miRNA目标位点预测工具介绍

miRNA目标位点预测工具介绍徐辉用于预测miRNA目标位点的工具TargetScanmiRandaPicTarMicrocosmmicroT-ANNmiRDBMirgen一、TargetScan介绍TargetScan本地运行版本介绍1、需要2个输入文件 1)包含了miRNAseedsequences的tab-delimited文件 该文件包含了3列数据：NameofthemiRNAfamilyThe7nucleotidelongseedregionsequenceSpeciesIDofthismiRNAfamily例子：let-7/98 GAGGUAG 10090let-7/98 GAGGUAG 10116let-7/98 GAGGUAG 9031let-7/98 GAGGUAG 9606let-7/98 GAGGUAG 96152)包含了所需基因3‘UTRs多重比对结果的tab-delimited文件该文件包含了3列数据：GenesymbolortranscriptIDSpecies/taxonomyIDSequence例子：CDC2L6 10090 CCCACUCCCU---CU------------…….CDC2L6 9615 CCG-CCACGG--------------------…….LPHN1 10090 GGGGC-CUCAUGGACCCGA…….ZNF197 9606 A-AGACACCACGAGAAACAG……2、运行命令行targetscan_50.plmiR_Family_info_sample.txtUTR_Sequences_sample.txtTargetScan_50_output.txt3、输出文件包含以下13列数据：GeneID、miRNA_family_ID、species_ID、MSA_start、MSA_end、UTR_start、UTR_end、Group_ID、Site_type、miRNAinthisspecies、Group_type、Species_in_this_group、Species_in_this_group_with_this_site_type实例如下：TargetScan网页接口界面TargetScan网页接口运行结果在UCSC上显示TargetScan运行结果二、miRandaTargetDetection介绍miRandaTargetDetection本地地运运行行版版本本介介绍绍1、、需需要要2个个输输入入文文件件包含含了了miRNA序序列列的的fasta文文件件包含含了了目目标标基基因因3’’UTR序序列列的的fasta文文件件2、、运运行行miRandamirandafile1file2[options……]常用用参参数数：：[-scscore][-enenergy][-goX][-geY][-outfileout][-quiet][-trimT]miRandaTargetDetection本本地地运运行行结结果果实实例例miRandaTargetDetection网页页接接口口界界面面miRNAsearchTargetmRNAsearchmiRandaTargetDetection查询询结结果果界界面面miRandaTargetDetection结果果详详情情界界面面三、、PicTar介介绍绍http://pictar.mdc-berlin.de/PicTar用用户户界界面面一一PicTar搜搜索索结结果果界界面面一一PicTar搜搜索索结结果果界界面面二二PicTar用用户户界界面面二二PicTar搜搜索索结结果果界界面面三三PicTar结结果果在在UCSC上上的的数数据据展展示示从UCSC批批量量下下载载PicTar结结果果四、、MicrocosmMicrocosmSearch界界面面MicrocosmEnter界界面面MicrocosmDownload界界面面五、、microT-ANNhttp://diana.cslab.ece.ntua.gr/microT_v4/index.phpmicroT-ANN结结果果界界面面TarBase:miRNA目目标标基基因因的的可可靠靠数数据据库库，，数数据据有有实实验验支支持持。。http://diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/六、、miRDB/miRDB/miRDB结结果果界界面面miRDB结结果果界界面面根据据具具体体的的