计算材料学ms几种常见出错信息

WindowsLICENSEWindows系统中安装－－只要把LICENSE，一般名为“msilic.lic”C:\ProgramFiles\Accelrys\LicensePack\Licenses即可MS运行时需要一定的硬盘空间来放置临时数据，所以，千万注意你服务器如果不上，请检查网卡是否正常；网卡正常，那请查看对于UNIX，license文件应该放在licensepack/licenses没有root帐号，不能mountiso文件每次进入bashThe bashisnot/home/msi/MaterialStudio/CASTEP/bin/castepexe_mpi.exe:errorwhileloadingsharedlibraries:libmkl_def.so:cannotopensharedobjectfile:Nosuchfileor把ms_setup.sh-sbashsh选择是否启动Gateway如果用的是csh,在安装用户根 下修改.cshrc(bash用户修改.bashrc),内容如eval`/home/msi/MaterialsStudio/Licensing/Setup/lic_setup.sh-scsh`eval`/home/msi/MaterialsStudio/share/bin/ms_setup.sh-scsh`setenvTMPDIR/home/msi/tmpsetenvDMOL3_DATAsetenvDMOL_TMPsetenvMESODYN_HOMEsetenvPATH并在安装用户 下建一个tmp临时文件3)LINUXInstallingeverything...Error:PackageArchive'/MPICH.tgz'doesnot没有root帐号，不能mountiso装cluster还得明确指定installtype,加个参数-tGatewaystartfailed-process6194isnot装的时候不要用root帐户，用自己的帐户，并且装在自己的主 不能多节点多CPU在windowsRuninparallelon选项那1。主要是没有指定节点，而且没有为各节点制定CPU要修改两个文件里面的cpu数目，具体路径在../Gateway/root_defausd/conf下的gw-info.sbd和grams.cfg里把cuptotal改成cluster的数目。copyMaterialsStudio\hosts.equivto/etc/hosts.equiv或者自己新建一个......在安装用户 下建一个.rhosts文件,内容跟hosts.equiv一MaterialsStudio/MPICH/share/machines.LINUX......冒号后为每个节点的修改MaterialsStudio/Gateway/root_defausd/conf下两个文件gw-info.sbd rams.cfg中的totalcpu否则在客户机上的job_control中只能看到安装节点上的没有mpirshlocalhostTryingkrb4rlogin...krb_sendauthfailed:Youhavenoticketscachedtryingnormalrlogin(/usr/bin/rlogin)Lastlogin:ThuMay517:02:10onmpi二、GATEWAYWindows如果备提供其他计算机，可以不安装如果安装了服务器，并安装了GATEWAYMSGUI程序里面已经设置了GATEWAY，可以看见LOCALHOST项；如果提交任务的时候失败，一般是网卡不正常，或者问题提交到其他Windows安装时要安装*网络的状**，比如最近的arp**：本机，对端，交换机，路由器，网络*服务器/客户端的***在使用CASTEPErrorwhilemonitoringjobRT390:Failureingatewaycommunicationwhilegettingjobmessage.（cpu100％，好像作业仍在计算。关掉那个错误提示小窗口，Jobcontrol窗口中显示作业仍然处于Communication-failure状态。增加GATEWAY系统时，应该延长这个时间，比如CASTEP默认的是每分钟保存一次，可延长到2小时或；Castep&Dmol计算的时候自动产生存档文件和相关的 总长度<255个字符，比如D:\MaterialsStudio2006\MS_work_dir\Al6O9Files\s\Al2O3DMol3GeomOpt\Al2O3DMol3GeomOpt\Al2O3_hist.xtd,f）单机运行MaterialsStudio应该不存在网络通讯和并行错误的问题；一般的，不要使用License服务器的License；Errorallocatingreal_bands_qpinErrorinallocatingwvfn%coeffsin可以尝试增加缓存，或在jobcontrol里的optimization选memory；但这不是根使用CASTEPb）如果保存着计算中的.check但是只有在standalone的模式下计算才能得到停电这种情况下的.check过gateway的话必须在点击downloadresult以前就去临时文件夹下面copy。如在.castep和.geom还有，是不是用上述文件中的结构坐标代替所有.cel文件中的坐标，然后就可SCF一般来说，MS默认的SCF100对于小系统是够用的，但是，原子数一多，有些结构本身就是亚稳态，scf的各项收敛指标如果设的太高，对于亚稳态就对于绝缘体，可以设置能带占据情况的OPTIONf层电子问题；*Warning*max.SCFcyclesperformedbutsystemhasnotreachedthegroundstate.Warning:electronicminimisationdidnotconvergewhenfindinggroundstate.