprecursorsusingrandomforestpredictionmodelwithcombinedfeatures.NucleicAcidsResearch.,35:W339-W344(谷歌scholar引用239次，截至.8.2)LeyiWei,MinghongLiao,YueGao,RongrongJi,ZengyouHe,QuanZou.ImprovedandpromisingidentificationofhumanmicroRNAsbyincorporatingahigh-qualitynegativeSet.IEEE/ACMTransactionsonComputationalBiologyandBioinformatics.,11(1):192-2019/19microRNA与疾病关系图挖掘相同度度量、不确定性参考文件JiangQ,HaoY,WangG,etal.PrioritizationofdiseasemicroRNAsthroughahumanphenome-microRNAomenetwork[J].BMCSystemsBiology,,4(Suppl1):S2.XuanP,HanK,GuoM,etal.PredictionofmicroRNAsassociatedwithhumandiseasesbasedonweightedkmostsimilarneighbors[J].PloSone,,8(8):e70204.10/19一些生物信息学中分类问题microRNA识别蛋白质功效预测基因表示数据分析全基因组关联分析11/19蛋白质功效预测问题输入：蛋白质序列，进行聚类、分类特殊蛋白识别---不平衡分类亚细胞定位-----多类分类酶和多功效酶---多类，少许多标识功效预测------多示例、多标识二级结构、结构域-----标注、HMM难点特征提取分类器12/19一些生物信息学中分类问题microRNA识别蛋白质功效预测基因表示数据分析全基因组关联分析13/19基因表示数据分析14/57聚类分类双聚类14/19一些生物信息学中分类问题microRNA识别蛋白质功效预测基因表示数据分析全基因组关联分析15/19全基因组关联分析(GWAS)16/19GWAS难点高维小样本SNP-SNP相互作用结果可解释性前景疾病遗传机理遗传育种（作物、养殖）17/19总结机器学习在寻找生物信息