肿瘤研究的分子生物学数据库资源

肿瘤研究的分子生物学数据库资源第1页/共95页一篇论文的题目第2页/共95页Zhu

F,

Zykova

TA,

Kang

BS,

Wang

Z,Ebeling

MC,

Abe

Y,

Ma

WY,

Bode

AM,Dong

Z.Bidirectional

signals

transduced

by

TOPK-ERK

interaction

increase

tumorigenesis

ofHCT116

colorectal

cancer

cells.Gastroenterology.

2007;

133(1):219-31.主要内容第3页/共95页NCBI的相关数据库资源肿瘤学和血液学的细胞遗传学

ExPASy的数据库资源和工具NCBI的相关资源第4页/共95页National

Center

for

BiotechnologyInformation第5页/共95页第6页/共95页Genes

and

disease第7页/共95页单基因遗传病的站点·介绍多个系统的遗传病，可下载PDF文件。·图示遗传病相关基因在染色体的定位·与相关数据库相互链接Genes

and

disease页页面面第8页/共95页染色体的图谱第9页/共95页SKY—Spectral

Karyotyping第10页/共95页·多色标记的探针与染色体杂交M-FISH—Multiplex

Fluorescence

In

SituHybridizationCGH—Comparative

Genomic

Hybridization·肿瘤和对照细胞的基因组DNA标记不同颜色荧光探

针等量混合后分别与肿瘤和对照细胞的染色体杂交。SKY的原理第11页/共95页第12页/共95页CGH的原理第13页/共95页CGH比较工具第14页/共95页·

输入染色体片段和得失，如：7[gain]或3p[loss].比较工具第15页/共95页比较结果第16页/共95页CGH图示第17页/共95页大规模分析基因表达的方法第18页/共95页·对某一组mRNA中基因表达定量检测·一群mRNA中的每一个mRNA的同一位置取9-10bp的

一段序列，（从统计学上说这样的序列可以代表95%的人类基因），每一种9-10bp的序列的拷贝数则代表基因表达的拷贝数，也就可以说明基因表达活性的高低。方法RNA反转录为cDNA，同时用生物素标记cDNA末端

随后用一种限制性内切酶（NlaIII(CATG)）切割cDNA分离酶切位点3‘端的序列另一种酶再切割cDNA片段，去除带生物素的3’端

用PCR扩增每一个标签片段，将30-50个不同的标签片段连成一个单一的DNA分子最后克隆并测序这些分子

酶切位点3"端的序列出现的拷贝数就代表了基因表达活性的高低第19页/共95页流程图选择细胞第20页/共95页磁珠分离RNA并合成cDNA锚定内切酶（NlaIII）酶切NlaIII3’端序列为标签，再用BsmF1酶切后释放标签将标签相互连接并连入质粒载体测序并计算标签的拷贝数计算机分析查询方式第21页/共95页·...by

tag·...by

sequence·...by

library·...by

gene

name输入序列先查询序列中的Tag根据Tag来查询在SAGE文库中出现的频率第22页/共95页输入GenBank号或序列进行查询第23页/共95页查询结果第24页/共95页查询结果第25页/共95页Cancer

Genome

Anatomy

Project(/)第26页/共95页由National

Cancer

Institute（NCI）管理目的是研究肿瘤细胞的分子改变CGAP主页第27页/共95页Genes第28页/共95页每个基因————一个Gene

info页面第29页/共95页·UniGene、LocusLink、OMIM、DTP

search、cDNALibraries、Cluster

Assemblies、和SNPs等数据库的链接·细胞遗传学定位和Mitelman断裂点信息·蛋白相似性·人类和小鼠的同源组·IMAGE（Integrated

Molecular

Analysis

of

Genomesand

their

Expression）协议来源的序列链接·全长MGC（Mammalian

Gene

Collection）克隆链接·Gene

Ontology功能分类Genes工具列表第30页/共95页·Gene

finder：按照特定标准查找单个或多个基因的工具·Gene

Ontology

Browser：通过分子功能、生物学过程和细胞组分对人和小鼠的基因分类·Nucleotide

BLAST：通过CGAP界面，查找给定核苷酸序列的代表基因·Lists

of

Candidate,Validated,and

Confirmed

SNPs：包含单核苷酸多态性的基因信息·CGAP

SNP

Index：通过基因名称、符号和GenBank序列号查找代表SNPs·SNP

Gene

Viewer：将人类SNPs定位于参考序列和MGC序列，预测蛋白编码的变化Gene

info第31页/共95页第32页/共95页Chromosomes第33页/共95页Mitelman

Database

of

ChromosomeAberrations

in

Cancer

（肿瘤染色体畸变数据库）第34页/共95页·Recurrent

Chromosome

Aberrations

Searcher用来查找重复出现的染色体畸变SNP500

Cancer

Database·用于查找SNP的工具·可以通过基因名称、SNP号、染色体和基因功能查询查找肿瘤重复出现的染色体畸变第35页/共95页Tissues第36页/共95页来源于组织的基因表达信息·Library

Finder工具可以帮助查找组织特异性的文库。·Gene

Library

Summarizer（GLS）：在特定的cDNA文库中查找所有基因。·cDNAxProfiler：用于在两个cDNA文库之间比较基因表达。·Differential

