转录组软件安装linux瑞客

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5Fastq-dumpSRAtoolkit):UCSCtoolkit7 oda+x8型打开查看乱码，如bwa,salmon等java-jartrimmomatic-9lsl查看文件的属性（文件夹的可执行属性是可读属性oda+xfileod755file环境变量PATH是一堆，一堆存放有软件的在系统接到命令输入比如”cd”后，会去环境变量PATH的中从前向后查找，在哪个发现存在输入令同名”cd”的文件视为找到echoexport服务器自己用户的家目录下一般有2个隐藏文件： yumupdateCentosyumsearchsoft_nameoryuminstallapt-getupdateUbuntuapt-cachesearchsoft_nameorapt-getinstallsoft- ./configure&&make&&make户，这一步通常也会配置下软件安装的路径--make具体的编译过程，根据Makefilemakeinstall拷贝make编译出的可执行文件或依赖的动态库到prefix指定的。condainstall Nature pbfcondaconfig--addchannelsconda-forge#Lowestcondaconfig--addcondaconfig--addchannelsr#condaconfig--addchannelscondaconfigaddchannelsbioconda condaconfig--addcondaconfigadd 通道condaconfig--addcondaconfig--setshow_channel_urlscondacreate-y-ntranscriptomer-base=3.4.3condainstall-ntranscriptome-ysourceactivatesourcedeactivatewgetcsoft_url/database_urlcwget-c wgetcrnpnd #把soft cat<<ENDexportsourceSRAtoolkit cd unzipod755#假设 ln-s`pwd`/FastQC/fastqccd unzipTrimmomatic-cdTrimmomatic- od755#假设 ln-s`pwd`/trimmomatic.sh

\$f))/trimmomatic- UCSCcdwget-cwget-cwget-cwget-cod755bed*gtf*cd -Ounzipln-s`pwd`/STAR-2.6.0c/bin/Linux_x86_64_static/* mkdir-gitgitcdmakeln-sf`pwd`paregitcdln-sf`pwd`/gffread pipinstall- #yuminstallgsl-devel.x86_64lapack-develblas-cdwget-tarxvzfpython-c"importsys;print#输出 cdrMATS.4.0.2/rMATS-turbo-Linux-od755默认使用全路径调用，如果想简化些，需要修改rmats.py#第246 #root_dir= ln-s`pwd`/rmats.pyConda安装samtoolscondainstall-y-qsamtools htseqcondainstall-y-qsamtoolsmultiqcrseqcfastqcsalmonstarstringtiesra-toolstrimmomaticrmatsrmats2sashimiplot#把本地 #-a:archivemode,quals-#-L:同步符 crontabe打开下面的编辑vim#minute rsync.shat00:00every3 Callmeat6:00 6- Runevery20minutesin6- Gitforwindowswindows下运行Linux拷贝U盘中transcriptome文件夹到C盘根 下（任意一个盘不含中文和空格的 都可以，为了统一都放在C盘下）。FileOpenfile打开pipelineStar.sh；若出