催化反应动力学多底物

催化反应动力学多底物第一页，共四十三页，2022年，8月28日第一节单底物反应动力学第三节多底物反应动力学第四节别构酶动力学第五节pH和温度对酶催化反应速度的影响主要内容第四章酶催化反应动力学第二页，共四十三页，2022年，8月28日第三节多底物动力学大多数酶促反应是多底物反应,其动力学机理复杂。第三页，共四十三页，2022年，8月28日一、酶促反应分类底物数目酶分类催化反应比例（%）单底物单向单底物假单底物双底物三底物异构酶裂合酶水解酶氧化还原酶基团转移酶连接酶

略5122627246第四页，共四十三页，2022年，8月28日大多数酶催化反应是两个或多个底物参与的反应(以双底物反应物系统为例讨论),以转移反应为主,占总酶促反应的50%左右；真正的单底物反应只有异构反应(异构酶催化的反应),只占总酶促反应的5%,将单向的单底物反应(裂合酶反应)计算在内,也不超20%；第五页，共四十三页，2022年，8月28日二、多底物的命名、表示方法以双底物双产物例:（1）底物按与酶结合次序分A、B、C、D；（2）产物按脱离次序分P、Q、R、S；（3）抑制剂I；（4）中间产物分稳态和过渡态（非/中心过渡态）；稳态:酶与底物共价结合,可与另一底物发生双分子反应;过渡态:(1)酶活中心未完全占据;(2)酶活中心已完全占据.（5）稳态中间物用E、F、G表示，过渡态用EA、EB、EAB表示，通常只假定存在着一种中心过渡态中间物（EAEP）表示其异构化（一）Cleland命名和表示方法第六页，共四十三页，2022年，8月28日Cleland命名和表示方法（6）单（Uni),双（Bi),三（Tri),四（Quad)等表示如，BiBi:双底物双产物；UniBi:单底物双产物。按反应动力学分：有序：指所有底物与酶结合必须在任何产物释放之前！（1）序列有序：酶与底物结合严格按一定顺序进行；（2）序列随机：底物与酶结合顺序随意；乒乓：一部分底物与酶结合后即释放一部分产物再结合另一部分底物再释放一部分产物！（7）酶促反应历程用直线表示（除随机）（8）随机机制用菱形表示；（9）Km表示米氏常数，Ki表示抑制常数。第七页，共四十三页，2022年，8月28日（二）多底物反应动力学分类本节主要讨论BiBi反应；按反应方式历程(是否形成三元络合物)分为两大类:（序列与乒乓）1、形成三元络合物（1）序列有序机制（2）序列随机机制第八页，共四十三页，2022年，8月28日底物与酶结合有一定严格顺序，先A后B,产物释放也有同样规定次序，先P（B产物）后Q（A产物）.以NAD+、NADP+为辅酶的脱氢酶为此类机制；例：NAD++CH3CH2OHCH3CHO+NADH+H+（A）（B）（P）（Q）（1）序列有序反应cleland表示法第九页，共四十三页，2022年，8月28日说明（1）中心过渡态EAB可转变为EPQ，也可直接分解为产物，或此中间物有一系列推导出的方程一样；（2）若酶本身发生异构化，则为异型序列BiBi，推导出的方程与（1）有所不同;（3）特殊序列有序机制：EAB形成很慢分解极快在动力学上可忽略。为Theorell-Chance机制EEEAEQABPQ第十页，共四十三页，2022年，8月28日（2）序列随机机制底物与酶结合的先后是随机的，产物释放也是随机的。少数脱氢酶和一些转磷酸基团的激酶属于这一类。