抗生素抗性基因芯片检测全面介绍

抗生素抗性基因芯片检测全面介绍1、什么是抗生素抗性基因芯片检测？针对383个抗生素抗性基因设计的对应qPCR引物包装至薄层金属合金纳米孔芯片得到高通量qPCR芯片，基于SmartChipReal-TimePCRSystem可对多个样本进行高效性、高通量、高精确性和高灵敏度的目标基因检测和定量计算。同时搭建高通量自动微量加样和基因定量分析平台，可一次性高速完成5184个反应和数据分析，规避了以往传统qPCR方法的基因检测单一化、费用成本高和效率低等等缺点。2、 抗生素抗性基因芯片检测的优势•检测通量高，383个抗生素抗性基因同时检测；•样本用量低，构建纳升级别反应体系；•绝对定量，根据16SrRNA的绝对定量信息换算所有基因的绝对定量信息；•特异性高，对文献及数据库收录的引物反复实验获取高特异性引物。3、 应用方向•抗生素抗性基因分布特征；•抗生素抗性基因传播机制研究。4、 实验流程样本准备一核酸提取一qPCR芯片反应-••数据处理5、分析流程6、 样本要求土壤、淤泥、沉积物：＞3g粪便：＞1g水样滤膜：＞1张拭子样本：＞2个DNA:浓度＞20ng/^L；总量＞2ng7、 技术参数生物学重复：微生物样本重复数＞3个；检测系统：SmartChipReal-TimePCRSystem项目周期：25个工作日8、 结果展示基因检测统计根据各基因在各样本中的Ct值统计出基因检测情况，其中在表格中标注“0”代表该基因在对应样本中未检出，在表格中标注“1”代表该基因在对应样本中检出。而只有在三个技术重复中均被检出的基因，才会将该基因判定为阳性。各基因检测统计（包括技术重复）ClassGene_nameSampleA1-1A1-2A1-3B1-1B1-2B1-3…Integraseinti111111・・.Betalactamasebeta_ccra000000・・.MLSBmphB111111・・.

trimethoprimdfrA27111111,…MLSBermE111111,…VancomycinvanHB111111,…MLSBlnuA000000,…,…,…,…,…,…,…,…,…,…基因定量总表根据SmartChipReal-TimePCRSystem和Canco软件给出的各基因在各样本中的Ct值，根据相对定量=10八（31。）/（10/3）公式，计算得出各基因在各样本中的相对定量信息。而只有在三个技术重复中均被检出的基因，才会将该基因判定为阳性，并计算其平均值作为该基因在对应样本中相对定量。其中在表格中标注“0”代表该基因在对应样本中未检出，而表格中的数值代表该基因在对应样本中的定量，数值越大意味着该基因在对应样本中的定量越高。各基因定量总表（包括技术重复）ClassGene_namesampleA1-1A1-2A1-3B1-1B1-2B1-3•••Integraseint10.0013599350.0008279380.0013865320.0008470340.0013630190.007891163♦♦♦Betalactamasebeta_ccra000000♦♦♦MLSBmphB0.0069753180.007899780.0066517050.0069814880.0094818480.216404357♦♦♦trimethoprimdfrA270.0007906020.0005181370.0007233240.0003417840.0004499990.000293547♦♦♦MLSBermE0.0019432470.0010501810.0018735440.0009692060.0020215940.003131504♦♦♦VancomycinvanHB0.1030934330.0987215580.0864635380.0689767930.0647703140.039630358♦♦♦MLSBlnuA000000♦♦♦♦♦♦♦♦♦♦♦♦♦♦♦♦♦♦♦♦♦♦♦♦♦♦♦♦♦♦基因绝对定量根据16SrRNA基因的绝对定量换算得到各基因在各样本中的绝对定量信息，公式如下：16S相对定量16绝对定量=基因相对定量基因绝对定量表格中数值代表在对应样本中每微升的基因拷贝数量，而只有在三个技术重复中均被检出的基因，才会将该基因判定为阳性，并计算其平均值作为该基因在对应样本中绝对定量。其中在表格中标注“0”代表该基因在对应样本中未检出，表格中的数值代表该基因在对应样本中的绝对定量，数值越大意味着该基因在对应样本中的绝对定量越高。基因绝对定量结果（包括技术重复）ClassGene_namesampleA1-1A1-2A1-3B1-1B1-2B1-3•••Integraseint138350.1536525417.7073739793.4778221599.3747934620.68979199646.4173♦♦♦Betalactamasebeta_ccra000000♦♦♦MLSBmphB196703.9624242523.2478190903.9422178027.9457240838.94535475030.227♦♦♦trimethoprimdfrA2722294.9810915906.8203220759.404768715.49745611429.986487426.728047♦♦♦MLSBermE54799.5646532240.5450753770.7255624714.7476551348.494779227.05653♦♦♦VancomycinvanHB2907234