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质谱测试分析蛋白质质谱鉴定流程样品酶解酶解片断一级质谱PMF肽指纹图谱串联质谱对库检索序列数据库成功鉴定PSMs及后筛选De-novo序列分析未知蛋白上海博苑生物科技有限公司胰蛋白酶酶解采用含乙腈的脱色液脱色至胶块变为白色真空干燥仪中冷冻干燥蛋白质组学级胰蛋白酶酶解过夜采用含TFA和乙腈的溶液溶进行肽提取真空干燥采用含TFA和乙腈的溶液溶解样品并点样进行质谱测试上海博苑生物科技有限公司数据库检索采用GPSExplore(V3.6，ABI)软件进行分析使用MASCOT（V2.1,MatrixScience,London,U.K）搜库软件对本地数据库进行检索检索数据库为NCBInr，切割的酶为trypsin，允许最大的未被酶切位点数为1,可变修饰为半胱氨酸乙酰胺化和甲硫氨酸氧化，没有固定修饰，母离子质量容差为50ppm，片段离子质量容差为0.25Da上海博苑生物科技有限公司肽指纹图谱（PMF）鉴定PMF（PeptideMassFingerprinting）是根据一级质谱（MS）所测酶解片段的精确分子质量鉴定蛋白质的一种方法一般采用MALDI-TOF进行鉴定。因为MALDI质谱图中的离子一般只带一个电荷，比较容易计算其原理就是利用了蛋白序列数据库中的多肽质量的信息与实际测得的质量信息进行对比而实现鉴定上海博苑生物科技有限公司优点与缺点优点：是用一级质谱鉴定蛋白质的经典方法，算法简单，速度快缺点：质量相近的多肽增加匹配难度无法实现混合蛋白的鉴定上海博苑生物科技有限公司二级质谱鉴定质谱仪选择一级质谱中的一个峰，让这些峰所代表的离子高速撞击质谱仪中的惰性气体，使其肽键断裂，并对库搜索鉴定蛋白质常用MALDI-TOF／TOF仪器进行上海博苑生物科技有限公司串联质谱结果——质谱图从一级质谱图里选出部分峰做二级质谱一级质谱图二级质谱图上海博苑生物科技有限公司蛋白点编号蛋白名称蛋白GI号串联质谱匹配的序列理论等电点理论分子量串联质谱离子得分可信度串联质谱结果——报告单蛋白得分上海博苑生物科技有限公司蛋白信息查询首先根据蛋白名称可以了解该蛋白的大致功能使用该蛋白的GI号码可以到NCBI数据库进一步查询该蛋白的信息对于未知蛋白，可以采用BLAST或者其

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