第一包多组学生物信息分析服务

第一包：多组学生物信息分析服务1.服务范围：对500例样本进行mRNA转录组、miRNA转录组、lncRNA转录组、蛋白组的多组学生物信息分析。2.基本要求：需具备多组学生物信息分析能力。3.分析范围：用于mRNA转录组、miRNA转录组、lncRNA转录组、蛋白组的多组学生物信息分析。4.多组学生物信息分析步骤4.1.分别对疾病组vs对照组样本进行差异mRNA筛选（差异筛选1）。4.2.分别对疾病组vs对照组样本进行差异miRNA筛选（差异筛选2）。4.3.分别对疾病组vs对照组样本进行差异LncRNA筛选（差异筛选3）。4.4.分别对疾病组vs对照组样本进行差异蛋白筛选（差异筛选4）4.5.对上述差异基因1~4，根据其在每个样本中的表达值，进行聚类分析。（聚类分析）4.6.对总体差异基因进行火山图分析，分析样本差异倍数和P值之间的关系（需样本重复数大于3）。（火山图）4.7.对总体差异基因进行散点图分析，分析样本整体上下调偏离情况。（散点图）4.8.对mRNA进行显著性功能富集分析，得到具有显著性、靶向性的功能以及显著性功能对应的靶基因。（功能富集）4.9.对富集得到的显著性功能以柱状图的形式展示。（功能柱状图）4.10.对mRNA进行显著性Pathway分析，得到具有显著性、靶向性的Pathway以及显著性Pathway对应的靶基因。（信号通路富集）4.11.富集得到的显著性信号通路以柱状图的形式展示。（信号通路柱状图）4.12.对所有信号通路中的差异基因都进行PathwayMapping注释，在KEGG的信号通路界面对差异基因进行投影，上调标记为红色，下调标记为紫色。（PathwayMapping注释）4.13.以差异mRNA和蛋白筛选结果的交集为研究对象，基于疾病已经验证的基因和基因之间的关系，构建差异基因信号转导网络，研究差异基因间的信号转导过程，并从网络中得到起信号中枢作用的基因。（全局信号转导网络）4.14.以号通路的显著性分析中显著的Pathway为研究对象，构建出整个Pathway和Pathway之间的信号转导关系，并找到最上游的源头Pathway、中枢Pathway以及最终效应Pathway。（信号通路作用网络）4.15.以差异mRNA为研究对象，通过其转录起始位点的序列，预测上游转录因子，并构TF调控网络，通过网络中的核心值，定位核心的转录因子和转录因子调控的枢纽基因。（转录因子调控网络）4.16.以筛选到的差异miRNA数据，通过多个数据库进行靶基因预测。（多数据库靶基因预测）4.17.对上一步的靶基因预测结果和差异mRNA结果进行负相关分析，得到miRNA上调-靶基因下调（反之亦然）的对应关系。（负相关）4.18.构建差异miRNA与交集靶基因之间的调控网络，得到网络中起核心调控作用的miRNA和被miRNA调控的关键靶基因。（MicroRNA对基因的调控网络）4.19.构建差异miRNA和显著性功能的作用网络，得到网络中起主要调控作用的miRNA和miRNA所调控的主要功能。（MicroRNA对功能的调控网络）4.20.构建差异miRNA和显著性通路的作用网络，得到网络中起主要调控作用的miRNA和miRNA所调控的主要通路。（MicroRNA对信号通路的调控网络）4.21.以差异mRNA和lncRNA为研究对象，通过每个基因的芯片实测值，构建疾病组与对照组的动态共表达网络，从动态共表达网络上的差异来分析其之间的作用关系，定位哪些lncRNA在共表达网络上处于核心位置，并推断这些lncRNA的功能（此分析需样本重复数大≥3）。（共表达调控网络）。4.22.根据上一步（共表达调控网络）分析结果，根据差异LncRNA和被预测靶基因参与的显著性Pathway，利用LncRNA和靶基因Pathway的属性，构建LncRNATargetPathwayNetwork。