如肌酸激酶反应,Cleland表示法肌酸+ATP磷酸肌酸+ADP(A)(B)(P)(Q)第十一页，共四十三页，2022年，8月28日2、反应过程不形成三元络合物即乒乓机制；双置换反应(double-displacementreactions)；特征:酶E与底物A生成复合体，产物P的脱离在另一底物B加入之前。E+AEAEPFEQE+QFBPB第十二页，共四十三页，2022年，8月28日乒乓机制图解A和Q竞争自由酶E形式,B和P竞争修饰酶E’即第十三页，共四十三页，2022年，8月28日属于乒乓机制的酶大多数是具有辅酶的，如转氨酶等(催化从氨基酸转移氨基到酮酸)，一些糖苷转移酶也是；如转氨酶先与氨基酸（A）作用产生EA释放酮酸（产物P），期间辅酶结构转变酶E变成酶F，F再与底物B（另一酮酸）作用释放产物（相应氨基酸）第十四页，共四十三页，2022年，8月28日三、双底物反应恒态动力学对特定反应历程要得到其稳态动力学一般步骤:(1)写出反应历程的方程式(2)再写出包含各种酶形式的微分方程,建立稳态后各种酶存在的形式浓度变化可做等于0(3)根据质量守恒条件去寻找各种酶存在形式的浓度代数解,最终得到酶促反应的速度方程1956年King和Altman在矩阵理论基础上提出了一个简便方法后经Wong和Hanes加以规则化1、King-Altman方法推导速度方程第十五页，共四十三页，2022年，8月28日King-Altman方法大体步骤(1)写出反应历程,安排成封闭的几何图形图1式1的K-A图式1第十六页，共四十三页，2022年，8月28日(2)写出n-1线的所有可能的图形n代表角数(即酶的存在形式!),m为完整图形的线数,则它的n-1线图形总数为图2：图1的n-1线图形第十七页，共四十三页，2022年，8月28日封闭圈问题！当反应历程构成的基本图形不止一个封闭圈时,在写n-1线图时,应把含有封团圈的图形扣除!第十八页，共四十三页，2022年，8月28日(3)按K-A图形写出各种酶存在的浓度和总酶浓度的比例,基本表达式:争对每种酶形式,按图2表示的n-1线图中3个形式分别写出其形成过程,可得到:[E0]为总酶浓度,有(1)(2)第十九页，共四十三页，2022年，8月28日(4)可方便写出速度方程(3)将(1)、（2）式代入（3）可得式，简化之得第二十页，共四十三页，2022年，8月28日这个方程式和用数学法推导出的单底物单产物速度方程形式相同。两例中酶的形式数不同，结果相同，这是因为反应历程中EAEP为中心复合物。图解法推导时中心复合物是可以当作一个酶形式来处理的，虽然此处它们被当作两个酶形式来处理的，但导出的公式和做为一个酶形式来处理是完全相同的。说明:第二十一页，共四十三页，2022年，8月28日初速度方程所得到的速度方程的一般形式及初速度方程和以前数学推导的结果完全相同。第二十二页，共四十三页，2022年，8月28日2.Alberty表达式许多双底物酶促反应在固原定一个底物浓度而改变另一个底物浓度时服从米氏方程式；对许多双底物酶促反应，在总酶浓度固定并远小于两个底物浓度时，Alberty根据K-A图形法推导出其方程一般形式为：goback第二十三页，共四十三页，2022年，8月28日讨论1、[B0]浓度很高时，简化为：与米氏方程一样！水解酶类的酶促反应就如此；2、[B0]固定但未饱和:

