高性能应用软件安装siesta

SIESTA(SpanishInitiativeforElectronicSimulationswithThousandsofAtoms)主要Fortran90编写，可以编译为串行和MPI并行模式。目前版本为Siestav3.0bFortran90编译我们推荐使用 Fortran编译器Ifort9.1。经测试发现，对于Siesta建议使用旧版Ifort。Siestav2.02未发现类似问题。 FortranHPCBLASLapack数学在AMD平台我们推荐使用Goto2BLAS+Lapack；在In 平台推荐使用MKL。Goto2BLAS和MKL的安装请参考《曙光HPC调试手册》。scaLapack数学在AMD平台，我们推荐使用Netlib发布的scaLapack数学库；在In 直接使用MKL中附带的相应库文件。scaLapackHPCMPI并行我们推荐使用In编译器版OpenMPI来编译运行软安装In编译器版OpenMPI请参考《曙光HPC调试手册》上传文siesta-3.0-b.tgz到/public/sourcecode编译过Siestav3.0bconfigure，因此安装过程较为简单。根据软件手册的建议，Src下直接操作，需要新建立一个，这样有助于保证源码的正确[root@node1]#cd[root@node1]#tarzxfsiesta-3.0-[root@node1]#cdsiesta-3.0-[root@node1]#mkdirobj-[root@node1]#cdobj-ompi[root@node1]#sh../Src/obj_setup.sh##[root@node1../Src/configureenable-mpi #arch.makearch.makeAMD平台为例，修#NOTE:useifort9only.ifort11willnot.SUFFIXES:.f.F.o.a.f90

##KINDS=$(SP_KIND)FFLAGS=-O3-xW-w-LDFLAGS=-Wl,- BLAS_LIBS=/public/software/mathlib/goto2/libgoto2.aSCALAPACK_LIBS=/public/software/mathlib/libscalapack-ifort-openmpi.a\$(BLACS)/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a$(BLACS)/blacs_MPI-LINUX-0.a#COMP_LIBS=dc_lapack.aliblapack.alibblas.a$(BLAS_LIBS)$(NETCDF_LIBS)-Wl,--end-#SIESTAneedsanF90interfacetoMPI#Dependencyrulesarecreatedbyautoconfaccordingtowhether#discretepreprocessingisnecessaryornot.

选##动 $(FC)-c$(FFLAGS)$(INCFLAGS)$(FPPFLAGS)$(FPPFLAGS_fixed_F) _F90)$(FC)-c$(FFLAGS)$(INCFLAGS)$(FCFLAGS_fixed_f)$(FC)-c$(FFLAGS)$(INCFLAGS) _f90) BLACS_LIBS=-SCALAPACK_LIBS=-lmkl_scalapack_lp64#COMP_LIBS=dc_lapack.aliblapack.alibblas.a#此处MKL采用Ifort11.1中自带运行。其他版本MKL的库文件名 [root@node1]#[root@node1]#测试算[root@node1]#cd[root@node1]#cd h2oh2o_reparamh2o_basis h2oh2o_reparam h2oh2o_reparamh2o_basis h2oh2o_reparamh2o_basish2o_dostest.mk10行参数“SIESTAMPI运行方式，参照OpenMPI的运行格式做相应修改，注意可执行文件的所在位置。SIESTA=SIESTA=mpirun-np make[root@node1]#[root@node1]#经过测试确认无误，将可执行文件到 下[root@node1]#[root@node1]#cd[root@node1]#mkdir-p[root@node1]#cp./obj-ompi/siesta直接运行[root@node1]#su-test[test@node1]#mkdir-psiesta_test[test@node1]#cdsiesta_test[test@node1]#cp/public/sourcecode/siesta-3.0-b/Tests/fe/fe.fdf./[test@node1]#cp/public/sourcecode/siesta-3.0-b/Tests/Pseudos/Fe.psf./[test@node1]#source/public/software/mpi/openmpi1.3.4-in [test@node1]#mpirun-np8/public/software/siesta/siesta3b<fe.fdf>&##OMPI8CPUSiesta作为一款标准的MPI程序，在终端下直接运行的方式与其它MPI软件类似，[root@node1]#su-test[test@node1]#mkdir-psiesta_test[test@node1]#cdsiesta_test[test@node1]#cp/public/sourcecode/siesta-3.0-b/Tests/fe/fe.fdf./[test@node1]#cp/public/sourcecode/siesta-3.0-b/Tests/Pseudos/Fe.psf./[test@node1]#source/public/software/mpi/openmpi1.3.4-in [test@node1]#mpirun-np8/public/software/siesta/siesta3b<fe.fdf>&##OMPI8CPUPBS模Siesta软件与作业调度系统结合，PBS模板和其他MPI程序类似，内容如下NP=`catNP=`cat$PBS_NODEFILE|wc-#source/public/software/mpi/openmpi1.3.4- #PBS-N#PBS-lnodes=2:ppn=8#PBS-joe#PBS-lwalltime=1000:00:00cd