生物医药信息学课件

生物医药信息学

BiomedicalInformatics课程主要内容绪论（文献信息检索基础）中文医学数据库检索英文医学数据库检索引文数据库检索网络信息检索综合检索与利用学习要求掌握文献信息检索的基本原理掌握基本检索技能熟悉常用的生物医药数据库能够按照要求进行检索，完成检索报告，并对文献进行初步分析第一章绪论问题什么叫文献检索？为什么要进行文献检索？如何进行生物医药文献检索？第一节、基本概念知识信息文献信息Information指物质存在与运动的方式与状态的表现形式或反映，是现实世界事物的反映它提供了客观世界事物的消息、知识，是事物的普遍属性一般指数据、消息中所包含的意义，它可以使信息中所描述的事件的不肯定性减少Allideas,facts,andimaginativeworksofthemindwhichhavebeencommunicated,recorded,publishedand/ordistributedformallyorinformallyinanyformat.a(1):knowledgeobtainedfrominvestigation,study,orinstruction

(2):intelligence,news(3):facts,data

b:theattributeinherentinandcommunicatedbyoneoftwoormorealternativesequencesorarrangementsofsomething(asnucleotidesinDNAorbinarydigitsinacomputerprogram)thatproducespecificeffectsc(1):asignalorcharacter(asinacommunicationsystemorcomputer)representingdata(2):something(asamessage,experimentaldata,orapicture)whichjustifieschangeinaconstruct(asaplanortheory)thatrepresentsphysicalormentalexperienceoranotherconstructd:aquantitativemeasureofthecontentofinformation;specifically:anumericalquantitythatmeasurestheuncertaintyintheoutcomeofanexperimenttobeperformed信息的基本属性客观存在性可知性可传递性文献Literature用一定方式记录在特定载体上，并能起到存储和传播信息和知识作用的一切载体文献是记录有知识的一切载体内容（新/旧；理论/实践；概括/具体…）符号（文字/图像/视频…）载体（简/帛/纸/胶片/磁盘/光盘…）形态（书/期刊/电子书…）检索Retrieval利用一定工具或系统，按照特定要求，从存储的信息集合（数据库）中找出所需信息的过程。广义的检索还包括将信息组织成数据库的过程。第二节、信息资源的类型一、按照载体类型分类印刷型printed缩微型microfilm视听型audio-video数字型digital载体纸张胶卷音像磁盘、光盘等用途最传统图书馆过期文献历史、现场资料等越来越广优点便于阅读节省空间声像并茂存储量大查找便捷缺点占空间需阅读机需借助机器阅读二、按照出版形态分类图书期刊（70%）特种文献网页特征掌握某一学科的基本资料连续出版周期短非书刊非正式形式教科书参考书专著字典百科全书丛书等杂志Journal学报Acta通报Bulletin综述Review文摘Abstract索引Index,等①会议文献；②科技报告；③政府出版物；④专利文献；⑤技术标准；⑥产品资料；⑦学位论文；⑧技术档案等国际标准书号InternationalStandardBookNumber,ISBNISBN7-117-06925-2第一段：代表国家、地区、语种，如0，1－英，2－法，3－德，4－日，7－中第二段：出版者号,由国家或地区ISBN中心分配；第三段：书名号，由出版者按出版顺序所给第四段：校验位唯一性、专属性期刊Periodicals有固定的名称（刊名）、相对固定的版式、篇幅和内容范围，按一定的卷期号或年月顺序号连续出版每期发表多个作者的多篇文章，内容不重复、新颖信息量大，是最重要的信息源最早的期刊(1665)：PhilosophicalTransactionofRoyalSociety19世纪初叶：约100种19世纪初叶：约1000种1900年：约5000种1967年：26000种1970年：约50000种会议文献(Proceedings)会议文献一般是指在学术会议上宣读的论文或书面发言。会议论文集分“会前”和“会后”两大类会前：（预印本）ProgramandAbstracts(议程及发言摘要）会后：期刊增刊（专辑）(Specialissue)专题论文集（会议录）连续出版物（或作为丛书之一）科技报告专利(Patent)专利文献一般是指发明专利说明书。在实行专利制度的国家里，发明者为获得专利权，向专门的专利机构递交的阐述发明内容的法律文件，称为专利说明书(Specification)科技报告(TechnicalReport)科技报告主要是在“二战”期间迅速发展起来的一种独立的科技文献类型。著名的科技报告：AD报告：ArmedServiceTechnicalInformationAgencyDocumentPB报告：PublicationBoardNASA报告：NationalAeronautics&SpaceAdministrationDOE报告：DepartmentofEnergy学位论文(Dissertation)学位论文是指大学毕业生或研究生为取得学位而提出的研究论文它是经过一定审查的原始研究成果三、文献级别分类一次文献primary二次文献secondary三次文献tertiary零次文献zeroth来源作者根据自己的工作和研究成果写成的文章对一次文献进行整理，并根据特征按规则编排利用二次文献，就一定主题进行选择、概括和论述形成一次文献之前的信息；特点原创性供检索一次文献用供了解进展或预测之用未正式发表、非出版物形式期刊论文、研究报告、会议录、专利说明书、学位论文等目录、索引、文摘等综述、评论、进展；动态、年鉴、专著等手稿、书信、笔记、记录等二次文献即检索工具（第五节专门介绍）按照加工程度划分：目录（包括书名、分类、著者、主题目录）题录（包括文献篇名、著者、刊名、年、卷、期、页码、语种等）索引：文献外部特征+文献内部特征文摘：研究目的、研究方法、数据、结论等检索工具的结构正文部分：由文献条目组成的，是一次文献的题录或文摘。索引部分：由检索标识组成，用以帮助检索者检索文献条目，通常有著者索引、主题索引、关键词索引等。说明部分：使用说明等附录部分：收录范围、主题词表、引用期刊等。文献按照内容和公开程度分类白色文献：一切公开出版物（包括网络信息资源）灰色文献：半公开的文献（如某些特种文献、实验记录等）黑色文献：保密的文献四、生物医药文献的特点数量庞大，呈知识爆炸的现象全世界每年出版期刊约15万种，图书80万种，其中生物医药类文献在数量上和质量上站各学科之首知识更新加快，半衰期短缩文献资源网络化，信息传播速度加快，有取代传统载体的趋势英文材料占主导地位，约占70%文献信息检索在科研中的作用 据估计,科研人员1/3左右的时间用于文献检索科研选题：启迪思维、避免不必要重复研究方案制定：了解课题的发展历史、现状、动向、别人成功的经验、失败的教训、最大限度地利用别人的成果，在此基础上开展新的探索研究技术：查阅最新最有效的研究技术成果鉴定：判定成果的先进性、科学性和实用性体现论文的创新性和科学性第三节图书馆文献利用中国图书馆分类法(“中图法”)是国家推荐统一使用的分类法，被许多检索工具采用或改编，是我国当代具有代表性的图书分类法，是一个大型的综合性的图书分类法它是根据文献各级类目之间的逻辑关系（如从属关系、并列关系、相关关系、交叉关系等）编排而成的一个逐级展开的排列表由5大基本部类和22个基本大类、简表、详表、通用复分表组成标记符号采用拉丁字母与阿拉伯数字相结合的混合号码制，拉丁字母用来表示大类，其他各级类目则用阿拉伯数字表示国家图书馆原北京图书馆亚洲最大资料中心截止2003年底，馆藏文献已达2411万册(件)，居世界国家图书馆第五位，并以每年60-70万册（件）的速度增长。

