day3-01.r语言介绍与基于的分析内容作图讲解

派森诺生：4009-202-： 21163526352

878799本节本节内容42一、RR主页3一、RR语言是从S统计绘图语言演变而来S语言上世纪70年代诞生于贝 ，由RickBecker,JohnAllanWilks开发基于S语言开发的商业软件Splus，可以方便的编写函数、建立模型有良好的扩展性，在国外学术界应用很199年由新西兰Acla大学统计系的RobertGetea和Rosaa语言的源代码，编写了一能执行语言的软件，并将该软件的源代码全部公开，这就是4一、R应用：统计计算、绘制图数据分析、解决方者：庞大活跃全球性研究性社开源、免语法,台数据类型广数千计程序高水准制图功5一、RTheComprehensiveRArchive 6一、RR 7一、RRRi386适合Windows32Rx64适合Windows64位系统8一、R简R9一、RR程序包（R程序包是什么每个程序 含函数、数据、帮助文件、描述文件等为什么要安装程序包？程序包是功能扩展，特定的分析功能，需要用相应的程序包实现。例如：群落生态学ega包。一、RCRAN一、RR程序在CRAN提供了每个包的源代码和编译好的程序包Packagesource: Windowsbinaries:r-devel:vegan_2.4-4.zip,r-release:vegan_2.4-4.zip,oldrel:vegan_2.4-OSXElCapitanbinaries:r-release:vegan_2.4-4.tgzOSXMavericksbinaries:r-oldrel:vegan_2.4-4.tgz一、R安装程序包的在CRAN 编译好的zip程序包到PC菜单：程序包->从本地zip文件安装程序安用函数 安例如：安装vegan软件包,在控制台中输注意：1.推 安装，本地安装可能不能使用输入字符必须在英文半角状态一、R安装:选择CRAN镜一、R安装 程序一、R安装装程序一、R程序包使一、R?+一、R简输入历史输 令，在R中作为历史history保存，可输入函 history(Inf)查看打开R二、数据准备与导读入data<-导入文本数-----二、数据另存为文本文件（制表符分隔），以D盘 为二、数据 为R图标->选择属性菜单起始位置填写D:->确定->运行R二、数据4导入 sep=“\t文件的元素制表符分隔（不加默认是空格分隔s=1第一列是列三、函数与对R的函函数形式函数(输入数据，参数三、函数与对R的函每一个函数执行特定的功能，后面紧跟平均值求和绘图排序除了基本的运算之外，R的函数又分为”高级”和”低级高级函数可调用低级函数,这里的”高级”函数习惯上称为泛型函如plot三、函数与对查看函数的帮助文注意什么问题？需要查询函数的帮助。？二、函数与对对R处理的所有数据、变量、函数和结果都以对象的形式保区分大小写，注 的不同不能用数字作为对象，对象也不能用数字开头，但是数字可以放在间或结尾，如2result与result2，后者是合法的不要使用保留NA,NaN,pi,LETTERS,letters,三、函数与对查看对象的内三、函数与对赋值= read.table(“data.txt",header=T,s=1=赋值赋值例如a=a<-三、函数与对 *^幂比较运算运算后给出判别结果(TRUE或>,<,<=,>=,==,逻辑运算与、或!,&,&&,|,三、函数与对元素数值型Numeric 如100,0,-4.335字符型Character如 如TRUE,因子型Factor 复数型Complex 如：2+3i三、函数与对对象的类数组数组是n维的数据表（nin1:n,n为正整数）。向量(n=1)矩阵(n=2) 数组(n>=3)数据框是由一个或几个向量和（或）因子构成，它们必须是等长的，但可是不同的数据类列表列表可以包含任何类型可以包含向量、矩阵 数组，也可以包含列三、函数与一维数组：向向量是用 数值型、字符型、逻辑型数据的一维数组生成向量的函数c()rep()seq()；三、函数与二维数矩阵是一个二维数组，每个元素拥有相同模式(数值型、字符型、逻辑生成矩阵的函数dim()和matrix()dim定义矩阵的行列数，例如：x<-dim(x)<-[,1][,2][,3]147258369matrix.x<-三、函数与每个数据表可以看作一个数据框(dataframe)每一列(column)作为一个向量(vector)由很多不同类型的向量组成，如字符型，因子每一行(row)作为一个记录生成数据框各类型因子组合成数据框:data.frame(),从外部数 :三、函数与数据框内元素列：$ 名称为PC1

第1第1第1行，第21到2三、函数与对列列表是一些对象的有序集合，列表的对象可以是目前讲到的任何结（向量、矩阵、数据框等）。功能函数list()可用于创建列表g<-"MyFirsth<-c(25,26,18,j<-matrix(1:10,k<-c("one","two","three")mylist<-list(title=g,ages=h,j,k)四、R绘四、R绘R绘图功具备强大的绘图功能，通过参数设置对图形进行精确控制。绘的图形能满足 印刷的要求，可以输出、、ep、、pd、p等各种格式。通过与GtSid，1d的等各种分辨率和尺寸的图形。绘图是通过绘图函数结合相应的选项完绘图函数包括低级绘图函数和高级绘图函四、R绘

添加曲标文图边四、R绘 绘制散点图等多种图形,根据数据的类，调相应的函数绘

饼 数学图四、R绘font字体,lty线类型,lwd线宽度,pch形状的类型,xlab=横坐标,ylab=纵坐标,xlim横坐标数据范围,ylim纵坐标数据范围main=主标题,sub=副标参见par()四、R图形参数1：形状和线条类四、R绘图形参数2：文本缩参描表示相对于默认大小缩放倍数的数值。默认大小为坐标轴刻度文字的缩放坐标 的缩放倍 标题的缩放倍副标题的缩放倍四、R图形参数3：文本属参四、R绘绘图举例一：点绘图：横轴命名为”PC1”，纵轴命名添加图legend("right",legend=c("A","B","C"),col=color3,四、R点图四、R绘绘图举例二：条2设置边距3绘制条形图4legend("right",legend=rownames(data),xpd=T,inset=-四、R绘四、R绘绘图举例三：箱线绘四、R绘箱线图四、R绘绘图举例四：Venn 四、R绘五、PCAPCA分析(Principal ysis)，即主成分分。其优点是简单且无参数限制，PCA运用方差分解，将多五、PCA在R五、PCA用R绘制PCA调用plot绘plot(pca,type="n",xlab="PC1-77%",ylab="PC2- 五、PCARDARDA是基于对应分析发展而来的一种排序方法，将对应分RDA读入数查看RDA分析结六、RDA用R绘制RDA调用plotplot(rda,type=“n”,xlab=“RDA1-71%",ylab="PC2- 六、RDA七、NMDS分非度量尺度分析（NMDS分析）是一种将空间的研究对（样本或变量简化到低七、NMDS分在R七、NMDS分5.用R绘制NMDS1plotplot(nmds$points[1:9,1],nmds$points[1:9,2],5.2添加图例和样品text(nmds$points[1:9,1]+0.02,七、NMDS分八、聚类分析聚类，将聚类后数据表示在heatmap图上，可将高丰度和低丰度的物种分块，通过颜色梯度及相似程度来反映多个样八、聚类分析安装和载入软件包八、聚类分析热九、PLSDA分PLS-DA(PartialLeastSquaresDiscriminant 组间区别的影响变量PLS-DA采用了经典的