该网络反映目标LncRNA对Pathway的作用关系。根据网络中各LncRNA的位置函数计算出网络特征值。特征值最高的LncRNA处于网络的枢纽性地位，该LncRNA对多个Pathway和样本状态有重要的调控价值，同时，评价Pathway在网络中的特征值，可以发现差异LncRNA所调控的核心Pathway。（LncRNA对信号通路的调控网络）4.23.查询差异LncRNA序列，通过自由能计算，推断LncRNA结合miRNA的能力，得到LncRNA-mRNA靶向关系。（LncRNA-miRNA靶向预测）4.24.通过共表达调控网络——CoexpressionNetwork中得到的正相关的LncRNA-mRNA配对关系。（调用正向共表达结果）4.25.通过结合“多数据库靶基因预测（mRNA-miRNA靶向关系）”“LncRNA-miRNA靶向预测”“调用正向共表达结果”部分结果，得到与miRNA有靶向关系的mRNA、LncRNA。4.26.由于ceRNA调控关系中ceRNA可以通过竞争性地结合miRNA来调节基因表达。ceRNA的上调导致结吸附的miRNA增多，从而导致对应mRNA的表达上调。反之亦然。因此ceRNA与mRNA应在共表达中为正相关关系，从而大大减少ceRNA网络的假阳性。（ceRNA调控网络）5.项目交付周期：≤10个工作日/每批次。6.多组学生物信息分析成功率：≥99%7.分析通量：每批最大分析数量可为100例。8.灵活性：每批最小分析数量可为2例。9.售后服务9.1.提供数据存储12个月服务。9.2.提供数据的采集、保存、传输方法指导9.3.投诉响应时间：工作日1小时内回复，6小时内指派合格的技术人员跟进。9.4.提供3年技术服务培训及服务9.4.1.提供≥5次多组学生物信息分析培训。9.4.2.提供≥5次集中答疑。9.4.3.每次培训人数可为1-100人。9.4.4.每次培训时间≥1天。9.4.5.对分析流程、分解结果解读、文章撰写等内容提供培训。第二包：组学检测验证配套试剂耗材一、qPCR和Western实验配套试剂耗材1.RNA提取试剂盒1.1包含了所有RNA柱式提取所需的成分，能快速高效的提取能用于下游实验的RNA.1.2技术参数1.2.1样本：细菌、血液、细胞、液体样品（血清）、组织、酵母等。1.2.2提取所需时间：小于20分钟。1.2.3单次提取量：单次从单一提取物提取要达到1000ug。1.2.4试剂盒中各组分不含有酚/氯仿等高污染腐蚀性组分。1.2.5RNA纯化产物能应用于基因芯片分析、下一代测序、Northern印迹、核酸酶保护分析、实时定量PCR（QPCR）、逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）等1.3配置要求：可提供能满足5000份样品提取的试剂2.反转录试剂盒2.1以RNA为模板高效合成第一链cDNA的完整系统。2.2技术参数2.2.1可以高效合成长达13kb的全长第一链cDNA2.2.2最佳活性温度为42°C2.2.3试剂盒中包含反转录所需所有试剂，提供oligo(dT)18引物和随机六聚体引物，并且包含RNase抑制剂2.2.5既可反转录mRNA，又可转录microRNA等无PolyA尾巴的RNA2.3配置要求：50个100次包装试剂盒3.RealtimePCR专用试剂3.1技术参数3.1.12x浓度的RealtimeMIX，染料是SYBRGreenI3.1.2宽动态范围(6log)&灵敏度(1个拷贝)，在宽广的范围内有良好的标准曲线，在较宽的起始范围内的数据可靠性，可实现低丰度转录本检测；3.1.4采用热启动酶3.1.5含有"Dual-Lock”DNA聚合酶3.1.6适用于所有ABI以及市面上主流的荧光定量仪器3.1.7含有热不稳定性尿嘧啶DNA糖基化酶（UNG），降解此前扩增的含有dUTP的DNA后再循环，有效的防止气溶胶污染3.1.9可长期储存于4°C，配置反应液前后可保证常温72小时稳定性；3.1.10可支持标准模式（1h）和快速模式（30min）反应程序；3.2配置要求：需求10000次反应的RealtimePCR专用试剂4.