这也是米氏方程一种形式！3、序列有序机制时,混合常数为KASKBm,非KAmKBm;4、序列随机机制中则都适用;5、乒乓机制初速度内P极低,逆过程忽略,KAS=0,简化为:第二十四页，共四十三页，2022年，8月28日双倒数图讨论由上分析,当固定一底物浓度改变另一底物浓度时遵守米氏方程;相应双倒数图为线性,分酶完全饱和和半饱和。1/[A0]1/v0斜率=KAm/vmax1/vmax1/[A0]1/v0斜率=(KAm+KAsKBm/[B0])/vmax(1+KBm/B0)/vmax[B0]饱和时1/v0~1/[A0]B0固定≈KBm时1/v0~1/[A0](b)(a)[A0]固定或饱和亦然！第二十五页，共四十三页，2022年，8月28日附1：Alberty方程系数求解（不饱和）用二次作图法！1、先双倒数作图：1/v~1/[A0],此时固定不同的[B0]例：甘油脱氢酶催化甘油的反应是依赖NAD+的有序BiBi反应：1/v1/[A0][B0]NAD+

+GlyNADH+DHAGDHAB第二十六页，共四十三页，2022年，8月28日2、再分别以截矩对1/[B0]作图：1/[B0]1/[B0]~1/[B0]其二次作图的竖轴截矩为1/Vm，斜率为KmB/Vm，横轴截矩为KmB1/VmKmB/Vm以斜率对1/[B0]作图：亦然！！！KmB第二十七页，共四十三页，2022年，8月28日附2：稳态法推导多底物反应方程例用稳态法推导，可获得稳态法方程:①序列机制的底物动力学的推导第二十八页，共四十三页，2022年，8月28日序列随机机制稳态推导kA[E][A]=k-A[EA]k1A[EB][A]=k-1A[EBA]k1B[EA][B]=k-1B[EBA]设第二十九页，共四十三页，2022年，8月28日[E0]=[E]+[EA]+[EB]+[EAB]V=k[EAB]Vm=k[E0]各项代入约去[EAB]，上下同乘[A][B]（I）与Alberty表达式完全相同!第三十页，共四十三页，2022年，8月28日酶对底物A的米氏常数(B饱和时)酶对底物B的米氏常数(A饱和时)[A][B]都达饱和时最大反应速度为底物A与E结合的解离常数

当

则得式（II），与米氏方程相同:Vm（II）（I）第三十一页，共四十三页，2022年，8月28日②乒乓机制推导由于产物P浓度极低,逆过程可忽略,式（I）中KsA=0故其速度方程为:第三十二页，共四十三页，2022年，8月28日3.Dalziel表达式Dalziel关于双底物的一般表达式：第三十三页，共四十三页，2022年，8月28日动力学系数Φ求解①一次作图原方程变换如下式：固定不同[B0]，作[E0]/v0~1/[A0]得一系列直线：[B0]1/[A0][E0]/v0斜率第三十四页，共四十三页，2022年，8月28日②再二次作图：分别用一次作图截矩、一次作图斜率对1/[B0]作图：1/[B0]一次作图截矩截矩=

Ф0斜率=ФB1/[B0]一次作图斜率截矩=ΦA斜率=ΦAB第三十五页，共四十三页，2022年，8月28日实例甲醛脱氢酶FADH催化甲酸转化为甲醛.此反应为双底物酶促反应,式中Ф为动力学系数;[E0]为酶浓度;[A0]、[B0]为底物A、B浓度.将方程写成以下形式根据Dalziel提出的双底物酶促反应动力学方程式,采用两步法作图即可求得反应过程的动力学常数.截距Y1,斜率Y2AB第三十六页，共四十三页，2022年，8月28日先固定B(甲酸)的浓度,以[E0]/V~1/[A]作图,得到截距Y1和斜率Y2;在不同B的浓度下可得到不同的Y1和Y2(图1A;再以Y1~1/[B]和Y2~1/[B]进行二次作图(图1B),即可求得Ф0,ФA,ФB,Ф

AB。图1A37℃,pH7.0下游离甲醛脱氢酶酶促反应图图1B图1A截距Y1～1/[HCOOH]、斜率Y2～1/[HCOOH]关系图最后通过Dalziel方程和Alberty方程之间的常数转换关系求得反应的米氏常数.第三十七页，共四十三页，2022年，8月28日Dalziel与Alberty比较比较两方程双倒数形式,有:vmax=[E0]/Ф,得:[E0]=vmaxФ,将其代入Dalziel方程双倒数形式中可得：再与Alberty双倒数方程比较有：KAm=ФA/ФKBm=ФB/Ф,KAs=ФAB/ФB

1,

Dalziel方程可转化为Alberty方程，并可求得相应常数之间关系:第三十八页，共四十三页，2022年，8月28日2,Dalziel表达式比Alberty表达式中常数形式更直观Dalziel形式（4-61）Alberty形式（4-62）EEA[P]FEB[Q]k1[A0]k3[B0]k-1k-3k2k4稳态乒乓BiBiKing-Altman图