增加设Max.Intionsintionsgaussian里的intgauss的经验，intions的确可以提高精度，特别是对于过渡态和3）程序,取的不同.根本原因是V(G)在G=0是发散的(可以去R.TMartin的电子结构castep是利用周期性,在倒空间进行电子结构计算的.我没有记错的话,Dmol3是在**用ULTRAFINE进行优化，计算能量，同时选择计算光学性质，为什么和试验**byVAMP任务运行失败（IfaVAMPjobMS会在任务运行前检查绝大多数数据及参数设置，如果设置不合要求，MS会提示出错及出错原因，用户可以根据提示在VAMPCalculation框 会对分析出错原因有所帮助，可是使用服务器控制ServerConsole(Tools|ServerConsole)提示：可以使用View|ProjectLog不能运行任务：Run按钮灰色不可用（CannotstartaVAMPjob:Runbuttonisgrayedout.）3D3D结构文件如图表文件或文本文件，则Run3D结构文件使之为当前文件，则Run当前文件为周期性结构。VAMP不能运行任务：网关与网络问题（GatewayandnetworkcommunicationVAMP客户端的网关没有：在客户端安装的MS不设置服务器地址，用户可以用ServerConsole检查网关情况，也可以用它添加网关；可用服务器的客户端网关没有：VAMP需要服务器程序才能运行ServerConsole基本信息。当通过ServerConsole在PC机上一个新的网关时，服务器列表被拷贝到客户端PC机上。但当添加一个新的服务器或从网关删除一个服务器时，PC机上的网关信息仍保存，所以必须更新才可使用，可以通过ServerConsole更新；Sunkiller编辑整理，内容请来材料科学Sunkiller编辑整理，内容请来材料科学行，用户可以选择不同的网关进行运算，通过ServerConsole进行设置；网络问题：MS需要与网关进行交流，如果网络出现问题，则任务不能进行。用户可以用ServerConsole检查网关是否开通及是否运行，如果用同一网关在不同的PC机上能进行任务，则说明是PC分离服务器管理程序（DisconnectedServerManagerprogram，DSMgr）问题：MS与网关的交流通过分离服务器管理程序完成，此程序为在用户的PC机上不能运行，但通过同一网关在别的PC机上可以运器地址如:18888，查看网关信息；使用ServerConsole时得不到任何网关信息。为确认哪里出现问题，用户需要退出MSDSMgr程序，该程序会在重启MS时自动启动。网关对用户权限限制：如果网关设置安全，则合法用户需要用户名和才能通过网关运行任务，如果用户名或错误，则任务不不能运行任务：客户端问题 sideMS明PC机磁盘已满，用户需要释放空间。不能运行任务：服务器端问题（Serverside服务器磁盘空间已满：MS需要创建任务信息文件和任务输出数据文请求会被，不能运行计算，此时用户可以尝试不同的网关或等待；运行过程中任务失败：服务器端问题（ServersideNotenoughmemoryUnabletocontinue:TerminatingVAMP会停止并出现如下信息：RerunoptimizationinCartesiancoordinatesusingkeywordXYZandaddkeywordGEO-OK这种情况出现在使用内坐标对分子进行几何优化时，三个原子几乎则需要使用坐标系对体系进行优化；CI计算时出现能水平：运行CIcalculation计算时，VAMP会检测CIcalculation会Jobstopped.Tocontinue,specify"LEV-在VAMPElectronicOptions框中勾选Ignoredegenerateorbitals，可以继续任务，此操作会在输入文件中添加LEV-OK；VAMP对波函数收敛失败，则任务终止且出现"""""""""""""UNABLETOACHIEVESELF-1.7.4umnumberofcycles接受最终优化结果：检查最终优化梯度，如果该梯度已经很小（3Sunkiller编辑整理，内容请来材料科学Sunkiller编辑整理，内容请来材料科学，Gradientsaretoolargetoallowcalculationofthe matrix(Limit=10)VAMP10kcal/mol/?，如果需要，可以用LET设置更大的梯度。VAMPyticalgradientsarenotyetavailableford-Pleasespecify这表明如果元素有d轨道，则需要设置构型交互（CIgradients）梯度数，AM1*MNDO/d方法计算时发生，例如，CI用于开壳层首先体系时。补救措施就是在输入文件中添加NUMCI。1.6结果失败（failureofaVAMPjobtodownloadtheVAMP运行结束但没有结果文件：如果服务器在运行过程中出现问题存在，可以用ServerConsole查看工程日志ProjectLog，如果在日志中结果文件被删除：VAMP启动任务时会创建一个子文件夹以保存结果，此文件夹不能重命名、移动或删除，否则结果不能被。如果文件没有被，则它们会保存在服务器中，可以用ServerConsole逐个恢复（URL可以得到网关信息，则可以用浏览器的"Save；客户端PC机磁盘已满：出现这种情况，文件会继续保存在服务器中，用户可是释放PC机磁盘然后。