Gene

Expression

Displayer（DGED）：用于在两个cDNA文库之间比较基因表达的统计学差异。·

SAGEmap

xProfiler：xProfiler程序比较一个cDNA在不同cDNA文库中的表达情况。·SAGEmap

Virtual

Northern：以图形形式显示一个基因在不同cDNA文库中出现的频率，代表其表达丰度。第37页/共95页cDNA

xProfiler第38页/共95页SAGE第39页/共95页SAGE

Anatomic

Viewer第40页/共95页查询结果第41页/共95页Tissue

only查询结果第42页/共95页SAGE的数据第43页/共95页RNAi第44页/共95页第45页/共95页第46页/共95页第47页/共95页PATHWAYS第48页/共95页BioCarta公司信号转导途径图谱KEGG代谢途径和信号转导途径图谱

Pathway

Searcher第49页/共95页第50页/共95页第51页/共95页CGAP基因表达分析工具的汇总第52页/共95页Tools第53页/共95页肿瘤学和血液学的细胞遗传学biogen.fr/services/chromcancer/第54页/共95页收集了各种在肿瘤中具有染色体异常的基因，包括其基因名称、产物、在肿瘤中的异常情况，以及与各种数据库的链接收集了白血病、实体瘤、癌前病变的细胞遗传学数据以染色体来分类描述各种肿瘤中的染色体异常包括了许多高水平的综述(Deep

Insight)和病例报告第55页/共95页22号染色体第56页/共95页t(9;22)(q34;q11)第57页/共95页第58页/共95页第59页/共95页t(2;8)(p12;q24)IGKChr

2Chr

22t(8;22)(q24;q11)IGLt(8;14)(q24;q32)MYCChr

8IGH第60页/共95页Chr

14Burkitt

LymphomaPromoterCoding

sequencesDeregulated

genePromoter

Coding

sequencesPromoterCoding

sequencesConsequences

of

Balanced

Chromosome

Rearrangements第61页/共95页IGH,

IGK,IGLMYCDeregulated

transcriptionETV6/NTRK346

Fusion

Genes

in

Benign

and

Malignant

Soft

Tissue

Tumors19921993199419951996199719981999EWSR1/ATF1FUS/DDIT3PAX3/FOXO1AEWSR1/ERGEWSR1/WT1

PAX7/FOXO1ASS18/SSX2EWSR1/NR4A3

HMGA2/LPPSS18/SSX1EWSR1/DDIT3

EWSR1/ETV4COL1A1/PDGFBEWSR1/FEVEWSR1/FLI120002001200220032004200520062007HMGA2/LHF

PSS18/SSX4TAF15/NR4A3TPM3/ALK

TPM4/ALKSS18L1/SSX1COL1A2/PLAG1EWSR1/ZNF278ASPSCR1/TFE3CLTC/ALKCARS/ALKHMGA2/CMKOR1ATIC/ALKFUS/CREB3LACTB/GLITGF/NR4A3FUS/CREB3L1CIC/DUX4

EWSR1/SP3COL6A3/CSF1FUS/ATF1HAS2/PLAG1

TCF12/NR4A3LPP/C12ORF92FUS/ERGRANBP2/ALKPAX3/NCOA1EWSR1/CREB1HMGA2/EBF

SEC31A/ALK第62页/共95页Soft

Tissue

Tumors

with

Specific

Gene

Fusions1992Ewing

tumor1993Alveolar

RMS,

Clear

cell

sarcoma

of

soft

tissue,

Myxoid

liposarcom1994Desmoplastic

small

round

cell

tumor,

Synovial

sarcoma1995Extraskeletal

myxoid

chondrosarcoma,

Lipoma1997Dermatofibrosarcoma

protuberans1998Infantile

fibrosarcoma2000AFH,

Lipoblastoma,

Inflammatory

myofibroblastic

tumor2001Alveolar

soft

part

sarcoma2003Low

grade

fibromyxoid

sarcoma,

Soft

tissue

chondroma2004Pericytoma2006Tenosynovial

giant

cell

tumor第63页/共95页Frequencies

of

fusion

genes

in

AML第64页/共95页t(8;21)(q22;q22)RUNX1/RUNX1T14.3%t(15:17)(q22;q21)PML/RARA4.1%der(11)(q23)MLL

rearrangement2.4%inv(16)(p13q22)CBFB/MYH112.3%t(9;22)(q34;q11)BCR/ABL10.7%inv(3)(q21q26)RPN1/EVI10.6%t(6;9)(p22;q34)DEK/NUP2140.3%t(1;22)(p13;q13)RBM15/MKL10.2%t(8;16)(p11;p13)MYST3/CREBBP0.1%t(7;11)(p15;p15)NUP98/HOXA

genes<0.1%Deep

Insight第65页/共95页ExPASy

(Expert

Protein

AnalysisSystem)/第66页/共95页综合的蛋白质分析工具网站大量、使用的蛋白质分析工具链接第67页/共95页Databas第68页/共95页·····du第69页/共95页oes·SWISS-2DPAGE第70页/共95页查询SWISS-2DPAGE的数据Human

lymphocyte第71页/共95页PROSITE第72页/共95页·Database

of

proteinfamilies

and

domainsEnzyme·Enzyme

nomenclatureCD40Lbase·

CD40

ligand

defects·CD40配体缺陷与X连锁的IgM增多ExPASy

Proteomics

tools第73页/共95页·······第74页/共95页Patt第75页/共95页andse