日本血吸虫基因组工作框架图

日本血吸虫基因组工作框架图第1页/共15页日本血吸虫基因组工作框架图上海，2006年5月16日第2页/共15页承担单位： 国家人类基因组南方研究中心中国CDC寄生虫病预防控制所参加单位：

上海生物信息技术研究中心 上海交通大学医学院 复旦大学生命科学院 中国科学院上海生命科学研究院 中国科学院北京基因组研究所 中国农科院家畜寄生虫病研究所 生物芯片上海工程研究中心 科技部“863”

计划重大专项科学院“知识创新工程”重要方向项目上海市“基础研究”重大项目

联合攻关项目第3页/共15页世界性的寄生虫疾病流行于76国家和地区，主要为发展中国家感染人数2.5

亿，威胁人群5-6

亿死亡人数1.5-2万/年，重症和伤残病人2千万人WHO重点控制的寄生虫病之一第4页/共15页2000多年的历史20世纪50年代初，流行与沿长江流域的12省、区、市，1亿人口受威胁，1160万人受感染7个省仍有血吸虫病流行血吸虫病

－中国最严重的寄生虫疾病之一第5页/共15页近年全国血吸虫病疫情出现上升趋势●局部传播严重●新疫区增加●逐步向城市蔓延第6页/共15页2004年2月，国务院成立了血吸虫病防治工作领导小组●由国务院副总理吴仪任组长。●强调要抓住源头，综合治理，依靠科技进步，加快防治药品开发，增加药品产量，提高药品质量，为人民群众提供高效、低毒、廉价的防治药物，坚决遏制血吸虫病疫情回升势头。第7页/共15页●

胡锦涛主席重要指示：做好血吸虫病防治工作关系到人民的身体健康和生命安全，关系到经济社会发展和社会稳定。●

吴仪副总理要求：再经过七八年的努力，力争在全国基本控制血吸虫病。2004年5月，全国血吸虫病防治工作会议：第8页/共15页所面临的问题预防●群体化疗和有限的钉螺控制，难以有效地阻断传播和控制人群的反复感染●候选疫苗有效保护率低下（30－40％）诊断●粪便检查的依从性下降,大量人群的粪检费时费力●依然缺乏快速、简便、准确的检测现症感染及疗效考核的方法治疗●单一药物：吡喹酮●潜在的药物耐受性耕牛感染的控制●

80%的传播归因于耕牛●耕牛化疗的覆盖率低第9页/共15页国际血吸虫基因组研究计划

日本血吸虫

曼氏血吸虫转录组

EST 84,449/14,963

163,586/30,988蛋白质组

蛋白质 3200基因组

南方中心,寄生虫病所

TIGR/SangerInst.

覆盖率 6X

7X第10页/共15页测序战略－全基因组随机测序法染色体Plasmid2-10kbFosmid±40kbBAC±100kb基因组DNA测序组装基因组序列文库构建第11页/共15页全基因组测序和拼装序列拼装克隆文库序列数平均序列长度bp序列总长度bp(Q20)覆盖率XPlasmid-S2,029,1587021,116,678,3094.14Plasmid-L1,188,934580577,869,8762.14Fosmid40,35662019,840,9870.07BAC70,63074037,045,7420.14总计3,329,0786581,751,434,9146.49个数长度(N50)bp总长Mb基因组％Conig(>2kb)52,7726,399285.883.2TotalContig10,51815,362343.7100SuperContigs(>25k)2,513200,282290.881SuperContigs(>8.8k)4.689176,311323.890TotalSuperContigs21,651151,707359.6100第12页/共15页

日本血吸虫基因组工作框架图基因组蛋白质组寄生虫的基本生物学特征2.与宿主的相关关系3.生物界中进化的过程转录组重要功能基因生物信息学线索:诊断疫苗新药第13页/共15页日本血吸虫基因组工作框架图

序列公布我国首次对一个人体寄生虫进行全基因组测序

正式向上海市研发公共服务平台生命科学与