DiscoverStandalonecar/mdf要脱离图形界面运行Discover必须要生成分子结构定义文件，car/mdfMS自身有把多种其他分子模型文件输出为car/mdf但是有的时候输出的car/mdf文件在独立运行Discover时会发生文件异常Error:molecular_datamdf3MS转换的mdf文件格式上。按照mdf文件格式定义，其中第一行是版本就出在这里，有的时候，MS输出mdf时有空格，有的时候则没有！我不知道问4。0里面有这个问题。以用Discover.exe了。Discover程序移植于unixLFwindows文本则以CR+LF作为换行。只要用UltraEdit另存一下那个mdf文件为unix格式即可。MS分子结构定义文件*.xsd周三,09/12/200710:57—MS采用了基于XMLxsd本文件只要知道XML的结构定义即可以其中各种信息包括分子坐标、电荷、力场名等。当然后也可以很方便的转换为其他格式，例如PDB。AutoIt编写了一个小程序，可以快速转换xsd文件。如果你需要其他输出格式也#include"_XMLDomWrapper.au3"Dim$sFile$sFile=@ScriptDir&;treeoftagsinXSD$root=$AtomTreeRoot=$root&$AtomProperties=$AtomTreeRoot&$SymmetrySystem=$AtomTreeRoot&$IdentityMap=$SymmetrySystem&$Atom3d=$IdentityMap&$Bond=$IdentityMap&;cell(PBC)$SpaceGroup=$IdentityMap&IfFileExists($sFile)ConsoleWrite($sFile&"filefound!"&;openxsdfileusing$ret=_XMLFileOpen;wehavenoDTDfileforthematerialsstudioxsdxml;sobeforeweextractinformationfrom;removethedoctype$rt=_XMLGetAttrib($root,"Version")ConsoleWrite("TheXSDversionis"&$rt&@LF)$molname=_XMLGetAttrib($AtomTreeRoot,"Name")ConsoleWrite("Thenameofthemodelis"&$molname&@LF)$rt=_XMLGetAttrib($AtomProperties,"PotentialEnergy")ConsoleWrite("Thepotentialengergyofthemodelis"&$rt&@LF)$rt=_XMLGetAttrib($IdentityMap,"ID")ConsoleWrite("TheIDofthemodelis"&$rt&@LF);getthecellConsoleWrite("Theunitcell:"&$rt&$rt=_XMLGetAttrib($SpaceGroup,"AVector")ConsoleWrite("Vectora"&$rt&@LF)$rt=_XMLGetAttrib($SpaceGroup,"BVector")ConsoleWrite("Vectorb"&$rt&@LF)$rt=_XMLGetAttrib($SpaceGroup,"CVector")ConsoleWrite("Vectorc"&$rt&@LF);outputthetotalatom$totalatoms=ConsoleWrite("Totalnumberofatoms"&$totalatoms&;outputthetotalbond$totalbonds=ConsoleWrite("Totalnumberofbonds"&$totalbonds&;outputatomandbondinformationtofile(VMF?anything)Output_VMF(@ScriptDir&"\test.vmf")if@errorThenFuncOutput_VMF($fname)Local$line$file=;writethe$line="VirtualMaterialFile"&$line&="Title:"&$molname&$line&="Description:ConvertedfromMSXSDfile"&$line&="Period111"&$line&="AxesZYX"&$line&="Sgname0000"&$line&="Crystx19.325025.488031.560093.940091.5100100.0000"&$line&="Cells-11-11-11"&$line&="Molecule:"&ConsoleWrite($line&@LF) ine($file,$line&@LF);For%i=1To;dim;$nodearray=;ConsoleWrite($nodearray[0]&""&UBound($nodename)&@LF$attarr=ConsoleWrite($nodevalue[1]&""&UBound($nodename)&@LFConsoleWrite("Totalnumberofatomrecordsread:"&UBound($attarr)&@LF)For$k=0ToUBound($attarr,1)-1;for$i=0toUBound($attarr,2)-;For$j=0toUBound($attarr,3)-$line&="atom"&@TAB&