PGM技术介绍课件

1、1划时代产品Ion Torrent半导体测序仪-重新制定分子诊断游戏规则Semiconductor Sequencing for LifeConfidential and ProprietaryDO NOT DUPLICATE目录测序技术与芯片技术的比较 Ion Torrent测序技术简介 试管婴儿胚胎移植前的染色体异倍性检测PGM在其他医学研究与临床上的应用1234Confidential and ProprietaryDO NOT DUPLICATE测序技术与芯片技术的比较Confidential and ProprietaryDO NOT DUPLICATEConfidential an

2、d ProprietaryDO NOT DUPLICATE比较项目测序技术芯片技术检测原理直接碱基测定检测（数字信号）间接探针杂交检测（模拟信号）数据库依赖不依赖数据库芯片设计探针必须依赖较成熟的数据库（数据分析也只能做已知基因）交叉杂交干扰无此项干扰芯片探针会有交叉杂交现象，例如片段与探针有几个错配也能杂交，产生假阳性数据分析持续升级，可随着数据库和研究成果的更新重新进行分析只能依据设计芯片时的数据库进行分析灵敏度可随着数据量的提高而提高杂交原理较难提高灵敏度数据准确度定量水平（qPCR级别）定性水平（与qPCR结果进行比较时，只看趋势不看具体数值）特异性数据分析测序能做很多芯片无法实现的数

3、据分析，例如新基因的发现，基因融合等等只能做已知设定的基因的检测覆盖度可覆盖全基因组受到探针数目以及扫描仪精度的限制，无法一张芯片对全基因组覆盖。重复一致性一致性好，科研论文质量更高一致性差，要是芯片属于不同的批次，或者实验时间隔得比较长，重复性就更差染色体平衡易位可以不可能测序技术与芯片技术的比较Confidential and ProprietaryDO NOT DUPLICATEIon Torrent测序技术简介 Confidential and ProprietaryDO NOT DUPLICATE77技术简单、成本低通量大、灵活检测速度快Ion Torrent 2.5 generat

4、ion师出名门世界首台二代测序已发明人Jonathan Rothberg （2004年发布454测序仪）全新发明*革命性技术直接检测氢离子，免去其他二代测序技术由于照相带来的测序时间长，数据处理压力大和存储压力大的烦恼真正的2.5代测序Confidential and ProprietaryDO NOT DUPLICATE8简单的化学10*更快的速度 Fastest Next-Gen Workflow11Ion Dx technology2-4 hour sequencing runs Low cost sequencer and kitsMillions of 200+ base pair

5、long reads Field proven robustnessCore product completionLow cost, starting at $399 per runRegulatory filingsBuilds on Lifes IVD experience: 7500 Fast Dx & 3500Dx20112012Ion PGM 2012开始CE-IVD and 510(k) 证书的申请Confidential and ProprietaryDO NOT DUPLICATE试管婴儿胚胎移植前的染色体异倍性检测芯片技术的共同问题：信号产出方式为杂交，易出现假阳性；相比于测

6、序技术，不能新发现微小缺失和点突变；不能检测平衡易位。Ion Torrent基于测序原理直接得到DNA碱基序列，可以检测所有的DNA遗传疾病，包括可检测染色体微小片段插入、缺失与重复、非平衡的结构异常、拷贝中性的染色体异常、低水平的嵌合体、多倍体、SNP等FISHPCR可用于染色体非整倍性与平衡易位疾病的检测与诊断可用于点突变和微小缺失引起的单基因病的检测与诊断必须事先知道待检的目的片段染色体分型不明确时, 会影响结果分析局限于能进行培养的细胞样本，病理组织样本虽有应用，但范围有限易出现DNA污染；优势等位基因扩增较快导致检测假阴性；每种疾病都需要分别检测，检测通量低，成本高。CGHSNP能够

7、对大片段基因进行检测，检测灵敏度达到kb级基于杂交信号，会出现假阳性和假阴性，仅限于特定的SNP和CNV筛查优点缺点PGD/PGS流产组织遗传学分析无创产前筛查遗传病检测、亲子鉴定、全基因组测序及所有基于测序的科研需求应用范围三代检测技术比较Confidential and ProprietaryDO NOT DUPLICATESample ATEXTSample ATEXTReads mapped to Chromosome%reads/totalReads mapped to Chromosome%reads/total65215608753661348914ChrABA/BB/A1255

8、95%105%123466%115%Mapping readsMapping to Hg19CLCbio WorkbenchGenomics Gateway (beta)数据分析CalculationChromosome per chromosomeMapped reads vs. Total readsRatio Sample A vs. Sample BFull reads set or 150K reads subsetIon Torrent测序平台对于染色体异倍性检测结果分析Confidential and ProprietaryDO NOT DUPLICATEConfidential

9、 and ProprietaryDO NOT DUPLICATEIon Torrent测序平台单基因病检测结果分析Confidential and ProprietaryDO NOT DUPLICATEIon Torrent测序平台对于单基因病检测结果分析Confidential and ProprietaryDO NOT DUPLICATEPGM在其他医学研究与临床上的应用21Samples15 plasma DNA samples isolated from maternal blood Standard SOLiD fragment library construction protoc

10、olePCRSequencing performed on an upgraded V2 instrumentEach library deposited into a single spot on a quad array3 fragment libraries/slide. 2 slides/instrument run.Bead density: 130K/panel: today: 400K per panelBioinformatics:Tags of 35 bp were mapped to repeat-masked hg18 reference genomeSD of GR w

11、ere calculated as following:无创产筛（无创染色体异倍性检测）2222*Preliminary disease groups & gene list based on OMIM available at /community*Preliminary Configuration Subject to ChangeDetection of germline variants at 100X depthUse with Ion 316 ChipFor Research Use Only. Not intended for any animal or human therap

12、eutic or diagnostic use.300 genes, 10,000 amplicons,* one day单基因病检测Cardiovascular37 genesDevelopmental(发育，进化) 61 genes30 genesMetabolic(代谢性疾病） Neuromuscular（神经肌肉） 81 genesOther; Immune（免疫）, cancer, etc 94 genesConfidential and ProprietaryDO NOT DUPLICATE46 genes, 739 mutations（突变）肿瘤个体化治疗For Research

13、 Use Only. Not intended for any animal or human therapeutic or diagnostic use.KRASBRAFEGFRTP53PIK3CACSF1RFGFR2JAK2NRASPTPN11ERBB2SRCFGFR3NPM1RB1CDKN2ARETHNF1ASMAD4GNASPDGFRAMPLJAK3ABL1PTENFLT3STK11SMARCB1KITMETVHLNOTCH1HRASAKT1ALKMLH1FBXW7ERBB4KDRATMCDH1IDH1CTNNB1APCFGFR1SMOReportReportRemaining fwd & rev primers ( 10,000 rxns) shipped in plates to allow user optimizationRemaining fwd & rev primers ( 10,000 rxns) shipped in plates to allow us