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SSR分型常见问题解答1.Stutter产物：STR电泳图谱，通常会发现有一些比每个等位基因峰少几个碱基的小峰，这些stutter产物峰是在用DNA聚合酶对STR基因座进行PCR扩增的过程中产生的。又称为影子带，或者DNA聚合酶滑脱产物。主要机理为链滑脱错配机制Stutter产物形成的总结：1）通常比相应的主要等位基因峰小一个重复单位。2）Stutter的量取决于基因座、PCR条件及所用的聚合酶。3）随重复单元的增长stutter产物有减少的倾向（五核苷酸<四核苷酸<三<二）4）在一个基因座内较大等位基因的Stutter产物量更多。5）一般小于等位基因峰高的15%（影子峰未必是在左边出现，有可能左右都有影子峰出现）2.非模板添加：DNA聚合酶，常见Tag聚合酶，经常在复制模板链时在PCR产物的3’末端添加一个额外的核苷酸，多是腺苷酸，因此有时被称为“腺苷酸添加”或者扩增产物的“+A”形式。非模板添加导致PCR产物比实际的靶序列长一个碱基。腺苷酸的添加程度取决于模板链的序列，在PCR中取决于反向引物的5’末端。因此，由于引物序列不同，每个基因座腺苷酸添加的特征略有不同。将STR等位基因峰转化成-A或+A形式的方法：1）全部用Taq酶，都加A；2）反向引物5’末端添加序列GTTTCTT(PIG-tailing），100%加A完全；3）换成高保真酶，产物转化成平末端产物。3.等位基因三带型：STR复合扩增时，有时会在某一个基因座发现三带型或者称三等位基因型。这种特殊的峰并不是混合物的产物而是样本的复制假象。出现三带型的常见原因是出现额外的染色体或者引物结合区点突变。4.杂合峰判断标准单一个体的分型图谱中，峰高比值，也就是较低峰的相对荧光单位（RFU）除以较高峰的RFU得到的数值，应该大于70%。因此，如果在某一STR基因座某一个峰与最高峰的峰高比值在15%-70%之间时，提示该样品可能是来自两个或者多个个体的混合样品。5.“Pull-up”峰，检测仪器无法正确识别标记STR扩增产物的染料颜色。这种现象是光谱相互叠加造成的。拔起峰或者渗透峰，一般FAM,HEX两种荧光的信号叠加最多，对应的“Pull-up”峰最严重。一般通过panel分

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