$k&@TAB&"nnn"&@TAB&StringRece($attarr[$k][7][1],",",@TAB)&@TAB&$attarr[$k][10][1]&@TAB&$attarr[$k][9][1]$line&=;ConsoleWrite("records"&$k+1&"-"&$line) ine($file,$line);MsgBox(0,"","Thelastrecorder:"&$attarr=_XMLGetAllAttrib($Bond,$nodename,$nodevalue)For$k=0ToUBound($attarr,1)-1$line&="connect"&@TAB&StringRece($attarr[$k][3][1],",",@TAB)&@TAB&"S"$line&=ConsoleWrite("records"&$k+1&"-"&$line) ine($file,$line);writea$line= ine($file,$line&周二,10/16/200714:17—foreachi[arraynamesenv]{echo$env($i)初始化DiscoversetPROJECTsetrandomSeed#BIOSYMdsl设施系统数据库句databasehandledbs (获取数据表中的数据(所有c原子的三维坐标$dbsgetxyzatom.Coord$dbsgetxyzatom.CoordMS周日,06/24/200715:24—MS安装的studio子，你会发现一大堆dll和ocx文件。这ocx或dll中，很适于分布式计除了这些，我们还会发现几个exe文件。matstudio.exe想必就是客户端，而matserver.exe肯定是服务端程序。还有一个DSmgr.exe(DisconnectedServerManager)估计和联网计算有关的管理程序。还有一个makeconv.exe也许是用来把老版本工程转化成新版本的（不确定，希望补充）最后一个是trj2ascii.exe，顾名思义这个程序是把cerius2产生的二进制轨迹文件*.trj转换成文本文件的。真想不到这么有用的一个工具竟然被隐藏在这里。也有点想不同，Accelrys干嘛记得以前有个可以转化Insight轨迹文件his到文本的工具，formhi e都是要找商索取才提供。是不是很少有用户用到，还是一种软件定位方式？（其实如果有朋友问，转化trjMS你就知道了，trj文件不能用Discover直接分析，更不用说用BTCL了。转换後那就是了。（直接用Cerius2的朋友就不用这样操心了）周二,06/05/200717:35—MG可以用于定义刚体结构。例如在Forcite模块的几何优化任务中，可以指定不优化MG定义的刚体结构。这个功能在结构比较研究中很有用。比如蛋白质在motiongroups框中使用‘从选中原子创建MG’。以后进行Forcite优化时就可以选择‘保持motiongroups为刚体’motiongroup在其他一些模块中也MD中使用，就可以做刚体动力学模拟了。RBD有很法是使用Constraint，也就是约束那些键长、键角、两面角，别无它法。周四,06/07/200710:03—gateway来提交或管理任务。前台的图形显示只负责建模和简单的分析。这样架在实际使用中，（windows局域网环境），MS4.0处理这些消息还时间，如果服务器timeout设置比较短的话，就会出现通讯失败，实际上只是超时了。比如你用Forcite时，如果选择了restart上次的模拟，并且选择了‘附加新希望MS在以后的版本里可以在这方面变得些比如可以加入传输速度判*实验：windows140MB的轨迹文件，需要进行Amorphouscell的CED10600秒，问题依旧。没办法只能手工上传轨迹文件，然后去MS周四,06/21/200711:26『SimuWorld文章，请尊重他人劳动成果，请注明出 』MS的工程文件的结构和文件在磁盘上的结构是一致的，也就是说你在MS中看到的工程文件夹文件夹也可以在硬盘上找到相应的。一般位于 下面的MSprojects中。下创建一个子文件夹。例一个3d分子结构文件abc.xsd，我们对它实行能量最小化，MS会创建一个子文件夹abcDiscoMin。如果我们对优化的结果在施行其他计算，比如动力学模拟，那么会在abcDiscoMin下面再创建一个子文件windows支持的夹下面如果再做分析计算，如果新输出的文件名+路径名>255个字符，MS只会解决办法：把需要计算的输入文件放到更上 中即可1MS构造晶体时要先确立空间群,可是那些空间群的代码是啥意思啊,看不懂,CCDC。称操作等),如果要具体了解你的物质或者材料属于那一个群，你可以查阅一下相关的手册当然你要了解一些基本的群论知识.MS自带2、问：各位高手，我用ms中的castep进行运算。无论cpu是几个，它只有一个3、问：我已经成功地安装了MS3.1Linux版本，DMol3可以成功运行。Xeon5320(四核)服务器，rshrlogin均开启，RHEL4.6系统。hosts.equiv的内容如下：现在运行RunDMol3.sh时，停 - ibm-console0localhost3答：主要是rshibm-console的没有设置把/etc/hosts改为4、问：在最后结果的dos图中,会显示不子spd的贡献,问的是MSMg2p63s2,doss,p3s的贡献.3pdos中如果可能的话，在这种情况下,2p3p的贡献,谢谢.3p电子，DOS1p1sDOSBdDOSd轨道的贡献，这可能是电子跃迁所d轨道上没有电Cdos并非指电子出现的几率,而是能级的密度.3p构成导带能级不可能吗?dd的贡献可以理解是跃迁过去,3p的可能?ps不太好理解ps5、问：那位高手能够介绍一下MSCASTEP（WVWGGAB,PRB,HCH（LDAn（r）来决定那点交换-相关能CeperlyAlder`s在８０年代对均匀电子气总能量的MonteCarlo模拟。