生物资讯内涵

1、From Sequence to StructureSources on Web生物資訊內涵Gene , Protein 序列, 結構, 功能比對, 預測, 分類 , 關聯, 註解基因碼Genetic CodeIn form of codon, Left-Top-Right TCAGTPheSerTyrCysTCLeuTerTerATrpG CLeuProHisArgTCGlnAGAIleThrAsnSerTCLysArgAMetGGValAlaAspGlyTCGluAGhttp:/www.cmbi.kun.nl/swift/future/aainfo/gencode.htmlCodon Th

2、ree bases in a DNA or RNA sequence which specify a single amino acid.生物資訊網路資源Sequence Retrieve System.tw/wong/courses/inform/site05.htmhttp:/www.ebi.ac.uk/歐洲生物資訊研究所 The European Bioimformatics Institute 生物資訊網路資源資料庫分類主要序列儲存基因體資料庫蛋白質資料庫結構資料庫分子間作用資料庫突變資料庫文獻資料庫生物資訊網路資源基因資料庫GDBgenome database /GenbankNIH

3、 genetic sequence /Genbank/Genomenet http:/www.genome.jp/DNA 資料庫EMBLnucleic acid database http:/www.ebi.ac.uk/embl/index.htmlNDBnucleic acid database /NDB/RNA 資料庫RDP rRNA sequences /html/生物資訊網路資源蛋白質資料庫PIR protein Information resources Swiss-Prot/TrEMBL curated protein sequence http:/www.expasy.ch/sp

4、rot/PDB protein data bank /pdb/CATH protein structure classificationhttp:/www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath_new/ SCOP protein Structural classificationhttp:/scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/生物資訊網路資源教學資源NEE-HOW, POST, 莊榮輝教授教學網業(臺大農化)核酸DNA from the beginning - Cold Spring Harbor Laboratory, New York (USA)Stru

5、cture of DNA - /molvis/freichsman/NucAcids/Helix/hmenu.html胺基酸Amino acid properties - University of California. Davis (USA)Amino acid information - European Molecular Biology Lab-Heidelberg (German)蛇毒傳奇-清華大學 (Taiwan)蛋白質Principles of Protein Structure Using the Iternet - Birkbeck College-London (UK)生

6、物資訊Using Internet Resources in Molecular Biology-San Diego Supercomputer center(USA)生命科學線上教學 - 清華大學生物資訊中心 (Taiwan)BioInfoFab - 陽明大學生物資訊中心 (Taiwan)生物資訊網路資源參考查詢資源HINT - 國家衛生研究院醫藥衛生研究資訊網 (Taiwan) .tw/Entrez(PubMed) National Center of biotechnology Information (USA) /entrez/query.fcgi?db=PubMedhttp:/ave

7、rmitilis.ls.kitasato-u.ac.jp/Streptomyces avermitilis is an industrial microorganism produced anthelmintic macrolide Avermectins. 序列分析與結構預測核酸 蛋白質核酸序列蛋白質序列蛋白質性質蛋白質結構資料庫:GenBank工具:Blast基因比對網站: Expasy工具:MBS translator基因轉譯核酸序列蛋白質序列蛋白質特性pI 質與分子量網站: Expasy工具:PI/MW computeMGKIGIFFGTDSGNAEAIAEKISKAIGNAEVIDV

8、AKASKDQFNSFTKVILVAPTAGAGDLQTDWEDFLGTLEASDFANKTIGLVGLGDQDTYSETFAEGIFHIYEKAKAGKVVGQTPTDGYHFEASKAVEGGKFVGLVIDEDNQDDLTDGRISKWVEQIKGSFAAGILPVFYWDENQRHSTKCMMGKIGIFFGTDSGNAEAIAEKISKAIGNAEVIDVAKASKDQFNSFTKVILVAPTAGAGDLQTDWEDFLGTLEASDFANKTIGLVGLGDQDTYSETFAEGIFHIYEKAKAGKVVGQTPTDGYHFEASKAVEGGKFVGLVIDEDNQDDLTDG

9、RISKWVEQIKGSFA HydrophobicALIVMWMGKIGIFFGTDSGNAEAIAEKISKAIGNAEVIDVAKASKDQFNSFTKVILVAPTAGAGDLQTDWEDFLGTLEASDFANKTIGLVGLGDQDTYSETFAEGIFHIYEKAKAGKVVGQTPTDGYHFEASKAVEGGKFVGLVIDEDNQDDLTDGRISKWVEQIKGSFA PositiveKHRMGKIGIFFGTDSGNAEAIAEKISKAIGNAEVIDVAKASKDQFNSFTKVILVAPTAGAGDLQTDWEDFLGTLEASDFANKTIGLVGLGDQDTY

10、SETFAEGIFHIYEKAKAGKVVGQTPTDGYHFEASKAVEGGKFVGLVIDEDNQDDLTDGRISKWVEQIKGSFA AromaticFWY一級結構分析胺基酸標示網站: Expasy工具: Colorseq三級結構預測網站: Expasy工具: 3D-PSSMTHE PAIRWISE RMSD BETWEEN THE STRUCTURES IS : 0.131181 1 : /pdb1czlA_0.tmp TEMPLATE 2 : /model_1.pdb SELECTED待測蛋白質序列資料庫蒐尋蛋白質序列比對是否有PDB資料yes比對模擬預測二級結構No折疊辨認是否有折疊資料二級結構比對序列-結構比對預測三級結構Noyes3D 結構模型http:/www.bmm.icnet.uk/people/rob/CCP11BBS/flowchart2.html序列結構蛋