蛋白质结构及功能预测

物理性质预测ComputePI/MWhttp://expaxy.hcuge.ch/ch2d/pi-tool.htmlPeptidemasshttp://expaxy.hcuge.ch/sprot/peptide-mass.htmlTGREASE/pub/fasta/SAPShttp://ulrec3.unil.ch/software/SAPS_form.html基于组成的蛋白质识别预测http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacompi.htmlAACompSimhttp://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacsim.htmlPROPSEARCHhttp://www.embl-heidelberg.de/prs.html二级结构和折叠类预测/~nomi/nnpredictPredictproteinhttp://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/SOPMAhttp://www.ibcp.fr/predict.htmlSSPREDhttp://www.embl-heidelberg.de/sspred/ssprd_info.html特殊结构或结构预测http://ulrec3.unil.ch/software/COILS_form.htmlMacStripe/matsudaira/macstripe.html检索由NCBI检索蛋白质序列:80/entrz/query.fcgi?db=protein进行检索。利用SRS系统从EMBL检索蛋白质序列http://srs.ebi.ac.uk/可利用EMBL的SRS系统进行蛋白质序列的检索。通过EMAIL进行序列检索当网络不是很畅通时或并不急于得到较多数量的蛋白质序列时，可采用EMAIL方式进行序列检索。疏水性分析位于ExPASy的ProtScale程序/cgi-bin/protscale.pl可被用来计算蛋白质的疏水性图谱。该网站充许用户计算蛋白质的50余种不同属性，并为每一种氨基酸输出相应的分值。输入的数据可为蛋白质序列或SWISSPROT数据库的序列接受号。需要调整的只是计算窗口的大小(n)该参数用于估计每种氨基酸残基的平均显示尺度。跨膜区分析有多种预测跨膜螺旋的方法，最简单的是直接，观察以20个氨基酸为单位的疏水性氨基酸残基的分布区域，但同时还有多种更加复杂的、精确的算法能够预测跨膜螺旋的具体位置和它们的膜向性。这些技术主要是基于对已知跨膜螺旋的研究而得到的。自然存在的跨膜螺旋Tmbase数据库，可通过匿名FTP获得http://www.isrec.isb-sib.ch/ftp-server/tmbase前导肽与蛋白质定位在生物内，蛋白质的合成场所与功能场所常被一层或多层细胞膜所隔开，这样就涉及到蛋白质的转运。合成的蛋白质只有准确地定向运行才能保证生命活动的正常进行。一般来说，蛋白质的定位的信息存在于该蛋白质自身结构中，并通过与膜上特殊的受体相互作用而得以表达。在起始密码子之后，有一段编码疏水性氨基酸序列的RN***段，这个氨基酸序列就这个氨基酸序列就是信号肽序列。含有信号肽的蛋白质一般都是分泌到细胞外，可能作为重要的细胞因子起作用，从而具有潜在的应用价值。http://genome.cbs.dtu.dk/sevices/signalP-2.。卷曲螺旋分析另一个能够直接从序列中预测的功能motif是必螺旋的卷曲排列方式。在这种结构中，两种螺旋通过其疏水性界面相互缠在一起形成一个十分稳定的结构。http://www.york.ac.uk/depts/biol/units/coils/coilcoil.htmlCOILS/software/COILS_form.htmlEpitopeInfo/Links.htm蛋白质功能预测基于序列同源性分析的蛋白质功能预测到至少有80个氨基酸.长度范围内具有25%以上序列一致性才提示可能的显著性意义。最快的工具如BlastP能很容易地发现显著性片段，而无需使用十分耗时的BLITZ软件。基于NCBI/BLAST软件的蛋白序列同源性分析/blast选择程序BLASTP就可网上分析。基于WU/BLAST2软件进行分析华盛顿大学的BLAST软件(dove.embl-heidelberg.dl/blast2)也可进行蛋白质序列的同源性分析。基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测蛋白质的磷酸化与糖基化对蛋白质的功能影响很大，所以对其的分析也是生物信息学的一个部分。同时，分子进化方面的研究表明，蛋白质的不同区域具有不同的进化速率，一些氨基酸必须在进化过程中足够保守以实现蛋白质的功能。在序列模式的鉴定方面有两类技术，第一类是依赖于和一致性序列(consensussequence)或基序各残基的匹配模式，该技术可用于十分容易并快速搜索motif数据库。Motif数据库-PROSITE最好的是PROSITE(/prosite)蛋白质序列的(profile)分析www.isrec.isb-sib.ch/software/PFSCAN_form.htmlInterProScan综合分析网站InterProScan是EBI开发的一个集成了蛋白质结构域和功能位点的数据库，其中把SWISS-PROT,TrEMBL.PROTSITE.PRINTS.PFAM.ProDom等数据库提供的蛋白质序列中的各种局域模式，如结构域，motif等信息统一起来，提供了一个较为全面的分析工具。www.ebi.ac.uk/interpro/scan.html蛋白质结构预测PDBFinder数据库是在PDB、DSSP、HSSP基础上建立的二级库，它包含PDB序列，作者，R因子，分辨率、二级结构等，这些些信息随着PDB库每次发布新版，PDBFinder在EBI自动生成，网址为www.sander.embl-heideberg.de/pdbfinderNRL-3D数据库是所有已知结构蛋白质的数据库，可用于查询蛋白序列时行相似性分析以确定其结构，/Dan/protein/nrl3d.htmlISSD数据库蛋白质序列数据库，其每个条目包含一个基因的编码序列，同相应的氨基酸序列对比，并给出相应的多肽链结构数据。tein.bio.msu.su/issdHSSP数据库是根据同源性导出的蛋白质二级结构数据库，每一条PDB项目都有一个对应的HSSP文件，www.sander.embl-heidelberg.de/hssp蛋白质二级结构预测文献报道PHD程序是目前此方面的最好程序，提供了从二级结构到折叠方面分析的多种资源。其网址为HYPERLINK"http://www.e