（ＧＧＡ：ＧＧＡ是（|∇n(r)|GGA，比如Becke,Lee,ParrandYang(BLYP)是经验性。LYP校正采用了密度的二阶Lace算符，因此严格Jacob阶梯的第三阶，但通常仍然归类为6、[求助]LinuxMS的安装问题RHES4.6上安装MS3.0但是在castep和dmol下的RunDMol3.sh大小为零，没有东西，同时在share下也没有bin ，也找不到ms_setuo.sh :errorwhileloadingsharedlibraries:libcxa.so.3:cannotopensharedobjectfile:NosuchfileorMaterialsStudio3.1的ISO版本以及licene.datlinux机器上的用户名为下面是安装MaterialsStudio3.1linux版本的步骤1、假定把MaterialsStudio3.1的iso文件mount到/home/firefox/ms 2mountrootfirefox帐号。然后到、指定你要MaterialsStudio安装到 ）、然后指定你 所在 ，我们假定也是放 ）、下面所得到 文 拷贝 5)、把/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack/licenses/msilicense.dat完整的文件名按提 Gatewaystartsucceededrunningasprocessxxxx，5、在ie的地址栏输入;则页面会显示该机器上已经安装好的计算，基本就安装成功了。(注意之处：不要用root安装它)7、问：对NaYF4的电子云分布进行模拟计算,请各位高手指点怎么计算??如果有NaYF4的结构的话,请一下.ICSD查询，如果查到，直接导出来msdmolcastep如果要某个轨道的电子云，dmolhomo－lumocastepvisulizerok答：dmolpropertieshomolumo然后计算，算完以后打开ysisorbitals了9、求助有MSLINUXCLUSTERCPU计算利用率很不均衡也不稳定100%0%进程处与slee 状态只有那一个CPU在RUN 个节点的硬件配置相同，用的是CASTEP模块，K点数是CPU数的整数倍，但是算能带的时候不知道如何调节K点数目，不均衡不知道是不是算能带的时候导致KCPU上分布不均造成的NFS的效率如何评估B50%CPUCcpu进行计算,如果是一个,那就是你发生的问题原因,如果不是一个,而是选cpu进行计算,那么应该是节点之间10、问：CASTEPpdos的自旋情况吗alphabetatotalspin计算的时候必须把自旋极化－spinpolarizedError:SCFitionsnotconverged 50iMessage:SCFnotconverging.Choose"UseSmearing"onDMol3SCFpanelorset"OccupationThermal"intheinputfileYoumayalsoneedtochangespinorusesymmetryResubmitDMol3Message:DMol3jobfailedError:DMol3exiting答：SCFnotconvergingChooseUseSmearingonDMol3SCFpanelorset"OccupationThermal"intheinputfile系统提示你改变"UseSmearing"和"OccupationThermal"的设置参数(这两个参数在设置不收敛，解决方法一加大圈数，DMol3calculations－》electronic下More选项－》SCF选项，中Max.SCFCycles加大，最多10001000圈收敛不了smearing在SCF下把orbitaloccypancy下面的勾打上，然后设置smearing慢慢变小，这K││-resolvedtheViennaab-initiosimulationpackage(VASP)thegeneralizedgradientapproximationthenewaveexpansionstructuralrelaxationsatight-bindinglinearmuffintinorbital(TB-LMTO)methodtheTB-LMTOmethodtheprincipal-layerGreen’sfunctiontechniquetheK││-resolvedtransmissionK││-resolvedDOSattheFermienergy答：1(1×1)表示的是表面的构型，2×2是(1×1)xy上分别用两倍单位平移ab，c轴与表面ms里面的layerbuilderlayertheViennaab-initiosimulationpackageVASP维也纳从头算模拟软件包thegeneralizedgradientapproximation——广义梯度近似thenewaveexpansion——平面波展开structuralrelaxations——结构弛豫atight-bindinglinearmuffintinorbitalTB-LMTOmethod——紧束缚线性丸盒轨道theTB-LMTOmethod——紧束缚线性丸盒轨道方法theprincipal-layerGreen’sfunctiontechnique——？theK││-resolvedtransmission——？