细菌全基因组测序

关于细菌全基因组测序第1页，讲稿共20页，2023年5月2日，星期三生物信息学分析流程图第2页，讲稿共20页，2023年5月2日，星期三基因功能注释

基因注释主要基于蛋白序列比对，将基因的序列与各数据库进行比对，得到对应的功能注释信息。

注释的蛋白库为：KEGG、COG、SwissProt、TrEMBL、NR。第3页，讲稿共20页，2023年5月2日，星期三B-6KEGG代谢通路二级分类图

第4页，讲稿共20页，2023年5月2日，星期三B-9KEGG代谢通路二级分类图

第5页，讲稿共20页，2023年5月2日，星期三B-6COG功能分类图

第6页，讲稿共20页，2023年5月2日，星期三B-9COG功能分类图

第7页，讲稿共20页，2023年5月2日，星期三B-6GC含量、GCskew、COG注释基因组分布图

第8页，讲稿共20页，2023年5月2日，星期三B-9GC含量、GCskew、COG注释基因组分布图

第9页，讲稿共20页，2023年5月2日，星期三基因家族（genefamily）

和基因簇（genecluster）分析genefamily.xls 基因家族聚类结果genefamily.stat各基因家族统计信息distance_data/all.KaKs 各基因家族内基因两两间的Ka/Ks结果 gene_families 包含各基因家族的序列等信息

基因组中来源相同，结构和功能相关的基因聚集在一起形成基因家族。基因家族的各个成员紧密成簇排列成大段的串联重复单位，分布在某一条染色体的特殊区域第10页，讲稿共20页，2023年5月2日，星期三测序数据的解读与分析

解读策略木质素基质是非常巨大的非均性高分子，会受到细胞外酶或试剂的作用；木质素不含有可水解的化学键，这就意味着木质素降解所参与的酶必须具有氧化性；木质素具有立体结构不规整性，与许多其他天然高分子相比，木质素降解要求更具非特异性的作用。木质素降解过程中涉及到的细胞外酶主要有：木质素过氧化物酶（LiP）和锰过氧化物酶（MnP），以及漆酶（Lac）。此外，一些附属酶参与过氧化氢的产生，乙二醛氧化酶（glyoxaloxidase，缩写作GLOX）和芳基醇氧化酶（arylalcoholoxidase，缩写作AAO）属于这类酶。第11页，讲稿共20页，2023年5月2日，星期三

解读策略木质素降解过程涉及到的其他酶。

对木质素模型化合物作用的相关酶；木质素单体化合物降解相关酶。聚合木质素木质素LacMnPLiP单体二聚体寡聚体LacMnPLiP其他酶C1C2C3片段CO2开环产物CO2芳香醛酸醌+氢醌CO2第12页，讲稿共20页，2023年5月2日，星期三聚合木质素木质素LacMnPLiP单体二聚体寡聚体LacMnPLiP其他酶C1C2C3片段CO2开环产物CO2芳香醛酸醌+氢醌CO2运用测序数据构思文章对羟苯基结构（10%）愈创木基结构（70%）紫丁香基结构（20%）γ

αβ第13页，讲稿共20页，2023年5月2日，星期三木质素主体结构的连接方式键型连接方式名称β-O-4型β-烷基芳基醚键愈创木基甘油-β-芳基醚α-O-4型α-烷基芳基醚键愈创木基甘油-α-芳基醚4-O-5型二芳基（联苯）醚键愈创木基芳基醚α-O-γ型二烷基醚键松脂酚β-5型α-烷基芳基醚，β-碳键苯基香豆满5-5型二苯基（联苯）碳键二联苯愈创木基丙烷β-β型β-二烷基碳键二芳基（愈创木基）联丙烷β-1型β-芳基碳键愈创木基-β-芳基丙烷β-O-4型连接第14页，讲稿共20页，2023年5月2日，星期三木质素降解有关主要的酶和它们催化的主要反应酶，简写辅助因子或基质“介体”主要效应和参与催化的反应木质素过氧化物酶，LiPH2O2，黎芦醇催化木质素非酚型亚结构β-O-4模型中丙基侧链上的Cα-Cβ键的断裂反应、开环以及其他的反应锰过氧化物酶，MnPH2O2，Mn，有机酸作为螯合剂，硫醇，不饱和脂质形成苯氧自由基，引起芳香环和Cα之间化学键的断裂；MnP-脂质体系可使非酚型β-O-4木质素模型中的Cα-Cβ键和β-芳基-醚键降解漆酶，LacO2，介质（如羟基苯并三唑或ABTS）通过氧化Cα键和使芳基烷基键断裂，催化β-1-和β-O-4-木质素模型化合物中的Cα-Cβ键的断裂；在“介体”分子存在下，可氧化非酚型β-O-4木质素模型化合物乙二醛氧化酶，GLOX乙二醛，甲基乙二醛乙二醛氧化成二羟基乙酸，产生H2O2芳基醇氧化酶，AAO芳醇（茴香醇、黎芦醇）芳醇氧化成醛，产生H2O2其他H2O2生成酶一些化合物O2还原成H2O2第15页，讲稿共20页，2023年5月2日，星期三

增加个性化信息分析对B-6，B-7，B-8，B-9这4株菌的数据进行分析，寻找与木质素降解相关基因；用CAZY数据库对这4株菌的代谢途径进行注释，寻找纤维素、半纤维素降解家族基因。对4株菌的亲缘关系进行分析，确定菌株之间的相互关系；通过对4株菌进行进化分析，判定是否为古菌或新的菌种。论文构思

创新性系统性

热点，高关注度第16页，讲稿共20页，2023年5月2日，星期三下一步的实验安排对已注释出的基因进行验证基因分离酶切载体酶切连接转化筛选表达第17页，讲稿共20页，2023年5月2日，星期三未注释出功能的基因鉴定，挖掘新基因RNA

RNA转录翻译Protein

DNA逆转录培养条件①培养条件②产酶A且活性高不产酶A或活性较低测定转录组mRNA测定转录组mRNA比较差异新基因第18页，讲稿共20页，2023年5月2日，星期三其他方面的应用研