基本部类中图法5个基本部类马克思主义、列宁主义、毛泽东思想哲学综合性图书社会科学自然科学中图法22个基本大类（一级类目）A、马克思主义、列宁主义、毛泽东思想B、哲学C、社会科学总论D、政治、法律E、军事F、经济G、文化科学、教育、体育H、语言I、文学基本大类中图法22个基本大类（一级类目）J、艺术K、历史、地理N、自然科学总论O、数学科学和化学P、天文学Q、生物科学R、医药、卫生S、农业科学基本大类中图法22个基本大类（一级类目）T、工业技术U、交通运输V、航空、航天X、环境科学

Z、综合性图书基本大类R医药、卫生R1预防医学、卫生学R2中国医学R3基础医学R4临床医学R5内科学R6外科学R65外科学各论R655胸部外科学R655.1胸壁R655.2胸膜R656腹部外科学R656.1急腹症R656.2腹部疝R656.3腹壁R656.31腹壁炎症R656.32腹壁损伤R71妇产科学 R72儿科学R73肿瘤学R74神经病与精神病学R75皮肤病学与性病学 R76耳鼻咽喉科学R77眼科学

R78口腔科学R79外国民族医学8特种医学9药学R9药学R91药物基础科学R92药典、药方集（处方集）R93生药学（天然药物化学）R917药物分析R94药剂学R95药事管理R96药理学R97药品R99毒物学（毒理学）复分号为了区别于一般图书，对教材、工具书等，在其分类号后加复分号，如R245-61（针灸辞典），R711-43（妇科学教材）。对于临床各科（R5-R8），有专门复分表：01预防、控制和卫生 02病理学、病因学03微生物学、免疫学 04诊断学05治疗学 06并发症07预后 08诊疗器械、用具09康复例：R511.3-05天花治疗学复分号举例41教学计划、教学大纲、课程42教学法、教学参考书43教材44习题、试题及解答45教学实验、实习49普及读物5丛书、文集、连续出版物51丛书、文库52全集、选集53论文集532会议录533学位论文、毕业论文54年鉴、年刊55连续性出版物56政府出版物6参考工具书61名词、术语、词典、百科全书62手册、名录、指南、一览表、年表63产品目录、产品样本、产品说明书64表解、图解、图册、数据、公式、地图65条例、规程、标准66统计资料67参考资料第四节文献检索系统一、检索语言又称检索标识，是根据文献检索需要创造的一种人工语言。用于描述信息的内部或外部特征的语言用于表达用户信息提问的专门语言是人与信息系统对话的媒介。自然语言检索标识：如主题词规范语言检索标识：如各种代码