7先计算出态密度。然后通过由方程推导出的电导率来算,见固体物理。提供GeorgK.H.Madsen,DavidJ.Singh.ComputerPhysicsCommunications175(200667~71.PhilipB.AleenWarrenE.PickettHenryKarkauerPhyscicalReviewB37(19882721~2726.13CASTEP计算材料空位缺陷时，如何才能实现只取一个空位呢？DELETE一个原子就可以了buildsymtreymakeP1makesupper可以建大一点的超晶胞(2×2×2超晶胞)然后删掉一个原子，这样比较合理，14、[求助MS10-20MS里的分子模拟功能是否可以模拟出一些能量局部最小化的构型？10111111（1110原子的构型进行微扰）得到不同能量的局部的低能构15、msdiscover完的任务，serverconsole打不开，无手动停止jobdiscoverdynamicsuserestartresult，但是结果显示完全dynamictrajectorysavefulluserestartdate选项，就MSDmol3HOMOLUMO轨道的电还有一般用HOMO和LUMO轨道的电说明什么问题啊？我看很多文献说什么(π-π)派-派跃迁就是3. 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17MS是默认能级为0吗？那就是只看0附近的宽度吗dmolgaphomo-lumo的gap0eV上下最高和最低两个能带在某个高对称点(G，XR点等)之间的能量差0eV0eV下能量最高的能带的最18Overlappopulations？Table2Bonddistances(A˚)andOverlappopulations(/E/in 1.8311.9631.831.8312.0662.1071.9892.0701.9381.9121.9951.9882.0652.1652.0972.0721.8531.8542.0061.865O1–Me6-1.9361.9831.968O2–Me5-1.9681.9611.9501.976Overlappopulations是什么？如何得到的？答：A、OverlappopulationsCASTEPpopulationB、布0表示纯离子键。CASTEPpopulation选项这个我已经算了答：CASTEP中计算的时候选择properties里面的populationysis下面bondpopulationatomicpopulationbondpopulation也overlappopulation在.CST或者.CASTEP答：AD2.8GHz1G内存CPU30-60P2.82G也不嫌多的！demol可以解决的D、关键是cpu要速度的话cpuwindows下好像不是很高内存大是必须的，2G4G更好，反正现在内存也不是太贵第三：设置固定XY方向不考虑弛豫，实际上就是在x和y方向的或者分数坐jobexplorerrunning,答：与计算速度有关的因素：cpu速度，内存大小，缓存多少，硬盘和主板接口速度等。winxplinux/unix版本winxp版本，可能cpu是双核/双线程的，你交作业的时候选择单2cpucpu23CASTEPReflexXRDCASTEP中的.xsdReflex结果向各位请教！谢谢我就是建立了一个结构.xsd，然后选了那个模块计算，出来的结果感觉答：新建一个文件，导入数据库中的FeS2（pyrite）reflexpowerdiffractionxrd谱图的范围，靶的种类等等caculateok24MScarxyz答：利用MS的Exportmol格式的文件Hyperchem打开上面的输出文件xyz文件即可[Lasteditedbycsfnon2008-4-22at12:53我此帖2008-2-20 我的木虫之家加为好友资料邮件消息 编辑该帖贵宾:金币:帖子:流量:4.21注册:2006-1-来自状态性别:专业辑(五星级,优秀推荐 24MScarxyz答：利用MS的Exportmol格式的文件Hyperchem打开上面的输出文件xyz文件即可Dmol3算体系的能量，算了其频率，输出文件中一大堆数据看不懂都是什么啊？哪里有详细说明吗？help里好象没有啊。不知道vibrationalN3N－63N30，表示所有原子沿着注意，dmolLOTO分裂，而且对于晶体而言只能算区G点的26CPU0CPU利用就00了，这cpu也没有结果。所以看作业是否运行，不单单得看网关的运行状态，还得看cpu的利用率 择achieve，可能数据仍是不完整的。第二：交完作业以后，网络就断了，在这个过程中作业因很多原因死了，cpu0，runing状态，因此不会有结果。kpoint444996数很多（40-60个）的绝缘体，可能仅点。甚至可以增加晶格参数c细格点，沿z方向上也只产生一个k点（产生k点后，记再把c改回k因此用三个数值表示ka方向的数值积分点数越多，计算对于表面相关计算，k12z轴方向DPD10001000步，怎么办？是要重新setup中，设定2000嘛？有办法1000步基础上继续运算嘛？