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文档简介

项目背 项目方 项目路 样品要 实验流程 羟甲基化文库构 方 生物信息分 分析流程 数据质 案 参考文 项目背羟甲基化5hmC是新发现的一种的修饰碱基，由1011易位（TET)的酶通过氧化5mC产生的。5hmC作为DNA去甲基化过程的中间产物不仅参与了调节DNA甲基化水平的作用，另外的研究发现5hm具有重要的调节功能。5hm能够降低MeCP蛋白的甲基化结合结构域(MBD)与甲基化DNA的亲和性，具有潜在的参与表达调控的转录调节功能。另外，hmC不仅参与了胚胎发育重编程过程，还与肿瘤的发病机制相关。晶能提供了两种不同的研究在全组层面来来检测5hm：hMeDIP-Seq和TA-q技术优势：hMeDIP-TAB-项目方项目路线样品要求样品浓度：最低浓度不低于50ng/µl样品总量：每个样品总量不少于3µg样品：DNA低温（-20℃）；且在过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污实验流程图羟甲基化文库构建方平台：Illumina原理：IlluminaHiSeq2500边合成边原对客户提供的DNA样品进行检测定量，检测格后进行文库，利用llminaiSeq2500进行上机。Hiq2500系统的基本反应原理是通过桥式PCR来扩增模板片段，在桥式PCR反应中，正向引物和反向引物都被通过一个柔性接头flexiblelinkr）固定在固相载体（olid ub-trt）上，经过P反应，所有的模板扩增产物就都被固定到了上固定的位置。在每一轮循环中，标记不同荧光基团的四种核苷酸以及DNA聚合酶同时加入流通池通道中，按照碱基互补配对的原则进行DNA链的延伸，且单次反应只能加入一个碱基，经过扫描，该次反应颜色后，该保护基团被除去，下一个反应可继续进行，如此反复，得出碱基的精确序列（如下图）。3.1数据质控3.3序列与参考组比对以及分布特hMeDIP-hMeDIP-seq数据全组序列匹配与组分布统计分Peak的与组定位注释分析TAB-C碱基有效深度和覆盖度分析差异羟甲基化区域分析差异羟甲基化区域相关的pathway分DNA羟甲基化与转录表达分析案LianCG,XuY,CeolC,etal.Lossof5-hydroxymethylcytosineisanepigenetichallmarkofmelanoma[J].Cell,2012,150(6):1135-1146.背景目的分析结果:Melanoma中，5-mC没有显著改变，5-hmC对5-hmC水平减低的位点进行注释后进行pathway分析，发现这群集主要与各种相参考文LianCG,XuY,CeolC,etal.Lossof5-hydroxymet

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