SSR分型常见问题解答_第1页
SSR分型常见问题解答_第2页
SSR分型常见问题解答_第3页
SSR分型常见问题解答_第4页
SSR分型常见问题解答_第5页
已阅读5页,还剩1页未读 继续免费阅读

下载本文档

版权说明:本文档由用户提供并上传,收益归属内容提供方,若内容存在侵权,请进行举报或认领

文档简介

SSR分型常见问题解答1.Stutter产物:STR电泳图谱,通常会发现有一些比每个等位基因峰少几个碱基的小峰,这些stutter产物峰是在用DNA聚合酶对STR基因座进行PCR扩增的过程中产生的。又称为影子带,或者DNA聚合酶滑脱产物。主要机理为链滑脱错配机制Stutter产物形成的总结:1)通常比相应的主要等位基因峰小一个重复单位。2)Stutter的量取决于基因座、PCR条件及所用的聚合酶。3)随重复单元的增长stutter产物有减少的倾向(五核苷酸<四核苷酸<三<二)4)在一个基因座内较大等位基因的Stutter产物量更多。5)一般小于等位基因峰高的15%(影子峰未必是在左边出现,有可能左右都有影子峰出现)2.非模板添加:DNA聚合酶,常见Tag聚合酶,经常在复制模板链时在PCR产物的3’末端添加一个额外的核苷酸,多是腺苷酸,因此有时被称为“腺苷酸添加”或者扩增产物的“+A”形式。非模板添加导致PCR产物比实际的靶序列长一个碱基。腺苷酸的添加程度取决于模板链的序列,在PCR中取决于反向引物的5’末端。因此,由于引物序列不同,每个基因座腺苷酸添加的特征略有不同。将STR等位基因峰转化成-A或+A形式的方法:1)全部用Taq酶,都加A;2)反向引物5’末端添加序列GTTTCTT(PIG-tailing),100%加A完全;3)换成高保真酶,产物转化成平末端产物。3.等位基因三带型:STR复合扩增时,有时会在某一个基因座发现三带型或者称三等位基因型。这种特殊的峰并不是混合物的产物而是样本的复制假象。出现三带型的常见原因是出现额外的染色体或者引物结合区点突变。4.杂合峰判断标准单一个体的分型图谱中,峰高比值,也就是较低峰的相对荧光单位(RFU)除以较高峰的RFU得到的数值,应该大于70%。因此,如果在某一STR基因座某一个峰与最高峰的峰高比值在15%-70%之间时,提示该样品可能是来自两个或者多个个体的混合样品。5.“Pull-up”峰,检测仪器无法正确识别标记STR扩增产物的染料颜色。这种现象是光谱相互叠加造成的。拔起峰或者渗透峰,一般FAM,HEX两种荧光的信号叠加最多,对应的“Pull-up”峰最严重。一般通过panel分

温馨提示

  • 1. 本站所有资源如无特殊说明,都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
  • 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等,如果需要附件,请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
  • 3. 本站RAR压缩包中若带图纸,网页内容里面会有图纸预览,若没有图纸预览就没有图纸。
  • 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
  • 5. 人人文库网仅提供信息存储空间,仅对用户上传内容的表现方式做保护处理,对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑,并不能对任何下载内容负责。
  • 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容,请与我们联系,我们立即纠正。
  • 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。

评论

0/150

提交评论