答：RestartingaDPDrunAttheendofaDPDrunandatspecifiedintervalsduringtherun,DPDsavesarestartdatafile,.Dpd_rst.ThisfileisdownloadedatoftherunandcontainsthepositionsandvelocitiesofalltheItenablestorestartthesimulationfrompartwaythroughoratofthepreviousDPDrun.TorestartasimulationSelectthemesoscaletrajectoryfromtherunyouwishtoChooseModules|DPD|CalculationfromtheLoadtheparametersfromtherunyouwishtorestart,bydouble-clickingontheassociatedSettingsfileintheProjectCheckOntheSetuptab,choosewhethertoReinitializeChangethelengthoftheNote.Thetimestepcounterisnotresetbetweensimulations.Therefore,therestartedDPDsimulationwillrunfortheNumberofstepsspecifiedontheSetuptablessthenumberofstepsalreadyIfdesired,specifynewoutputoptions,simulationconditionsandinctionPressNote.TheRestartcheckboxisenabledonlyifarestartfileispresent.However,thisfilecannotbeseenintheProjectExplorerwindow.YoucanusetheWindowplorertoverifythatthefileNote.Whenyourestartasimulationyoucanmodifysomeparameterssuchasthelengthoftherun,outputperiodoptions,simulationconditions,inctionparameters,etc.However,others,suchassimulationcellsize,gridspacing,cellcontents,etc.,mustremainthesameastheywerebeforetherestart.TheseoptionsaredisabledwhenRestartis勾选在点中最后那个.xtd图形文件的条件下,run你举的例子应该把步数改为2000几何优化可以在多大范围内改变原子的位置啊？感觉每次优化后的位置调整不是很多啊？大家在算能带和态密度的时候的时候是用单点能计算给出能带还是几何优化给出能带啊？WINDOWSKEYLINUXKEYMATERIALSTUDIO4.0LINUXKEY一个30、请问CASTEP计算氧化物磁性,例如CuO的,Modify Spin里怎么设置?Dmol计算自旋设置时,Multiplicity设置为Auto是系统自动寻找自旋多重度吗?Multiplicity是设置Auto好,还是设置具体的值好?31MScastep的几个问题<SCF Energy <--per<<--Initial-E+00455.44<--1-E+004- E.97<--Warning:Therearenoemptybandsforatleastonekpointandspin;thismayslowtheconvergenceand/orleadtoaninaccurategroundstate.Ifthiswarningpersists,youshouldconsiderincreasingnextra_bandsand/orreducing 2- E+004- .62<--Warning:Therearenoemptybandsforatleastonekpointandspin;thismayslowtheconvergenceand/orleadtoaninaccurategroundstate.Ifthiswarningpersists,youshouldconsiderincreasingnextra_bandsand/orreducingsmearing_widthinthe mendusingnextra_bandsof11toH2COtopbridge,等，position?totalenergy的时候，是否选择上"optimizedcell"?进行计算时选择上"spinpolarized",对于不同元素，其参数如何设置？"initialpin和答：Aemptybandsmearing的数值，这两个办法都B、第一个文标题：从他提示的来 controlsthenumberofextrabandsinadditiontothenumberofoccupiedTheseextrabandsnecessaryformetalsorfinitetemperatureinsulators.Thedefaultvalueforthisparameteris0.ThiskeyworddeterminesthewidthoftheFermi-surfacesmearingifthesystemisbeingtreatedasametal..param为后缀名的文件里，有以上两个参数，你打开调整一下，然后计算你调整后的文件FilesRunFiles。