蛋白酶/磷酸酶抑制剂混合物4.1蛋白酶/磷酸酶抑制剂混合物独立溶液为细胞和组织裂解物的蛋白样品提供完整保护4.2技术参数4.2.1试剂状态：100倍浓度的蛋白酶及磷酸酶抑制剂混合物液体4.2.2试剂种成分及储存要求：不含DMSO，不含AEBSF，4℃保存4.2.3后期应用：处理的样本能与质谱分析兼容4.3配置要求：可提供约10个5ml包装5.组织蛋白质抽提试剂5.1组织蛋白抽提试剂从组织样品中温和的抽提总蛋白。5.2技术参数5.2.1裂解要求：温和除垢剂裂解，后期可进行考马斯和BCA蛋白定量分析5.2.2裂解产物要求：所得的蛋白处于非变性可溶状态，可用于免疫沉淀，酶活性分析和其他亲和实验；可以通过透析快速方便的去除去垢剂；可以与其他成分一起使用(例如蛋白酶抑制剂、盐、还原剂、螯合剂等)5.2.3成分要求：不含胺基并且可透析、缓冲体系为25mMN-二(羟乙基)甘氨酸和150mM氯化钠(pH7.6)5.2.4操作：可在细胞板中直接裂解贴壁细胞，5分钟完成裂解。5.3配置要求：需求3500ml哺乳动物蛋白抽提试剂。6.超高灵敏度增强型化学发光(ECL)底物6.1能用于辣根过氧化物酶(HRP)的增强型化学发光底物。6.2技术参数6.2.1灵敏度：使用适当的一抗和二抗时，可在硝化纤维膜或PVDF膜上检测丰度为低飞克级的蛋白条带6.2.2检测范围：所得信号的可定量检测范围跨越两个数量级6.2.3发光时长：光信号输出长达8小时6.2.4储存：试剂盒组分能够在4°C条件下稳定放置一年，在室温下可稳定放置6个月6.3配置需求：需求10盒200ml包装的7.蛋白marker7.1用于Westernblotting的预染蛋白MARKER7.2技术参数7.2.1即用型预染彩虹marker7.2.2分子量范围：10kD-250kD，分子量依次为10kD、15kD、25kD、35kD、55kD、70kD、100kD、130kD、250kD7.2.3即用型上样，无需煮沸，稀释或添加还原剂7.2.4呈彩色，70和25kDa为橙色，10kDa为绿色7.2.5质量可靠，每一批次都经过SDS和Westernblotting检测7.3配置需求：13支500ul包装7.4质量保证：提供的试剂盒≥12个月的质量保证期8.WB上样缓冲液8.1用于Westernblotting样品上样8.2技术参数8.2.1浓度：要求4X的浓度8.2.2含有LDS，不含SDS8.2.3PH值在7.6，室温保存8.2.4在非还原性电泳中即用8.3配置要求：20支5ml包装二：实验配套抗体1.技术参数1.1抗体进行了敲除验证1.2有使用该抗体发表过多篇文献报道1.3产品有16位的防伪码及二维码1.4部分需求特殊的兔单抗1.5抗体经过了严格质量控制（种属和使用范围验证）2.配置需求：心血管、炎症、代谢相关的36种蛋白抗体三、通路集成抗体及试剂盒1.技术参数1.1信号通路中现有的集成抗体试剂盒1.2一个试剂盒能检测多个蛋白1.3产品有16位的防伪码及二维码，可官网查真伪1.4抗体经过了严格质量控制（种属和使用范围验证）2.配置需求：心血管、炎症、代谢相关通路关键蛋白的61种通路集成抗体试剂盒四、胎牛血清1.敏感娇贵细胞培养用进口优质胎牛血清2.技术参数2.1内毒素含量：≤10EU/ml2.2血红蛋白含量：≤30mg/dl2.3IgG水平小于5ug/ml2.4出厂时质检无病毒、支原体、衣原体3.配置需求：13瓶500ml包装五、Annexin-FITC/PI检测试剂盒1.本试剂盒用于流式方法检测细胞凋亡。2.技术参数2.1能用于BD流式细胞仪检测凋亡细胞2.2能够同时进行双染色3.配置需求：需要1800次反应二、售后服务1.质