检索语言分类分类语言主题语言检索语言描述文献外表特征的语言题名（书名、篇名）著者姓名号码（序列号、专利号）引文索引描述文献内容特征的语言关键词标题词叙词二、文献信息数据库的检索途径外部特征篇名途径著者途径序号途径内部特征关键词途径自由词途径主题词途径分类途径引文途径...著者途径用文献的著者、编者、译者的姓名或机构团体名称编制而成的索引按著者姓名字顺编排姓在前，名在后Smith,L.XuQY分类途径按照文献的内容在分类体系中的位置作为文献信息检索的途径。它的检索标志是给定的分类号码国外有：《国际十进分类法》《杜威法，DDC》关键词途径是以题目、文摘和正文中出现的具有实质意义的词语作为检索标识，利用关键词索引查找文献的途径如：程序性细胞死亡；细胞凋亡；细胞凋零主题词途径是以主题词为检索标识，利用主题索引查找文献的途径主题词：经过主题词表规范化的词《医学主题词表》MeSH副主题词：对主题词进行限定的规范化的词主题词-副主题词组配在一起使用其他途径引文检索（Reference,Citation）机构检索（Affiliation）刊名检索（Journal）默认检索（default）第五节文献检索工具与检索步骤一、检索工具的概念与作用定义：将所收录的文献按一定的规则编制而成的具有存贮、检索和报道文献线索功能的工具。功能：存贮功能检索功能报道功能编制检索工具的基本过程：原始文献描述文献款目（题录、文摘）标引检索标识（著者姓名、主题词、关键词、分类号等）排序检索工具作用：（1）对所收录文献的各种特征给予必要的描述，以形成各种文献款目;（2）对每条款目进行标引，形成检索标识，以作为排序与检出的依据;（3）将全部款目有序化组织成为一个有机整体，使之易于存取（排序）;（4）编制与提供多种检索手段，以便从各个角度查检文献（检索）。特点收录文献的有限性报道文献的时滞性文献标引深度的有限性二、检索工具的种类1)按著录形式分为：（1）题录式（2）文摘式（3）全文式1）题录型检索工具这种类型的文献款目只记录或描述文献的外部特征。通常有文献名称、著者姓名、来源出处等。题录型检索工具在名称中常出现“目录”（catalogue）、“索引”（index)等字样。如：《中文科技资料目录》、美国《医学索引》文摘是在题录的基础上再加文献的内容摘要构成的文献款目。文摘型检索工具在名称中常有“文摘”、“abstract”、“digest”、“excerpta”等字样。如《生物学文摘》、《化学文摘》、《中国生物医学文摘数据库》等2）文摘型检索工具3）全文型检索工具是指计算机检索系统中全文数据库。如《中国学术期刊全文数据库》、万方全文数据库、重庆维普全文数据库、ovid全文数据库等按载体和出版形式分：（1）书本式（2）卡片式（3）机读式按文献收录范围分综合性检索工具：如《科学引文索引》、《全国报刊索引》等专业性检索工具：《化学文摘》和《生物学文摘》等专题性检索工具：如《中药炮制研究文献目录》单一性检索工具：只收录某一特定类型的文献，如《专利文献通报》、《医药卫生》三、文献检索基本方法与步骤原始文献主题概念文献特征标识检索课题主题概念检索提问标识检索结果检索工具文献标识提问标识标识比较存贮过程检索过程分析标引存贮分析转换检索（1）常用法a顺查法b倒查法c抽查法（2）追溯法（3）分段法1.查全率与查准率的概念查全率是指系统在进行某一检索时，检出的相关文献量与系统文献库中相关文献总量的比率，它反映该系统文献库中实有的相关文献量在多大程度上被检索出来。查全率R＝×100%漏检率O＝×

100%四、文献检索效果评价查准率是指系统在进行某一检索时，检出的相关文献量与检出文献总量的比率，它反映每次从该系统文献库中实际检出的全部文献中有多少是相关的。查准率P＝×100%误检率N＝×100%如图所示:P高则R底；R高则P底要取得较好的检索效果应兼顾二者一般：查全率为60～70％；查准率为：40～50％RP0检索效率的基本特性影响查全率的因素

(1)文献库收录文献不全；索引词汇缺乏控制和专指性；词表结构不完整；词间关系模糊或不正确；标引不详或标引前后不一致；标引人员遗漏了原文的重要概念或用词不当等。（2）从情报检索来看

检索策略过于简单；选词和进行逻辑组配不当；检索途径和方法太少；检索人员业务不熟练和缺乏耐心；检索系统不