如果你调围之内totalenergy的时候，是选择"optimizedcell"还是固定表面，我看文献上这两种都有，因为这要和第三个问题，initialSpin设置，MSTherearetwowaysofdefiningtheinitialmagneticconfiguration:eitherspecifythetotalmagneticmomentperunitcell,whichgetsuniformlydistributedoverthespace,orprovidedetailedinformationontheabsolutevaluesanddirection(upordown)ofthespinsforeachatomintheunitcell.Theformermethodcanbeusedforrelativelysimplesystemswhereonlytwosolutionsareexpected(magneticandnon-magnetic).Thelattermethod,whichspecifiesthespinstateoftheatomsinthesystem,ismoregeneralandgivesmuoreflexibility.Itispossibletosetupferromagnetic,ferrimagnetic,orantiferromagneticcalculationstogetdifferentstartingspin不过我记得好像他们公司，一般formalspin都可以，除非是计算一些磁性物质，比MSTheinitialvalueofthespinmomentisquiteimportantforspin-polarizedcalculations.Itshouldbeascloseaspossibletotheexpectedvalue.Youcanevaluatethespinmomentusingthehigh-spinapproximationcombinedwithformalcharges.Forexample,iftherearetenFe3+ionsinthesystem,youassumethateachofthemhasavalenceelectronicconfigurationofd5(theneutralconfigurationiss2d6)whichcorrespondstofiveunpairedelectronsperFeion.TheinitialspinvaluefortheCASTEPcalculationisthereforeNis2d82unpairedelectrons,2*supercellNi个数D、通常磁性物质需要考虑spin是因为体系中有unpairedelectrons。所以spin=unpairedE2*supercellNi另外也想补充个问题我发现跟我没有调整这两个参数的计算结构比较无论是bandstructuredos结果都有变化,不知道那样才是合理我看到一些资料表面吸附时,optimizedcell,然后用优化后的结构参在晶胞优化的时候才选上"optimizedcell"，而在计算表面吸附的时候是不能选的。至于1smearingsmearing问题2看来大家大多数认为在吸附的relaxoptimizedcell，原子的位置靠几何计算得3I“optimizedcell，吸附分子或者原子的位置是不是就a，b，c10，10，1010，10，10。但是你选择“optimizedcell”，你会发9，9，911，11变化。应该是比较清楚了吧这些我是可12，你自己判别了，好像不是什么问题了。总之这个软件是比较智能化了，J、spin=unpairielectron+1，是来自量子化学或者第一性原理计算本身，说明书中不会有介耦合的章节或者读读的物质结构实际上spin=从1到unpairielectron+1的所有可能DOS等其它性质，计算速度要快一点吧。至于1,emptyband的值,11-24,就可以解决,2uncheckoptimized3好像这个参数并不是影响很大,因为这只是个初始值,欢迎大家继续套路讨论这个问M2optimizecell，第二bridge时，与表面平行的方向上的坐标为表面上两最近邻原子的中点，垂计不好就多算一会，top位置就在表面原子的正上方;3spinpolarized，偶数时不选;算磁性的时候32TSRESEARCH算的时候所有的基体原子都不答：Acellcell的话基本上是算不了了HD、楼主说的有点像渗碳渗氮。这是一个扩散穿质的过程，解一个二阶偏微分方程，解的33DMol3Calculation出现的问题我是新手，DMol3Calculation点Run后出现一个Failedtocreatejobfortheserver:NodefaultlocationdefinedforserverDMol3.UseServerConsoletospecifyagateway.如果是winxp系统，把系统关闭，如果还有杀毒软件的，第一次运行，要允许Apache.exe等网络是通的，关掉（WINDOWS自带的也：看一下网络是否是通的；服务器：IP地址，马上会出现问题。奇怪的是在服务器是自己的电脑的情况下，在新建SERVE的时候也必须关掉。答：1。如果是结合能，castepdmol都可以算dmoloutmolcastep算法：晶体的总能量(finalenergy)－（N1×1个数原子＋N2×2个数原MS-DMol3A2O3,切三层，五层，七层，分子式A8O16,A16O28,A24O40,五层优化始终是两配位，A是六配位,O是两配位，ASCIcycles试一试SCI就可以收敛B、SCI1000轮了,就是每次几何优化第九轮时自洽迭代不收敛,一会儿变小,一会儿变大,不收敛.Smearing为０.００５或０.０（：DmollDmol再优化会收敛快一些，3－6层，这样要你自己计算，一般都是把基层都COCO吸附OC，那就会选择含金属原子比较多的面。Dsmearing设置有关，你可以试一下smearingsmearingoutmol